朱棣入京後，立即揭榜（懸賞捉拿）黃子澄、齊秦、方孝孺、鐵鉉等建文帝臣子數十人，並清宮三日，誅殺宮人、女官以及內官無數，只留下一幫曾向他通過風報過信的沒老二太監。他又遷建文帝母親於懿文陵幽禁，殺掉建文帝三個兄弟。建文帝七歲太子朱文奎於亂中“不知所終”，肯定是被朱棣殺掉。另外的小兒子朱文圭當時才兩歲，還在懷抱之中，朱棣先把這個小孩幽閉於廣安宮，後來不知所終，想必也是被朱棣派人弄死以絕後患。

　　朱棣派人撲滅皇宮大火後，首先做的就是召文學博士方孝孺來起草自己的繼位詔書。

　　方孝孺乃建文帝耿耿忠臣，身穿衰白衣大哭於闕下。朱棣召其入殿，方孝孺也不施禮，依舊嚎哭不已。

　　朱棣勸說方孝孺：“我是效法周公輔佐成王啊。”

　　方孝孺止住哭聲，厲聲反問：“成王安在？”

　　“他自焚而死！”朱棣答道。

　　方孝孺又問：“何不立成王之子？”

　　朱棣回答：“國賴長君。”（意指他自己）

　　方孝孺咄咄逼人，“何不立成王之弟？”（意思是建文帝幾個弟弟都已成年），朱棣不得已，親自下殿走到方孝孺面前，苦笑着說：“這些都是朕的家事啊，先生你不要為這些事費神。”

　　左右遞過紙筆，朱棣說：“詔天下，非先生不可。”

　　方孝孺奪過詔紙，在上亂批數字，擲筆於地，邊哭邊罵道：“死即死耳，詔不可草！”

　　朱棣怒急，大聲叫道：“怎能讓你痛快一死，即死，難道你不怕我誅你九族嗎？”

　　方孝孺大喝：“便誅十族又奈我何！”

　　此時，朱棣已皇位在座，頓呈殘暴本性。他命衛士用大刀把方孝孺嘴唇割開，一直劃裂到耳邊。然後，命人逮捕其九族親眷外加學生，湊成十族，共八百七十三人，依次碎剮殺戮於方孝孺面前。方孝孺忍淚不顧，最後被凌遲於聚寶門外，時年四十六。

　　孝孺臨刑前做絕命詩，曰：“天降亂離兮孰知其尤，奸臣得計兮謀國用猶。忠臣發憤兮血淚交流，以此殉君兮抑又何求。嗚呼哀哉，庶不我尤！”

　　建文帝兵部尚書鐵鉉被逮至京。朱棣坐於御座，鐵鉉背立殿庭，至死不轉身面對朱棣。朱棣派人割掉鐵鉉耳鼻，在熱鍋中燒熟，然後硬塞入這位忠臣口中，問：“此肉甘甜否？”鐵鉉厲聲回答：“忠臣孝子之肉，有何不甘！”於是朱棣下令寸磔鐵鉉，這位忠臣至死罵不絕口。怨恨之下，朱棣又把鐵鉉八十多歲的老父老母投放海南做苦役，虐殺其十來歲的兩個兒子，並硬逼鐵鉉妻子楊氏和兩個女兒入教坊司充當妓女，任由兵士蹂躪。

　　對建文帝刑部尚書暴昭，由於陛見抗罵，朱棣先去其齒，次斷手足，以刀慢割脖項而死。

　　對禮部尚書陳迪，由於責問不屈，朱棣命衛士綁送他及其六個兒子一起至刑場凌遲。朱棣又先派人割下陳迪兒子陳鳳山的鼻子和舌頭，塞進這位忠臣嘴裡逼他下咽。陳迪雖為文士，至死不屈，怒罵而死。

　　對建文帝右副御史練子寧，也因殿上怒罵，朱棣命人先割掉其舌，此後寸磔而死，其宗族被殺者一百五十一人。

　　對建文帝兵部尚書齊秦，也是因其不屈，送刑場凌遲；對太常卿黃子澄，也赤其三族，凌遲處死。

　　對建文帝監察御史高翔，因其喪服入見，朱棣命衛士殺之於殿上，沒產誅族，又掘發高氏宗族墓地，焚骨拋屍，交雜狗骨馬骨四散丟棄。

　　對建文帝監察御史王度，宗人府經歷宋征、監察御史丁志、監察御史巨敬，朱棣皆施以族誅之刑。

　　建文帝大理寺丞劉端棄官逃去，被抓入殿。朱棣問：“練子寧、方孝孺是什麼樣的人？”

　　劉端笑答：“忠臣也！”

　　朱棣問：“汝逃，忠乎？”

　　劉端回答：“存身以圖報耳！”

　　朱棣狼性大發，命人用刀割去劉端耳鼻，獰笑着問滿頭血污的劉端：“作如此面目，還成人否？”

　　劉端罵道：“我猶有忠臣孝子面目，九泉之下也有面目去見皇祖！”

　　朱棣狂怒，親手用棍棒把劉端捶擊而死。

　　除了多位建文帝忠臣自己或全家自殺外，朱棣虐殺建文帝忠臣及其家屬共一萬多人。歷朝歷代異姓相伐相殺，從未有這樣慘屠對方官吏臣下的舉動。因此，清初史家谷應泰這樣嘆道：

　　“嗟乎！暴秦之法，罪止三族；強漢之律，不過五宗……世謂天道好還，而人命至重，遂可滅絕至此乎！”

　　話說回來，對建文忠臣殺則殺耳，殺之可成其千秋萬世之名。王朝皇族更迭，誅殺前臣也不算太過分的罪行。“古者但有刑誅，從無玷染。”而朱棣秉承朱元璋老混蛋血脈中淫暴兇殘的因子，把多位忠臣孝子的大好清白妻女送入教坊司（公家妓院）做性奴，每天受二十多精壯漢子輪姦，生下男丁當家奴，生下女孩長大後接着做妓女，死後便“着抬出城門餵狗吃了”……——“此忠臣義士尤所為直發衝冠，椎胸而雪涕者也！”（谷應泰語）

　　直到二十二年後，朱棣兒子明仁宗朱高熾繼位，才下詔稱：“建文諸臣家屬在教坊司、錦衣衛、浣衣局及習匠、功臣家為奴者，悉宥為民。”

　　建文帝忠臣惟一善終者，只有魏國公徐輝祖一人。朱棣召見，徐輝祖不出一語。由於他是功臣徐達之子，家有免死的誓書鐵券，其弟徐增壽又因想投降朱棣被建文帝殺掉，朱棣才免其一死，革其祿米，把他一直軟禁在家。

　　殘暴如此，坐穩龍椅後的朱棣很想又換張臉皮以“仁德”形象留諸後世。特別可笑的是，永樂二十二年的甲辰科舉考試，本來第一名狀元是孫日恭。考試官員最後把錄取名單呈給朱棣過目，這位流氓皇帝一反常態，細細研讀，竟咬文嚼字起來：“孫日恭第一名，不行！日恭兩字合起來就是‘暴’。（古文是豎版，所以兩個字看上去就是“暴”字）朕一向以仁心為本，平生最惡殘暴苛刑，隱暴於名的人斷斷不能為我大明狀元。”老混蛋批來批去，從三甲之中點了一個名叫邢寬的人為狀元。邢寬，乃“刑寬”的諧音，以此來顯示永樂皇帝治下輕刑薄賦、仁德四海的“太平景象”。動輒誅臣下“十族”、殺人過萬眼都不眨、處心積慮把忠臣妻女送入窯子每日定量供人輪姦的凶戾變態之人，臨老又忽然變成似乎連只螞蟻都不願踩死，連一“暴”字都堵心礙眼的“仁德”之人，不得又讓人佩服職業統治者的演戲才能，已臻乎爐火純青之境。