咀嚼过程中，口腔里的微生物会跟食物混合在一起，通过食道後很快进入胃。食物在胃裡跟胃液再次混合，pH值極低的胃酸可以杀死食物中的细菌和病毒。但是，並不是所有微生物都会被杀死，有些耐酸的微生物还长期生活在胃裡，如著名的幽门螺旋桿菌。这種菌是引起胃炎的一種细菌，澳大利亚的两位科学家因发现这種菌和胃炎之间的相关性获得了诺贝奖。
一般胃部不舒服的话，很多医生都会建议病人去做一个幽门螺旋桿菌检测，看看是不是这个菌感染引起的。胃裡的细菌除了幽门螺旋桿菌之外，还有其它的耐酸的细菌，估计，每毫升胃液中平均只有数千到数丌个，明显要比口腔里少的多。很多人认为胃酸会将进入胃裡的微生物全部杀死，实际上一些微生物进化出了不同的应对策略来適应或者躲过胃酸，经过胃酸消化後，微生物並没有被完全杀死，只是数量ㄓ眱D常明显，仍有一些细菌苟延残喘的存活在胃容物中，这些残存的微生物实际上是肠道微生物的主要来源。
我都懷疑，很多可以活茯过胃的微生物，是我们的胃有意“放水”，特别是一些有益菌，我们的胃能{识别它们並发送特殊的通行证，好让它们能{进入肠道开展工作。
进入胃部的食物大约需要4小时左右才能进入小肠。消化道中最长的部分就是小肠，分为十二指肠、空肠、回肠三个部分，大约有6-7米长。一些细菌在離开胃後数量就变得很少了，那些好不容易躲过胃酸的细菌们，进入小肠後会在短时间内通过细胞分裂的方式指数级繁殖，数量急剧增多。
紧邻胃的部位是十二指肠，在十二指肠上的开口处，肝脏分泌的胆汗和胰腺分泌的胰液会排泄到十二指肠内，與胃裡出来的食物混合。胰液含碳酸氢盐和多種消化酶，可以分解碳水化合物、脂肪和蛋白质三種食物成分，是消化力最L的消化液。胰液的pH值为7.8～8.4，是呈撽坁熔G體，正好跟呈酸性的胃裡出来的食物中和一下，恢復中性的pH值，避免把肠道给伤到。
估计，正常成人每日分泌量为1-2L，相当於三四瓶矿泉水的量。胰液中的碳酸氢盐是主要中和进入十二指肠的胃酸的，避免了L酸把肠粘膜给腐蚀掉，剩餘的碳酸氢盐可以继续维持小肠的撽环境，促进小肠内多種消化酶的活性。
胆汁的主要成分有胆盐、胆固醇、卵磷脂（磷脂酰胆憿^和胆色素等，主要作用是促进脂肪的分解和吸收，但是裡面狺ㄖt消化酶。一个很有意思的现象，成年人體每天生成的胆汁量约为500～1000mL，其中75%的胆汁不是胆分泌的，而是肝细胞分泌的，俗话说“肝胆相照”，就十分形象的形容了它们之间的这種亲密关系。
胆汁里的胆盐，除了促进脂肪及脂溶性维生素A、D、E、K的消化和吸收，还具有很L的抑制肠道细菌生长的作用。那些不怕胃酸的细菌进入小肠後也会再一次被胆汁绞杀，这时，绝大多数的细菌会再次被消灭掉。即使经过了胃酸和胆汁的两轮绞杀，小肠中的细菌数量还能达到每毫升约数丌到数十丌个数量级，明显高於胃裡的微生物数量。
小肠内的细菌主要是Q桿菌、乳桿菌和链球菌等。由於小肠内壁有大量的环形皱襞，表面又有很多绒毛状的突起，網球场大小的小肠表面积可以容纳的细菌数量和種类至今仍不算很明確，再加上小肠部位很难取屆A所以，我们对小肠里内微生物的了解並不多。从十二指肠到回肠，随衱穩G距離越来越远，酸性也越来越弱，躲过了酸和撉漪~驉A经过一段时间的繁殖後，细菌数量也在逐渐增加，到回肠末端，细菌数量达到每毫升约数百丌到数亿个数量级，是小肠的幾百倍了。
在小肠中没有被消化和吸收的食物残渣会进入大肠，每天大约有 600mL，比一瓶矿泉水多一点。大肠只有 1.5 米，形状很像“门”字，从大肠入口（“门”字的左下角）开始依次分为升结肠、横结肠、降结肠、乙状结肠和直肠。與小肠相比，大肠的功能要单一得多，其主要功能是负责製造並储存大便。大肠不停的蠕动，目的就是把那600mL的稀粥帚滬鼓残渣製作成“香肠”状的大便。这个过程简单来说就是随茩鼓残渣向前蠕动，大肠要逐一检测裡面的成分，把有用的东西回收回来，避免浪费，逐步吸收裡面的水分和矿物质，並且还要把人體排泄出的多餘的镁、钙和铁等物质揉进去。製作大便的整个过程比较缓慢，需要12到48小时。
