华东师范大学在文化大革命时期陷入一片混乱，1966年到1969年连续4年没有招生，直到1970年才开始小规模招生。

1966年8月，批斗“牛鬼蛇神”之风席卷华东师大。8月4日下午，华东师大学生给批斗对象戴高帽子，鸣锣游斗。这一天全校共揪斗194人，占全校教职工11%，3人自杀而死，2人自杀获救。^[16]9月15日，华东师范大学红卫兵在天安门广场受到了毛泽东的接见。1967年5月31日，华东师大“红卫兵新师大师”决定，在校园内塑造毛泽东的巨型塑像，并把这一工程称作“九·一五工程”。1967年9月15日，毛泽东塑像落成。1968年1月15日，张春桥来到华东师大，在“九·一五”广场发表了即兴演讲，使华东师大成了上海批判“右倾翻案风”的重点单位。

1972年2月21日，华东师大地理系地质教研室和地貌教研室全体人员34人和全部设备调往同济大学建立海洋地质地貌专业；5月，上海师范学院、上海半工半读师范学院、上海教育学院、上海体育学院、华东师范大学五校合并，学校改名为上海师范大学，使用华东师范大学现校址。1978年10月，上海师范大学仪表电子分校成立，之后更名为华东师范大学仪表电子分校（今上海大学）。^[17]

1978年，刘佛年任上海师范大学校长，上海师范学院、上海教育学院和上海体育学院从上海师范大学分离，相继复校。1978年2月17日，国务院转发教育部《关于恢复和办好全国重点高等学校的报告》，确定华东师大为文革后第一批全国重点高等学校。1980年8月15日，经教育部批准恢复华东师范大学校名，“上海师范大学”印章作废，启用“华东师范大学”印章。

文革时期，华东师大的科研工作遭到严重摧残，但依然取得了一批科研成果。1970年,华东师大“671”科研组在国际上首先从海水中提取到30克铀，得到了时任国务院总理周恩来的高度评价；1971年，华东师大光学组建立了在国内居领先水平的管道气体传输模拟实验室。华东师范大学外语系（今外语学院）在70年代曾被外界誉为“大使培训班”，为中国的外交战线培养了一批优秀人才。^[18]