中國歷代正史均將高句麗列為中原王朝四圍的外夷進行介紹。王氏高麗自稱繼承高句麗，自《舊五代史》開始，歷代正史卻將高氏高句麗與王氏高麗王朝混淆，認為兩者有繼承關係。關於中國史書將之混淆的原因，從《續資治通鑑長編》卷323宋元豐五年（1082）二月己巳條可以看出：“史館修撰曾鞏言：‘竊考舊史，高句驪自朱蒙得紇升骨城居焉，號曰高句驪，因以高為氏，歷漢至唐，高宗時其王高藏失國內徙。聖歷中，藏子德武安東都督，其後稍自為國。元和之末嘗獻樂工，自此不復見於中國。五代同光、天成之際，高麗王高氏復來貢而失其名。長興三年乃稱權知國事王建遣使奉貢，因以建為王。建子武，武子昭，昭子伷，伷弟治，治弟誦，誦弟詢，相繼而立。蓋自朱蒙至藏，可考者一姓九百年，傳二十一君而失國。其後，復自為國，而名及世次興廢之本末，與夫王建之所始，皆不可考。” 高句麗21王的譜系清晰可考，但高句麗滅亡之後幾百年，怎麼會出現一個王建的高麗來，史館坦承“皆不可考”。然而，王氏高麗向宋朝奉上了一個將王氏高麗和高句麗連接起來的“高麗世次”，中國各政權從此不辨兩個高麗。

雖然高麗王朝認為國家之本是三韓(王建臨終前的“十訓錄”中稱自己建國乃是“賴三韓山川庇佑”),但朝鮮歷史上的史書自高麗王朝時期的《三國史記》開始，也將高句麗作為朝鮮半島上的國家進行記載。《三國史記》在高句麗寶藏王本紀後對高句麗歷史做了總結：“論曰，玄菟樂浪，本朝鮮之地，……近也，高句麗自秦漢之後，介在中國東北隅，其北鄰皆天子有司，亂世則英雄特起，僭竊名位者也。可謂居多懼之地，而無謙恭之意，侵其封場以仇之，入其郡縣以居之，是故兵連禍結，略無寧歲。及其東遷（此謂遷都平壤——馬注），值隋唐之一統，而猶拒詔命以不順，囚王人於土室，其頑然不畏如此。故屢致問罪之師，雖或有時設奇以陷大軍，而終於王降國滅而後止。然觀其始末，當其上下和、眾庶睦，雖大國不能以取之，及其不義於國、不仁於民，以興眾怒，則崩潰而不自振。故孟子曰：‘天時地利，不如人和’，左氏曰：‘國之興也以福，其亡也以禍。國之興也，視民如傷，是其福也，其亡也，以民為土芥，是其禍也。’有味哉斯言也。夫然則凡有國家者，縱暴吏之驅迫、強宗之聚斂，以失人心，雖欲理而不亂、存而不亡，又何異強酒而惡醉者乎？”《三國史記》作為高麗王朝史學的代表作，認為高句麗對內治理不善以及對外與中國中央王朝對抗是導致滅國的根本原因。這些記載體現了以高麗王朝對高句麗王朝的關注。

對於高句麗的歷史歸屬，中國、朝鮮和韓國的現代學者自20世紀後期以來存在較大爭議。中華人民共和國在1949年建國之後，將高句麗視為朝鮮歷史，但自20世紀80年代以後，這種觀點開始得到改變[1]，2002年正式開始的東北工程闡明了高句麗歷史屬於中國歷史範疇，高句麗國家是中國歷史上的地方政權，高句麗民族是中國古代的少數民族的主流觀點。中國認為高句麗屬於中國歷史的依據是：高句麗民族和國家的形成在中國的歷史疆域範圍內（萁子朝鮮、衛滿朝鮮以及漢朝四郡）、其後雖然都城遷移到今天的朝鮮境內、但也沒有脫離漢朝四郡的範疇，在高句麗滅亡後大部分領土和人口再次歸屬於中國中央政權並延續到現在。由於有部分高句麗人流入新羅並構成現代朝鮮民族的一個來源，部分持上述觀點的中國學者不反對朝鮮和韓國將高句麗也視為朝鮮民族和國家的淵源之一。

朝鮮與韓國在1945年解放分開獨立之後，分別進行了高句麗史的研究，其共同的特點是認為高句麗僅是朝鮮歷史上的國家，並且漢朝四郡本來朝鮮之地，高句麗曾經抵抗過中國的侵略。朝鮮學者認為，朝鮮史學只以新羅為主體的敘述是錯誤的，高句麗新羅百濟—新羅渤海—高麗才是朝鮮歷史的正統，這種史學觀點被認為與朝鮮希望確立半島北方為“正朔”有關。韓國在建立後的二十年內，主流史學界對高句麗問題均不重視。但是進入七十年代以後，隨着經濟騰飛，國力強盛，興起了“高句麗熱”。韓國軍方出版的歷史讀物，聲稱要追憶起“我們民族在滿洲原野馳騁的榮光”以及“民族獨立和雄飛的歷史”。

對於高句麗歷史歸屬問題的爭議，當前主要存在於學術界和民間，在外交方面,自2004高句麗歷史爭議風波過後,中、朝、韓三國政府基本保持了緘默的態度。