靖康元年(公元1126年)，秦檜為金人擄獲後，淪為了囚徒。建炎四年，金朝攻楚州，秦檜全家回宋，但是關於秦檜的南歸，疑團重重。他自己說是“殺監己者奔舟而歸”，對此當時人就很懷疑，但因有宰相范宗尹、知樞密院事李回的極力保薦，所以才被高宗接納，最終令高宗對他深信不疑，並委以重任。
紹興初做過宰相的朱勝非在《秀水閒居錄》中說：“秦檜隨敵北去，為大帥達賚(又名達懶、達蘭，即完顏昌)任用，至是與其家得歸。檜，王氏婿也。王仲山有別業在濟南，金為取千緡其行，然全家來歸，婢僕亦無損，人知其非逃歸也。”另外有記載說，秦檜在金朝獻和議書，當時金統治者賜他錢萬貫、絹萬匹。實情是，建炎三年，金兵南侵時，秦檜作為金太宗之弟撻懶的隨軍轉運使同行。臨行前，秦檜欲攜其妻王氏南下，又恐撻懶不允，於是假裝爭吵，並故意讓撻懶知曉，終於獲准。
宋嘉定七年(金貞二年)，金宣宗為避蒙古的兵鋒，迂都於南京(汴京)，著作郎張師顏在《南遷錄》中記載過此事，其中兩處提及秦檜。一次是討論是否遷都，直學士院孫大鼎在講到遷都的必要性時說：“天會八年(宋建炎四年)冬，諸大臣會於黑龍江之柳(御?)林，陳王悟室憂宋氏之再興，其臣如張浚、趙鼎則志在復仇；韓世忠、吳則習知兵事，既不可以威服，復構怨之已深，勢難先屈，欲誘以從，則陰縱秦檜以歸。一如忠獻之所料，及誅廢其喜事貪功之將相，始定南疆北界之區劃，然後方成和議，確定誓書，凡山東、淮北之民多流寓於江南，及杜充、張忠彥之家屬悉令發還，蓋懼在南或思歸南，鼓煽搖惑，易以生隙，務令斷絕，始無後患。”
還有一次在蒙古軍攻陷復州、順州時，被俘的金同知縣趙子寅、督運天使張元應二人得以逃脫，他們回來後建議遣使向蒙古乞和，金宣宗下旨封趙子寅為直昭文館，張元應為總天馬飛龍十七監。權給事中兼知制誥孫大鼎封還錄黃，奏曰：“多事之世，士無常守，外順內逆，惟利所在。子寅、元應之歸，朝廷以其言遣使，遂以為誠，臣深疑之。自天統之中，至今三十年，北兵陷執官吏不知其幾多，不知其存亡，傳聞戮辱囚苦，皆是求死。獨此二人忽然逃歸，情態張皇，氣貌不改，恐未必非敵之間。古事臣不必言，謹按國史，天會八年冬，諸大臣慮南宋君臣之刻苦於復仇，思有以止之，而勢難於自屈。魯王曰：‘惟遣彼臣先歸，因示空(恐)脅而使其臣順。遵之，我佯不從，而勉強以聽，感可以定。’忠獻曰：‘我軍初到太原，孝純見霍安國之使，使來迎降。即得太原，一鼓渡河。取洛陽。圍大梁，皆由先取河東，彼此誰不怒之，仇之，如何得位得志?此事在我心中三年矣，只有一秦檜可用。檜初來說趙臣得人心，必將有所推立；不及半年，其言皆驗。我喜其人，置之軍中，試之以事，外拒而中委曲順從。間語以利害，而檜始言南自南，北自北。’”
