“德国之声”报道， 马英九在其个人脸书账号上发文指出，陆委会原先已经出台了政策，允许"未成年"、"大陆亲人无能力照顾" 且"父母皆在台湾者"的陆配子女可专案申请来台，"不过在蔡总统指示检讨后，随即撤回这项方案"。
颁布此项规定的台湾卫福部部长、疫情指挥中心指挥官陈时中表示，当初陆配替子女选择国籍时，如果"没有选择台湾，就要自己承担"。马英九对此批评说，台湾人与陆配在大陆地区所生子女，远比与其他外国籍人士所生的子女更难于获得中华民国国籍。"并非他们不选择台湾，而是即便已经选择入籍，还必须经过漫长的等待。"
马英九指责蔡英文"一声令下，就让这些已选择台湾、已生活在台湾、却还没等到国籍者无法回台与家人团聚。"他援引《儿童权利公约施行法》指出，"不可因为儿童或父母的国籍、族裔、社会背景不同，使其权利受到歧视；应确保不违背儿童父母的意愿而使儿童与父母分离；儿童或其父母为团聚而请求入境或出境时，政府又义务依该法规定，秉持人道积极迅速处理。"这位台湾前总统因此批评蔡英文政府的部分行为与该法律精神背道而驰，"让我们忧心人道精神不彰，人权爆照倒退。"他呼吁蔡英文"在周全的检疫配套措施下，对于入境人员的管制，能采行更符合人权及人道的做法"，"难道这些父母不在身边的台湾之子，不是台湾的一份子吗？""不要让民粹碾压人道、歧视凌驾人道。"台湾总统府发言人丁允恭也很快对马英九的言论进行了回应，强调这是"因应疫情的暂时性措施，以降低人员流动风险、确保国民健康，更没有所谓的歧视。"除了出台政策，暂时禁止陆配非台籍子女入境，台湾最近出台的其他针对大陆的防疫措施还包括暂停"大三通"、"小三通"。目前，两岸之间的海运客船航线已经全面停驶，空运航班也在疫情冲击下只保留北京、上海、厦门、成都四座城市的赴台航线。
