“德國之聲”報道， 馬英九在其個人臉書賬號上發文指出，陸委會原先已經出台了政策，允許"未成年"、"大陸親人無能力照顧" 且"父母皆在台灣者"的陸配子女可專案申請來台，"不過在蔡總統指示檢討後，隨即撤回這項方案"。
頒布此項規定的台灣衛福部部長、疫情指揮中心指揮官陳時中表示，當初陸配替子女選擇國籍時，如果"沒有選擇台灣，就要自己承擔"。馬英九對此批評說，台灣人與陸配在大陸地區所生子女，遠比與其他外國籍人士所生的子女更難於獲得中華民國國籍。"並非他們不選擇台灣，而是即便已經選擇入籍，還必須經過漫長的等待。"
馬英九指責蔡英文"一聲令下，就讓這些已選擇台灣、已生活在台灣、卻還沒等到國籍者無法回台與家人團聚。"他援引《兒童權利公約施行法》指出，"不可因為兒童或父母的國籍、族裔、社會背景不同，使其權利受到歧視；應確保不違背兒童父母的意願而使兒童與父母分離；兒童或其父母為團聚而請求入境或出境時，政府又義務依該法規定，秉持人道積極迅速處理。"這位台灣前總統因此批評蔡英文政府的部分行為與該法律精神背道而馳，"讓我們憂心人道精神不彰，人權爆照倒退。"他呼籲蔡英文"在周全的檢疫配套措施下，對於入境人員的管制，能採行更符合人權及人道的做法"，"難道這些父母不在身邊的台灣之子，不是台灣的一份子嗎？""不要讓民粹碾壓人道、歧視凌駕人道。"台灣總統府發言人丁允恭也很快對馬英九的言論進行了回應，強調這是"因應疫情的暫時性措施，以降低人員流動風險、確保國民健康，更沒有所謂的歧視。"除了出台政策，暫時禁止陸配非台籍子女入境，台灣最近出台的其他針對大陸的防疫措施還包括暫停"大三通"、"小三通"。目前，兩岸之間的海運客船航線已經全面停駛，空運航班也在疫情衝擊下只保留北京、上海、廈門、成都四座城市的赴台航線。
