１３５４年，以降曲坚赞为首的帕竹噶举派成为西藏大部分地区的统治者，形成了政教合一的帕竹地方政权。在西藏帕竹时期，元中央政府承认了这一事实，封降曲坚赞为大司徒。１３６８年明朝建立后，采取了普遍封赐的政策，对具有政治实力的地方诸教派首领均赐加以“王”、“法王”、“灌顶国师”等名号；王位的继承必须经皇帝批准，遣使册封。这时，达赖喇嘛和班禅喇嘛两大活佛系统所属的格鲁派兴起，三世达赖喇嘛索南嘉措向明廷入贡，获得明朝中央封赐的“朵儿只唱”名号。明朝中央对西藏地方的治理，沿袭了元朝的办法，先后设置乌思藏、朵甘两个 “卫指挥使司”和“俄力思军民元帅府”，分别管理前后藏、昌都和阿里地区的军政事务。其间，帕竹地方政权在西藏部分地区建立了宗本制度，所任各宗的行政首脑，明朝皆授以官职，使其既为宗本（相当于县长）又为中央命官。