早在張格爾於喀什噶爾宣布建立偽政權之前的—個月。即1826年8月27日，清朝道光皇帝己任命伊犁將軍長齡為揚威將軍，着手部署征剿張格爾事宜。
10月間，清朝以揚威將軍長齡為總指揮官，調烏魯木齊提督達凌阿、伊犁領隊大臣祥雲保分統滿漢官兵各數千，又封陝甘總督楊遇春為欽差大臣率兵5000，再調山東巡撫武隆阿統吉林、黑龍江馬隊3000騎一齊出關，在阿克蘇集結兵力共3．6萬餘，開始向喀什噶爾挺進。
11月，清軍在柯坪戰役獲勝，奪回烏什，控制了進攻喀什噶爾的門戶。1827年3月3日，清軍集主力2.2萬人，在巴爾楚克軍台(今巴楚縣)又告大捷，長齡分兵3000鎮守，掌提了到喀什噶爾與葉爾羌的岔路要衝。
3月19日，楊遇春率提督楊芳等至大河拐(在今克孜勒河下游)，張格爾派兵3000前來襲營，被楊芳擊敗。張格爾急派兵從大河拐至洋阿巴特(即英阿瓦提，在今伽師縣東)，沿途挖掘戰壕並決河沖毀道路，力阻清軍進兵。翌日，張格爾會集5萬人馬屯防洋阿巴特，布陣二三公里於沙岡之上。清軍兵分三路進擊，長齡、楊遇春任中軍主帥，左路武隆阿、右路楊芳，三軍齊頭並進分路奪岡，一戰殲敵l萬餘、生擒5000。清軍順利推進到排素巴特(今伽師縣)，再殲敵萬餘、生俘3000，距喀什噶爾已不足50公里。
3月22日，清軍已挺進到距喀什噶爾約25公里的沙布都爾(夏蒲桃)。此地多葦湖沼澤，林木繁雜。張格爾軍數萬人臨河結陣，決水阻擋清軍馬隊，雙方以槍炮互射相持不下。楊遇春命士兵冒險越渠，與敵人短兵相接，再派馬隊分左右二翼從水淺處過河，直接突入敵陣，在槍林彈雨中擊斃敵軍防線總指揮、浩罕軍大頭目色依提巴爾第。敵軍傷亡萬餘。張格爾軍大敗，清軍一直追擊到渾巴什河(今疏勒縣南)。敵軍數千騎兵從林中衝出，被楊芳率軍奮力擊退，又用火炮擊退河西岸來援的2000餘敵軍。這一仗，又擊敗張格爾死黨頭目素丕卡克與浩罕軍總領占巴克等。
3月24日，張格爾軍數萬人死守阿瓦巴特(即阿瓦提，在今喀什市東)。清軍在5公里外紮營。至夜，楊遇春命部將哈朗阿與阿勒罕保，率吉林馬隊千餘騎，抄小路分左右二隊進至敵軍背後。翌日拂曉。清軍前後夾攻、槍炮齊鳴，又以藤牌兵突入敵陣短兵肉搏，敵陣頓時大亂，左衝右突與清軍混戰。最後，張格爾手下的浩罕軍官阿瓦孜邁瑪提與阿渾那爾巴特被殺。清軍殲敵3萬餘、生擒數千。清軍乘勝繞道迎擊至距喀什噶爾城15公里的洋大曼河(在今疏勒縣)。
3月26日，張格爾軍集10萬之眾，將清軍堵在渾巴什河北岸，沿線築壘10餘公里，鳴槍放炮聲勢震天，意欲與清軍主力決一死戰。黃昏後，楊遇春組織數百人的敢死隊,向敵軍發起襲擊騷擾。至深夜，西南風大作，—時飛沙走石。長齡認為雙方眾寡懸殊，宜退兵六七公里。楊遇春與楊芳豎旗不退兵。於是派索倫營馬隊千餘人馳往河下游，以吸引牽制敵軍部分兵力。楊遇春自率楊芳等將，從大河上游強渡。清軍在上風頭，炮火齊發，在狂風砂石的掩護下，發起了猛烈攻勢。敵軍在夜裡難辨虛實，立刻陣腳大亂。至拂曉，清軍全部過河，搖旗吶喊殺向敵陣，張格爾的10萬大軍立刻土崩瓦解。清軍殲敵6萬，生擒數千，可謂大獲全勝。
清軍乘勝前進，一舉攻克了喀什噶爾回漢二城。3月27日凌晨，張格爾見大勢己去，僅帶10餘名親信逃往邊境。
4月底，英吉沙爾、葉爾羌與和闐等地，相繼宣告收復。

清朝此次發兵喀什噶爾，旨在全殲叛匪、活捉張格爾。眼下敵軍雖己瓦解，禍首張格爾卻漏了網。為此，清朝責令長齡等人限期擒拿張格爾歸案。
張格爾逃出喀什噶爾後，流亡於木吉、阿賴、拉克沙、達爾瓦斯等帕米爾深處山區，後來又糾集了200餘人逃竄到柯爾克孜牧區薩克雅部落的托古斯托羅—帶，伺機捲土重來。
1828年春節前夕，喀什噶爾代理參贊大臣楊芳派遣細作至邊境，放風說清軍己全部撤離喀什噶爾，此地防務己很空虛。
張格爾果然中計，帶500餘騎兵，於大年三十除夕夜偷越邊境，連夜抵達阿圖什，想乘清軍過年無備，襲擊喀什噶爾。
喀什噶爾一帶百姓已飽受張格爾戰亂之苦，不僅當地黑山派信徒恨之如骨，就連素被張格爾視為依靠力量的白山派信徒們也不再追隨他。各族人民自動向清軍通風報信，組織民軍沿途襲擊堵截。加以揚威將軍長齡與楊芳早率6000餘清軍設伏以待，張格爾見勢頭不對，未及一戰，就掉頭往回逃。
長齡命楊芳與庫車固山貝子鄂對之孫伊薩克等，率兵星夜追擊至喀爾鐵蓋山，終於堵住張格爾。經過一場激戰，張格爾餘黨被斬殺殆盡。張格爾僅帶30餘親信棄馬登山，妄圖隱沒在群山溝壑之中。
楊芳手下副將胡超、都司段永福二將，率部全力追擊，幾乎未經格鬥，就將張格爾生擒。至此，張格爾事變才算徹底平息。
1828年6月22日，張格爾被喀什噶爾六品伯克邁瑪特和庫車五品伯克斯迪克及部分清軍押解到北京城，獻俘於紫禁城午門之外，被宣布判處死刑。這個可恥的民族敗類，終於得到了應有的下場，新疆各族人民無不拍手稱快!