揚州失陷，史可法殉難的消息傳到南京，弘光朝頓時陷入恐慌之中。五月初五日，清軍進抵長江北岸，初九日，多鐸命令漢軍正藍旗人梅勒章京李率泰帶領南明降將張天祿，楊承祖等部在瓜州以西十五里處乘船渡江，在金山擊敗明防江水師鄭鴻逵（鄭成功叔父）軍，隨即登上南岸，占領鎮江。次日，大驚失措的弘光帝和馬士英帶領少數宦官，不告而別朝廷其他公卿大臣，不做任何部署，於凌晨時分倉皇棄城出逃。

天亮之後，南京城內的官紳軍民傳聞皇帝和首席大學士已經棄城逃走，立即亂做一團。混亂之中，南京守備勛臣趙之龍為首的勛戚大臣決定降清，派人前往清營接洽。十五日，多鐸率清軍主力到達南京城外，趙之龍，朱國弼同魏國公徐久爵（開國功臣徐達後人），隆平後張拱日，大學士王鐸，禮部尚書錢謙益等三十餘名高官顯貴大開城門，出迎於郊。清兵進城搜索警戒後，十七日多鐸進入南京城，把城中東，北兩區漢族居民盡行驅出，供清軍居住。

弘光帝朱由菘和馬士英於五月初十日夜間逃出南京城，原本打算避往浙江杭州，但經過溧水縣時遭遇當地士兵攔截搶掠，混亂之中，馬士英的兒子馬鑾帶領勇衛營擁簇着弘光帝經太平府轉入蕪湖投靠靖國公黃得功。馬士英則以隨身兵力護衛皇太后鄒氏輾轉赴杭州。

黃得功對京城的變故完全不知曉，見皇帝突然駕到，大為吃驚，問明情況，意識到朱由菘張皇失措已經無可救藥，但仍然決定效忠到底，把這位如同驚弓之鳥的皇帝迎接進自己的軍營。

清軍統帥多鐸得知弘光帝出逃，進南京後立即命令剛剛投降的“四鎮”之一劉良佐率領部卒充當嚮導，派多羅貝勒尼堪，護軍統領圖賴等人領兵經太平追至蕪湖。劉良佐現身說法暗中勸降黃得功部下將領田雄，馬得功向清廷投降。黃得功不知情，把劉良佐派來勸降的使者斬首，引兵出戰。叛軍乘黃得功不備之時，暗中突發一箭，射中黃得功喉部，黃得功自刎而死。弘光帝被已降清廷的黃得功部將田雄，馬得功等人活捉獻給清方。據記載，當時田雄背着弘光帝，馬得功捉住弘光帝兩隻腳，弘光帝號啕大哭，哀求二人，田，馬二人回答，“事關我們的功名，不能放了你。”弘光帝憤恨不已，咬田雄的後脖，田雄被咬出血，染紅了衣服。弘光帝被俘後，被塞入沒有門帘遮擋的小轎之中載入城去，頭上包着布，沿路觀看的百姓頓足唾罵，有的向他投擲瓦礫。

弘光朝建國後的整整一年裡，正處於內憂外患日益加深之際，君臣上下有可為之事而不作為，朝野人士不僅沒有因為北都的覆亡而振作起來，反而在腐敗，內訌，爭權奪利上變本加厲，腐朽程度遠遠超過崇禎時期。朱由菘昏庸荒淫，作為皇帝自然逃脫不了主要責任，但弘光朝廷繼承的是黨爭，腐敗，武將跋扈，忙於權力的再分配導致的內耗才是弘光朝廷土崩瓦解的主要原因。（待續）