巴勒斯坦解放组织在失去西岸总部之后，搬到了约旦。法塔赫势力增长飞快，在约旦率领土建立了自己的国中国，控制了多处战略要地，包括扎尔卡（Az Zarq）附近的炼油厂。1970年6月开始与约旦政府公开作战。

虽然其他阿拉伯国家尽力调和，在同年9月巴勒斯坦组织劫机并摧毁三架国际班机之后，约旦国王侯赛因亲王于9月16日宣布军令状，下令逐出法塔赫。侯赛因国王已经讨厌了被指责对以色列屈服，向反以武装集中的难民营派出部队，

当日阿拉法特成为巴勒斯坦解放军总司令，约旦内战开始。叙利亚出兵支援巴解组织，派出200多坦克入侵约旦。主要战役是在约旦军队和巴解之间。

为防止冲突扩散，美国派出第六舰队到地中海东部，以色列调动军队，准备帮助约旦。

到9月24日，约旦军队获得勝利，法塔赫成员多被杀害，成千上万名巴勒斯坦人死亡。这次行动被称为“黑色九月”。幸存者别无选择，为躲避报复逃往黎巴嫩。逼迫阿拉法特签订停火协议。这个月份在约旦历史上称为“黑色九月”。

约旦内战对巴勒斯坦解放组织造成重大打击，并由此视胡赛因国王为叛徒对其强烈反抗。