主要功过
推动种族平等
经过50年代黑人运动的发展，到了肯尼迪时代黑人已经取得了一些权益，但种族歧视依然严重。作为一个在选举过程中得到了很多黑人选票的总统，他一上任就开始着手解决黑人问题。但刚开始的都是一些由行政部门主导的象征性的措施，比如在总统就职典礼上，肯尼迪发现海岸警卫队里没有黑人，就下令他们取消“只收白人”的规定。它还指示国防部长增加仪仗队中黑人的比例，但对国民警卫队中实际存在的种族歧视问题，却未敢采取行动。同时肯尼迪还在政府中任命了一批黑人，比如住房建筑与房屋财政署长罗伯特.韦佛，副新闻秘书长安德鲁.哈彻以及上诉法院法官瑟古德.马歇尔等，但负责处理种族关系的关键部门官员仍由白人担任。
它还任命副总统林登.约翰逊担任就业机会均等委员会主席，以增加他的权威性，但实际上这个委员会建树很少。特别是黑人感到失望的是，肯尼迪没有按照黑人领袖的请求在解放黑奴宣言发表100周年纪念日上公布一项内容广泛的民权问题总统命令；而对于在竞选时承诺的“大笔一挥”解决住房方面的种族歧视问题，则一直拖到了1962年，于是黑人民权活动分子给白宫寄去大量的钢笔和墨水以示讽刺。
这不是说肯尼迪没有解决黑人问题的意愿，而是作为一个政治家他知道美国的种族歧视是很多白人的集体意志，不能一夜之间解决。比如在1957年的小石城事件中，当事黑人学生回忆道：“一个看起来很慈祥的老女人也在白人抗议队伍中向他吐口水。”白人反对黑人学生入校不是具体憎恨某个黑人，而是基于一种根深蒂固的宗教上观念，当时白人抗议的牌子上写的标语有“人种混合是共产主义“，”反对反基督行为之人种混合“等。所以司法部长，总统的弟弟罗伯特.肯尼迪在最初的种族问题上采取了温和的态度，并表态不能像小石城事件那样动用联邦军队去解决问题。
温和的态度也是为了考虑白人的立场，毕竟他们是美国社会的主体，但白人种族主义者对此并不领情。各民权组织在1961年春发起了“自由乘客“运动，黑人和白人可以混坐汽车。但在5月14日，有自由乘客在阿拉巴马州遭到殴打，汽车被烧毁； 5月20日蒙哥马利市有发生了殴打自由乘客的事件，当时正在执行任务的司法部长行政助理约翰.西根索尔也被打伤。总统和司法部长要求阿巴拉马州长维持秩序，但州长对此要求置之不理，并说：“阿巴拉马不是刚果。”无奈之下司法部长请求法院发布命令，要求蒙哥马利市警察局保护自由乘客，并派遣几百名联邦执法官去制止暴力事件。
1962年密西西比州的梅雷迪斯事件中，州立大学两次拒绝黑人詹姆斯.梅雷迪斯入学申请，于是他向联邦地区法院控告该校种族歧视并获得司法部的支持。但当联邦执法官和司法部检查人员陪同梅雷迪斯到密西西比大学时，州长罗斯.巴特尼却向他宣读了拒绝接收他入学的报告。9月30日，总统命令500名联邦执法官陪同梅雷迪斯入学报到，并调集联邦军队作为震慑。当天晚上种族主义者对联邦执法官发动袭击，甚至动用步枪，直到第二天清晨联邦军队赶到才平息事件。骚乱中70人受伤，2人死亡，其中一名是法国记者。这是一个小石城事件的升级，也违背了不动用联邦军队解决种族问题的承诺。这件事情使肯尼迪有所震动，但他依然没有放弃通过行政手段化解问题的努力，而促使他决定从立法层面改善种族状况的是伯明翰黑人示威。
伯明翰是美国种族隔离最严重的城市，那里的饮水机，浴室，更衣室服装店，必须按种族区分。尽管自由乘客已经受到政府支持，伯明翰的私营的巴士公司，救护车，警车，电梯，影院，公园，牢房，医院，酒店，和墓地都延续了种族隔离；黑人仍不允许参与一些游戏比如打牌，跳棋，掷骰子；公共图书馆也只对白人开放。黑人在1963年市长选举之后进行了一系列的抗议示威活动，当地警方逮捕了大批黑人，包括马丁.路德.金。马丁.路德.金被保释后，又有数千人走上街头进行示威。5月3日，伯明翰警察局长尤金.公牛.康纳授权警察使用暴力驱赶和逮捕示威者，甚至动用了装甲车，有些黑人被迫使用瓶子回击。
伯明翰事件中黑人突破了“非暴力“的界限，也在国际上引起了强烈反响，许多国家头条新闻都着意渲染警察的残暴行径。也使肯尼迪看到了黑人运动的力量，他担心暴力事件将会使政府失去对民权运动的控制，于是改变了仅通过行政部门缓解问题的策略，开始着手从立法层面解决民权问题。
而阿巴拉马州的一个事件给了他宣布这个决策的机会，时任阿巴拉马州长乔治.华莱士声称：“我将亲临校门，禁止任何黑人进入。”肯尼迪警告无效后，将阿巴拉马州部分国民警卫队置于联邦管辖，迫使州长放弃这个企图。然后在电视演讲中宣称：“我们这个国家和民族面临着一场道义危机，这不能使用警察的镇压行动，街头示威去解决，也不能仅使用象征性的行动和言论来平息...”在随后的咨文中肯尼迪谈到要向国会送交新的民权法案，新法案在1963年6月提出，规定因种族、肤色、宗教信仰、性别或来源国而有的歧视性行为均属非法；并禁止了公民投票中的不平等待遇以及在学校、工作场所和公共空间中的种族隔离；在黑人学生或家长担心报复而不去抵制歧视时，法案授权司法部门主动发起诉讼。1963年民权法案是战后美国提出的范围最广，内容最自由主义化的立法建议，受到民权运动和自由派的广泛支持。虽然当时因为议会阻挠没有通过，但为1964年民权法案的通过奠定了基础。
作为对此法案的声援，1963年8月28日，20万黑人和支持民权运动的白人在华盛顿举行和平示威，期间小马丁.路德.金发表了“我有一个梦想”的著名演说。肯尼迪总统赞扬了这次示威活动的克制和井然有序，此时他已经由一个民权运动的接受者转变为支持者。
