设万维读者为首页 广告服务 技术服务 联系我们 关于万维
简体 繁体 手机版
分类广告
版主:阿飞的剑
万维读者网 > 茗香茶语 > 帖子
武汉病毒与南京病毒的比较。
送交者: pifu01 2020年01月25日15:27:54 于 [茗香茶语] 发送悄悄话

武汉病毒在NCBI核酸文库里面有两个submission,由复旦大学的同一批人提交,第一次在1月17号(ACCESSION:NC_045512),第二次在1月23号(ACCESSION:MN908947)。两次提交的是同一个病毒序列,100%相同。这个病毒一共编码10个蛋白。以下结果仅仅比较蛋白序列,未比较DNA序列。按序列来:
1. orf1ab polyprotein/protein_id="QHD43415.1",最长,7092aa,与南京病毒同源率:95.5% (南京病毒acc ID:AVP78030.1,AVP78041.1)第二名:87.27%, ID16715.1,来自北京动物所2016年的研究。
2. Gene S/surface glycoprotein/protein_id="QHD43416.1", 1273 aa, 与南京病毒同源性80.3%。 第二名也是南京病毒:80.32% ,AVP78042.1。第三名:77.07%, ATO98205.1, 2017年武汉病毒所。
3. ORF3a protein/protein_id="QHD43417.1", 275aa, 与南京病毒同源性92.00, AVP78043.1; 第二名:南京病毒,90.91% AVP78032.1; 第三名:76.00%,AHX37559.1, Institute of Military Veterinary, Jilin. 2014年。
4. Gene E/envelope protein/protein_id="QHD43418.1", 75aa, 与南京病毒同源性100.00%,AVP78033.1。第二至五名: 94.74% APO40581.1等,国内外发各单位发的文章7-8篇。
5. Gene M/membrane glycoprotein/protein_id="QHD43419.1", 222aa, 与南京病毒同源性98.65%, AVP78034.1。  同源性第二名:91.44%, AIA62323.1, 北京某所
6. ORF6 protein/protein_id="QHD43420.1", 61aa, 与南京病毒同源性93.44%, AVP78035.1, 第二名:73.77%, AGZ48837.1,是武汉病毒所2013年鉴定上次sars源的文章。
7. ORF7a protein/protein_id="QHD43421.1", 121 aa, 与南京病毒同源性88%, 第二名:88.5%, 源自北京动物所对上次SARS的研究。
8. ORF8 protein/protein_id="QHD43422.1", 121aa, 与南京病毒同源性94.21%, AVP78037.1, 同源性第二名:57.85% AHX37565.1, 来自长春某军事研究所2014年。
9. Gene N/nucleocapsid phosphoprotein/protein_id="QHD43423.2", 419 amino acid, 全长相同,94.3% match 南京病毒蛋白ID:AVP78038 (后者:南京,2018年1月5号递交,作者:Hu.  nucleocapsid protein [Bat SARS-like coronavirus]
10. ORF10 protein/protein_id="QHI42199.1", 长度38aa, 未发现任何蛋白有同源性。

以上为各蛋白的同源性。武汉病毒与南京病毒(accession ID:MG772933, 29802 bp)全长核酸同源性88%(蛋白同源性比核酸同源性高,未全序列计算), 下一个最类似的病毒是武汉病毒所2017年送交的一个病毒序列(acc ID: KY417146, 29782 bp), 全长核酸同源性为80.7%。 

RNA病毒变异性较高,时间点越接近的病源体同源性应该较高。结论:武汉病毒与南京病毒有异乎寻常的极高同源性。是否同一株病毒的快速变异不好说, 俺不是病毒学家。那些做RNA病毒变异的学者应该能够计算出来

说明:同源性是指序列相同的比例。南京病毒是指2018年南京某军事研究所发在NCBI核酸文库的病毒全序列。第一第二第三名是指按照同源性由高到低的排列,在比较所有核酸文库里面的序列后得出的同源性排名。所有做分子生物的都应该会这种分析,可以直接去NCBI复核。

0%(0)
0%(0)
    这种东西对于会的人来说就是常识,发不了文章。  /无内容 - pifu01 01/25/20 (6)
        对叠加态理解再透, 也只能讲课, 发不了文章 - mingcheng99 01/25/20 (2)
          谢谢你苦口婆心地给这些没文化的人解释!  /无内容 - 暗夜寻灯 01/25/20 (1)
            专业的常识, 和普通的科学常识是两个概念. 哎. :-))) - mingcheng99 01/25/20 (0)
    不知道。俺不是病毒学家。 - pifu01 01/25/20 (10)
        这次各方的反应也有一些方面不合常理 - 前茶客 01/25/20 (13)
          加上封城和遣送解放军军医,这些都不是正常举措。  /无内容 - pifu01 01/25/20 (3)
            LOL,很多大陆人欢呼军人去救护。他们说这下有救了 - 绿野仙人 01/25/20 (8)
      诚实! 每个领域都是很大,每个人其实都只熟悉一小块  /无内容 - mingcheng99 01/25/20 (1)
          ==============================  /无内容 - mingcheng99 01/25/20 (0)
          2年前我就说过你是靠google在这里胡扯的人。 - 绿野仙人 01/25/20 (1)
    我过去给你们说过。H1N1是bird flu - 绿野仙人 01/25/20 (23)
      哎,还需要证据?多了去了。 - 绿野仙人 01/25/20 (0)
        在我们这个人群里,这个是属于常识 - 绿野仙人 01/25/20 (1)
          要做到这一点 - 绿野仙人 01/25/20 (0)
        你现在也知道听到阴谋论也会自己去查了?进步啊 - 绿野仙人 01/25/20 (4)
        但是那个E蛋白本身比较小。全部比对一下,情况就更清楚。  /无内容 - pifu01 01/25/20 (0)
      你们这些傻子,我不老早就告诉你们高福 - 绿野仙人 01/25/20 (10)
        你妈屄的一个精神病人,滚!  /无内容 - 暗夜寻灯 01/25/20 (1)
          自己的语言证明自己是什么样的人。 - 绿野仙人 01/25/20 (1)
标 题 (必选项):
内 容 (选填项):
实用资讯
北美最全的折扣机票网站
贝佳药业美国专利【骨精华】消关节痛、骨刺、五十肩【心血通】改善心绞痛

一周点击热帖 更多>>
一周回复热帖
历史上的今天:回复热帖
2019: 突然想起,有一年回去也拍了厕所……
2019: 大家周末愉快。有个神经病人跟在后面真
2018: 版主,网管请封掉肆意污辱网友的ID,
2018: 给这里的明白人一个忠告,别和愚蠢而且
2017: 东东你太幼稚你知不知道Nazi是犹太人搞
2017: 勒胖要赢了。
2016: suibian2009:白薯和地瓜
2016: 台湾大学毕业生的起薪是挺低的么,
2015: 早上好,各位。。
2015: 我和外孙谈私校