傳統認為，閩南人和客家人是不折不扣的漢人，但新的分析卻發現，這些所謂的台灣人其實是大陸東南沿海原住民「越族」的後代。

據台灣中央日報報道，馬偕醫院輸血醫學研究室醫師林媽利最近發表一項「從組織抗原推論閩南人及客家人，所謂『台灣人』的來源」報告，這份報告針對大陸東南沿海地區移民的後代，在基因上經族群系統發生樹和族群相關分析發現，閩南人和客家人是屬於南亞洲人種，恰好配合民族史的記載，認為台灣人是大陸東南沿海原住民「越族」的後代，這項報告並已刊登在國際知名的醫學期刊上。

馬偕醫院研究一百二十三個做家族血緣關係的家族，其中有一百六十七人是沒有血緣關係的台灣人，且另取了七十五個互相無血緣關係的客家人血液檢體，進行組織抗原（HLA）的測定，結果顯示，A33－B58－DRB1＊03（A33－Cw10－B58－DRB1＊03－DQB1＊02）是台灣人最常見的組織抗原半套體，頻率為百分之六點三，這半套體在新加坡華人及泰國華人也很常見，顯示這是被完整保留下來的古代越族基因。

林媽利表示，組織抗原是多變異及多樣化的基因系統，是研究族群關係很好的材料，組織抗原在不同族群間所顯示的差異比別的基因系統還要明顯，且利用組織抗原的半套體研究時差異更顯著，是一個很好的研究族群關係的指標。

馬偕醫院輸血醫學研究室醫師林媽利表示，台灣人是台灣島上最大的族群，以前研究人員曾發現，台灣人百分之十三的基因是來自原住民，但在與台灣原住民進行比對後，卻沒有像想像中的有許多原住民的基因。

馬偕最新的研究發現，閩南人和客家人是來自大陸東南沿海原住民越族的後代，族群系統發生樹顯示，閩南人與客家人有相當一致的基因，所以先合在一起，然後再和泰國華人、新加坡華人合併成一枝，而這些族群都是起緣於東南沿岸的原住民越族。

林媽利表示，台灣人一直自認，祖先是來自中國北方的中原，在漢朝及以後的幾百年當中為了逃避匈奴的侵略而南遷到中國大陸東南沿海地區，台灣人應該算是北方中原漢人的純種後代，但研究卻發現，台灣人明顯與北方的漢人分開。

慈濟骨髓登錄資料所建構的族群系統發生樹也顯示，台灣人和南方漢人合併，但和北方漢人分開。其他許多組織抗原的研究及別的基因和遺傳標誌，像免疫球蛋白、血型、葡萄糖六磷酸去氫酵素及染色體ＤＮＡ微衛星等，都明顯的把台灣人和北方漢人分開。

經比對證實，閩南人和客家人來自大陸的越族，越族是指大陸東南沿海的居民，在漢朝以前因為這地區文化的多樣性而被稱為「百越」。

除了春秋戰國的吳越相爭及在漢朝時期部分越族的北移外，在中國的歷史並沒有太多有關越族的記載，因為在中國的歷史除了中原文化外，其他族群均屬「蠻族」。