這個新型冠狀病毒(zt)

有同一個“祖先”

1月11日，由復旦大學上海公共衛生臨床中心暨公共衛生學院張永振教授領導的團隊在virologic.org網站發布了第一個新型冠狀病毒基因序列。第二天，另外5個來自不同患者的病毒基因組序列由國家衛健委領導的小組在全球共享流感病毒數據庫GISAID發布。

隨後，全球科研人員陸續公開分享更多患者的病毒基因組全序列，目前已有53例患者的病毒基因組全序列被共享在GISAID。

國內一位病毒學專家告訴《中國科學報》：“這些病毒序列應用現代測序技術，從患者血清中就可以提取。”

研究人員正在對這些病毒基因序列進行深入研究，試圖了解新型冠狀病毒的起源，以及它與在蝙蝠等其他動物中發現的病毒的進化關係。

華盛頓大學生物信息學專家Trevor Bedford告訴《科學》：“從病毒序列中得到的最重要的信息之一，是病毒一次性進入人體，然後進行人際傳播。”

對此，前述國內病毒學家解釋：“這意味着，目前正在傳播中的病毒來源於同一個‘祖先’，傳播路徑可能是病毒從動物偶然傳染給某一個特定的人，發生了變異，然後開始人際傳播。所以，如果能找到最早發生感染的‘零號病人’，病毒源頭就找到了。”

據《科學》報道，一個可能的解釋是，近期有一批動物被感染，通過感染某一個商販把病毒帶到人類。

1100個核酸的差距

基因組序列顯示，此次流行的新型冠狀病毒nCoV-2019共有29000多個核苷酸鹼基。研究人員將它與已知冠狀病毒家族其他成員進行了比較，發現其與蝙蝠來源的冠狀病毒關係最密切。

1月23日，中國科學院武漢病毒所研究員石正麗帶領的團隊在bioRxiv發表文章指出，與此前在雲南中菊頭蝠上檢測到的蝙蝠冠狀病毒RaTG13相比較，nCoV-2019在整個基因組中與其有96.2%的一致性，與SARS冠狀病毒有79.5%的一致性。

不過，Bedford分析，石正麗團隊提出的RaTG13序列與nCoV-2019有近1100個核苷酸的差異。他結合其他冠狀病毒的假定突變率估計，這兩種病毒在25到65年前有一個共同的祖先，RaTG13病毒突變為nCoV-2019可能需要幾十年的時間。

在“進化樹”上擁有合理的位置，代表了這一病毒由自然進化而來。“對病毒這種僅由RNA構成的生物而言，基因組序列的差異就能展現其進化關係，為其來源於自然界提供了強有力的證據。”郭德銀解釋。

要認定病毒來源，通常採用“進化樹”的方法，畫出家族系譜圖，還需要定量比較相似核苷酸的數量。專家們的共識是，1100個核苷酸的差異意味着，nCoV-2019從蝙蝠到人之間還存在1個或多個中間宿主。

例如，SARS病毒起源雖然起源於蝙蝠，但果子狸冠狀病毒與人類SARS病毒之間的差異只有10個核苷酸左右。所以，這就可以推斷，果子狸是SARS病毒的中間宿主。

又如，2018年4月，石正麗聯合軍事科學院軍事醫學研究院微生物流行病研究所童貽剛團隊、華南農業大學動物科學學院馬靜雲團隊等發現，導致2016年廣州仔豬致死性疾病的SADS冠狀病毒，與發生疫情豬場附近的蝙蝠洞穴中發現的冠狀病毒全基因組序列一致性高達98.48%，從而認定這次疫情源於冠狀病毒的跨種傳播。

“進化樹”分析帶來另一個好消息是，目前為止分析的不同nCoV-2019序列之間最多只有7個核苷酸的差異。這不僅表明它是最近才一次性進入人類體內的，更表明它尚未發生明顯的變異。

不過，在其傳播過程中，科研人員仍然沒有掌握武漢華南海鮮市場發揮的作用，只能確定其在早期疫情中“推波助瀾”。

“對於nCoV-2019從自然界中的某種宿主到中間宿主再到人，科學雖然難以以一種重現的方式去證明，卻可以用確鑿的證據，以完備的邏輯形成證據鏈，去確證結果。”郭德銀最後強調。