在共产主义者和自由主义联合反对基督教的同时，宗教界似乎更多地反对前者，要求尊重个人自由、私有财产和家庭生活，同时反对民族主义，这是一个特别值得注意却没有被胡适一派所注意的现象。早在1919年11月31日，教宗本笃十五世发布《夫至大》（Maximum illud）通谕，宣布民族主义是天主教教育信仰传播的最大障碍。另一方面，当时传教士普遍认为共产主义是基督教的大敌。有传教士说《但以理书》中巨人的半铁半泥脚就是工农联盟，将来要被砸碎；《启示录》中的蝗虫和红马就是轰炸机和共产党，地上三分之一的人要被它杀戮。更重要的是，是教会最清醒地看到了政治取代宗教所造成的人类危机，并预言了乌托邦运动的灾难性前景。美国传教士龚斯德在《基督教与共产主义》一书中说：“要胜过共产主义，唯一的方法，乃是基督教的天国，先入为主。”“中国的前途，是建筑在基督教的基础上呢，还是建筑在共产主义的基础上？在中国，基督教与共产主义之间有一个竞争，其影响所及，约占人类的四分之一。……我们必须要天国主义去对抗共产主义，超过他们的主义。”也许正因为这一认识，美国传教士司徒雷登1946年7月任驻华大使。 1948年全国协进会发表《致全国信徒书》，称“教会不愿承认任何政治制度是绝对的和永不错误的。” 基督教“承认每个人有绝对的价值，教会应当对剥夺人自由的政治行动提出抗议，对牺牲个人以维护阶级利益的任何残暴提出反抗。”，这里，教会几乎说出了“当代自由主义”的全部经典观点。第二次世界大战结束和中国内战爆发之后，美国加紧了在华传教的努力，如1948——1949年美国增派大量传教士，“以使中国社会增加与共产主义不相合的精神因素”。中华圣经公会1949年动用了12架次飞机，将总重100吨的圣经运往即将解放的华中和西南地区。为了便于分散隐蔽，传教士提出教会的中心由城市转入农村，教会进入家庭——这事实上是“家庭教会”产生的最早根据。
也许正因为如此，彻底实现“非基运动”目标是在1949年以后。1950年5月北京、天津部分新教人士拜访了周恩来，提出发起“三自革新运动”（后改为“三自爱国运动”）。随后吴耀宗负责起草《中国基督教在新中国建设中努力的途径》的文件（“三自宣言”），1950年9月23日，《人民日报》登载了该宣言及1500多人的签名名单。 1951——1953年，中国公安部把外国传教士陆续递解出境。1954年，“中国基督教三自爱国运动委员会”成立，吴耀宗任主席，吴贻芳等为副主席。 1950年四川广元天主教神甫王良佐等500余天主教徒发表《广元天主教自立革新宣言》，各地“纷纷响应”。1957年中国天主教在北京召开第一代表会议，通过《坚决摆脱梵蒂冈的控制，实现独立自主自办教会》的决议，“中国天主教爱国会”成立，皮漱石为主席，李维光等8人为副主席。1949年后，梵蒂冈不承认中国政府。公使黎培理在南京反对无神论，1951年9月4日，南京军事管制委员会将其驱逐出境。1952年梵蒂冈与台湾建立外交关系。1952年1 月18日教宗庇护十二世发表公函《开端，我们切愿声明》，称中国发生教难，要求中国信徒信从罗马。1954年10月7日，教宗庇护十二世《致中国天主教会通谕》，谴责中国政府干涉宗教信仰自由。与此同时上海主教龚品梅发言“反对总路线”，他说“政府号召总路线，建设一个社会主义的新中国，是要建设一个人间天堂。这是不可能的，这是暂时的，社会主义是不会实现的，我们不能拥护总路线。”1953年全国逮捕数十起天主教“间谍案”。1955年龚品梅在上海被捕，“龚品梅反革命集团被摧毁”，“许多教友都起来纷纷揭发以他为首的反革命集团的种种罪行（1951年控诉运动）”（《中国天主教简史》）。官方学者接着说：此后，中国教会“在独立自主、自办教会的道路上迈进”，但这位作者没有告诉我们，在“三自运动”中，在“镇反”、“反右”和“文革”中，以及在20 世纪80年代以后的改革年代的恢复中，那些“宗教爱国人士”和“不爱国宗教人士”是如何迈进监狱和劳改营的。20世纪50年代以后的宗教历史一直空缺，这不能不说是中国基督教史上的一个巨大遗憾。
“非基运动”到这里取得了彻底胜利：政治取代了宗教。但与此同时，制度主义也葬送了自身——公正和自由同时丧失。换句话说，“非基运动”最大的政治后果是消灭宗教的同时也消灭了自由。但结果是政治激进主义归来，威权主义以最鄙俗的方式站在上帝的位置。因此也许这个时代要对其后的无神论专政负责：“你们弃绝了那圣洁公义者，反求着释放一个凶手给你们”（Act 3:14）中国人民自己争取到了专制，也许不该抱怨。
二、鲁讯和胡适，尼采与杜威
蘇文峰先生在《中國基督教會史》中谈到，非基运动中的中国知识分子关于基督教存在以下几个有代表性的观点：第一是消灭论，第二是取代论（尤以蔡元培“美育代宗教”为代表），第三是选取论（如陈独秀主张吸取基督教中爱的文化因素），第四的二元论（世纪上是在宗教上采取相对主义、主观主义）。到今天为止，这些观点仍然统治着中国知识人的心灵。不过我以为，总的来说，中国知识分子在当代关于基督教的集体表象是非基督教的，这可以从中国现代最有影响的两位知识分子 ——鲁迅与胡适——所代表的思想上得到验证。当下中国知识分子，如果不是国学的遗老遗少，就不同程度地是鲁迅与胡适的传人。有趣的是，人们几乎不约而同地强调鲁迅与胡适是反对专制、崇尚自由的文化巨人，甚至连国学最近也站出来扮演“自由引导人民”的文化旗手的角色。然而，人们可能没有注意到，在非基督教这方面，以上三种思潮是共同一致的。如果基督信仰是民主之根和护理者，那么，与人们所信奉的正相反，鲁迅与胡适及其传人，不过是中国反自由思潮的文化奠基人。国学、鲁迅与胡适，他们从不同的方向上，培育了毛泽东主义及其对中国心灵的统治。
基督教的神是无所不在的全能的神，祂是至善而公义的，超越世界又在历史当中。这种历史观弃绝了把历史视为偶然性神秘作访的那种存在主义观点，也弃绝了把历史视为经济决定论的唯物史观——它也超越了汤因比的挑战应战模式，汤因比的理论无法看见挑战应战的起源、其背后的制约因素及其限度。这种神导历史观当然不是主观主义的随意解说，而是建立在客观真理——即神通过圣经这一特殊启示清晰明白地展示给人类。这本有史以来最伟大的书，通过有史以来最伟大的“人”耶稣，启示人类面对所谓挑战的时候，必须对自己的“应战”方式承担责任。顺应神的人或邦国将得荣耀，弃绝神的将被弃绝。基督信仰确立了人的自由和责任，并为人类指明了通向解放和永福的“反应”方式（这里我们不谈神秘的预定）。这种简单清楚的启示丝毫不差地印证在古代以色列的历史上，而我们用之来审视世界和中国的近现代史，你会发现神是信实的，祂从不说谎。
在世界范围内，十八、十九世纪是人类理性胜利的世纪，启蒙主义、达尔文主义、马克思主义、存在主义从不同方向上宣布上上帝死了，于是巴别塔事件在人类历史上以前所未有的规模重新上演。启蒙主义把人视为神，这些世俗神祉在砸碎教会的同时将法国置于革命的恐怖之中，之后赢得了前所未有的专制统治。达尔文把生命问题转化为“一个临床问题”，人的价值仅仅是昆虫价值的某种放大。马克思、尼采和希特勒在启蒙之神和达尔文的无翅昆虫中发现一群优秀的品种或个体，他们可以通过杀人的方式建立此岸天国。对于存在主义者来说，这个天国是内在的，人的价值在这内在“价值”的目标之下是无意义的，或者只是相对主义的。
希特勒和共产党人是18、19世纪“非基运动”在20世纪的具体实践者。希特勒是尼采的传人。尼采认为“巨人”应该是“一群掠夺的兽，为一征服和支配人的人种。”根据尼采和希特勒的说法，日耳曼民族是被基督教所腐化的，“这辉煌的统治种族之所以腐化的原因，第一是被天主教对女性美德的赞扬，第二是被清教徒和改革派的平民典范，第叁是因与劣等的民族通婚而造成的。”尼采悲哀的说：“如果耶稣从未来过，我们‘奴隶道德’的腐败就不曾进入人类当中了。”希特勒说 ∶就历史来说，基督教不过是一个犹太人的宗派。耶路撒冷被毁之后，按逻辑来说，基督教那种如奴役一般的伦理也必须被灭绝才是。为了德国人民和世人，我一定要知道何时该用一些自由人和像神之人的图画，去面对这个来自中亚奴隶式的伦理。它不仅只是基督教和犹太教的问题，更是全人类的大事。我们在对抗的是人类所带给自己的最古老咒诅；更是在对抗人类被扭曲的最正确本能。啊！这位沙漠之神、这位发狂、愚拙、充满复仇的亚洲暴君，竟敢用他的权谋来制定律法。……犹太人和基督徒都中了那毒，而那毒泻除了人类自由和奇妙的本能，并且将它们降低至像狗般的丑陋层次。”
希特勒给人类带来的结果是，大约一千六百万的人民丧失生命（六百万犹太人和九百万至一千万其它的人。其中大部份是基督徒）。在苏联东欧和中国，类似的悲剧同样发生了——在中国，有8000万人非正常死亡。人们都纷纷抱怨说，20世纪是人类遭遇战争和屠杀最残酷的世纪。这种惩罚也许可以在19世纪的“非基运动”中找到根源。美国一位著名的牧师说：现代人拒绝神才是20世纪凶残特质的主因。他转引一位哲人的话说：“十八世纪圣经被扼杀；十九世纪神被辱杀；廿世纪人被残杀。”二个世纪以前，在所谓的启蒙时代，人对圣经的信心开始瓦解。接着一世纪之后，人对神的信心也瓦解；到了廿世纪，这种错误的思想达到顶峰，终于导致恶果——人类遭致前所未有的大屠杀。
为什么会出现这种情况呢？那位美国牧师说：当你贬低上帝时，你就是贬低了人类的生命。对于无神论者来说，杀一只蟑螂和杀一个人或百万人都是一样的，没什么差别。没有对神的敬畏就不可能有对生命的敬畏。人类是什么？“神就照着自己的形像造人，乃是照祂的形像造男造女。”（创1：27）人是至高神的孩子；他的生命赋有上帝所命定的目的与任务；他注定要与造物者永远同居天堂。但非基运动的人则认为：人是复杂的动物，和猩猩有关，从最原始的流液，经过分子和氨基酸偶然串联，而从古老的深海中冒了出来，爬上树，然后再从上面下来，人是猩猩的表亲，和天竺鼠、老鼠也有远亲的关系。另外一种观点正相反，他们认为人就是神，其逻辑结果必然是某些人是神，而这些神拥有杀人的正当性。