馮玉祥在清末1896年加入淮軍，1902年改投袁世凱的武衛右軍。1911年擔任由武衛右軍改編而成的新編陸軍第二十鎮第八十標第三營管帶，曾參與灤州起義。

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1914年7月馮玉祥任陸軍第7師第14旅旅長，參加鎮壓白朗起義。9月任陸軍第16混成旅旅長。1915年奉令率部入川與護國軍作戰，暗中與蔡鍔聯絡，於1916年3月議和停戰。1917年4月被免去第16混成旅旅長職。7月率舊部參加討伐張勳復辟，復任第16混成旅旅長。1918年2月率部南下攻打護法軍，在湖北武穴通電主和，被免職留任。6月率部攻占湖南常德後，被撤銷免職處分，11月任湘西鎮守使。

1921年8月任陸軍第11師師長，從屬直系軍閥，率其部隊入陝西，在陝西督軍閻相文自殺之後，接任陝西督軍，並以此地為地盤擴充，受到蘇聯大力支持壯大，其軍隊因此被稱為“西北軍”。1922年第一次直奉戰爭中，出潼關，擊敗河南督軍趙倜，任河南督軍，因殺降將寶德全，被撤河南督軍，赴京改任陸軍檢閱使。

1924年10月第二次直奉戰爭時，負責在熱河一路抵抗奉軍，在參戰途中，接受張學良50萬元政治獻金[1]，率軍返回北京，發動北京政變，囚禁總統曹錕，推翻中華民國政府，脫離北洋軍系，改編所部為“國民軍”，電請孫文北上。導致山海關一路的吳佩孚失敗。於11月5日逐溥儀出宮。因無法抗拒直、奉系軍閥的壓力請來段祺瑞主政，遭到排擠。

1925年底馮玉祥參加反奉戰爭，1926年4月9日再度發動政變，逼走段祺瑞，但軍事上失利，不得不撤出北京，後赴蘇聯考察，同年回國。國民軍在南口堅守四個月後，於8月退回西北，9月17日馮在綏遠五原誓師，任國民革命軍聯軍（後改國民革命軍第二集團軍）司令，宣布所部加入國民黨。在擊潰劉鎮華的鎮嵩軍之後，出潼關參加北伐。1927年4月寧漢分裂之後，先在鄭州與汪精衛會面，後在徐州與蔣中正會面，最後選擇與南京蔣中正合作，清除內部的中國共產黨人。

1928年馮玉祥與蔣中正換帖結盟，拜為兄弟。

1929年，馮玉祥不滿國軍編遣會議比例式裁兵原則的決議，稱病離開南京，並於5月出任“護黨救國軍”總司令，但迅速被南京方面內外夾攻而失敗，被迫離職前往山西。1930年聯同閻錫山、李宗仁等與蔣中正對抗，引發中原大戰，兵敗後隱居山東泰山。

1933年5月26日與吉鴻昌、方振武、佟麟閣在察哈爾張家口建立察哈爾民眾抗日同盟軍，任總司令，時任察省主席的部將宋哲元並不支持，但又不便反對，因而離職，之後馮率軍攻下由親日軍隊占領的多倫，引起一陣騷動，但不久後便離察返魯。抗日戰爭時任國防最高委員會常委，第三、第六戰區司令長官，不久被蔣中正撤職。

1946年赴美國考察水利，並發表反蔣言論。1948年參加中國國民黨革命委員會，任中央政治委員會主任。同年接受中國共產黨的邀請，搭蘇聯輪船“勝利”號，由美返國參加政協，8月22日，不幸中途因輪船出事而於黑海遇難，“勝利”號正向敖德薩港口進發時，輪上失火，馮玉祥被煙熏窒息致死，與女兒曉達一起罹難，享年65歲。

馮氏篤信基督教，並利用宗教力量來控制軍隊，故有“基督將軍”的稱號。他還有“愛國將軍”和“倒戈將軍”的稱號。