明朝初年定都南京，到永樂年間遷都北京。遷都之後南京作為留都一直保留六部，都察院等與北京相對應的中央機構。北京的六部等衙門是實際掌握權力的中央權力機構；南京各衙門多為虛銜，但任職官員地位不低於北京的相對應衙門官員。在留都掌握實權的是南京參贊機務兵部尚書，南京守備太監和提督南京軍務勛臣。

北京朝廷覆亡崇禎帝上吊自縊的消息，四月中旬傳到南京，作為留都的南京成了明朝殘留半壁江山的政治中心。對於留都衙門來說，立君成為當務之急。由於崇禎的三個兒子都被大順軍捕獲，沒有直系皇位繼承人，只能在藩王中挑選繼大位者。當時可被推舉的藩王有福王朱由菘，惠王朱常潤，桂王朱常瀛，還有潞王朱常淓等人。南京留都衙門的大臣，太監以及擁兵自重的武將們在擁立哪一位藩王繼大位的問題上從各自利益出發展開了勾心鬥角的鬥爭。當時，由倫理和所處地方而論，福王朱由菘是繼大位最適合者，但他的繼位遭到了錢謙益為代表的東林-復社人士的反對和阻撓。原因是當初東林黨人曾經成功阻撓明神宗和鄭貴妃立朱由菘的父親朱常洵為太子的圖謀，他們擔心一旦朱由菘登基大位，重翻舊案，秋後算賬，使得他們被清算。東林黨人因此以“立賢”為藉口，積極運作，圖謀迎立關係較為疏遠的潞王朱常淓。身為兵部尚書的實權人物史可法首鼠兩端，一方面他是東林黨人左光斗的得意門生，對於擁戴福王朱由菘繼統心存疑慮，另一方面他又擔心舍親立疏擁戴潞王朱常淓會引起更大的政治風波。經過反覆思量，他與鳳陽總督馬士英商量決定迎立桂王朱常瀛。但馬士英忽然得到消息，守備鳳陽太監盧九德聯合武將高傑，黃得功，劉良佐決定擁立福王朱由菘。高傑，黃得功，劉良佐三武將積極參與擁立是為了攘取“定策之功”，藉以增強自己在政治上的地位。馬士英本是高，黃，劉三武將的上司，他眼見手下大將投向福王朱由菘，就放棄了與史可法所做的迎立桂王的約定，抓住時機趕緊向福王朱由菘表示效忠。當時，史可法還不知道馬士英已經改換門庭，給馬士英寫信歷數朱由菘“貪，淫，酗酒，不孝，虐下，不讀書，干預有司”等“罪狀”，說明福王不適於繼承大統，而馬士英已然改變立場，擁立福王，史可法的“聲討信”等於對即將即位的皇帝大不敬，留下了致命把柄在馬士英手裡。馬士英以鳳陽總督和三鎮名義致書南京守備太監宣布擁立福王朱由菘。四月末，福王繼統成為定局。

福王繼統，馬士英及時改換門庭，成為擁立福王的定策第一文臣。為了取得在即將建立的南明朝廷首席大學士職位，他抓住史可法為迎立桂王而列舉福王七罪狀的來信作為把柄，又針對東林黨人擁立潞王之聲甚囂塵上，帶領兵馬護送朱由菘直抵浦口，以武力震懾東林黨人，使之乖乖就範，放棄擁立潞王。史可法作為南京最高文臣知道自己犯下大錯，攻擊福王的信件攥在馬士英手裡，白紙黑字無從抵賴，只能滿腹悔恨默默跟隨福王朱由菘由浦口坐船前往南京就任監國。史可法作為一度擁有決策大權的文臣，在擁立問題上猶豫不決首鼠兩端，沒有斷然決定擁立福王，致使朱由菘轉而求助於太監武將，從此大權旁落，可謂咎由自取。

4月29日，福王朱由菘在史可法馬士英等人陪同下乘船抵達南京城外燕子磯，南京官紳前往朝見。5月1日，朱由菘登岸，拜謁孝陵後進城。3日，朱由菘在南京就任監國。任命史可法為東閣大學士兼禮部尚書，馬士英加東閣大學士，兵部尚書，仍任鳳陽總督。爭奪朝廷權力的鬥爭從首輔開始。兵部尚書史可法原本應該成為當然的首席大學士，但他在定策問題上被馬士英出賣，失去了朱由菘的信任。朱由菘與馬士英有默契，決定召馬士英入閣輔政。史可法知道自己指斥福王的把柄攥在馬士英手裡，馬士英以定策首功備受朱由菘信賴和器重，被召入閣輔政。史可法遂自行放逐，申請離開南京督師淮陽，5月12日，朱由菘批准史可法出任督師。

5月15日，朱由菘正式即位稱帝，該明年為弘光元年。第二天，馬士英入閣主持政務兼任兵部尚書。史可法於18日辭別朝廷，二十日渡江前往淮陽督師。這樣福王朱由菘監國僅僅半個月之後，史可法即被排擠出了朝廷中樞權力機構。（待續）