一般都說1927年四一二政變後國民黨清黨只針對中共，給中共造成了巨大損失，但很多人好象忽略了一個事實，國民黨搞清黨不但是殺害中共黨員，還屠殺了一大批對蔣、汪持反對意見，忠實於孫、擁護和執行三大政策的中下層國民黨員。
　　
　　1927年4月清黨前，國民黨自己的統計數據是：普通黨員人數（不含軍政和海外黨員）約65萬，而到1928年3月，即上海“4.12”和武漢“7.15”後約一年，國民黨員人數已經銳減到22萬，到一年後的1929年12月僅回升到27萬，其中絕大多數黨員還是是軍隊或高級黨政機關的人員。（具有國民黨員身份的中共黨員在清黨前一共5萬多人，即使這5萬多人全部算在內，也意味着國民黨這次清黨自己清掉了38萬國民黨黨員，超過全部黨員的一半多。）
　　
　　清黨為什麼連自己的黨員也大批殺掉？這恐怕是因為國共合作期間，大多數國民黨黨員忠實於孫，擁護執行孫的“聯俄、聯共、扶助農工”的三大政策。
　　
　　國共雙方的基層黨員、幹部關係密切，而且雙方的主張並無太大分歧，長期在一個戰壕中並肩戰鬥，雙方早已接下了深厚的革命友誼。清黨分共，不過是國民黨反對派上層為爭奪北伐戰爭勝利果實與全國政治權力的謀略手段，並不為大批國民黨下層黨員及左派所認可，豈是上面一句話就可以讓他們互相輕易殺戮的。
　　
　　這也就不難解釋為什麼在清黨之時，國民黨高層喊出了“寧可錯殺一千，不可使一人漏網”的口號，現在人只是想當然地認為是其白色恐怖，卻不知這口號是有針對性的（矛頭直指廣大基層國民黨員）。
　　
　　據史料記載，國民黨清共之時，首當其衝的便是其在各地的國民黨基層黨部，清黨的軍隊一到地方，即將當地縣、鄉或區黨部的國民黨人員集體關押或殺害，根本不分什麼國、共。如馬日事變，湖南的工農革命群眾被殺者達數萬，而其中的中共黨員僅幾百人，死於反動派軍隊屠殺的國民黨員卻高達數千，當地農村中的基層國民黨員幾乎被殺光。
　　
　　清黨使國民黨基層組織受到了毀滅性破壞，北伐前後各省建立的縣鄉國民黨基層組織，“清黨後基本瓦解，恢復得十分緩慢”。到1933年，全國僅有17%的縣建立有縣黨部。南京政府統治中心的浙江也不過69%。更不要說下面鄉鎮的黨組織了。
　　
　　 北伐戰爭中動輒數萬甚至數十萬農、工群眾動員起來支援前線的景況從此在國民黨當局身上是完全絕跡了。
　　
　　 國民黨方面有這樣一段隱晦的描述，“只能在城市的上層可以看到，農村中是很難找到黨的勢力的微弱影響”；“不但在農民中很難找到國民黨黨員，並且在一切農民運動負責人員中，在地方自治工作人員中，在農村文化教育負責人員中，以及農村經濟建設負責人員中，都不容易看到國民黨黨員的蹤跡。”--------何漢文：《如何樹立國民黨在農村中的基礎》，《國民黨中央周刊》第1卷第30期，1939年3月。
　　
　 　魯迅在他的雜文中，曾對那個時期國民黨的清黨有過這樣一句話：我平生從未見過有殺人殺成這樣的。
　　
　 　對這43萬多被老蔣屠殺的國民黨黨員，在歷史上是難以留下聲名的，對中共來說，他們並非自己的黨員，自然一般不會被追認為烈士，對國民黨來說，他們又都是被“清”掉的敵對異己分子，死不足惜，但我們今天談論歷史，還是不應該忘記這些不辜負中山先生教誨，不違背自己的良心真正的三民主義者。
　　
　　有人認為清黨對國民黨自身造成的危害，遠遠超過給中共帶來的損失。因為國民黨不但殺掉了大批國民黨基層黨員，造成黨員人數的急劇下降，而且徹底割裂了和下層民眾的聯繫。日後許多政策的推行的失敗，都源於此。