我们首先必须说明，关于基督教历史的罪恶，教会自己做了最充分的反省。刘晓波所引用的材料，相当部分是教会作家公布的。当然，另一方面，中共的历史学家关于教会的罪恶，材料更是“充分”。其次，所有指责教会历史上罪恶的人，他们所秉承的正义观念，无一不是基督教提供的理念。换言之，他们不过是在用基督教贡献给人类的观念在批评教会。最后，关于基督教历史的罪恶，这些批评完全缺乏历史感，他把当代的人权观念用来指责历史上发生的事情，而在同样的历史时期，没有一个团体有教会那样进步，那样文明，那样为人类作出过如此巨大的贡献（当我们阅读下文教会的罪恶的时候，请想想同一时间，当时整个世界、特别是中国的国家和人民在干什么。我们不能对人提出超越时空的天使般的要求）。这种指责是不公平的。套用上面的话，无神论知识分子根本没有资格指责教会历史上的缺点。你当然可以批评特蕾莎修女的缺点，而且她肯定有这样那样的缺点，但我觉得这种指责（尽管同时也赞美了特蕾莎的优点），让人感到是非常不公平和诚实的。
但是，基督徒将欢迎这种批评。这种批评是一种祝福。他们非常清楚有形教会和无形教会的不同，这点世俗论者不明白。信徒犯罪不等于他所信的是错的，正如犹大不能代表后来的十二使徒一样。基督教的信仰是基督，不是基督徒。教会的一些罪恰恰反证了基督教关于“没有义人，一个都没有”、“你们得救是本乎恩，并因着信”这些真理。没有人是无罪的，没有神人完全没有指望。英国史学家保罗强森(Paul Johnson)说：“在这样的历史中，每一页都可见到基督教领袖的愚行和邪恶，但是在我阅读这些资料的过程中我渐渐地了解到，人们不是因为他们信了基督教才去做恶事，而是应该说，尽管他们有基督教信仰，可是仍旧在犯罪。基督教不是犯罪的源头，反倒是约束人们犯罪的最高力量（且往往是唯一的力量）。‘有’ 基督教的约束，人类的记录就已经是那么可怕了；更何况若‘没有’基督教的约束力，那么过去2000年的历史一定是更加恐怖了！” “过去2000年的历史一定是更加恐怖了！”这一更加恐怖的历史，我们已经领教过了。
甘－雅各说：“我们反倒是一再地被提醒（到了近乎令人受不了的地步）有关教会的一些丑行——如十字军东征、异教裁判所(Inquisition)、滥杀巫师等等——仿佛这些恶行就是整个基督教的历史。我认为说这话的这人实在很无知，有太多人根本搞不清楚历史真象。其实是传福音的基督徒受到了异教裁判所的迫害，而不是他们去迫害别人。”这位牧教简单疏理了世俗论者所不厌其烦地批判基督教的几个著名的“事实”：
1、十字军。十字军的形成是为了对抗回教。七世纪时，穆罕默德的信仰被用刀剑大力地广传，成千上万的基督徒被迫改信宗教，或者被杀。属基督教国度的拜占庭王亚历克赛(Alexius)试图驱逐突厥人，却末能成功，于是向教皇请求协助。1095年法国的乌尔班二世(UrbanⅡ)发表了历史上最动人的演说之一，成千上万的战士、武士便动员起来组成了大军，前往驱逐圣城的异教徒。“十字架士兵”到达耶路撒冷后，就大开杀诫屠杀了当地居民，当时的战争都是如此野蛮。五十年后，第二次的十字军东征。这次的征召的成员除了少数例外，绝大多数是极其邪恶、不敬虔的人，还有亵渎神的人、杀人犯、作伪证者等，他们根本不是基督徒。后来的十字军东征更糟糕。好战的回教徒有可兰经的支持与认可——可以用武力传教(可兰经第九章29节)，但是基督徒用作战传教则与基督信仰不符。
2、异教裁判所。异教裁判所成立于 1233年，其作用就是达到法庭的效用；目的是为判决被控为异端的基督徒是否真的有罪。亨利李博士(Dr. Henry Charles Lea)在 1888年写了一套三册的书，书名是《中古世纪异教裁判史》(A History of the Inquisition of the Middle Ages)。他说，要认识异教裁判所就得先知道当时教会的腐败情形；圣职买卖盛行，主教、神父，有时甚至连教皇的职位都是买卖得来的。简而言之，在那时候，教会的各个阶级有许多“不神圣”的人。巴瑞特(David Barrett)博士说在西班牙异教裁判所就烧死了一万二千人。拉克尔(Herbert Lockyer)估算在各国异教裁判所被判死刑的总人数有三万人。异教裁判所的作为绝对是错误的，找不到任何为它辩护的理由，至今仍无人为这段基督教史上最残酷黑暗的一页撰文作为辩解。但是，异教裁判所的成员不是真正的基督徒，它所迫害的绝大部分是真正的基督徒。西班牙异教裁判所尤其值得一提，在十五世纪末，腓德南国王(King Ferdinand)和伊莎贝拉皇后(Queen Isabella)正忙着把四分五裂的土地(当今的西班牙)统合起来，西班牙异教裁判所之建立，目的之一“是为了推动国家的统一”。
3、塞勒姆女巫的审判。中古世纪时期，有许多人以基督之名将成千上万的女巫冠上罪名处死。但这种歇斯底里的现象最后是在教会的协助下才终止的。马特 (Increase Mather)和他的儿子科顿(Cotton)带领时的清教徒牧师们出面公然反对。马赛写了一本小册子叫《良心的个案》(Cases of Conscience)，文中极力呼求众人回归圣经的教导，如此才将这种以扣帽子杀人的情形止住。诚如学者贝理米勒(Perry Miller)所作的结论：“马塞——独自地——结束了这场谋杀事件。”我很欣赏刘晓波为美国虐囚事件的辩护，他说，那毕竟是美国记者披露的，是美国自由的表现。我以为这个逻辑也可以用在上面的事件上。与此相关，包括刘晓波在内的中国知识分子关于加尔文的概念，基本上都受茨威格《异端的权利》一书的影响。一方面，这本书同样没有考虑加尔文时代的历史背景和当时的宗教法律状况，而用当代的人权观念苛求历史; 另一方面，对加尔文这位美国的精神之父缺乏了解。
与此形成鲜明对比的是，基督教在历史上的贡献无与伦比。我们可以这样说，世界上每一个人都是有罪的，但基督徒相对来说贡献最大。我们不能在这世界上找到天使和鬼魔的对立，只能在较小的恶和较大的恶之间作出划分。当那些较大的恶攻击较小的恶的时候，对于小恶是一种祝福，以便让他们做得更好。但这种批评对于大恶来说，则是伪善的，因为他们所犯下的罪恶，其罪滔天，并因从不反省而未能止息。在一世纪以前，洛威尔（James Russell Lowell）代表美国国务院出使英国，在一个晚宴上，有一些人嘲笑攻击基督教（特别是宣教工作），他大声说：“我挑战任何一位怀疑论者，让他在这地球上找出一个十平方哩的地方，在那儿人们可以平安而有尊严地生活，妇女受重视，婴儿和老人受尊敬，人们可以在那儿教育子女；而这个地方尚未有耶稣基督的福音先去铺路开先锋。如果怀疑论者可以找到这么一个地方，我鼓励他移民过去，到那儿去传讲他们的‘不信’”。
五、教会的种子
中国知识分子精英人物还没有从文化义和团中彻底出走。他们所说的上帝不是亚伯拉罕、以撒和雅各的上帝，他们所说的美国也不是华盛顿、林肯和布什的美国。他们说的科学不是牛顿和帕斯卡尔的科学，他们说的民主不是托克维尔和阿克顿所说的民主。被中国自由派知识分子正确地奉为自由主义大师级人物的托克维尔在考察过美国民主之后说：“当一个民族还缺乏宗教所熏陶出来的自我驾驽能力的时候，这个民族就还没有为自由的到来做好充分准备。”另外一位自由主义思想家阿克顿说：“除了依靠法律，自由还需要宗教和良心的支持。那些对神或对人格神或对哪怕是恶魔一样的神缺乏信仰的民族，那些有着严格的等级制度特征，财产权观念不发达的民族，都是自由生长的障碍。”在中国自由派知识分子的词典里，孟德斯鸠、柏克、洛克等自由派大师也受到了同等的尊重，尽管他们用不同的方式说过同样的教训。所以我不知道中国知识分子倒底尊敬他们什么。
中国仍然是非基的政府、非基的知识分子和非基的人民的政治联合体，尽管他们也彼此为仇。这种对立从来没有超越过上个世纪文化义和团运动建立的共同基础。相对来说，似乎政府方面对自由的宗教根基更为敏感，他们将蔡卓华等仆人投入监狱，有它深刻的政治上的焦虑。当然，这个民族的知识分子已经开始诚实地、激烈地寻求自由，但是无论如何，“这个民族就还没有为自由的到来做好充分准备。”但是，我们也看到了一些变化，而这一点，先知以塞亚早就预言了——
“耶和华如此说：在悦纳的时候，我应允了你；在拯救的日子，我济助了你。我要保护你，使你作众民的中保〔中保：原文是约〕；复兴遍地，使人承受荒凉之地为业。对那被捆绑的人说：出来吧！对那在黑暗的人说：显露吧！他们在路上必得饮食，在一切净光的高处必有食物。不饥不渴，炎热和烈日必不伤害他们；因为怜恤他们的必引导他们，领他们到水泉旁边。我必使我的众山成为大道；我的大路也被修高。看哪，这些从远方来；这些从北方、从西方来；这些从秦〔原文是希尼〕国来。诸天哪，应当欢呼！大地啊，应当快乐！众山哪，应当发声歌唱！因为耶和华已经安慰他的百姓，也要怜恤他困苦之民。”（赛 49:8-13）
这些变化的信息特别通过蔡卓华等人的遭遇显示出来了，中国正处于人类有史以来规模最大的福音复兴运动之中。因为，“殉道者的血是教会的种子”，而教会，是整个社会文明的种子，信徒是社会的光和盐。
遗憾的是，世俗统治者并不真正不了解自由，更不了解信仰。自由的历史，首先是基督徒追求心灵自由的历史，是苦难和逼迫中蒙恩的历史。根据使徒行传记载，苦难的经历与圣灵的经历是不可分离的。有教牧说：在使徒行传中，二章五旬节圣灵充满降临马可楼，在三章使徒受官府的逼迫，而在四章又重新得到圣灵充满。在五章因亚拿尼亚和撒非喇欺哄圣灵一事而受试炼，在六章选出七位被圣灵充满的执事，而后发展成为坚强的教会组织，又在七章出现了司提反执事殉道事件。初期教会从一世纪开始到四世纪 ——再具体说就是到主历313年的米兰赦令(教会解放宣言)，圣灵的能力在迫害、试炼和痛苦中强有力地表现出来了。通过亲自经历耶稣的十字架，亲自体验充满活力的信仰，教会得以活泼地成长发展起来。因此，初期教会的神学家德尔图良(Tertullian)教父说：“殉道者的鲜血是教会的种子”。在教会成长中发挥种子作用的正是殉道式的信仰。
　　国家为什么迫害基督徒呢？罗马帝国的皇帝迫害基督教和基督徒的直接动机是政治上的原因。基督徒认为除耶稣以外，不能称任何人为主，惟有耶稣基督是他们的主(Κυριο?)，他们无法称罗马皇帝为主，无法尊敬和敬拜他。基督徒被迫害，也是因为他们的生活对当时的社会制度构成威胁。例如基督徒信主后，将他们拥有的奴隶释放；这行动在当时的人看来，真是大逆不道。而且，未经政府批准而释放奴隶，是可以被处死的。但基督徒却遵行爱弟兄的命令，冒死释放奴隶，这样更造成其他人对他们的敌视。这种情况在20世纪是一脉相承的，卡尔-巴特在第三帝国中公开宣布，上帝是上帝，这是希特勒所不能容忍的。这种状况可以解释635年以来，中国信徒在任何历史时期所遭遇迫害的主要理由。基督徒强烈抗议把人视为神，而把（某些）人视为神是东方专制主义的精髓。