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武汉病毒与南京军区研究的舟山蝙蝠病毒之间的同源性
送交者: pifu01 2020年01月26日11:13:21 于 [五 味 斋] 发送悄悄话

把俺在隔壁发的转到这里来。隔壁水大。

武汉病毒与南京病毒的比较。
送交者: pifu01 2020年01月25日15:27:54 于 [茗香茶语] 发送悄悄话

武汉病毒在NCBI核酸文库里面有两个submission,由复旦大学的同一批人提交,第一次在1月17号(ACCESSION:NC_045512),第二次在1月23号(ACCESSION:MN908947)。两次提交的是同一个病毒序列,100%相同。这个病毒一共编码10个蛋白。以下结果仅仅比较蛋白序列,未比较DNA序列。按序列来:
1. orf1ab polyprotein/protein_id="QHD43415.1",最长,7092aa,与南京病毒同源率:95.5% (南京病毒acc ID:AVP78030.1,AVP78041.1)第二名:87.27%, ID16715.1,来自北京动物所2016年的研究。
2. Gene S/surface glycoprotein/protein_id="QHD43416.1", 1273 aa, 与南京病毒同源性80.3%。 第二名也是南京病毒:80.32% ,AVP78042.1。第三名:77.07%, ATO98205.1, 2017年武汉病毒所。
3. ORF3a protein/protein_id="QHD43417.1", 275aa, 与南京病毒同源性92.00, AVP78043.1; 第二名:南京病毒,90.91% AVP78032.1; 第三名:76.00%,AHX37559.1, Institute of Military Veterinary, Jilin. 2014年。
4. Gene E/envelope protein/protein_id="QHD43418.1", 75aa, 与南京病毒同源性100.00%,AVP78033.1。第二至五名: 94.74% APO40581.1等,国内外发各单位发的文章7-8篇。
5. Gene M/membrane glycoprotein/protein_id="QHD43419.1", 222aa, 与南京病毒同源性98.65%, AVP78034.1。  同源性第二名:91.44%, AIA62323.1, 北京某所
6. ORF6 protein/protein_id="QHD43420.1", 61aa, 与南京病毒同源性93.44%, AVP78035.1, 第二名:73.77%, AGZ48837.1,是武汉病毒所2013年鉴定上次sars源的文章。
7. ORF7a protein/protein_id="QHD43421.1", 121 aa, 与南京病毒同源性88%, 第二名:88.5%, 源自北京动物所对上次SARS的研究。
8. ORF8 protein/protein_id="QHD43422.1", 121aa, 与南京病毒同源性94.21%, AVP78037.1, 同源性第二名:57.85% AHX37565.1, 来自长春某军事研究所2014年。
9. Gene N/nucleocapsid phosphoprotein/protein_id="QHD43423.2", 419 amino acid, 全长相同,94.3% match 南京病毒蛋白ID:AVP78038 (后者:南京,2018年1月5号递交,作者:Hu.  nucleocapsid protein [Bat SARS-like coronavirus]
10. ORF10 protein/protein_id="QHI42199.1", 长度38aa, 未发现任何蛋白有同源性。

以上为各蛋白的同源性。武汉病毒与南京病毒(accession ID:MG772933, 29802 bp)全长核酸同源性88%(蛋白同源性比核酸同源性高,未全序列计算), 下一个最类似的病毒是武汉病毒所2017年送交的一个病毒序列(acc ID: KY417146, 29782 bp), 全长核酸同源性为80.7%。 

RNA病毒变异性较高,时间点越接近的病源体同源性应该较高。结论:武汉病毒与南京病毒有异乎寻常的极高同源性。是否同一株病毒的快速变异不好说, 俺不是病毒学家。那些做RNA病毒变异的学者应该能够计算出来

说明:同源性是指序列相同的比例。南京病毒是指2018年南京某军事研究所发在NCBI核酸文库的病毒全序列。第一第二第三名是指按照同源性由高到低的排列,在比较所有核酸文库里面的序列后得出的同源性排名。所有做分子生物的都应该会这种分析,可以直接去NCBI复核。

南京病毒由位于江苏南京的解放军南京军区军事医学研究所发表
送交者: pifu01 2020年01月25日23:42:37 于 [茗香茶语] 发送悄悄话

武汉病毒与03年的SARS病毒同源性只有60-70%。与解放
送交者: pifu01 2020月01月25日23:38:22 于 [茗香茶语] 发送悄悄话

回  答: ZT 中疾控主任高福团队披露病毒发现过程 由 王福贵 于 2020-01-25 23:18:26

军研究所(我管它叫南京病毒)研究的舟山蝙蝠病毒同源性我已经po出来了。异乎寻常地高。舟山蝙蝠病毒(就是南京病毒)的研究单位是下面这个。你们自己翻译。这也是为何俺叫它南京病毒。

Institute of Military Medicine Nanjing Command, Nanjing, Institute of Military Medicine Nanjing Command, Nanjing, NO. 293 East Zhongshan Road, Nanjing, JangSu 210002, China

补充说明。其余的俺跟你们一样啥都不知道!


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