１７２７年，清朝設立駐藏大臣，代表中央監督西藏地方行政；西藏與四川、雲南、青海的區界，就是於此時派員正式勘定的。１７２１年，清朝中央政府在西藏建立噶倫制度；１７５０年，再次調整管理西藏的行政體制，廢除郡王制度，建立西藏地方政府（即“噶廈”），規定了駐藏大臣與達賴喇嘛共同掌握西藏事務的體制。１７９３年，清朝政府就駐藏大臣的職權、達賴與班禪及其他大活佛轉世、邊界軍事防務、對外交涉、財政稅收、貨幣鑄造與管理，以及寺院的供養和管理等，頒布了著名的《欽定藏內善後章程》，共二十九條。此後一百餘年，二十九條章 程確定的基本原則一直是西藏地方行政體制和法規的規範。