由於朝代更迭頻繁，佛教譯籍多渠道多種類的大批量湧進，佛教對社會的影響逐漸形成多角度的態勢，一些有代表性的佛典，大都有僧俗學者研習發揮。這些學者被稱為“師”，他們據以發揮的思想叫做“師學”或“師說”。其中影響較大的有：

1 三論學
“三論”指鳩摩羅什所譯《中論》、《百論》、《十二門論》；加上《大智度論》，亦稱“四論”。這些本是大乘中觀學派的基本著作，在南北朝的流行，則是魏晉以來般若學的變態和延續。陳隋之際的吉藏，更以三論命宗。最早研習“三論”的，是僧叡、僧肇、曇影等；《肇論》被推為三論學的中國經典。他們的思想，稱為“關中舊義”。此後，“三論”流行的重心轉向南朝。宋明帝初（465—466），有智林者，“申明二諦有三宗不同”，時汝南周頤作《三宗論》，與林意相符，成為這個時期的代表作。
梁初（500年），僧朗繼法度於攝山棲霞精舍（南京郊區）弘揚“三論”，梁武帝曾派人就學；其弟子僧詮，號稱“山中師”，攝山遂成為梁陳二代三論學的重鎮。梁昭明太子蕭統作《解二諦義令旨並問答》，可為梁代的代表作。僧詮有勇、辯、朗、布四弟子，號稱“四友”或“四公”，均為陳王朝所重，三論學遂成了陳王朝的官方佛學。

三論學者素以善辯好爭著稱。他們的共同點，是用“二諦”、“中道”統攝全部佛教，不同處是對“二諦”和“中道”的解釋。“二諦說”和“中道觀”是中觀學派把世間和出世問聯結起來的紐帶，是認識論上的徹底空觀與實踐上的實用原則係為一體的核心觀念。但從什麼角度講“二諦”，又從什麼意義上講“空”說“有”或非空非有，各家的解釋大有不同。但就總的傾向言，在吉藏之前，三論學者普遍將真俗二諦統一於“真諦”
一面，在說“性有性無”中側重“性無”一方。到吉藏形成“三論宗”，與涅槃佛性說協調，思想有了新的變化。

418年，6卷《大般泥洹經》在建康譯出，引起大江南北佛學界的震動；421年，40卷本（大涅槃經》在敦煌譯出；宋元嘉中（424—443），建康又依上述二本整理為南本《大涅槃經》問世，研習《涅槃》及其所陳“佛性”思想，成了宋梁二代最時髦的佛學思潮。
首先注意到《涅槃》佛性思想對清除佛教懷疑論有重大意義的是僧叡，着重發揮《涅槃》佛性理論內容的則是道生、慧觀和道朗。6卷《泥洹》曾言，除一闡提，一切眾生皆可成佛，道生加以糾正，認為一闡提人亦得成佛。道生著有《法身無色論》、《佛無淨土論》、《佛性當有論》、《善不受報義》等，從論題可以推知，他把成佛的根據移植到個人內心的自我。完善，貶低偶像崇拜和淨土信仰。他對中國佛教影響最長久的主張是“頓悟成佛義”：真理是一個整體，不可分割，因此，要麼不悟，一悟頓了，不容階梯，謝靈運迫隨道生，著《辨宗論》，用儒家的“理歸一極”來加以補充。道生之說，受到宋文孝武諸帝的讚賞，曾請其弟子道猷和法璦、寶林等持續弘揚。慧觀與謝靈運都是南本《涅槃》的整理者，但慧觀卻力主漸悟。他認為“真如”必須經“定慧”修習才能測知，而“定慧”需有階級相乘。像這樣提倡漸悟、反對頓悟的也有一批名僧，如慧琳、法勗等。

道朗與慧嵩在佛教義學上獨步河西，直接參與了《大涅槃經》的翻譯。道朗有《涅槃義疏》，強調涅槃與“法性”為一，“法性以至極為體，至極則歸於無變”，因而法性也是“常樂我淨”。據此，他抨擊當時譏謗《涅槃》非佛說的言論，為佛性思想的傳播開路。
南朝齊代的涅槃學未斷，至梁武帝又重加提倡，曾命寶亮撰《涅槃義疏》，並為之作序，以為佛教經論不出兩途，“佛性開其本有之源，涅槃明其歸極之宗”。在這種思想指導下，本與《涅槃》主張迥異的經論，也被調合起來，像梁代弘揚《成實論》的三大師及三論學者，大部也是涅槃師。北朝《地論》學的興起，與南朝涅槃學的盛行遙相呼應，成為南北朝後期遍及全國的強大潮流。
按《大涅槃經》前分的原本來自中印的華氏城，為婆羅門族居士寫出，天竺、罽賓和龜茲的信奉者甚少；它的後分則來自于闐，流行於高昌、敦煌。看來，此經在蔥嶺以西或未傳播開來，漢譯本最後成為今天的樣子，曾屢經增刪改寫。在涅槃佛性方面，無疑也表現了中國佛教思想與天竺佛教思想的差別。

2 毗曇學
《毗曇》的研究發端於道安，僧伽提婆受慧遠之請，重譯《阿毗曇心》和《三法度論》， 397年進入建康，得到名士王珣、王彌等的支持。433年，僧伽跋摩與寶雲按慧觀要求重譯《雜阿毗曇心》。於是，《毗曇》幾乎成了南朝所有論師共習的科目。其中僧韶（447—504）專以《毗曇》擅業，法護（439—507）以《毗曇》命家，慧集（456—515）於毗曇學擅步當時，其他僧侶多是兼學。道安也為北方毗曇學打下了基礎414年，曇摩耶舍等又譯出《舍利弗阿毗曇》，姚秦時倍受重視。此後，北方的《成實》論師大部兼習《毗曇》，其中慧嵩活躍在元魏高齊之際，足跡遍及江表、河南，時人稱為“毗曇孔子”，弟子甚多。

毗曇學之所以在諸多論師中普遍流行，在很大程度上是用為它解釋名相清楚，便於揭示佛教的實際含義，但它在思想上也有重大影響。《毗曇》的宗教哲學建立在物種不變，因而請法“自性”不變的觀念上。不變的種類自性，是一種超時空的永恆存在，此即謂之“有”；一切個別事物，則是自性種類在特定因緣條件下的再現，有變化，有生滅，此即謂之“無常空”，或“因緣空”。據此說明，善惡染淨等自性不變，眾生按照自身所聚業惑自性的不同，感得的世間和出世間等罪福果報即有差別；眾生有生死，業報則不失。這一基本思想，得到慧遠等內地佛學家的發展，在三世因果、業報輪迴的基礎上，正式確認了身死神不滅為佛家的信條。劉宋時羅合作《更生論》，進一步提出了“人物有定數”的觀點，以為宇宙萬有“各自其本，祖宗有序，本支百世，不失其舊”，為業報輪迴的教義提供了一種循環論的論證。
僧伽提婆也是《中阿含》和《增一阿含》的最後定本者，當時作為“三藏”和“小道”的論師與弘揚大乘的鳩摩羅什齊名。曇摩那舍，曾與竺佛念共譯《比丘尼戒本》，其弟子法度，“專學小乘，禁讀方等，唯禮釋迦，無十方佛”。法度所制尼律。在出身中小官吏家庭的尼眾中通行。提婆與耶舍都是罽賓人。罽賓是說一切有部的勢力範圍，此部的思想對南北朝佛教的影響極深。此外，慧導疑惑《大品般若》，曇樂非難《法華》，僧嵩、僧淵譏謗《涅槃》。晉宋以來，小乘三藏學者對大乘經論的抨擊，般若學對涅槃學和唯識學的抨擊時有發生，這或許是域外佛教派系鬥爭在內地的一種反響，而內地佛教的總趨向則是調和，更確切些說，是以我為主對他宗的容納。

3 成實學
原著《成實論》的是何梨跋摩，鳩摩羅什譯於長安。傳說此論是與當地遵奉大乘的僧祗部僧人共斥迦旃延《毗曇》而作。由於它特別否定“心性本淨”之說，強調“心性”
是後天形成的，吉藏視作小乘空宗的代表。
長安是《成實論》學的發源地，《成實論》最有影響的弘揚者，都出自鳩摩羅什的門下。其中僧導居壽春，僧嵩住彭城，形成成實學的兩大系統。彭城系的僧嵩及其弟子僧淵。是公開反對《涅槃》佛性說的著名人物，在北銀很有聲望。僧淵有弟子四人，其中曇度、慧紀、道登，並為魏主元宏所重。元宏特別提倡《成實論》，對鳩摩羅什、僧嵩等追念不已。

僧淵之後，此系思想發生分化，道登善《涅槃》、《法華》，徹底改變了排斥佛性說的立場；僧淵的另一弟子慧球，臨終“遺命露骸松下”，似仍堅持《成實》的原來主張。此外，有靈珣、道憑、道紀、慧嵩者，是魏末北齊時知名的成實論帥。靈珣以後轉到了地論師慧光的門下。道紀撰《金藏論》，調和佛教信仰與儒家孝道。道憑則斷絕骨族血親往來，不游權貴豪家。慧嵩被高昌王夷其三族，不以為意。這表明，北朝成實論師，除轉向者外，大都堅持厭生離世、嚴峻冷酷的學風。
南朝成實學的開拓者，是壽春系的僧導。僧導並學“三論”、《維摩》，於劉宋王朝有功，門徒眾多，動輒上千。其中曇濟亦修《涅槃》，以《七宗論》名聞後世。就學於壽春的還有道猛和道鍾。449年，道猛東遊京都，結交湘東王劉或。劉或即位曰明帝，倍加禮敬，敕猛為興皇寺綱領，該寺遂成為南朝成實學的重要據點。蕭齊王朝也重《成實》，其中僧鍾、慧次、僧柔等成實論師均受到王室的特別崇敬。蕭子良召集京師碩學名僧500餘人，講說《成實》，最後集成《抄成實論》9卷問世。周顒、僧祐都是此次聚會的參與者，據他們說，《成實》之所以被當時看重，不像北朝那樣去勵行它的教義，而是因為它的條理清楚，更便於理解大乘妙典，排斥外學。

因此，南朝到齊為止，成論師多同習《涅槃》、《華嚴》、“三論”等，沒有相互傾軋的傾向。
梁代成實學略有波折。先是從僧柔、慧次就學《成實》的僧旻、法雲、智藏成為梁王朝最顯貴的僧侶，是謂梁代《成實》三大師。506年，僧旻（467—527）受請為帝室家僧，制注《般若》，敕講《勝鬘》，側重弘揚《觀世音經》，為京師學士和地方守宰所尊，號稱“素王”。他對語言詩韻似甚有研究，著有《四聲指歸》、《詩譜決疑》等。法雲（467—529）於蕭齊時以講《法華》、《淨名》等著稱於世，號“作幻法師”。至梁，為朝貴演說《般若》，亦為皇室家僧，525年，敕為大僧正，是梁武帝發動圍攻《神滅淪》的具體組織者。智藏（458—522），曾為梁武帝授菩薩戒，為皇太子講《涅槃》，給帝室講《波若》。他第一個把誦讀《金剛般若經》當作解厄延壽、去凶化吉的佛教法門，使此經成為道俗上下普及率最高、影響最廣的佛典。綜觀上述三師特點，也是調和，尤其是與儒家孝道調和。簡文帝曾以《成實論》為各種佛說的最終旨歸，但反響很小。三大師死後，梁武帝重奉《大品》，對《成實論》表示輕蔑。吉藏獨樹“三論”旗幟，也着重批判成實論師說。成實學到了陳代，有了所謂“新成實論師”的出現，主要代表是受陳、隋兩代王朝禮待，並與三論學者吉藏對抗的智脫（541—607）。大多數成實論師則“去小從大”轉向了《涅槃》、《大品》、“四論”等。

4 地論學
關於《十地經論》的翻譯，隋唐以來就異說紛紜。據崔光《十地經論序》，謂北魏永平元年（508），宣武帝命菩提流支和勒那摩提並譯此論，佛陀扇多傳譯，有義學緇儒十餘人參加，四年（512）夏，翻譯周訖。不久，北朝傳此論以菩提流支為主譯（《李廓錄》），南朝傳此論以勒那摩提為主譯（《寶唱錄》），還有說為二人各自譯出者。對譯者的爭論反映在解釋《地論》問題上，有意見分歧。
魏宣武帝（500—515）長於釋氏之義，曾為諸僧朝臣開講《維摩詰經》，而後又親自主持和筆受《十地經論》。崔光在宣武、孝明（516—528）兩代高踞要津，也每為沙門朝貴講《維摩》與《十地》，有義疏30餘卷，因此，《地論》學繼《成實》學之後，成了北魏以至東魏的官學。其中弘揚《地論》最早的僧侶是道寵和慧光。

道寵，儒生出身，元魏東遷之後，從菩提流支學《地論》，並自開講，其“堪可傳道”的弟子千有餘人，知名者有牢宜僧休等，隋初名僧志念亦曾從其就學。這一地論師系統被稱為北道系。他們的著疏不存，情況難明。相比之下，慧光創始的甫道系，名僧輩出，門徒遍及全國，歷經魏齊周而至隋唐。
慧光，曾向少林寺佛陀學律，故善《四分律》；後參與《地論》翻譯，深得《地論》綱領。在北魏末年即見重於當朝，任國都；隨入鄴都，以“綏緝有功”，轉為東魏國統；至於北齊，“重之如聖”。僅見於僧傳的知名弟子，即有15、6人。他們或弘義理，或廣戒律，所長雖異，但普遍受到當權者的重用。在魏、齊、周、隋數朝中，出自這一系的僧官，包括大統、國統、國都、州統等，為數最多。他們的一般論師，則多游化各地，自洛、郵出發，足跡遍及齊、楚、晉、魏、燕、趙、衛、鄭，任務多是巡察僧徒，弘教民間。南道地論師成了北朝後期最有權勢的佛教力量。法上是慧光諸弟子中最突出的代表，當時已經譯出的主要大乘經，他無不講習，並有註疏。後為魏大將軍高澄邀請入鄴，成為魏齊二伏統師，著有《佛性論》、《大乘義章》等。所部僧尼200餘萬，高洋事之如佛，天保年間（550—559），敕命“大統”。法上有弟子法存、靈裕等，以慧遠的成績最大。慧遠創講《地論》，伏聽千餘。周武帝醞釀毀佛時，慧遠曾出眾抗爭，後畏禍潛入山中。隋初，出任洛州沙門都，後敕居西京淨影寺，故稱“淨影慧遠”。他的註疏很多，所撰《大乘義章》，是重要的佛學史料；另有《大乘起信論義疏》，是最早用《起信》觀點解釋瑜伽唯識思想的著作。

在上述南北二系以外，還有一些地論師。其中靖嵩於周武毀佛時，與同學300餘僧南達江左，從建業法泰咨決真諦所傳瑜伽行派經掄，包括《攝論》、《唯識》等。590年，重還江北，留住塗州，着重弘揚《攝論》學，著《九識三藏》等。淨願重律，先學《地論》，後准《攝論》，隋初至長安，與《四分律》和《涅槃》等同時講說。北朝地論學和南朝攝論學，在涅槃學的基礎上的匯合，是南北朝末期和隋初佛枚思想上最可注意的事件，以此為契機，佛學普遍地轉向對“心性”問題的探討。
地論師南北二道對“心性”的解釋有許多差別。簡略他說。北道師把世界的最高本體歸結為具雜染性質的“阿黎耶識”，所謂眾生悉有“佛性”，是指眾生經歷後天的薰習，最後必當成佛而言，是謂“當常”之說；南道把世界的最高本體歸結為“清淨阿黎耶識”，或“如來藏”、“無垢識”，去除污染障蔽，使本有的清淨心性得以顯現，即可成佛，被稱作“現常”之說。這南北現、當二說在判教上有四宗、五宗之別，其實就是，在理論上規定心性是淨是染，在實踐上是發揚本有心性還是消滅本有心性問題。但南北二師的界限不一定如此清楚。作為慧光十大弟子之一的馮袞著《捧心論》，認為“當為心師，不師於心”，顯然就是主張心性雜染的。

5 攝論學
無着的《攝大乘論》初譯於北魏沸陀扇多，但它的流行，是在真諦重譯並另譯了世親的《攝大乘論釋》和自行解說為《義疏》之後。真諦宣揚瑜伽行派思想，着重的是《俱舍論》和《攝大乘論》。《攝論》是瑜伽派唯識學的奠基性苦作，着重探究“心”的性質和“心”生萬有的機制，以及人的認識過程和據此修持成佛的道路，創造了一個龐大的唯心主義體系。特別是它的八識說，提出了阿黎耶作為世界的本體和認識的本原，確立了“唯識無塵”的宇宙觀，在南朝引起震動。但陳王朝及其官僧支持的是《般若》和“三論”學，對真諦一系公開排斥，所以直至陳亡，真諦之說在建業甚少流布。

攝論學的著名僧人來自兩個系統：一是真諦門下，如智愷、智敫、道尼、曹毗、法泰等；一是地論甫道，如慧光的再傳弟子曇遷，法上的再傳弟子靖嵩、淨影，慧遠的弟子辯相等。出自真諦門下的攝論師，大部在陳隋之際由廣州向北，經建業，或去蜀或入長安，出身地論學者的攝論師，在周隋之際，發自京鄴，或至金陵，或住徐州、長安。這表明《攝論》學與《地論》學在全國重新統一的新形勢下，同風靡當時的佛性論、唯識論等最後匯合，為隋唐佛教宗派的形成，作了理論上的準備。

6 律學
戒律是約束佛徒行為和規範僧團生活的紀律。只有按一定儀式發誓接受一定戒律的人，才能充當僧侶或居士，也才是完全意義上的佛徒。早在三國時，已有戒律傳入內地，至南北朝，各種律經戒本，更是大規模地集中譯介進來，屬小乘戒的有《十誦律》（有部）、《四分律》、（曇無德部）、《摩訶僧襖律》（大眾部）、《五分律》（沙彌塞部）、《善見律毗婆沙》（上座部）、《律二十二明了論》（犢子部）等，屬大乘戒的有《菩薩戒本》、《優婆塞經》等。
小乘戒律均規定“四波羅夷法”：即以淫、盜、殺、妄語等四種行為為重罪，犯者必須擯除僧團，也就是最嚴厲的處分。以“淫”為重罪之首，把“殺”排在第三位，且重點在制止僧尼的自殺，正反映了早期佛教嚴苛的禁欲主義和厭生之風。另有一些小本律典，歸納諸戒為“五戒”：即戒殺、盜、淫、妄語、酒。此中“殺”與“淫”的次第作了顛倒，而戒“殺”擴展到了一切有生類，成了仁愛萬物的一種硬性規定，戒“淫”僅限於合法婚配之外的性行為，對家庭倫理已全無妨礙，佛教的原始面貌為之大變。
大乘菩薩戒也有“四波羅夷法”，但內容更加不同，其側重限制的是受戒者的思想動機，而非行為的實際後果。衡量思想動機是否純正，最根本的一條是對“大乘”的態度，若勤於“大乘”，就是忠於“本戒”，在“大乘”的名義下，可以不受任何約束。
在南北朝，所謂“大乘菩薩戒”，多是授給帝王貴族和居士；國家支持並在僧侶中通行的仍然是小乘戒律。齊梁僧祐是南朝律學大家，尤重《十誦》，齊竟陵王每請講律，聽眾常7、8百人；梁武帝倍加禮遇，凡僧事碩疑皆敕就審決，曾為六宮受戒。北魏慧光是北朝律學之宗，造《四分律疏》，刪《羯磨戒本》，著《仁王七誡》、《僧制》等，在僧侶中廣為奉行，被後人視作律宗的奠基者。

從三國吳開始，一部分佛徒主張也用佛教戒律作為國家教化民眾的普及手段，用五戒比附五常，用“十善”遏制“十惡”。這種意見特別為南朝梁和北朝魏所接受，所以一些著名津師也往往就是國家的僧官。
梁慧皎說，“入道即以戒律為本，居俗則以禮義為先”，大體代表了律學的基本觀點。但有些律師走向極端，以戒律為指針，斥責數論義學為虛誕；一些數論家則言：“地獄不燒智人，鑊湯不煮般若”，輕蔑戒律。律學與義學的對立，是南北朝佛教內部紛爭之一。

6 禪學
魏晉文士重般若輕禪定，至晉宋之際，禪智並重始在僧侶中占主導地位。及至佛馱跋陀羅、慧嚴、慧觀等傳罽賓達磨多羅和佛大先的五門禪法，“以撣命宗”，力圖用“禪”統攝佛教的一切修為，禪學逐步獨立，成了與義學鼎立的另一般力量。
禪學的特點之一是能以神異惑眾，在貧困和破產的民眾中有一定的影響力和號召力，一些著名的禪師，往往能聚攏很多禪僧共同行止，所以受到官方的特別注意。佛馱跋陀羅在長安傳習禪法，聚眾數百人，因而被擯出走；玄高自麥積山蓄徒至300人，先後為西秦、後涼、北魏所敬，但也屢遭打擊，終於被拓跋燾殺害。

然而就總體說，北朝更重禪法。惠始、佛陀、僧稠等，都受到北朝帝王的殊禮。原因也在於禪僧影響群眾廣泛，同時內容又不出禁慾、堪忍等“調心”的範圍，很合乎統治集團的需要。
在官方支持的禪法之外，還有更多的是鮮為人知的禪法在民間流行，其中之一是菩提達摩。

菩提達摩的事跡不可確考，後人的記載多相互矛盾。唐初學者把他與僧稠並提，成為南北朝後期影響最大的兩個禪僧團。僧稠在北魏，特別是在北齊，勢力薰天，是由民禪升到官禪的典型代表。他的禪法是“四念處”，與“五門禪”屬同一類型的小乘禪。菩提達摩以4卷《楞伽》傳法，崇尚“虛宗”，極端卑視“不淨”、“骨鎖”、無常、苦等禪觀，所以在思想傾向上與僧稠禪是對立的。傳說達摩又以“二入四行”教人，不僅重視坐禪，而且重視教理。他要求通過壁觀，識自本有“真性”，在實際上達到無愛憎、無得失、無悲喜、無是非、超脫一切的精神境界。他和他的弟子慧可等，也在北朝活動，曾受到地論師和其他官方禪師的排斥和迫害。在慧可門下，形成大批“楞伽師”，於周、隋、唐之際，向南流動，成了唐代禪宗的先驅者。