１３５４年，以降曲堅贊為首的帕竹噶舉派成為西藏大部分地區的統治者，形成了政教合一的帕竹地方政權。在西藏帕竹時期，元中央政府承認了這一事實，封降曲堅贊為大司徒。１３６８年明朝建立後，採取了普遍封賜的政策，對具有政治實力的地方諸教派首領均賜加以“王”、“法王”、“灌頂國師”等名號；王位的繼承必須經皇帝批准，遣使冊封。這時，達賴喇嘛和班禪喇嘛兩大活佛系統所屬的格魯派興起，三世達賴喇嘛索南嘉措向明廷入貢，獲得明朝中央封賜的“朵兒只唱”名號。明朝中央對西藏地方的治理，沿襲了元朝的辦法，先後設置烏思藏、朵甘兩個 “衛指揮使司”和“俄力思軍民元帥府”，分別管理前後藏、昌都和阿里地區的軍政事務。其間，帕竹地方政權在西藏部分地區建立了宗本制度，所任各宗的行政首腦，明朝皆授以官職，使其既為宗本（相當於縣長）又為中央命官。