漢密爾頓和傑斐遜在和英國簽訂的《傑伊條約》也有不同看法，傑斐遜和民主共和黨人認為傑伊出賣了美國，尤其是沒有對英軍解放美國黑人奴隸進行賠償，同時也意味着美法同盟的終止。他一直認為英國是真正的敵人，英國正通過壟斷美國的商業，銀行業和公共債務，並通過代理人漢密爾頓把美國變成其附庸。全國上下一致強烈攻擊傑伊，使他辭去了最高法院首席大法官的職位，去擔任紐約州長。

而漢密爾頓和大部分聯邦黨人認為，不論付出怎樣的代價，都必須保持對英國的和平，因為美國那時候還沒有能力和世界頭號強國進行戰爭。而全國的稅收大部分來自關稅，而美國的90%的進口來自英國。所以《傑伊條約》是國家和平和繁榮的必要代價，否則戰爭一旦爆發，國家財政就會陷於崩潰。

這一點和目前中國對美國關係的態度非常相似，平民階層認為美國正通過代理人逐步控制中國的經濟，金融，最終讓中國變成其附庸。而精英階層認為中國武力上沒有能力對抗美國，經濟上高度依賴對美國及其盟友的出口市場，所以在其他方面，金融，法律，甚至主權上進行讓步都是當前經濟繁榮的必要代價。

《傑伊條約》在國會引起了激烈爭論，而參議院就此展開的鬥爭，則標誌着政黨制的具體化。為此，國會中第一次舉行了黨團會議。為反對《傑伊條約》，傑斐遜及其他民主共和黨領袖在眾議院召開會議，協調國會中共和黨成員的行動，這是建立一個有組織紀律，統一行動的政黨的決定性一步。

傑斐遜和漢密爾頓的爭論不僅僅在國會裡面，雙方都動用了媒體互相攻擊對方，傑斐遜聯合麥迪遜在費城創辦了《合眾國公報》和《國民公報》，用以揭露漢密爾頓的“君主制陰謀”，它們幾乎攻擊漢密爾頓的每一項政策，甚至對他進行人身攻擊，毀壞他的名聲。傑斐遜和反對漢密爾頓的其他人採用了“民主共和黨”的名稱，他包括社會的各個階層，主要是農民，南部拓荒者，種植園主。而漢密爾頓的追隨者則以“聯邦黨”為名，他們的主要支持者分布在沿海各州，特別是東北部工業和商業發達的地區。領導階層包括富有的商人，律師，大地主，銀行家。

當然雙方所代表的仍然都是不同的利益集團，都不能脫離歷史的局限性，說不上正義與否。傑斐遜稱其代表普通民眾的利益，但他說的普通民眾卻不包括黑人奴隸和印第安人。傑斐遜自己是一個堅定的蓄奴主義者，他對印第安人的態度也是趕盡殺絕。漢密爾頓代表富人階層利益，但他所重視的英國卻反對繼續蠶食印第安人的生存空間，支持他的東北部商業集團也堅定的反對奴隸制。

然而決定傑斐遜和漢密爾頓命運的不是他們的治國理念，而是一些微不足道的小事。

《傑伊條約》造成了美法關係的裂痕，為了彌補，華盛頓於1796年將駐巴黎公使詹姆斯.門羅（James Monroe，後來的美國第5任總統，門羅主義的提出者）召回，換上了卡羅萊納州的查爾斯.科茨沃斯.平克尼。然後1797年，屬於漢密爾頓陣營的約翰.亞當斯當選美國第二任總統，為了繼續華盛頓的中立政策，他派遣了三人委員會前往巴黎，尋求與法國和解。接下來發生了戲劇性的一幕，法國外長塔列朗向美國代表索賄25萬美元，否則不予接見。美國代表義正言辭的拒絕了這個要求，而美法關係也因此受損。

美國甚至準備了與法國開開戰，為此創設了海軍部，在此後的兩年半時間裡，美法在海上發生多次衝突。對於戰爭的認識，在美國產生了建立正規陸軍的構想，然而在具體細節方面，亞當斯總統和漢密爾頓之間意見嚴重分歧，最終使常備陸軍建設的計劃泡湯，也導致了聯邦黨的分裂，在1800年的選舉中被傑斐遜的民主共和黨擊敗。

儘管傑斐遜在亞當斯之後當選了美國第三任總統，但如前文所述，在西奧多.羅斯福之前，美國總統的權力相當有限，作為財政部長的漢密爾頓仍然大權在握，存在着巨大的影響力。他很有可能就是接替傑斐遜的總統，如果他能活到那個時候的話。

早在1791年，傑斐遜組黨反對漢密爾頓的時候，他所依仗的兩個骨幹是紐約州長喬治.克林頓和檢察長艾倫.伯爾。艾倫.伯爾是一個非常有政治抱負的人，他在1800年曾想競選總統，但不敵傑斐遜，當了副手。在1804年的競選總統中連提名都沒有獲得，所以耿耿於懷。於是他競選紐約州長，並策劃新英格蘭的分裂，結果遭漢密爾頓的反對而失敗。對此他惱羞成怒，於1804年7月11日和漢密爾頓決鬥，結果漢密爾頓身受重傷，次日去世，年僅49歲。

漢密爾頓死後，聯邦黨的勢力江河日下，傑斐遜之後的連續兩任總統麥迪遜和門羅，都屬於他的民主共和黨陣營，直到國民共和黨約翰.昆西.亞當斯在1824年當選第6任總統才結束這一趨勢。

約翰.昆西.亞當斯是第二任總統約翰.亞當斯的兒子，很多人標榜美國的民主，但不是完全沒有家族政治，除了亞當斯家族父子總統之外，第23任總統本傑明.哈里森是第九任總統威廉.亨利哈里森的孫子；32任富蘭克林.羅斯福是28任西奧多.羅斯福的堂弟；43任喬治.布什是41任喬治.赫伯特.布什的兒子。

約翰.昆西.亞當斯以及其國務卿亨利.克萊都和漢密爾頓的聯邦黨一脈相承，主張強大的中央政府，扶持工業，抑制州權，採用高關稅保護美國的工業，受到東北部工商業勢力的支持，成為“美國體系”的倡導者。