武汉病毒在NCBI核酸文库里面有两个submission, 由复旦大学的同一批人提交，
第一次在1月17号（ACCESSION   NC_045512），第二次在1月23号（ACCESSION   MN908947）。两次提交的是同一个病毒序列，

按序列来：

1.      orf1ab polyprotein/protein_id="QHD43415.1", 最长，7092aa,与南京病毒同源率：95.5% （南京病毒acc ID: AVP78030.1, AVP78041.1）第二名：87.27%               AID16715.1，来自北京动物所2016年的研究。

2.      Gene S/surface glycoprotein/protein_id="QHD43416.1", 1273 aa, 与南京病毒同源性80.3%。 第二名也是南京病毒：80.32%         ，AVP78042.1。第三名：77.07%，            ATO98205.1， 2017年武汉病毒所。

3.      ORF3a protein/protein_id="QHD43417.1"， 275aa, 与南京病毒同源性92.00%               AVP78043.1； 第二名：

4.      Gene E/envelope protein/protein_id="QHD43418.1", 75aa, 与南京病毒同源性100.00%，          AVP78033.1。第二至五名： 94.74%      APO40581.1等，国内外发各单位发的文章7-8篇。

5.      Gene M/membrane glycoprotein/protein_id="QHD43419.1", 222aa, 与南京病毒同源性98.65%      AVP78034.1。  同源性第二名：91.44%                AIA62323.1， 北京某所

6.      ORF6 protein/protein_id="QHD43420.1", 61aa, 与南京病毒同源性93.44%， AVP78035.1, 第二名：73.77%    AGZ48837.1，是武汉病毒所2013年鉴定上次sars源的文章。

7.      ORF7a protein/protein_id="QHD43421.1"， 121 aa, 与南京病毒同源性88%， 第二名：88.5%， 源自北京动物所对上次SARS的研究。

8.      ORF8 protein/protein_id="QHD43422.1"， 121aa, 与南京病毒同源性94.21%     AVP78037.1， 同源性第二名：57.85%  AHX37565.1， 来自长春某军事研究所2014年。

9.      Gene N/nucleocapsid phosphoprotein/protein_id="QHD43423.2", 419 amino acid, 全长相同，94.3% match 南京病毒蛋白ID:AVP78038 （后者：南京，2018年1月5号递交，作者：Hu.  nucleocapsid protein [Bat SARS-like coronavirus]

10.   ORF10 protein/protein_id="QHI42199.1", 长度38aa， 未发现任何蛋白有同源性。

以上为各蛋白的同源性。武汉病毒与南京病毒（accession ID:MG772933, 29802 bp）
全长核酸同源性88%（蛋白同源性比核酸同源性高，未全序列计算）， 下一个最类似的病毒是武汉病毒所2017年送交的一个病毒序列（acc ID: KY417146, 29782 bp）， 全长核酸同源性为80.7%。

RNA病毒变异性较高，时间点越接近的病源体同源性应该较高。
结论：武汉病毒与南京病毒有异乎寻常的极高同源性。是否同一株病毒的快速变异不好说，
俺不是病毒学家。那些做RNA病毒变异的学者应该能够计算出来。