巴勒斯坦解放組織在失去西岸總部之後，搬到了約旦。法塔赫勢力增長飛快，在約旦率領土建立了自己的國中國，控制了多處戰略要地，包括扎爾卡（Az Zarq）附近的煉油廠。1970年6月開始與約旦政府公開作戰。

雖然其他阿拉伯國家盡力調和，在同年9月巴勒斯坦組織劫機並摧毀三架國際班機之後，約旦國王侯賽因親王於9月16日宣布軍令狀，下令逐出法塔赫。侯賽因國王已經討厭了被指責對以色列屈服，向反以武裝集中的難民營派出部隊，

當日阿拉法特成為巴勒斯坦解放軍總司令，約旦內戰開始。敘利亞出兵支援巴解組織，派出200多坦克入侵約旦。主要戰役是在約旦軍隊和巴解之間。

為防止衝突擴散，美國派出第六艦隊到地中海東部，以色列調動軍隊，準備幫助約旦。

到9月24日，約旦軍隊獲得勝利，法塔赫成員多被殺害，成千上萬名巴勒斯坦人死亡。這次行動被稱為“黑色九月”。倖存者別無選擇，為躲避報復逃往黎巴嫩。逼迫阿拉法特簽訂停火協議。這個月份在約旦歷史上稱為“黑色九月”。

約旦內戰對巴勒斯坦解放組織造成重大打擊，並由此視胡賽因國王為叛徒對其強烈反抗。