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12月30日，省、市、区‘三级疾控中心形成《关于医院报告华南海鲜市场多例肺炎病例情况的调查处置报告》’。30日下午15时10分、18时50分，武汉市卫健委相继向辖区内医疗机构下发了两个红头文件：《关于报送不明原因肺炎救治情况的紧急通知》，《关于做好不明原因肺炎救治工作的紧急通知》。其中，第二份文件要求严格信息上报，强调“未经授权任何单位，个人不得擅自对外发布救治信息”。这两份内部文件于当天下午及晚上先后被上传至互联网公诸于众。

30日夜间10点20分，武汉市卫健委又向各医疗机构发出内部通知，大意是：关于不明原因肺炎，不要随意对外发布，避免引起群众恐慌；如果因为信息泄露引发恐慌，将追究泄漏者的责任。

（应同在30日）武汉卫健委还向各大医院内部传达了几个信息：1，不是非典；2，不会人传人；3，不会死病人；4，不会让医护人员感染。

两位《南方周末》采访对象后来向记者提供的相关微信群截图显示，30日，（武汉市中心医院）各科室微信群内转发了来自武汉市卫健委的信息：“请大家……不要随意对外发布关于不明原因肺炎的通知及相关信息……否则市卫健委将严肃查处。”

同时，（中心医院）院领导还通知各科主任，逐个电话告知每个同事，一律不得外泄病毒的任何消息。该医院还要求医生上班不得戴口罩。

31日凌晨1点半，李文亮被医院领导叫到武汉市卫健委了解情况。当时卫健委正连夜召开会议，中心医院的院领导和医务室主任都参加了会议，会议结束后，院领导向李文亮询问了消息来源。次日上班后，李文亮又两三次被叫到医院监察科，答复消息来源问题以及是否认识到 “造谣的错误”，并应要求写下了一份《不实消息外传的反思与自我批评》。

31日凌晨，国家卫生健康委员会作出安排部署，决定派出工作组、专家组立即赶赴武汉市，指导做好疫情处置工作，开展现场调查。随后，中国疾控中心应急中心主任李群等9名专家乘当日最早航班从北京赶赴了武汉。
31日上午，国家卫健委第一批专家组抵达武汉，展开了相关检测核实工作。

31日一早，多名身着防护服、背着喷雾器的防疫人员出现在华南海鲜市场，开始执行消毒任务。

31日上午，武汉大学中南医院召开“不明原因肺炎”防控会议，会上成立了“不明原因肺炎”诊疗小组。负责相关工作的副院长布置了应对不明原因肺炎的各项工作，要求按照防控“非典”的举措去防范，要求各个科室按照传染病去筹备防护物资。这位副院长认为该病存在人传人。同时，与会的领导还强调，此事不要外传。

31日，武汉协和医院也正式启动了“不明原因肺炎”的防控工作。“医院多次开会布置相应工作，梳理改造了发热门诊的设置构架，严格按照传染病管理要求，设置独立空间，避免交叉感染”。医院把主院区感染科的整个一层改成24个床位的呼吸道传染病隔离病区，专门收治不明肺炎患者。24张床很快被填满，隔离病区扩大到二层，不久又满了，三层、四层也很快被腾空，原有的重症病人集中到五层。近30名感染科医生已经不够用，医院动员了全院资源，尤其是呼吸科和急诊科的内科医生来轮班，护士也全院调配。（资料来源：《健康报》、《财新网》）

12月31日上午10点半，《新京报》发表文章，称就网传消息询问中心医院后湖院区时，医务处工作人员向该报记者辟谣说，目前并无疑似或确诊的患者；新京报记者还从湖北省疾病预防控制中心办公室了解到，湖北省疾控正在对此事展开调查，目前尚未确定是否有网传非典型性肺炎病例，待有调查结果会在官方渠道予以公布。

同日，“财新网、第一财经两家媒体的记者致电武汉市卫健委，对于不明原因肺炎情况获得证实。”

据《端传媒》20年1月25日的文章《十七年：被瞒报的 SARS 与被孤立的武汉》，12月31日，（到）武汉当地的媒体几乎都收到了禁令，「编辑老师说只能跟官方通报，解释性的解读科普也不让做」。

31日中午1点半许，武汉市卫健委面向社会发布通报，通报中说：
近期部分医疗机构发现接诊的多例肺炎病例与华南海鲜城有关联；
目前已发现27例病例，其中7例病情严重，其余病例病情稳定可控，有2例病情好转拟于近期出院；
分析认为上述病例系病毒性肺炎；
到目前为止调查未发现明显人传人现象，未发现医务人员感染。

（注：
根据本文先前的内容，12月30日，仅金银潭医院就已至少收治了27例或36例（9+27）不明肺炎病例。
1月24日金银潭医院副院长黄朝林等在《柳叶刀》上所发表论文中的数据显示，截止2019年12月30日，已至少有新冠患者37例。
中疾控2月12日在《中华流行病学杂志》上投稿的论文数据显示，按照发病日统计，2019年12月31日前有感染者104人，这些人中有15人死亡。
3月13日《南华早报》披露的政府内部数据显示，11月即报告9例病例，12月20日病例数达60例，2020年1月1号病例增加到381例。
）

31日下午，国家卫健委专家组成员及湖北省内专家在金银潭医院大会议室开会研讨。这时，金银潭医院收治的相关病人已经从9例增加到了20多例（30日已有27例）。大家把所有病人全部过了一遍，得出两个结论：第一，‘这些病人画像画完都是一个样子，所以肯定是同一种病’；第二，‘这可能是病毒感染，不是其他感染’。

31日晚，召开了一个跨年的工作会议。约在1月1号凌晨两三点钟，武汉市领导作出决定：关闭华南海鲜市场。（此二段资料来源：《中国之声》）

“当地时间2019年12月31日，中国向世卫组织报告了一组湖北武汉不明原因肺炎病例。”（据世界卫生组织网站4月8日公布的世卫疫情时间线）

世卫组织（WHO）的最新《国际卫生条例》（2005年通过）规定，各成员国负有对国际关注的突发公共卫生事件作出迅速反应和迅速通报的法律义务。简明地说，这一义务即，对可能构成国际关注的有公共卫生风险的突发事件，成员国应在事件确定的48小时内完成对事件的评估， 并在评估后24小时内向世卫组织透明地报告所有的相关事件信息。

12月31日，台湾卫生福利部疾病管制署向大陆疾控中心及世界卫生组织(WHO)IHR窗口确认疫情讯息。傍晚，国家卫健委通过两岸医药卫生合作协议联系窗口书面回复台方，已派专家赴武汉，进行病原检测及感染原因调查，陆方向台方提供了武汉市卫健委12月31日的通告，并表示，若有进一步消息，将及时通报台方。

31日，台湾疾病管制署通过WHO「国际卫生条例」(IHR)联系窗口，以电邮方式要求WHO提供进一步资讯时，邮件中特别提及「非典型肺炎」，「病患已进行隔离治疗」等讯息或文字，暗示该病有「人传人」的可能。管制署事后解释说，这么做是‘由于SARS的经验。。。当时疫情资讯不明，各项传闻纷纷。。。尤其已接近有大量人流移动之中国春节’，是‘为求慎重’，‘为使各方能有高度警觉’。

由于强烈怀疑已有人传人现象，31日当天，台湾迅速启动了边境检疫强化措施，即日起，对从武汉直航入境班机，实施派员登机检疫。