在共產主義者和自由主義聯合反對基督教的同時，宗教界似乎更多地反對前者，要求尊重個人自由、私有財產和家庭生活，同時反對民族主義，這是一個特別值得注意卻沒有被胡適一派所注意的現象。早在1919年11月31日，教宗本篤十五世發布《夫至大》（Maximum illud）通諭，宣布民族主義是天主教教育信仰傳播的最大障礙。另一方面，當時傳教士普遍認為共產主義是基督教的大敵。有傳教士說《但以理書》中巨人的半鐵半泥腳就是工農聯盟，將來要被砸碎；《啟示錄》中的蝗蟲和紅馬就是轟炸機和共產黨，地上三分之一的人要被它殺戮。更重要的是，是教會最清醒地看到了政治取代宗教所造成的人類危機，並預言了烏托邦運動的災難性前景。美國傳教士龔斯德在《基督教與共產主義》一書中說：“要勝過共產主義，唯一的方法，乃是基督教的天國，先入為主。”“中國的前途，是建築在基督教的基礎上呢，還是建築在共產主義的基礎上？在中國，基督教與共產主義之間有一個競爭，其影響所及，約占人類的四分之一。……我們必須要天國主義去對抗共產主義，超過他們的主義。”也許正因為這一認識，美國傳教士司徒雷登1946年7月任駐華大使。 1948年全國協進會發表《致全國信徒書》，稱“教會不願承認任何政治制度是絕對的和永不錯誤的。” 基督教“承認每個人有絕對的價值，教會應當對剝奪人自由的政治行動提出抗議，對犧牲個人以維護階級利益的任何殘暴提出反抗。”，這裡，教會幾乎說出了“當代自由主義”的全部經典觀點。第二次世界大戰結束和中國內戰爆發之後，美國加緊了在華傳教的努力，如1948——1949年美國增派大量傳教士，“以使中國社會增加與共產主義不相合的精神因素”。中華聖經公會1949年動用了12架次飛機，將總重100噸的聖經運往即將解放的華中和西南地區。為了便於分散隱蔽，傳教士提出教會的中心由城市轉入農村，教會進入家庭——這事實上是“家庭教會”產生的最早根據。
也許正因為如此，徹底實現“非基運動”目標是在1949年以後。1950年5月北京、天津部分新教人士拜訪了周恩來，提出發起“三自革新運動”（後改為“三自愛國運動”）。隨後吳耀宗負責起草《中國基督教在新中國建設中努力的途徑》的文件（“三自宣言”），1950年9月23日，《人民日報》登載了該宣言及1500多人的簽名名單。 1951——1953年，中國公安部把外國傳教士陸續遞解出境。1954年，“中國基督教三自愛國運動委員會”成立，吳耀宗任主席，吳貽芳等為副主席。 1950年四川廣元天主教神甫王良佐等500餘天主教徒發表《廣元天主教自立革新宣言》，各地“紛紛響應”。1957年中國天主教在北京召開第一代表會議，通過《堅決擺脫梵蒂岡的控制，實現獨立自主自辦教會》的決議，“中國天主教愛國會”成立，皮漱石為主席，李維光等8人為副主席。1949年後，梵蒂岡不承認中國政府。公使黎培理在南京反對無神論，1951年9月4日，南京軍事管制委員會將其驅逐出境。1952年梵蒂岡與台灣建立外交關係。1952年1 月18日教宗庇護十二世發表公函《開端，我們切願聲明》，稱中國發生教難，要求中國信徒信從羅馬。1954年10月7日，教宗庇護十二世《致中國天主教會通諭》，譴責中國政府干涉宗教信仰自由。與此同時上海主教龔品梅發言“反對總路線”，他說“政府號召總路線，建設一個社會主義的新中國，是要建設一個人間天堂。這是不可能的，這是暫時的，社會主義是不會實現的，我們不能擁護總路線。”1953年全國逮捕數十起天主教“間諜案”。1955年龔品梅在上海被捕，“龔品梅反革命集團被摧毀”，“許多教友都起來紛紛揭發以他為首的反革命集團的種種罪行（1951年控訴運動）”（《中國天主教簡史》）。官方學者接着說：此後，中國教會“在獨立自主、自辦教會的道路上邁進”，但這位作者沒有告訴我們，在“三自運動”中，在“鎮反”、“反右”和“文革”中，以及在20 世紀80年代以後的改革年代的恢復中，那些“宗教愛國人士”和“不愛國宗教人士”是如何邁進監獄和勞改營的。20世紀50年代以後的宗教歷史一直空缺，這不能不說是中國基督教史上的一個巨大遺憾。
“非基運動”到這裡取得了徹底勝利：政治取代了宗教。但與此同時，制度主義也葬送了自身——公正和自由同時喪失。換句話說，“非基運動”最大的政治後果是消滅宗教的同時也消滅了自由。但結果是政治激進主義歸來，威權主義以最鄙俗的方式站在上帝的位置。因此也許這個時代要對其後的無神論專政負責：“你們棄絕了那聖潔公義者，反求着釋放一個兇手給你們”（Act 3:14）中國人民自己爭取到了專制，也許不該抱怨。
二、魯訊和胡適，尼采與杜威
蘇文峰先生在《中國基督教會史》中談到，非基運動中的中國知識分子關於基督教存在以下幾個有代表性的觀點：第一是消滅論，第二是取代論（尤以蔡元培“美育代宗教”為代表），第三是選取論（如陳獨秀主張吸取基督教中愛的文化因素），第四的二元論（世紀上是在宗教上採取相對主義、主觀主義）。到今天為止，這些觀點仍然統治着中國知識人的心靈。不過我以為，總的來說，中國知識分子在當代關於基督教的集體表象是非基督教的，這可以從中國現代最有影響的兩位知識分子 ——魯迅與胡適——所代表的思想上得到驗證。當下中國知識分子，如果不是國學的遺老遺少，就不同程度地是魯迅與胡適的傳人。有趣的是，人們幾乎不約而同地強調魯迅與胡適是反對專制、崇尚自由的文化巨人，甚至連國學最近也站出來扮演“自由引導人民”的文化旗手的角色。然而，人們可能沒有注意到，在非基督教這方面，以上三種思潮是共同一致的。如果基督信仰是民主之根和護理者，那麼，與人們所信奉的正相反，魯迅與胡適及其傳人，不過是中國反自由思潮的文化奠基人。國學、魯迅與胡適，他們從不同的方向上，培育了毛澤東主義及其對中國心靈的統治。
基督教的神是無所不在的全能的神，祂是至善而公義的，超越世界又在歷史當中。這種歷史觀棄絕了把歷史視為偶然性神秘作訪的那種存在主義觀點，也棄絕了把歷史視為經濟決定論的唯物史觀——它也超越了湯因比的挑戰應戰模式，湯因比的理論無法看見挑戰應戰的起源、其背後的制約因素及其限度。這種神導歷史觀當然不是主觀主義的隨意解說，而是建立在客觀真理——即神通過聖經這一特殊啟示清晰明白地展示給人類。這本有史以來最偉大的書，通過有史以來最偉大的“人”耶穌，啟示人類面對所謂挑戰的時候，必須對自己的“應戰”方式承擔責任。順應神的人或邦國將得榮耀，棄絕神的將被棄絕。基督信仰確立了人的自由和責任，並為人類指明了通向解放和永福的“反應”方式（這裡我們不談神秘的預定）。這種簡單清楚的啟示絲毫不差地印證在古代以色列的歷史上，而我們用之來審視世界和中國的近現代史，你會發現神是信實的，祂從不說謊。
在世界範圍內，十八、十九世紀是人類理性勝利的世紀，啟蒙主義、達爾文主義、馬克思主義、存在主義從不同方向上宣布上上帝死了，於是巴別塔事件在人類歷史上以前所未有的規模重新上演。啟蒙主義把人視為神，這些世俗神祉在砸碎教會的同時將法國置於革命的恐怖之中，之後贏得了前所未有的專制統治。達爾文把生命問題轉化為“一個臨床問題”，人的價值僅僅是昆蟲價值的某种放大。馬克思、尼采和希特勒在啟蒙之神和達爾文的無翅昆蟲中發現一群優秀的品種或個體，他們可以通過殺人的方式建立此岸天國。對於存在主義者來說，這個天國是內在的，人的價值在這內在“價值”的目標之下是無意義的，或者只是相對主義的。
希特勒和共產黨人是18、19世紀“非基運動”在20世紀的具體實踐者。希特勒是尼采的傳人。尼采認為“巨人”應該是“一群掠奪的獸，為一征服和支配人的人種。”根據尼采和希特勒的說法，日耳曼民族是被基督教所腐化的，“這輝煌的統治種族之所以腐化的原因，第一是被天主教對女性美德的讚揚，第二是被清教徒和改革派的平民典範，第叄是因與劣等的民族通婚而造成的。”尼采悲哀的說：“如果耶穌從未來過，我們‘奴隸道德’的腐敗就不曾進入人類當中了。”希特勒說 ∶就歷史來說，基督教不過是一個猶太人的宗派。耶路撒冷被毀之後，按邏輯來說，基督教那種如奴役一般的倫理也必須被滅絕才是。為了德國人民和世人，我一定要知道何時該用一些自由人和像神之人的圖畫，去面對這個來自中亞奴隸式的倫理。它不僅只是基督教和猶太教的問題，更是全人類的大事。我們在對抗的是人類所帶給自己的最古老咒詛；更是在對抗人類被扭曲的最正確本能。啊！這位沙漠之神、這位發狂、愚拙、充滿復仇的亞洲暴君，竟敢用他的權謀來制定律法。……猶太人和基督徒都中了那毒，而那毒瀉除了人類自由和奇妙的本能，並且將它們降低至像狗般的醜陋層次。”
希特勒給人類帶來的結果是，大約一千六百萬的人民喪失生命（六百萬猶太人和九百萬至一千萬其它的人。其中大部份是基督徒）。在蘇聯東歐和中國，類似的悲劇同樣發生了——在中國，有8000萬人非正常死亡。人們都紛紛抱怨說，20世紀是人類遭遇戰爭和屠殺最殘酷的世紀。這種懲罰也許可以在19世紀的“非基運動”中找到根源。美國一位著名的牧師說：現代人拒絕神才是20世紀兇殘特質的主因。他轉引一位哲人的話說：“十八世紀聖經被扼殺；十九世紀神被辱殺；廿世紀人被殘殺。”二個世紀以前，在所謂的啟蒙時代，人對聖經的信心開始瓦解。接着一世紀之後，人對神的信心也瓦解；到了廿世紀，這種錯誤的思想達到頂峰，終於導致惡果——人類遭致前所未有的大屠殺。
為什麼會出現這種情況呢？那位美國牧師說：當你貶低上帝時，你就是貶低了人類的生命。對於無神論者來說，殺一隻蟑螂和殺一個人或百萬人都是一樣的，沒什麼差別。沒有對神的敬畏就不可能有對生命的敬畏。人類是什麼？“神就照着自己的形像造人，乃是照祂的形像造男造女。”（創1：27）人是至高神的孩子；他的生命賦有上帝所命定的目的與任務；他註定要與造物者永遠同居天堂。但非基運動的人則認為：人是複雜的動物，和猩猩有關，從最原始的流液，經過分子和氨基酸偶然串聯，而從古老的深海中冒了出來，爬上樹，然後再從上面下來，人是猩猩的表親，和天竺鼠、老鼠也有遠親的關係。另外一種觀點正相反，他們認為人就是神，其邏輯結果必然是某些人是神，而這些神擁有殺人的正當性。