我們首先必須說明，關於基督教歷史的罪惡，教會自己做了最充分的反省。劉曉波所引用的材料，相當部分是教會作家公布的。當然，另一方面，中共的歷史學家關於教會的罪惡，材料更是“充分”。其次，所有指責教會歷史上罪惡的人，他們所秉承的正義觀念，無一不是基督教提供的理念。換言之，他們不過是在用基督教貢獻給人類的觀念在批評教會。最後，關於基督教歷史的罪惡，這些批評完全缺乏歷史感，他把當代的人權觀念用來指責歷史上發生的事情，而在同樣的歷史時期，沒有一個團體有教會那樣進步，那樣文明，那樣為人類作出過如此巨大的貢獻（當我們閱讀下文教會的罪惡的時候，請想想同一時間，當時整個世界、特別是中國的國家和人民在幹什麼。我們不能對人提出超越時空的天使般的要求）。這種指責是不公平的。套用上面的話，無神論知識分子根本沒有資格指責教會歷史上的缺點。你當然可以批評特蕾莎修女的缺點，而且她肯定有這樣那樣的缺點，但我覺得這種指責（儘管同時也讚美了特蕾莎的優點），讓人感到是非常不公平和誠實的。
但是，基督徒將歡迎這種批評。這種批評是一種祝福。他們非常清楚有形教會和無形教會的不同，這點世俗論者不明白。信徒犯罪不等於他所信的是錯的，正如猶大不能代表後來的十二使徒一樣。基督教的信仰是基督，不是基督徒。教會的一些罪恰恰反證了基督教關於“沒有義人，一個都沒有”、“你們得救是本乎恩，並因着信”這些真理。沒有人是無罪的，沒有神人完全沒有指望。英國史學家保羅強森(Paul Johnson)說：“在這樣的歷史中，每一頁都可見到基督教領袖的愚行和邪惡，但是在我閱讀這些資料的過程中我漸漸地了解到，人們不是因為他們信了基督教才去做惡事，而是應該說，儘管他們有基督教信仰，可是仍舊在犯罪。基督教不是犯罪的源頭，反倒是約束人們犯罪的最高力量（且往往是唯一的力量）。‘有’ 基督教的約束，人類的記錄就已經是那麼可怕了；更何況若‘沒有’基督教的約束力，那麼過去2000年的歷史一定是更加恐怖了！” “過去2000年的歷史一定是更加恐怖了！”這一更加恐怖的歷史，我們已經領教過了。
甘－雅各說：“我們反倒是一再地被提醒（到了近乎令人受不了的地步）有關教會的一些醜行——如十字軍東征、異教裁判所(Inquisition)、濫殺巫師等等——仿佛這些惡行就是整個基督教的歷史。我認為說這話的這人實在很無知，有太多人根本搞不清楚歷史真象。其實是傳福音的基督徒受到了異教裁判所的迫害，而不是他們去迫害別人。”這位牧教簡單疏理了世俗論者所不厭其煩地批判基督教的幾個著名的“事實”：
1、十字軍。十字軍的形成是為了對抗回教。七世紀時，穆罕默德的信仰被用刀劍大力地廣傳，成千上萬的基督徒被迫改信宗教，或者被殺。屬基督教國度的拜占庭王亞歷克賽(Alexius)試圖驅逐突厥人，卻末能成功，於是向教皇請求協助。1095年法國的烏爾班二世(UrbanⅡ)發表了歷史上最動人的演說之一，成千上萬的戰士、武士便動員起來組成了大軍，前往驅逐聖城的異教徒。“十字架士兵”到達耶路撒冷後，就大開殺誡屠殺了當地居民，當時的戰爭都是如此野蠻。五十年後，第二次的十字軍東征。這次的徵召的成員除了少數例外，絕大多數是極其邪惡、不敬虔的人，還有褻瀆神的人、殺人犯、作偽證者等，他們根本不是基督徒。後來的十字軍東征更糟糕。好戰的回教徒有可蘭經的支持與認可——可以用武力傳教(可蘭經第九章29節)，但是基督徒用作戰傳教則與基督信仰不符。
2、異教裁判所。異教裁判所成立於 1233年，其作用就是達到法庭的效用；目的是為判決被控為異端的基督徒是否真的有罪。亨利李博士(Dr. Henry Charles Lea)在 1888年寫了一套三冊的書，書名是《中古世紀異教裁判史》(A History of the Inquisition of the Middle Ages)。他說，要認識異教裁判所就得先知道當時教會的腐敗情形；聖職買賣盛行，主教、神父，有時甚至連教皇的職位都是買賣得來的。簡而言之，在那時候，教會的各個階級有許多“不神聖”的人。巴瑞特(David Barrett)博士說在西班牙異教裁判所就燒死了一萬二千人。拉克爾(Herbert Lockyer)估算在各國異教裁判所被判死刑的總人數有三萬人。異教裁判所的作為絕對是錯誤的，找不到任何為它辯護的理由，至今仍無人為這段基督教史上最殘酷黑暗的一頁撰文作為辯解。但是，異教裁判所的成員不是真正的基督徒，它所迫害的絕大部分是真正的基督徒。西班牙異教裁判所尤其值得一提，在十五世紀末，腓德南國王(King Ferdinand)和伊莎貝拉皇后(Queen Isabella)正忙着把四分五裂的土地(當今的西班牙)統合起來，西班牙異教裁判所之建立，目的之一“是為了推動國家的統一”。
3、塞勒姆女巫的審判。中古世紀時期，有許多人以基督之名將成千上萬的女巫冠上罪名處死。但這種歇斯底里的現象最後是在教會的協助下才終止的。馬特 (Increase Mather)和他的兒子科頓(Cotton)帶領時的清教徒牧師們出面公然反對。馬賽寫了一本小冊子叫《良心的個案》(Cases of Conscience)，文中極力呼求眾人回歸聖經的教導，如此才將這種以扣帽子殺人的情形止住。誠如學者貝理米勒(Perry Miller)所作的結論：“馬塞——獨自地——結束了這場謀殺事件。”我很欣賞劉曉波為美國虐囚事件的辯護，他說，那畢竟是美國記者披露的，是美國自由的表現。我以為這個邏輯也可以用在上面的事件上。與此相關，包括劉曉波在內的中國知識分子關於加爾文的概念，基本上都受茨威格《異端的權利》一書的影響。一方面，這本書同樣沒有考慮加爾文時代的歷史背景和當時的宗教法律狀況，而用當代的人權觀念苛求歷史; 另一方面，對加爾文這位美國的精神之父缺乏了解。
與此形成鮮明對比的是，基督教在歷史上的貢獻無與倫比。我們可以這樣說，世界上每一個人都是有罪的，但基督徒相對來說貢獻最大。我們不能在這世界上找到天使和鬼魔的對立，只能在較小的惡和較大的惡之間作出劃分。當那些較大的惡攻擊較小的惡的時候，對於小惡是一種祝福，以便讓他們做得更好。但這種批評對於大惡來說，則是偽善的，因為他們所犯下的罪惡，其罪滔天，並因從不反省而未能止息。在一世紀以前，洛威爾（James Russell Lowell）代表美國國務院出使英國，在一個晚宴上，有一些人嘲笑攻擊基督教（特別是宣教工作），他大聲說：“我挑戰任何一位懷疑論者，讓他在這地球上找出一個十平方哩的地方，在那兒人們可以平安而有尊嚴地生活，婦女受重視，嬰兒和老人受尊敬，人們可以在那兒教育子女；而這個地方尚未有耶穌基督的福音先去鋪路開先鋒。如果懷疑論者可以找到這麼一個地方，我鼓勵他移民過去，到那兒去傳講他們的‘不信’”。
五、教會的種子
中國知識分子精英人物還沒有從文化義和團中徹底出走。他們所說的上帝不是亞伯拉罕、以撒和雅各的上帝，他們所說的美國也不是華盛頓、林肯和布什的美國。他們說的科學不是牛頓和帕斯卡爾的科學，他們說的民主不是托克維爾和阿克頓所說的民主。被中國自由派知識分子正確地奉為自由主義大師級人物的托克維爾在考察過美國民主之後說：“當一個民族還缺乏宗教所薰陶出來的自我駕駑能力的時候，這個民族就還沒有為自由的到來做好充分準備。”另外一位自由主義思想家阿克頓說：“除了依靠法律，自由還需要宗教和良心的支持。那些對神或對人格神或對哪怕是惡魔一樣的神缺乏信仰的民族，那些有着嚴格的等級制度特徵，財產權觀念不發達的民族，都是自由生長的障礙。”在中國自由派知識分子的詞典里，孟德斯鳩、柏克、洛克等自由派大師也受到了同等的尊重，儘管他們用不同的方式說過同樣的教訓。所以我不知道中國知識分子倒底尊敬他們什麼。
中國仍然是非基的政府、非基的知識分子和非基的人民的政治聯合體，儘管他們也彼此為仇。這種對立從來沒有超越過上個世紀文化義和團運動建立的共同基礎。相對來說，似乎政府方面對自由的宗教根基更為敏感，他們將蔡卓華等僕人投入監獄，有它深刻的政治上的焦慮。當然，這個民族的知識分子已經開始誠實地、激烈地尋求自由，但是無論如何，“這個民族就還沒有為自由的到來做好充分準備。”但是，我們也看到了一些變化，而這一點，先知以塞亞早就預言了——
“耶和華如此說：在悅納的時候，我應允了你；在拯救的日子，我濟助了你。我要保護你，使你作眾民的中保〔中保：原文是約〕；復興遍地，使人承受荒涼之地為業。對那被捆綁的人說：出來吧！對那在黑暗的人說：顯露吧！他們在路上必得飲食，在一切淨光的高處必有食物。不飢不渴，炎熱和烈日必不傷害他們；因為憐恤他們的必引導他們，領他們到水泉旁邊。我必使我的眾山成為大道；我的大路也被修高。看哪，這些從遠方來；這些從北方、從西方來；這些從秦〔原文是希尼〕國來。諸天哪，應當歡呼！大地啊，應當快樂！眾山哪，應當發聲歌唱！因為耶和華已經安慰他的百姓，也要憐恤他困苦之民。”（賽 49:8-13）
這些變化的信息特別通過蔡卓華等人的遭遇顯示出來了，中國正處於人類有史以來規模最大的福音復興運動之中。因為，“殉道者的血是教會的種子”，而教會，是整個社會文明的種子，信徒是社會的光和鹽。
遺憾的是，世俗統治者並不真正不了解自由，更不了解信仰。自由的歷史，首先是基督徒追求心靈自由的歷史，是苦難和逼迫中蒙恩的歷史。根據使徒行傳記載，苦難的經歷與聖靈的經歷是不可分離的。有教牧說：在使徒行傳中，二章五旬節聖靈充滿降臨馬可樓，在三章使徒受官府的逼迫，而在四章又重新得到聖靈充滿。在五章因亞拿尼亞和撒非喇欺哄聖靈一事而受試煉，在六章選出七位被聖靈充滿的執事，而後發展成為堅強的教會組織，又在七章出現了司提反執事殉道事件。初期教會從一世紀開始到四世紀 ——再具體說就是到主歷313年的米蘭赦令(教會解放宣言)，聖靈的能力在迫害、試煉和痛苦中強有力地表現出來了。通過親自經歷耶穌的十字架，親自體驗充滿活力的信仰，教會得以活潑地成長發展起來。因此，初期教會的神學家德爾圖良(Tertullian)教父說：“殉道者的鮮血是教會的種子”。在教會成長中發揮種子作用的正是殉道式的信仰。
　　國家為什麼迫害基督徒呢？羅馬帝國的皇帝迫害基督教和基督徒的直接動機是政治上的原因。基督徒認為除耶穌以外，不能稱任何人為主，惟有耶穌基督是他們的主(Κυριο?)，他們無法稱羅馬皇帝為主，無法尊敬和敬拜他。基督徒被迫害，也是因為他們的生活對當時的社會制度構成威脅。例如基督徒信主後，將他們擁有的奴隸釋放；這行動在當時的人看來，真是大逆不道。而且，未經政府批准而釋放奴隸，是可以被處死的。但基督徒卻遵行愛弟兄的命令，冒死釋放奴隸，這樣更造成其他人對他們的敵視。這種情況在20世紀是一脈相承的，卡爾-巴特在第三帝國中公開宣布，上帝是上帝，這是希特勒所不能容忍的。這種狀況可以解釋635年以來，中國信徒在任何歷史時期所遭遇迫害的主要理由。基督徒強烈抗議把人視為神，而把（某些）人視為神是東方專制主義的精髓。