1 佛教概貌
西晉亡後，以原瑯琊王司馬睿為首的一部分皇室和士族東渡，在江南建立了偏安的東晉王朝。東晉在階級結構和政治制度上是西晉的繼續，社會學術思想也大致相同。但在繼續以《老》、《莊》等道家經典為玄學談論對象外，以清心養性、服藥長生為主要內容的道教，在上層社會中，得到更廣泛的信仰。繁榮於魏吳西晉的佛教般若學，成了佛教占主導地位的思潮，並滲透到了上流士大夫階層，湧現出的名僧和議論佛理的名士越來越多，推動了佛教在江南社會的迅速擴展。
帝王貴族奉佛
《高逸沙門傳》謂：“元、明二帝，游心虛玄，托情道味”。其實，東晉諸帝，無不信奉佛法，結交僧尼。晉元帝曾詔令沙門竺道潛入內殿講經，可以著屐登殿。晉明帝善書畫，尤善畫佛像，掛於宮西南之樂賢黨；又在皇興寺召集義學沙門百餘人講論佛道。哀帝“好重佛法”，曾請竺道潛入宮講《大品般若》。簡文帝“尤善玄言”，親臨瓦官寺聽竺法汰講《放光般若》。孝武帝立精舍於殿內，引沙門居之，允許僧尼出入宮廷，干預政事。他和瑯琊王司馬道子尤敬尼姑妙音，妙音顯赫一時，“供■無窮，富傾都邑”，“權傾一朝，威行內外”，公卿百官竟相奉承給交，門口常有車馬百餘輛。晉恭帝更是“深信浮屠道”，造丈六金像，往瓦官寺迎接。
東晉王朝的政權，實質上掌握在王謝庾桓等世家大族中。他們也多是佛教的支持者，其中王導、王敦、瘐亮、謝安、謝石、郗超、謝琨、桓彝、周、周嵩、王恭等，都與名僧有密切交往。王導之子王洽、王珣、王珉，其孫王謐，以及其他著名文士如許珣、戴逵、王羲之、顧愷之、謝靈運、孫綽，都曾向當時高僧問學，或執弟子禮。中書令何充與其弟何准信佛尤專。何充“性好釋典，崇修佛寺，供給沙門以百數，糜費巨億而不吝”，但親友貧困卻不肯接濟，遭到時人譏諷，中軍殷浩被廢后，大讀佛經。遇到不懂的名詞概念，則作出標記，向僧人請教。如眾所知，此類豪門強族和文人騷客，構成了當時提倡玄談的名士。
王導“過江左，止道聲無哀樂、養生、言盡意之理而已”，也就是說，只是重複西晉在洛陽的舊話題，沒有新意。自向秀、郭象注《莊》，創崇有派新理論之後，東晉玄學的理論重心，已經轉向佛教義學方面。東晉名士普遍向名僧求教，闡發佛理，就是這一轉變的標誌。
名士佛學
名士奉佛，在思想傾向上大體有兩種類型，其一是像桓彝、謝琨等屬所謂“八達”中的人物，“散發裸程，閉室酣飲”，繼承玄學中放浪形骸不拘禮法的傳統，同《般若》、《維摩》的大乘空宗接近；另一類是調合佛教同儒家的正統觀念，也很注重佛教的因果報應和佛性法身等說，傾向於佛教有宗。後者的代表，是孫綽和郗超。佛教義學向文人學士中間的滲透，與當時道教思潮的興盛相協調，影響於書法、繪畫、詩歌、文學的題材、情調和風格，是前所未有的。
孫綽（320—377）曾著《道賢論》，把兩晉竺法護、帛遠、支遁等名僧比作魏晉之際的“竹林七賢”，各為之吟詠讚嘆。又作《名德沙門題目》，品題道安、法汰、支愍度等名僧。他是很明確地用玄學名士的標準來評論當時名僧的。現存他寫的《喻道論》，則把佛視作“體道者”，其“無為，故虛寂自然；無不為，故神化萬物”，則是以玄學慣用的《老子》語言，塞進大乘法身與化身的思想。他特別宣稱“周孔即佛，佛即周孔”，提倡儒佛全面一致，唯內外有別而已。
郗超，曾在桓溫時為中書侍郎，權勢傾朝，與竺法汰、支遁等討論佛教般若學，被譽為“一時之俊”。其所著《奉法要》，論述佛法要點，是東晉士大夫對佛教的典型認識，屬中國佛教義學史上的重要文獻。此文提倡用佛教五戒“檢形”，用十善“防心”。善惡有報，天堂地獄，均系乎心，強調人們必須“慎獨於心，防微慮始”。這樣，就把本已突出超脫的人生哲學，解釋成了一種治心從善的道德學說，把佛教的道德作用提到了首位。此文特別改正了中國傳統上認為積善積惡必將禍福子孫的報應說，認為“善自獲福，惡自受殃，是禍是福，都是自作自受，不能延及後代親屬”。據此，他推演人生遭遇，“通滯之所由，在我而不在物也”。郗超對般若學也有獨特的認識：般若之“空”，決不是“空中行空”，“夫空者，忘懷之稱，非府宅之謂也……有無由乎方寸，而無繫於外物”，故“非滅有而後無”。對般若空觀的這種解釋，就是後人稱為“心無宗”的一種具體主張。
佛寺與僧尼
據唐法琳《辨正論》記，東晉共有佛寺 1，768所，僧尼24000人。皇室貴族競相修建寺廟，成為東晉王朝奉佛的一個特點。晉元帝立瓦官、龍官二寺，明帝建皇興、道場二寺，成帝建中興、鹿野二寺，簡文帝建波提、新林二寺；康帝褚後造延興寺，穆帝何後建永安寺，恭帝褚後建青國寺；彭城敬王司馬純建彭城寺，會稽王司馬道子建中寺等三寺。此外，中書令何充、侍中王坦之、右將軍王羲之等也各造名寺。這些佛寺都建在建康及其周圍，至於地方上一些佛寺的修建情況，可以由此比知。
佛寺本是僧尼聚居生活的處所，主要有兩個職能：一是作為佛教偶像供養和進行法事活動的據點，直接影響周圍民眾；二是作佛教義學活動的中心，進行佛教經典、宗教哲學、道德文化的創造，與社會知識層溝通。佛教建築、雕塑、繪畫、音樂等藝術形式，大部分表現在寺院及其活動中。
佛寺的修建費用和僧侶的生活費，主要依靠權貴和富有者的布施捐贈。作為施主，他們的目的大都是為了修福免災，其社會效果，是吸引了國家中的某些游離分子進入僧侶隊伍，同時縮減了遊方乞食僧侶的數量。因此，寺院的發展，一方面反映了一些人存有濃厚的恐懼心理，同時也反映了國家安定和富裕的程度。
當時寺院和僧侶的另一種收入就是“營生”、“自供”，包括墾殖田圃、商旅博易、聚畜委積、機巧異端、占相賣卜、行醫治病等，其中農耕、行商、工藝、高利貸等，構成寺院經濟的獨立部分，使佛教與世俗社會更緊密地聯結起來。經營俗業、管理財務，也成了寺院的另一職能。
佛寺按性別分男僧寺和女尼寺。內地的女性出家者，最早可追溯到兩晉之際，有淨檢等20餘人，第一個尼寺就是為她們修行在洛陽建造的竹林寺。後趙時有更多的女性出家，僅從安令首為尼的就有200餘人。東晉治下的江南，婦女出家為尼特別突出，像尼曇備有徒三百人，尼僧基亦有徒數百人。何充所造建福寺，是建康的第一個尼寺。諸皇后所建寺院，主要為安置女尼。女尼的領袖人物，多半出身官僚士大夫家庭，她們的作用，幾乎與男僧相同：康明感“專篤禪行，戒品無愆”；尼曇羅、道儀等，博覽經律，精心妙理；尼道容逆知禍福，為明帝、簡文帝所敬；尼妙音博學內外，為孝武帝和司馬道子所重，並直接參與朝政。
佛法與禮法之爭
佛教的發展，在社會中形成了一個前所未有的新階層，即僧侶階層。他們的人數雖然不多，但影響巨大，至東晉已顯示出其與世俗社會相矛盾的方面。晉成康之世（326—344），中書監庾冰輔政，代晉成帝詔，斥責沙門不向王者致敬是“矯形骸，違常務，易禮典，棄名教”，為了統一國家的禮制、法度，統一王權，沙門必須盡敬王者。尚書令何充與左右僕射等聯名反覆上奏，認為佛教五戒之禁，實助王化；奉上崇順，出於自然，反對讓沙門盡敬王者。這是有史以來有關中國佛教同國家政權關係問題第一次高層次的討論，也反映了外來佛教儀則與中國傳統禮法的矛盾。後來庾冰的主張未被採納實行。東晉末年，太尉桓玄專政，曾重申庾冰之議，受到中書令王謐、高僧慧遠的反對。及至桓玄篡位成功，又取消了前議。原因是雙方作了妥協：佛教主動表示為王權服務，而當時的王權還沒有能力統一禮制。
早在隆安年間（397—401），桓玄即提出沙汰僧眾的意見，其中提到佛教泛濫，“京師競其奢淫，榮觀紛於朝市，天府以之傾匱，名器為之穢黷，避役鍾於百里，逋逃盈於寺廟，乃至一縣數千，猥成屯落，邑聚游食之群，境積不羈之眾”，因而要求追查沙門名籍。義熙年（405—417），“江左袁、何二賢”，與桓玄持論相近，更列佛教為“五橫”之一，嚴加斥責。從最高執政到文士輿論看，佛教對於當時國家的政治和經濟，對於社會的道德和安寧，都已形成相當的危脅。其不歸屬於寺院管理的僧侶，為數當大大多於法琳的統計。桓玄曾要求稽查沙門名籍，也未辦成。
2 般若學的盛行和六家七宗
漢魏以來，般若經類受到內地士大夫的特別青睞。東晉般若學進一步盛行，王室貴族和一切奉佛的士族官僚，幾乎沒有不研習《般若》思想的。《般若》成了名士玄談的重要資料，般若學上升到東晉佛教顯學的地位。所謂名僧，一方面需要有《老》《莊》等傳統文化的較高修養，但其成名，大都由於講說般若能出“新義”。
據姚秦僧督總結，在鳩摩羅什之前，般若學的發展有兩個階段，即“格義”和“六家”。“格義”是用《老》《莊》等中國固有的名詞去解釋佛教思想的一種方法，從竺法雅到道安，魏晉以來大多數知識僧侶都經過這個階段。道安後期覺察到了“格義”對理解佛理的乖違，轉而譯介《毗曇》。因為《毗曇》採取給概念下定義的方法表達佛理，其準確性是“格義”所不可比擬的。但這並沒有在根本上動搖人們繼續從傳統文化和現實需要的角度解釋佛理的總趨向。
僧叡所說的“六家”，未指明是誰。與僧叡同學的僧肇，點出了三家的要義。隋吉藏沿襲僧肇三家之說，略有發揮。唐元康的《肇論疏》，引梁寶唱《續法輪》雲，劉宋曇濟作《六家七宗論》，並列出各家名目，所謂“本無宗”、“本無異宗”，“即色宗”、“識含宗”、“幻化宗”、“心無宗”、“緣會宗”。這裡所謂“宗”，不是宗派，而是指一類主張；其所用的名目，在般若經類大部能找到出處，以此概括當時流行的思想，大體反映了東晉般若學的面貌。
據僧肇介紹，“心無者，無心於萬物，萬物未嘗無”，與上述郗超的說法相近。劉孝標則謂，“心無”是指“佛智”作為本體存在的“虛無”狀態，因為只有“虛而能知，無而能應”。此宗的代表人物有支愍度、竺法蘊、道恆等。僧肇又介紹說：“本無者情尚於無多，觸言以賓無。故非有，有即無；非無，無即無”，否定一切存在，連“假有”也不承認。此說在文字上近於竺法汰主張的本無義：“非有者，無卻此有：非無者，無卻彼無”。但法汰的側重點在破除主觀“執着”，與前者主客觀一併否定者不同。吉藏認為，道安也主“本無義”，謂“無在萬化之前，空為眾形之始”，這是從“業感緣起”的角度講“本無”的：凡因緣造就的現象，本性皆無。吉藏認為，此屬般若正義，不能列入“偏而不即”的“六家之內”。”本無異宗”主張“從無出有”，“無”是派生萬物的本原，與《老子》“有生於無”的命題相似，所以受到後來的佛教學者的普遍反駁。關於“即色宗”，僧肇轉述說：“即色者，明色不自色，故雖色而非色”。吉藏以為主此說者有兩家，其一是“關內即色義”，另一家是支遁。前者以為“色”由“極微”構成，故雖“色”而空，但極微則“實”，屬於小乘“破拆空”之說；後者認為“色”由“因緣”造成，或相對言“色”，故“色”是空而“因緣”與相對物不空。其餘諸宗的說法，雖有細小差別，但內容大體相近。
持“六家七宗”之說的僧人，大都往來於王室豪族之中。如竺法汰先投身桓溫於荊州，後至建康為簡文帝所敬，請講《放光經》，王侯公卿莫不畢集。法深（琛），名竺潛，原是王敦之弟，渡江之後，受到中宗、元後和明帝禮遇，為丞相王茂弘、太尉庚之規所敬友，號稱“方外之士”，曾受哀帝詔，於御筵開講《大品》。《高僧傳》本傳記，“潛嘗於簡文處遇沛國劉惔，惔嘲之曰，道士何以游朱門？潛曰：君自睹其朱門，貧道見為蓬戶”。這種身游朱門，目為蓬戶的說法，活畫出一些名僧的品格和風度。支愍度在過江之始，與人謀日：“用舊義往江東，恐不辦得食”，遂立“心無義”。可見有些名僧立義，主要在於迎合時尚，投靠高第，不一定自己就信仰和堅持某種觀點。
另一個接近王室而又影響極大的名僧是支遁。支遁字道林（314—366），時人評他不減王弼，比作向秀。與王洽、劉恢、許珣、殷浩、桓彥表、王敬仁等一代名流過往甚密，尤為謝安所重。晚年曾為哀帝講《通行般若》，郗超、王羲之等師其學說。著有《釋即色本無論》、《即色游玄倫》、《道行旨歸》、《妙觀章》等，用“即色本無”和“即色游玄”兩個命題，把般若的“空觀”同莊子的“逍遙”結合起來，使般若學和玄學都達到了一個新的水平。《世說新語·文學篇》載，他所注《莊子·逍遙遊篇》，被認為拔理於郭象、向秀之外，稱為“支理”。自此之後，解《莊》的權威，也移向了僧侶。
魏晉般若學流行的原因，與玄學產主和發展的原因大致是同樣的。東晉是一個極不穩定的朝代，經常發生的社會動盪和政治危機，使士族階層中本來存在的無常感和虛幻感，在佛、莊空氣的浸潤下，愈益自覺起來。自我的失落感強化了人們對“因緣”說和“無我”說的興趣；然而又必須在現實世界中找到一個安身立命之所，這就使“即色”和“無心”等思想更易於被人們接受。
3 慧遠的廬山僧團
慧遠（334—416），本姓賈，雁門樓煩（山西寧武附近）人。13歲隨舅來洛陽、許昌一帶遊學。此時正值後趙統治，石氏既提倡佛學，也看重經學，許、洛地區仍不失為中原的文化中心。慧遠在這裡學習了中國的傳統文化，“博綜六經，尤善老莊”，深刻影響了他對佛學的認識。
公元349年石虎死，中原再次陷入戰亂，慧遠輾轉避難，於354年至恆山，投在道安門下。由此以為“儒道九流，皆糠粃耳”，遂專業佛教。但直至他獨立開講，往往仍“引《莊子》義為連類”。這也是當時的風尚。公元365年，慧遠隨道安至襄陽，成為道安和竺法汰的得力助手。
378年，前秦圍攻襄陽，道安分遣徒眾，慧遠率弟子數十人南下，到荊州住上明寺，381年至潯陽，見廬山清靜秀麗，足以息心，遂定居此地。江州刺史桓伊為他更建東林寺。慧遠住廬山30餘年，“影不出山，跡不入俗”，直到逝世。
慧遠有弟子百餘人。其中慧持受到衛將軍王殉的敬重，曾應豫章太守之請講《法華》、《毗曇》。399年入蜀，又為刺史毛璩看重，蜀郡沙門有“升其堂者，皆號登龍門”的諺語。法安，戒禪並習，善講經義，義熙年間（405—418），新陽（湖南寧鄉西）地方為他立寺，左右田園皆舍給寺眾。道祖在整理魏吳以來的佛經目錄上，很有成就，後到建康講經，桓玄極為讚賞。僧徹，精《般若》，善詩賦，慧遠死後，至江陵弘教，宋彭城王劉義康、征西將軍蕭思話等從受戒法。曇邕，原是前秦衛將軍，肥水之戰後出家，是慧遠與鳩摩羅什南北書函聯繫的主要使者。慧要，善技巧製作，於泉水中立12葉芙蓉，流波轉動，定山中12時，晷景無差”，曾制木鳶，能飛數百步。慧遠門徒中多才多藝者不少，入山林、處都邑者都有，修戒、行禪、講經，也不偏廢，因而成為在大江南北影響最大的僧團組織。
元興元年（402），在慧遠倡導下，集“息心貞信之士百有二十三人”，於廬山般若台精舍阿彌陀像前建齋，誓相提攜，共登西方神界，史稱此次集結為“白”蓮社”或“蓮社”，作為中國淨土宗之始。事實上，“淨土”的經典《無量壽經》（《阿彌陀經》）、《般舟三昧經》（《念沸三昧經》）等，早在漢末即有翻譯，此後異譯不斷。可見有關西方淨土的信仰流行很早很廣。但它能夠上升到為知識僧侶的信仰，並為士大夫上層奉行，則是從慧遠開始。此種信仰，以“念佛”或“觀佛”為基本法門，希望因此能於死後進入一個極樂世界。東晉能夠使這種思想特別發展起來，與知識界對現實的普遍苦悶不安有關，同陶潛寫《桃花源記》的社會根源是一致的。
慧遠在廬山傳播佛教，得到了東晉各種統治力量的支持，歷屆江州刺史都與他結交。392年，殷仲堪在赴荊州刺史任中，登廬山拜會慧遠，共論《易》體。399年，桓玄攻荊州，殺殷仲堪，亦向廬山慧遠致敬，共論《孝經》。桓玄擬議沙汰沙們，唯廬山除外。405年，何無忌與劉裕等誅殺桓玄之後，侍衛晉安帝返回建康，安帝遣使進廬山慰問。此後，何無忌親臨廬山，又與慧遠書，論沙門袒服。410年，盧循攻殺何無忌，也登廬山，與慧遠敘舊。同年，劉裕追討盧循，特派使入廬山，饋贈糧米。當時的北方大國後秦主姚興，與慧遠的過往也很密切，除日常“信餉”不絕之外，還贈以龜茲細縷雜變像等，其左將軍姚嵩亦獻珠佛像等。
東晉士大夫中的隱居者，與慧遠的交往更加深厚。劉遺民（352—410），幼讀百家書，曾任縣令，後隱居廬山，專心空門，與陶潛、周續之並稱“潯陽三隱”。他和慧遠共研僧肇的《般若無知論》，並提出問難，可見對般若學修養有素；另撰有《釋心無義》，已佚。雷次宗（386—448），少入廬山，師事慧遠，明《三禮》、《毛詩》。慧遠講《喪服經》，雷次宗與宗炳等並執卷受教。後雷著《略說喪服經傳》，宗炳以為義出慧遠，寄書嘲之。雷次宗晚年應徵至京師，授儒業；又為皇太子、諸王講《喪服經》。周續之（377—423），讀《老子》、《周易》，通《五經緯候》，入廬山師事慧遠，劉宋初年，應徵入京，教授儒典《禮》、《毛詩》、《公羊傳》等；曾與戴逵就善惡報應問題進行辯論，作《難〈釋疑論〉》，駁戴逵的《釋疑論》。宗炳（375—443），在殷仲堪、桓玄、劉裕等執政時先後徵聘，皆不就。曾入廬山，與慧遠考尋文義。現存有他的《明佛論》，發揮慧遠的“神不滅論”和道生的“眾生皆可成佛”的思想，以為“精神不滅，人可成佛；心作萬有，諸法皆空”，是晉宋之際最有代表性的佛教文獻之一。及至何承天就《白黑論》致書宗炳駁難其說，揭開了南北朝無神論與有神論爭論的序幕。
慧遠的這些在俗弟子，不只向他學佛，也向他學儒學道。可知慧遠對於儒佛道都有極深的造詣。這使慧遠有能力將外來的佛教思想，同中國的傳統文化更緊密地結合起來。
慧遠繼承了道安研習和弘揚佛教的根本學風，一方面廣為介紹外來佛典和外來思想，以準確把握佛教本意；另一方面堅持佛教必須適應今時習俗需要，不惜“失本”地將其納入我國傳統文化的軌道。
慧遠有感於江東禪典未備，律藏殘闕，至廬山後，即派弟子法淨、法領等西行求經。太無十六年（392），罽賓沙門僧伽提婆自長安轉至廬山，受慧遠之請，重譯了《阿毗曇心論》，改譯了《阿毗暮鈔解》為《三法度論》，由此推動了毗曇學由北向南的流通。其重要結果，就是加深了人們對佛教內容的更確切的認識。
410年，佛馱跋陀羅及其弟子慧觀等人南下至廬山，應慧遠之請，譯出《修行方便禪經》。此經按不淨觀、慈悲觀、因緣觀、數息觀、界分別觀等五部組織，分別對治貪、瞋、痴、尋思等煩惱，其中數息觀和不淨觀被稱為“二甘露門”，得到特別重視。此種禪法比安世高和鳩摩羅什所譯介的禪法更加系統，也更講傳承，對於增強修禪者的師承觀念，起了重要作用。
慧遠也勤於研習戒律。說一切有部《十誦律》，姚秦時弗若多羅譯未畢而亡。慧遠聽說曇摩流支進入關中，乃請他續譯剩餘部分，成為完本。
由于慧遠在開創譯經事業方面的重要作用，梁釋僧祐說：“蔥外妙集，關中勝說，所以來集茲者，遠之力也。”
慧遠在中國佛教史上的主要貢獻，在於將佛教同儒家的政治倫理和道家的出世哲學協調起來。何無忌（何鎮南）作《難袒服論》，以為《老》、《禮》諸典，均以“右”為“凶”、“喪”的標誌；沙門以右袒“寄至順”、“表吉誠”，是有違中國名教禮制的。慧遠解釋說，右袒能使沙門與俗人區別開來，便於出家者衝破世俗名分等級的限制，服膺佛家教條，是佛教的札制。佛教與名教，如來與堯孔，在出世和處世上或有差別，但最終目的總是同一的。因為按佛教的說法，如來化世，可以為仙帝卿相，國師道士；同樣，諸王君子，迂迴曲折，畢竟要走到佛教一途上來。所以內外禮制雖然有異，而“內外之道可合”。慧遠與桓玄論沙門不敬王者，更明確地認為，佛教包含兩大任務，“一者處俗弘教，二者出家修道”。前者救人忠孝之義，奉上尊親；後者在隱居求志，變俗達道。隱居變俗使沙門在形式上表現為“內乖天屬之情”，“外闕奉主之榮”，但實質上能令“道洽六親，澤流天下”，起到“協契皇極，大庇生民”的作用。慧遠的這種思想，使佛教走上了自覺為整個封建制度服務的軌道。這一大方向，此後再沒有發生重大變化。
慧遠特別重視的佛教理論，不是當時盛行的般若學，而是佛教的神學基礎，三世報應說。他在《沙門不敬王者論》、《明報應論》、《三報倫》等文中，反覆闡發這個主題。他大力提倡的神不滅淪，具有鮮明的中國特色，也是使三世因果說能夠確立起來的支柱。他和支遁一樣，都是從《莊子》的相對主義不可知論出發，以為人的視聽有限，所以不知有“神”和“神界”；但一旦超出常人耳目，就可以體認到另一個世界，或日“安養國”，或曰“涅槃”。能夠超越常人耳目的途徑，是禪定神通；能夠使人達到涅槃安養的，則是清除精神污染，使“神”不再受生死之累。“神”，是存在於此岸世界和彼岸世界的一種“精極而靈者”，“感物而非物，故物化而不火；假數而非數，故數盡而不窮”。“物”指身形，“數”指壽命，形死壽盡而神不滅，這是慧遠為中國佛教奠定的最牢固的神學基石。
“神不滅”是中國傳統信仰祖宗崇拜的前提，在《孝經》、《周易》、《莊子》等經典中都有表現，但時“神”的性能，卻缺乏具體規定。佛教小乘犢子、有部和大乘涅槃、唯識等派別，雖從不同角度對不滅的神給予肯定，但總是羞羞答答，形象模糊。至於佛教的其它派別，特別是魏晉流行的般若經類和大乘中觀學派，更是持斷然否定態度。慧遠比較細緻地論述了神與情、識的關係，指出了去情識、存神明的解脫之路，是他把中國傳統與外來思想結合起來，形成中國佛教特有的神學理論的重要創造。
慧遠在廬山的神學觀點，受到鳩摩羅什在長安的批評。羅什所譯龍樹、提婆的四論，對有神論的破除，不遺餘力。據僧叡在述及羅什以前的譯經狀況時曾說，“此土先出諸經，於識神性空明言處少，存神之文，其處甚多”。以此表明，自道安以來，中國佛徒對佛教均持有神論，實是一種由誤譯帶來的誤解。從後人所輯慧遠與鳩摩羅什問答的《大乘大義章》看，鳩摩羅什對慧遠所持“四大”是“實”，“自性”是“有”，“法身”永存等觀點，待嚴峻態度，甚至直斥慧遠所言近乎“戲論”，原因就在於這些觀點可以直接導向有神論，並構成有神論的哲學基礎。
慧遠並沒有接受鳩摩羅什的批評。相對於般若和中觀派的放浪形骸，不拘名教禮法言，他的有神倫，包括三世報應和淨土信仰，更容易激發人的宗教熱情和恭謹虔誠，儘管在探討人的思維本性上，退了一大步。
