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連繫新冠病毒與Ralph S. Baric的雙紐帶(中)
送交者: 苦難與榮耀 2021年10月02日22:36:09 於 [天下論壇] 發送悄悄話


人們等待着“科學權威”提供現成的答案,然而,“科學權威”們要麼在沉默,要麼在撒謊。

本文接續:連繫新冠病毒與Ralph S. Baric的雙紐帶(上)

新冠病毒RBD決定ACE2結合能力,決定細胞進入(感染)能力,決定宿主範圍的五個關鍵氨基酸是人為設計出來的,有人參照WIV1病毒的關鍵氨基酸,通過氨基酸重用和等價、等效替代,設計出了新冠病毒的關鍵氨基酸。人為設計的新冠病毒的關鍵氨基酸,與WIV1(rs3367)的關鍵氨基酸不僅高度關聯,而且高度等價、等效。新冠病毒與WIV1(rs3367)病毒關鍵氨基酸的高度等價、等效性導致了以下三項貌似“巧合”的產生:
1)新冠病毒、WIV1(rs3367)病毒的跨物種感染能力都極其強大,難分伯仲。
2)新冠病毒、WIV1(rs3367)病毒不僅都具有極其廣泛的宿主範圍,而且它們的宿主範圍還高度雷同(重合)。
3)新冠病毒、WIV1(rs3367)病毒的刺突蛋白都極其適合結合hACE2(human ACE2)。

前二項“巧合”在上一篇文章中已經作過詳細說明。第3)項巧合的依據如下:
a)本文論文A-2(見後)以轉基因小鼠(mACE2轉基因為hACE2的小鼠)體內實驗證明了WIV1病毒刺突蛋白的強大hACE2結合能力;
b)澳大利亞弗林德斯大學2021年6月24日正式發表於Nature Science的論文以模擬實驗證明:
在14個研究物種中,與新冠病毒刺突蛋白結合能力最強的物種ACE2,就是hACE2。
https://www.nature.com/articles/s41598-021-92388-5

除上述三項巧合外,還有第四項“巧合”:新冠病毒、WIV1病毒都具有泛組織、器官感染能力。這一“巧合”的首因當然是ACE2的泛組織、器官存在性;但它很可能也與新冠病毒RBD關鍵氨基酸的人為設計有關,因為這一設計賦予了新冠病毒強大的hACE2結合能力,使它能夠非常高效有力地結合人體各處的ACE2,非常高效有力地感染人體的各個組織、器官。

誰參照WIV1(rs3367)病毒,重用、替代其關鍵氨基酸,設計出了新冠病毒的關鍵氨基酸?

有沒有什麼人對WIV1(rs3367)病毒、對關鍵氨基酸,都做過深入的研究?

五個條件,Ralph S. Baric團隊 vs 石正麗團隊

有人對WIV1(rs3367)病毒,對冠狀病毒RBD的關鍵氨基酸都做過深入的研究,並符合以下五個條件:

1)反覆、深入研究過WIV1(rs3367);
2)“無數次”研究過冠狀病毒RBD的關鍵氨基酸;
3)有着長期的,極為豐富的病毒改造、合成經驗,功能增益研究經驗,無數次人工合成自然病毒(克隆)、常規改造病毒、功能增益性改造病毒;
4)多次對關鍵氨基酸進行改造、替代,改造、培育出過多種可跨物種傳播(如可感染人類和靈長類動物)的冠狀病毒;
5)曾以WIV1(rs3367)為原材料,改造出有人類致病能力的危險病毒。

這個人是誰?就是Ralph S. Baric。Ralph S. Baric或其團隊應該是唯一同時符合以上五個條件的人或團隊。

Ralph S. Baric熱衷於對冠狀病毒進行功能增益性改造研究和實驗,其理由是,功能增益研究、實驗是在模擬病毒的自然突變,可以預測、預警未來可能出現的危險病毒,並提前研究、預備治療手段。然而,功能增益研究、實驗存在如下致命問題:冠狀病毒自然演化史上從未出現過的高危突變,自然條件下再過一億年也不會發生的高危突變(如將非冠狀病毒的結構、功能嫁接、移植給冠狀病毒),在實驗室條件下幾周甚至幾天就可以設計、實現出來;功能增益性研究能夠迅速、快捷地設計出無數一億年也不會發生,甚至永遠不會發生的自然突變,創造出無數可能永遠不會自然產生的高危病毒,一旦它們中的任何一個從實驗室意外溢出,或被人為地投放,就將給人類帶來重大災難。

WIV1、rs3367都是石正麗團隊發現的,石正麗團隊也多次研究過這兩個病毒;而且,在SARS病毒溯源、蝙蝠冠狀病毒跨物種傳播研究中,石正麗團隊也不只一次研究過冠狀病毒的關鍵氨基酸。上述五個條件,石正麗團隊是不是也符合?並不符合,具體原因如下:

1)石正麗團隊的研究與Ralph S. Baric團隊的研究有着本質的區別。
石正麗團隊在發現、認知、解讀天然蝙蝠冠狀病毒既有的結構、既有的功能、既有的特性,包括跨物種感染、傳播特性;而Ralph S. Baric團隊則在每每製造蝙蝠冠狀病毒及其它動物冠狀病毒(如果子狸冠狀病毒)的人為突變,人為增益、賦予冠狀病毒新結構、新特性、新功能。
石正麗團隊在各論文中所做的病毒改造都是常規改造,無一是功能增益改造;而Ralph S. Baric團隊則對冠狀病毒實施過大量的功能增益性改造,製造或培育出過多種有人類致病力的冠狀病毒,及宿主更廣的可跨物種傳播的冠狀病毒。

註:改造病毒是病毒研究的家常便飯和必要手段,在病毒研究中無可避免地需要對病毒進行常規改造,例如:製作危險病毒的去毒性假病毒需要改造、加工病毒;製造某些疫苗如腺病毒載體疫苗需要改造、加工病毒;將綠色熒光蛋白GFP(Green fluorescent protein)或紅色熒光蛋白RFP嵌入到病毒中以便觀察實驗現象需要改造病毒;研究某個蛋白的功能時,需要從病毒中去除該蛋白或以其它蛋白替換該蛋白,通過對比改造前後病毒功能的變化來推斷原蛋白的功能。

2)相比Ralph S. Baric團隊,石正麗團隊對關鍵氨基酸的研究有限得多,粗淺得多。

3)石正麗團隊的功能增益研究、病毒功能增益改造經驗為0。在病毒研究中,石正麗團隊當然也需要對病毒進行常規改造,但他們沒有對病毒實施過任何功能增益性改造,論文記錄、文獻記錄表明,石正麗團隊從未發表過功能增益研究論文,從未改造出過有人類致病能力的病毒,從未改造出過感染能力更強或宿主範圍更廣的病毒。

4)在冠狀病毒關鍵氨基酸相關的研究中,石正麗團隊沒有製造過可跨物種傳播的病毒,沒有製造過可感染人類和靈長類動物的病毒。

5)石正麗團隊從未將WIV1(rs3367)用於功能增益研究,從未以WIV1為原材料製造有人類致病能力的病毒。

Ralph S. Baric(團隊)對WIV1(rs3367)的研究

Ralph S. Baric團隊對跨物種感染能力極其強大的WIV1(rs3367)非常關注,2015年到2018年這四年間,該團隊至少在4篇論文中研究了WIV1(rs3367),其中兩篇論文是專門研究WIV1(rs3367)。

論文A-1

2015年11月9日,Ralph S. Baric團隊在《自然醫學》(Nature Medicine)雜誌發表了著名的嵌合病毒論文:A SARS-like cluster of circulating bat coronaviruses shows potential for human emergence(一個類似SARS的蝙蝠冠狀病毒群顯示了產生人類流行疫情的潛力)
https://www.nature.com/articles/nm.3985

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我已經無數次介紹、提及過這篇論文。Ralph S. Baric是論文的兩個通訊作者之一,另一通訊作者是論文的第一作者Vineet D. Menachery(維內特·德梅納赫里),此人是Ralph S. Baric團隊的重要人物,是該團隊多篇論文的第一作者。

論文用SHC014(即rsSHC014)病毒的刺突蛋白和SARS-CoV-MA15病毒的骨幹製造了一種高度危險的嵌合病毒SHC014-MA15(製造此類嵌合病毒都是首先設計嵌合的基因序列,而後基於設計好的基因序列,使用反向遺傳系統合成嵌合病毒);
SHC014-MA15可使實驗小鼠發病、體重大幅下降並死亡;
SHC014-MA15還能感染Vero E6細胞(非洲綠猴腎細胞系細胞)、人類氣道上皮細胞(HAE細胞),在組織細胞內大量複製,複製滴度與SARS病毒感染相當;
SARS單克隆抗體和SARS疫苗都不能有效治療SHC014-MA15的感染。

SARS-CoV-MA15是Ralph S. Baric團隊在實驗室環境下反覆傳代培育出的SARS病毒小鼠適應性變異體。

這篇論文的病毒主角是SHC014,WIV1在論文中是SHC014的對照病毒。論文指出:在刺突蛋白RBD決定ACE2結合能力、細胞進入能力及宿主範圍的5個關鍵氨基酸(殘基)中,WIV1病毒與SARS病毒雖然有三個關鍵氨基酸(1、2、4)不同,但其刺突蛋白仍能與hACE2(human ACE2)有效結合,與SARS一樣,WIV1也具有人類細胞進入(感染)能力。
註:這一事實說明,與hACE2適配的關鍵氨基酸組合是不唯一的。

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WIV1、SARS關鍵氨基酸對照表。二者的第3、5關鍵氨基酸相同,第1、2、4關鍵氨基酸不同。

WIV1具有人類細胞進入能力,其刺突蛋白可結合hACE2,這是石正麗團隊2013年10月30日的nature論文已得出的結論,上述論文內容引用了這一結論。
https://www.nature.com/articles/nature12711

論文接着指出,相比WIV1,SHC014的關鍵氨基酸與SARS差異更大,無一相同。

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SHC014、SARS關鍵氨基酸對照表。它們的5個關鍵氨基酸無一相同。

那麼,SHC014的刺突蛋白能否結合hACE2?SHC014是否具有人類細胞進入能力呢?這是2015年論文要解決的核心問題之一。

上述問題是如何解決的?Baric等人用SHC014的刺突蛋白、SARS-CoV-MA15的骨幹構建了嵌合病毒SHC014-MA15,通過SHC014-MA15對人氣道上皮組織樣本的感染實驗證明,SHC014的刺突蛋白也能有效結合hACE2,進而間接證明,SHC014與WIV1一樣,也是具有人體細胞進入(感染)能力的特殊蝙蝠冠狀病毒。
註:SHC014也和WIV1一樣,能進入(感染)人體細胞,但不會使人體產生疾病症狀。

論文A-1是一篇功能增益研究論文,它以有人類感染能力,但無人類致病能力的SHC014病毒為原材料之一,改造出了有人類感染能力和高度致病危險(致病能力未經靈長類動物實驗證實),在人體細胞中的感染、複製能力與SARS相當的高危病毒SHC014-MA15。

論文A-2

2016年3月14日,Ralph S. Baric團隊在PNAS(美國國家科學院院刊)發表了如下論文:SARS-like WIV1-CoV poised for human emergence(類SARS冠狀病毒WIV1-CoV對人類有潛在威脅)
https://www.pnas.org/content/113/11/3048

Ralph S. Baric仍是論文的通訊作者。

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論文A-1中的對照病毒WIV1在這篇論文中晉升為病毒主角。論文有如下要點:
1)以WIV1刺突蛋白的基因序列替換SARS-CoV-MA15刺突蛋白的基因序列,設計了一個嵌合的基因序列,而後使用反向遺傳平台,基於嵌合的基因序列,合成了嵌合病毒WIV1-MA15。合成WIV1-MA15、SHC014-MA15的原理、方法完全相同,區別只是換了一種刺突蛋白。

2)還使用反向遺傳平台,基於WIV1的基因序列,合成了WIV1的病毒克隆,論文稱之為WIV1-CoV。

3)小鼠體內實驗證明,WIV1-MA15能有效感染實驗小鼠,並能在小鼠氣道和肺中複製;但與SAR-CoV的小鼠適應性變異體SARS-CoV-MA15相比,WIV1-MA15在小鼠肺中的複製滴度低10~100倍。

4)體外細胞實驗證明,WIV1-MA15能強烈感染靈長類動物的Vero E6細胞(非洲綠猴腎細胞),強烈感染人氣道上皮細胞(HAE細胞),它在這兩種細胞中的複製滴度與SARS-CoV流行病毒株相當(SHC014-MA15亦是如此)。
體內實驗、體外實驗表明,人工改造病毒WIV1-MA15具有跨物種感染、傳播能力,且其對人類、靈長類細胞的感染、複製能力與SARS病毒相當。
註:因為繼承了WIV1的刺突蛋白,因此,WIV1-MA15也繼承了WIV1強大的的跨物種感染能力,其跨物種感染、傳播能力應該不遜色於新冠病毒。

5)實驗證明,WIV1-MA15對普通實驗小鼠的致病力明顯弱於SARS-CoV-MA15,它只能使年輕的小鼠(10周齡)產生有限的疾病,不會使其體重顯著下降(超過10%),更不會使其致死。

6)設計、培育了一種轉基因小鼠,其肺、腦、肝、腎和胃腸道等部位的ACE2被轉基因為hACE2。

7)如果將實驗小鼠換成上述轉基因小鼠,那麼WIV1-MA15,甚至WIV-CoV自身的感染、複製能力、致病能力都將顯著增強。相比普通小鼠,WIV1-MA15、WIV1-CoV在轉基因小鼠細胞中的複製滴度提高了100倍;部分10-20周齡的被感染轉基因小鼠體重減輕超過10%,這些小鼠還因病毒在大腦中的強勁複製而患上了腦炎。
註:這一實驗結果表明,WIV1的刺突蛋白更適合結合hACE2,WIV1更適合感染人類細胞,在這兩項特徵上,新冠病毒與WIV1病毒完全一致;WIV1與新冠的區別是,它的病毒骨架沒有人類毒性(致病力),它能感染人體細胞,但不能使人體發病。

8)實驗證明,SARS單克隆抗體可有效治療WIV1-MA15感染,但SARS疫苗對WIV1-MA15感染則沒有什麼療效,並有顯著的副作用。

Ralph S. Baric團隊應該是唯一一支將WIV1(rs3367)用於功能增益研究,以之為原材料改造出人類致病性危險病毒的科學團隊,我未發現其它團隊、個人發表過相關論文。

下面還有意義更重大的內容。

論文Discussion部分指出:冠狀病毒刺突蛋白RBD外其它區域的某些變化,如S2亞基的某些變化,S1亞基RBD外區域的某些變化,可能:
1)增強刺突蛋白與宿主蛋白酶(ACE2受體就是一種蛋白酶)作用的靶向性,
2)增進刺突蛋白的切割(酶切)特性,
3)增進刺突蛋白的擴展性,
從而使病毒獲得更健全的感染能力。

這實際上是在預測、展望進一步的病毒改造方向。
註:Ralph S. Baric(團隊)一直打着模擬、預測自然變異的旗號,自充造物主,對冠狀病毒施以各種功能增益性改造,刻意製造人為突變,熱衷於為冠狀病毒引入、增加新結構、新特性、新功能,積極研究、借鑑各種對抗宿主免疫系統的功能、機制。

令人難以置信的是,論文中的三項預測,在3年半後出現的新冠病毒中全都神奇地應驗、實現了!論文預言的刺突蛋白的擴展性、新的切割(酶切)特性、與宿主蛋白酶(如ACE2受體)作用的靶向性,分別對應着新冠病毒的以下三組結構、特性或功能:
1)刺突蛋白的擴展性對應着新冠刺突蛋白中可靈活屈直、伸縮、扭轉的三關節式鉸鏈結構,該結構使刺突蛋白前端的RBD能以多樣的角度、姿態,更靈活、更有效地結合細胞表面的ACE2受體。

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新冠病毒刺突蛋白三關節式絞鏈結構示意圖

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新冠病毒刺突蛋白以多樣的角度、姿態靈活接觸、結合ACE2示意圖

2)新的切割(酶切)特性對應着新冠刺突蛋白S1亞基、S2亞基交界處功能強大的furin酶切位點結構(RRAR四氨基酸組合)。S1亞基與ACE2完成結合後,furin蛋白酶對furin酶切位點的切割使S1亞基脫落,使S2亞基、病毒包膜直接接觸宿主細胞膜並與之發生膜融合,新冠病毒將在膜融合後直接將RNA釋放到細胞中,立即開始病毒複製過程。
相比沒有furin酶切位點,只能以胞吞方式“笨拙”進入宿主細胞、遲緩複製的SARS病毒,新冠病毒的感染、複製效率提高了100-1000倍!
furin酶切位點還賦予新冠病毒以膜融合的方式感染並殺死T淋巴細胞,破壞人體免疫系統的能力,這一能力也是SARS病毒所不具備的。
已知的所有蝙蝠冠狀病毒都沒有furin酶切位點。

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新冠病毒中的furin酶切位點、TMPRSS2(跨膜絲氨酸蛋白酶2)酶切位點示意圖。SARS病毒只有TMPRSS2酶切位點。

3)與宿主蛋白酶(如ACE2受體)作用的靶向性對應着新冠病毒刺突蛋白與ACE2結合的針對性、目的性,以及隱蔽RBD,逃避抗體結合的特性,這組特性其實就是三關節式絞鏈結構所賦予的。

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新冠病毒刺突蛋白起立、暴露RBD以結合ACE2,倒伏、隱藏RBD以逃避抗體結合示意圖

關於論文中的三項預測及新冠病毒中的三項對應特性,還可參見:
出自科學瘋子之手的病毒集大成者(二)

這篇2016年PNAS論文也是一篇功能增益論文,它以有人類感染能力,但無人類致病能力的WIV1為原材料之一,改造出了有人類感染能力和致病可能(致病能力未經靈長類動物實驗證實),在人體細胞中的感染、複製能力與SARS相當的危病毒險WIV1-MA15。

需要特別指出的是,2015年11月的nature medicine論文、2016年3月的PNAS論文,相關研究都是奧巴馬暫停令頒布後仍在進行的SARS相關的功能增益研究。

鑑於功能增益研究可能帶來的難以預知的生物安全和生物安保風險,2014年10月17日,奧巴馬政府頒布了一項“功能增益研究暫停令”,要求對功能增益研究進行嚴格的審議、監督,並暫停了對流感、SARS、MERS(中東呼吸綜合症病毒)相關的功能增益研究的政府資金支持。
暫停令全文:
http://www.phe.gov/s3/dualuse/Documents/gain-of-function.pdf

奧巴馬政府“功能增益研究暫停令”也被稱為奧巴馬功能增益研究禁令,簡稱奧巴馬禁令。

暫停令頒布後,Ralph S. Baric深感不滿,他給NIH(美國國立衛生研究院)寫了一封長信,表示暫停令將嚴重影響冠狀病毒研究,未來如果再爆發疫情,科學家將不能快速應變、控制疫情。Ralph S. Baric還提出,他的兩項功能增益研究是在暫停令頒布前啟動的,要求NIH允許繼續完成這兩項研究。NIH經過所謂“審查”,根據暫停令中的有關條款,特別批准了Baric的要求。完成了兩項SARS相關的功能增益研究後,Ralph S. Baric團隊分別發表了2015年11月9日的Nature Medicine論文和2016年3月14日的PNAS論文,即論文A-1、A-2。

以下是兩篇論文“Biosafety and biosecurity”部分的圖示,其中的:
US Government Deliberative Process Research Funding Pause on Selected Gain-of-Function Research Involving Influenza, MERS and SARS Viruses(美國政府對選定的涉及流感、MERS和 SARS 病毒的功能獲得性研究的審議過程研究資金暫停)

就是指奧巴馬功能增益研究暫停令。

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2015年11月Nature Medicine論文的Biosafety and Biosecurity

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2016年3月PNAS論文的Biosafety and Biosecurity

功能增益研究,即功能獲得性研究,英文為Gain-of-Function,縮寫為G-o-F或GoF,指人為賦予病毒或病原體感染、致病、傳播功能、特性,或人為增強其感染、致病、傳播功能、特性的病毒、微生物改造研究。

美國國立衛生研究院(NIH)院長弗朗西斯·柯林斯(Francis S. Collins),NIH下屬美國國立過敏和傳染病研究所十幾年的所長,白宮首席醫學顧問安東尼·福奇(Anthony Fauci),是支持功能增益研究的兩位重量級美國衛生官員。

Collins、Fauci支持的是武漢病毒研究所的功能增益研究嗎?武漢病毒研究所根本未開展、從事任何功能增益研究,他們如何支持不存在的功能增益研究?他們支持的是美國本國病毒學家的功能增益研究,包括Ralph S. Baric團隊的功能增益研究。

2017年12月19日,川普政府撤銷了奧巴馬暫停令,全面重啟功能增益研究,並恢復了對該類研究的聯邦資金支持。兩年後,新冠病毒在武漢出現,疫情爆發。

弗朗西斯·柯林斯、安東尼·福奇也是川普共和黨政府撤銷奧巴馬功能增益研究暫停令的重要推手。Fauci為什麼一直謊稱新冠病毒來自自然界?川普及其幕僚為什麼一再捏造、散布卑鄙、下作的謊言,構陷、誣衊武漢病毒研究所?川普為什麼多次刻意淡化、貶低新冠病毒的危害?因為川普、Collins、Fauci都是新冠病毒產生的重大責任人。

論文A-3

2017年6月28日,Ralph S. Baric團隊(北卡羅來納大學教堂山分校流行病學系)、范德堡大學醫學中心、波蘭Jagiellonian University、吉利德科技等單位在《ScienceTranslational Medicine》雜誌聯合發表了一篇瑞德西韋研究論文:Broad-spectrum antiviral GS-5734 inhibits both epidemic and zoonotic coronaviruses(廣譜抗病毒藥物 GS-5734可抑制流行性人畜共患冠狀病毒) https://stm.sciencemag.org/content/9/396/eaal3653
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5567817/

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論文指出:目前正在臨床開發的用於治療埃博拉病毒的GS-5734對多種冠狀病毒,包括SARS-CoV和MERS-CoV都有明顯的抑制療效,GS-5734的預防性早期治療顯著降低了肺病毒載量,改善了臨床症狀以及呼吸功能。

論文中的GS-5734是瑞德西韋(Remdesivir)的研發編號。論文研究中,為檢驗瑞德西韋即GS-5734的廣譜抗冠狀病毒能力,Ralph S. Baric等人使用反向遺傳平台,基於病毒的基因序列,人工合成了7種冠狀病毒,其中之一是WIV1,其它六種病毒是:
SARS-CoV(SARS病毒)、
MERS-CoV(中東呼吸綜合症病毒)、
HCoV-NL63(人類冠狀病毒NL63)、
HKU3(蝙蝠冠狀病毒HKU3)、
HKU5(伏翼蝠冠狀病毒HKU5)、
SHC014(蝙蝠冠狀病毒rsSHC014,論文A-1的病毒主角)。

註:伏翼蝙蝠是一種拇指大小、約重4克的蝙蝠,發現於2006年,可能是香港獨有的物種。

論文比較了諸多冠狀病毒(包括WIV1)與SARS病毒、MERS病毒在nsp12輔助蛋白、spike蛋白(刺突蛋白)兩個部分上的A.A. identity,並將比較結果以不同顏色形象直觀地展示為下圖(藍綠色代表一致度高,紅黃色代表一致度低)。
註:A.A.指Amino Acid,A.A. identity即氨基酸序列一致性或相似度。

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由圖可見,不同冠狀病毒刺突蛋白差異較大,而它們的nsp12蛋白則高度保守(一致程度高,變異程度低)。論文指出:nsp12蛋白是廣譜抗冠狀病毒藥物的適宜靶點。

論文實驗檢測了GS-5734對兩種冠狀病毒MERS、SARS的抑制功效,實驗結果以下圖展示。

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由圖A、B可見,隨着GS-5734使用濃度的增加,HAE細胞培養物中MERS、SARS病毒的滴度顯著下降。
由圖C、D可見,隨着GS-5734使用濃度的增加,HAE細胞培養物中MERS、SARS病毒ORF1、ORFN兩種輔助蛋白的檢測值顯著下降。

圖A、B、C、D的橫坐標都是GS-5734的單位使用劑量(濃度);
圖A、B的縱坐標是病毒的滴度(每毫升培養物中含有的具有生物活性的病毒顆粒數);
圖C、D的縱坐標分別是ORF1、ORFN兩種輔助蛋白RT-PCR相對檢測值的對數值。以C圖為例,以未施用GS-5734時的檢測值為一個基準單位,則當GS-5734施用濃度為1μM時,MERS病毒ORF1蛋白的檢測值下降到約10^-2(10的負2次方)個單位(即施用前後檢測值的比值約為10^-2),將相對檢測值以10為底取對數,所得縱坐標值約為-2。

註:HAE細胞,即human airway epithelium cells,人氣道上皮細胞。

論文接着又實驗檢測了GS-5734對另外五種冠狀病毒(包括WIV1)的抑制能力。仍然使用HAE細胞培養各病毒,與上一組實驗不同的是,每個病毒的HAE培養物都一式兩份,實驗結果見下圖。

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圖B中各坐標子圖的橫坐標都是GS-5734的使用濃度。
上排五個坐標圖的縱坐標都是HAE培養物中相應病毒的滴度。由圖可見,隨着GS-5734使用濃度的增加,培養物中各病毒的滴度顯著下降。
下排各坐標圖的縱坐標為HAE培養物中各病毒ORF1、ORFN蛋白RT-PCR相對檢測值的對數值。由圖可見,隨着GS-5734的使用濃度的增加,各病毒ORF1、ORFN蛋白的檢測值顯著下降,當使用濃度為10μM時,相比未施用時,五病毒兩輔助蛋白的檢測值下降了100~100000倍。

Ralph S. Baric是該論文的兩個通訊作者之一;論文的第一至第五作者,全都是北卡羅來納大學教堂山分校的Baric團隊成員,其中第四作者,就是論文A-1、A-2的第一作者,Ralph S. Baric團隊的重要人物Vineet D. Menachery(維內特·德梅納赫里),他也是論文A-4(見下)的第三作者。

2020年1月21日,新冠疫情發生不久,武漢病毒研究所搶先申報了一項專利《瑞德西韋抗2019新型冠狀病毒的用途》,這是一項瑞德西韋用途專利,武漢所試圖通過PCT(專利合作協定)途徑將該專利從中國推及全球主要國家,使中國因此專利而受益。武漢病毒研究所憑什麼判斷瑞德西韋可能對治療新冠病毒有效?因為新冠病毒出自他們之手嗎?是他們未卜先知嗎?當然都不是,原因很簡單,因為他們知道Ralph S. Baric等人2017年6月發表的這篇論文,知道瑞德西韋的廣譜抗冠狀病毒功效。

論文A-4

2018年12月19日,Ralph S. Baric團隊、國家過敏和傳染病研究所(所長為安東尼·福奇)的兩個下屬機構(病毒學實驗室、落基山獸醫分會)在著名國際開源出版期刊MDPI(Multidisciplinary Digital Publishing Institute)聯合發表了一篇論文: SARS-Like Coronavirus WIV1-CoV Does Not Replicate in Egyptian Fruit Bats(類SARS冠狀病毒WIV1不會在埃及果蝠中複製)
https://www.mdpi.com/1999-4915/10/12/727/htm
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6316779/

註:埃及果蝠(Egyptian fruit bat,Rousettus aegyptiacus)是馬爾堡病毒的天然宿主,也是所有絲狀病毒的唯一已知宿主。

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論文有以下要點:
1)WIV1病毒能有效利用埃及果福的ACE2進入果蝠細胞,感染果蝠的呼吸系統(鼻腔、肺)及胃、 腎臟和腸等器官,可觀察到這些器官因感染而產生的明顯的免疫反應;
註:新冠病毒也能感染人類的上述器官,WIV1與新冠的根本區別在於,WIV1的病毒骨架對人沒有致病力,不會使人產生疾病症狀。

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圖示:WIV1感染使果蝠鼻甲(A)、氣管(B)、肺(C)、腎(D)、胃(E)、腸(F)等器官、組織產生了不同程度、不同細節的免疫反應。

2)儘管WIV1可感染果蝠多處器官、組織,並引發免疫反應,但12隻實驗果蝠都沒有表現出疾病跡象(如呼吸窘迫,厭食症或嗜睡),未檢測到果蝠的體重減輕或體溫變化。

3)在不同的感染後時段對實驗果福實施安樂死,對以下諸多器官、組織進行病毒學和組織病理學分析:鼻甲、喉、咽、氣管、肺、腦、眼、結膜、心、肝、脾、腎、膀胱、生殖器官、胃、近端和遠端腸道、頸部淋巴結、腎上腺、皮膚和骨骼肌。
註:這表明,Ralph S. Baric團隊認識到了WIV1病毒的泛器官、組織感染能力,新冠病毒也具有泛器官、組織感染能力。

4)感染後第三天,僅在果蝠咽部和鼻甲骨檢測到了WIV1病毒的RNA,在其它各器官、組織中均未再檢測到WIV1病毒的RNA(WIV1病毒感染了這些器官、組織,但在感染後,因為缺乏有效的持續複製、繁衍,它又從這些器官、組織中消失了)。

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感染後第3天果蝠各器官、組織WIV病毒RNA載量統計圖

5)實驗表明,WIV1不會對果蝠造成強烈感染,不能引發可觀察的臨床症狀;論文判斷:WIV1在果蝠中可能只發生了一些低水平的病毒複製。

6)為對照WIV1的細胞感染能力,分別用SARS的刺突蛋白、MERS的刺突蛋白與VSV病毒的骨架,基於它們的基因序列,使用反向遺傳平台合成了二種嵌合假病毒SARS-S、MERS-S;研究中使用的WIV1病毒毒株也是使用反向遺傳平台,基於WIV1的基因序列人工合成、收穫的。
註:VSV病毒,即vesicular stomatitis virus,水疱性口炎病毒。

7)使用三種轉基因BHK細胞進行體外實驗:表達人類ACE2的BHK細胞,表達埃及果福ACE2的BHK細胞,表達人類DPP4的BHK細胞。實驗證明,WIV1及SARS-S都能感染前二種轉基因BHK細胞,在感染後48小時能檢測到細胞培養物中的病毒複製;而MERS-S則能感染表達DPP4的BHK細胞。實現結果見下圖。
註:
BHK細胞,即Baby Hamster Syrian Kidney cells,敘利亞幼倉鼠腎細胞;
DPP4,即dipeptidyl peptidase IV,二肽基肽酶4,也稱為CD26或腺苷脫氨酶複合蛋白-2,是一種絲氨酸外肽酶,調節多種肽(如生長因子、趨化因子和神經肽)的生物活性,在葡萄糖代謝中起主要作用。和ACE2一樣,DPP4也是一種跨(細胞)膜糖蛋白,它是MERS病毒(中東呼吸綜合症病毒)感染細胞時使用的受體。

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圖C:WIV1、SARS-S、MERS-S對四種BHK細胞的感染能力,每種BHK細胞培養物一式三份。
橫坐標為四種BHK細胞:表達人類DPP4的BHK細胞、表達人類ACE2的BHK細胞、表達果蝠ACE2的BHK細胞、沒有ACE2的BHK細胞;縱坐標為病毒複製滴度的對數值;
圖C表明:WIV1、SARS-S可感染表達人或果蝠ACE2的轉基因BHK細胞;MERS-S可感染表達人DPP4的轉基因BHK細胞。
圖D:WIV1對三種BHK細胞(表達人ACE2、表達果蝠ACE2,無ACE2)的感染情況,感染後0小時、48小時TCID(Tissue Culture Infective Dose,組織培養感染劑量)的對數值。圖D亦說明,WIV1能有效感染兩種轉基因BHK細胞,並在感染後健壯複製。

Ralph S. Baric團隊不僅對WIV1(rs3367)病毒做過反覆、深入的研究,而且對另一紐帶--冠狀病毒刺突蛋白的關鍵氨基酸也做過極其頻繁、極其深入、極其細緻的研究。


(未完待續)




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