由于朝代更迭频繁，佛教译籍多渠道多种类的大批量涌进，佛教对社会的影响逐渐形成多角度的态势，一些有代表性的佛典，大都有僧俗学者研习发挥。这些学者被称为“师”，他们据以发挥的思想叫做“师学”或“师说”。其中影响较大的有：

1 三论学
“三论”指鸠摩罗什所译《中论》、《百论》、《十二门论》；加上《大智度论》，亦称“四论”。这些本是大乘中观学派的基本著作，在南北朝的流行，则是魏晋以来般若学的变态和延续。陈隋之际的吉藏，更以三论命宗。最早研习“三论”的，是僧叡、僧肇、昙影等；《肇论》被推为三论学的中国经典。他们的思想，称为“关中旧义”。此后，“三论”流行的重心转向南朝。宋明帝初（465—466），有智林者，“申明二谛有三宗不同”，时汝南周颐作《三宗论》，与林意相符，成为这个时期的代表作。
梁初（500年），僧朗继法度于摄山栖霞精舍（南京郊区）弘扬“三论”，梁武帝曾派人就学；其弟子僧诠，号称“山中师”，摄山遂成为梁陈二代三论学的重镇。梁昭明太子萧统作《解二谛义令旨并问答》，可为梁代的代表作。僧诠有勇、辩、朗、布四弟子，号称“四友”或“四公”，均为陈王朝所重，三论学遂成了陈王朝的官方佛学。

三论学者素以善辩好争著称。他们的共同点，是用“二谛”、“中道”统摄全部佛教，不同处是对“二谛”和“中道”的解释。“二谛说”和“中道观”是中观学派把世间和出世问联结起来的纽带，是认识论上的彻底空观与实践上的实用原则系为一体的核心观念。但从什么角度讲“二谛”，又从什么意义上讲“空”说“有”或非空非有，各家的解释大有不同。但就总的倾向言，在吉藏之前，三论学者普遍将真俗二谛统一于“真谛”
一面，在说“性有性无”中侧重“性无”一方。到吉藏形成“三论宗”，与涅槃佛性说协调，思想有了新的变化。

418年，6卷《大般泥洹经》在建康译出，引起大江南北佛学界的震动；421年，40卷本（大涅槃经》在敦煌译出；宋元嘉中（424—443），建康又依上述二本整理为南本《大涅槃经》问世，研习《涅槃》及其所陈“佛性”思想，成了宋梁二代最时髦的佛学思潮。
首先注意到《涅槃》佛性思想对清除佛教怀疑论有重大意义的是僧叡，着重发挥《涅槃》佛性理论内容的则是道生、慧观和道朗。6卷《泥洹》曾言，除一阐提，一切众生皆可成佛，道生加以纠正，认为一阐提人亦得成佛。道生著有《法身无色论》、《佛无净土论》、《佛性当有论》、《善不受报义》等，从论题可以推知，他把成佛的根据移植到个人内心的自我。完善，贬低偶像崇拜和净土信仰。他对中国佛教影响最长久的主张是“顿悟成佛义”：真理是一个整体，不可分割，因此，要么不悟，一悟顿了，不容阶梯，谢灵运迫随道生，著《辨宗论》，用儒家的“理归一极”来加以补充。道生之说，受到宋文孝武诸帝的赞赏，曾请其弟子道猷和法瑷、宝林等持续弘扬。慧观与谢灵运都是南本《涅槃》的整理者，但慧观却力主渐悟。他认为“真如”必须经“定慧”修习才能测知，而“定慧”需有阶级相乘。像这样提倡渐悟、反对顿悟的也有一批名僧，如慧琳、法勗等。

道朗与慧嵩在佛教义学上独步河西，直接参与了《大涅槃经》的翻译。道朗有《涅槃义疏》，强调涅槃与“法性”为一，“法性以至极为体，至极则归于无变”，因而法性也是“常乐我净”。据此，他抨击当时讥谤《涅槃》非佛说的言论，为佛性思想的传播开路。
南朝齐代的涅槃学未断，至梁武帝又重加提倡，曾命宝亮撰《涅槃义疏》，并为之作序，以为佛教经论不出两途，“佛性开其本有之源，涅槃明其归极之宗”。在这种思想指导下，本与《涅槃》主张迥异的经论，也被调合起来，像梁代弘扬《成实论》的三大师及三论学者，大部也是涅槃师。北朝《地论》学的兴起，与南朝涅槃学的盛行遥相呼应，成为南北朝后期遍及全国的强大潮流。
按《大涅槃经》前分的原本来自中印的华氏城，为婆罗门族居士写出，天竺、罽宾和龟兹的信奉者甚少；它的后分则来自于阗，流行于高昌、敦煌。看来，此经在葱岭以西或未传播开来，汉译本最后成为今天的样子，曾屡经增删改写。在涅槃佛性方面，无疑也表现了中国佛教思想与天竺佛教思想的差别。

2 毗昙学
《毗昙》的研究发端于道安，僧伽提婆受慧远之请，重译《阿毗昙心》和《三法度论》， 397年进入建康，得到名士王珣、王弥等的支持。433年，僧伽跋摩与宝云按慧观要求重译《杂阿毗昙心》。于是，《毗昙》几乎成了南朝所有论师共习的科目。其中僧韶（447—504）专以《毗昙》擅业，法护（439—507）以《毗昙》命家，慧集（456—515）于毗昙学擅步当时，其他僧侣多是兼学。道安也为北方毗昙学打下了基础414年，昙摩耶舍等又译出《舍利弗阿毗昙》，姚秦时倍受重视。此后，北方的《成实》论师大部兼习《毗昙》，其中慧嵩活跃在元魏高齐之际，足迹遍及江表、河南，时人称为“毗昙孔子”，弟子甚多。

毗昙学之所以在诸多论师中普遍流行，在很大程度上是用为它解释名相清楚，便于揭示佛教的实际含义，但它在思想上也有重大影响。《毗昙》的宗教哲学建立在物种不变，因而请法“自性”不变的观念上。不变的种类自性，是一种超时空的永恒存在，此即谓之“有”；一切个别事物，则是自性种类在特定因缘条件下的再现，有变化，有生灭，此即谓之“无常空”，或“因缘空”。据此说明，善恶染净等自性不变，众生按照自身所聚业惑自性的不同，感得的世间和出世间等罪福果报即有差别；众生有生死，业报则不失。这一基本思想，得到慧远等内地佛学家的发展，在三世因果、业报轮回的基础上，正式确认了身死神不灭为佛家的信条。刘宋时罗合作《更生论》，进一步提出了“人物有定数”的观点，以为宇宙万有“各自其本，祖宗有序，本支百世，不失其旧”，为业报轮回的教义提供了一种循环论的论证。
僧伽提婆也是《中阿含》和《增一阿含》的最后定本者，当时作为“三藏”和“小道”的论师与弘扬大乘的鸠摩罗什齐名。昙摩那舍，曾与竺佛念共译《比丘尼戒本》，其弟子法度，“专学小乘，禁读方等，唯礼释迦，无十方佛”。法度所制尼律。在出身中小官吏家庭的尼众中通行。提婆与耶舍都是罽宾人。罽宾是说一切有部的势力范围，此部的思想对南北朝佛教的影响极深。此外，慧导疑惑《大品般若》，昙乐非难《法华》，僧嵩、僧渊讥谤《涅槃》。晋宋以来，小乘三藏学者对大乘经论的抨击，般若学对涅槃学和唯识学的抨击时有发生，这或许是域外佛教派系斗争在内地的一种反响，而内地佛教的总趋向则是调和，更确切些说，是以我为主对他宗的容纳。

3 成实学
原著《成实论》的是何梨跋摩，鸠摩罗什译于长安。传说此论是与当地遵奉大乘的僧祗部僧人共斥迦旃延《毗昙》而作。由于它特别否定“心性本净”之说，强调“心性”
是后天形成的，吉藏视作小乘空宗的代表。
长安是《成实论》学的发源地，《成实论》最有影响的弘扬者，都出自鸠摩罗什的门下。其中僧导居寿春，僧嵩住彭城，形成成实学的两大系统。彭城系的僧嵩及其弟子僧渊。是公开反对《涅槃》佛性说的著名人物，在北银很有声望。僧渊有弟子四人，其中昙度、慧纪、道登，并为魏主元宏所重。元宏特别提倡《成实论》，对鸠摩罗什、僧嵩等追念不已。

僧渊之后，此系思想发生分化，道登善《涅槃》、《法华》，彻底改变了排斥佛性说的立场；僧渊的另一弟子慧球，临终“遗命露骸松下”，似仍坚持《成实》的原来主张。此外，有灵珣、道凭、道纪、慧嵩者，是魏末北齐时知名的成实论帅。灵珣以后转到了地论师慧光的门下。道纪撰《金藏论》，调和佛教信仰与儒家孝道。道凭则断绝骨族血亲往来，不游权贵豪家。慧嵩被高昌王夷其三族，不以为意。这表明，北朝成实论师，除转向者外，大都坚持厌生离世、严峻冷酷的学风。
南朝成实学的开拓者，是寿春系的僧导。僧导并学“三论”、《维摩》，于刘宋王朝有功，门徒众多，动辄上千。其中昙济亦修《涅槃》，以《七宗论》名闻后世。就学于寿春的还有道猛和道钟。449年，道猛东游京都，结交湘东王刘或。刘或即位曰明帝，倍加礼敬，敕猛为兴皇寺纲领，该寺遂成为南朝成实学的重要据点。萧齐王朝也重《成实》，其中僧钟、慧次、僧柔等成实论师均受到王室的特别崇敬。萧子良召集京师硕学名僧500余人，讲说《成实》，最后集成《抄成实论》9卷问世。周颙、僧祐都是此次聚会的参与者，据他们说，《成实》之所以被当时看重，不像北朝那样去励行它的教义，而是因为它的条理清楚，更便于理解大乘妙典，排斥外学。

因此，南朝到齐为止，成论师多同习《涅槃》、《华严》、“三论”等，没有相互倾轧的倾向。
梁代成实学略有波折。先是从僧柔、慧次就学《成实》的僧旻、法云、智藏成为梁王朝最显贵的僧侣，是谓梁代《成实》三大师。506年，僧旻（467—527）受请为帝室家僧，制注《般若》，敕讲《胜鬘》，侧重弘扬《观世音经》，为京师学士和地方守宰所尊，号称“素王”。他对语言诗韵似甚有研究，著有《四声指归》、《诗谱决疑》等。法云（467—529）于萧齐时以讲《法华》、《净名》等著称于世，号“作幻法师”。至梁，为朝贵演说《般若》，亦为皇室家僧，525年，敕为大僧正，是梁武帝发动围攻《神灭沦》的具体组织者。智藏（458—522），曾为梁武帝授菩萨戒，为皇太子讲《涅槃》，给帝室讲《波若》。他第一个把诵读《金刚般若经》当作解厄延寿、去凶化吉的佛教法门，使此经成为道俗上下普及率最高、影响最广的佛典。综观上述三师特点，也是调和，尤其是与儒家孝道调和。简文帝曾以《成实论》为各种佛说的最终旨归，但反响很小。三大师死后，梁武帝重奉《大品》，对《成实论》表示轻蔑。吉藏独树“三论”旗帜，也着重批判成实论师说。成实学到了陈代，有了所谓“新成实论师”的出现，主要代表是受陈、隋两代王朝礼待，并与三论学者吉藏对抗的智脱（541—607）。大多数成实论师则“去小从大”转向了《涅槃》、《大品》、“四论”等。

4 地论学
关于《十地经论》的翻译，隋唐以来就异说纷纭。据崔光《十地经论序》，谓北魏永平元年（508），宣武帝命菩提流支和勒那摩提并译此论，佛陀扇多传译，有义学缁儒十余人参加，四年（512）夏，翻译周讫。不久，北朝传此论以菩提流支为主译（《李廓录》），南朝传此论以勒那摩提为主译（《宝唱录》），还有说为二人各自译出者。对译者的争论反映在解释《地论》问题上，有意见分歧。
魏宣武帝（500—515）长于释氏之义，曾为诸僧朝臣开讲《维摩诘经》，而后又亲自主持和笔受《十地经论》。崔光在宣武、孝明（516—528）两代高踞要津，也每为沙门朝贵讲《维摩》与《十地》，有义疏30余卷，因此，《地论》学继《成实》学之后，成了北魏以至东魏的官学。其中弘扬《地论》最早的僧侣是道宠和慧光。

道宠，儒生出身，元魏东迁之后，从菩提流支学《地论》，并自开讲，其“堪可传道”的弟子千有余人，知名者有牢宜僧休等，隋初名僧志念亦曾从其就学。这一地论师系统被称为北道系。他们的著疏不存，情况难明。相比之下，慧光创始的甫道系，名僧辈出，门徒遍及全国，历经魏齐周而至隋唐。
慧光，曾向少林寺佛陀学律，故善《四分律》；后参与《地论》翻译，深得《地论》纲领。在北魏末年即见重于当朝，任国都；随入邺都，以“绥缉有功”，转为东魏国统；至于北齐，“重之如圣”。仅见于僧传的知名弟子，即有15、6人。他们或弘义理，或广戒律，所长虽异，但普遍受到当权者的重用。在魏、齐、周、隋数朝中，出自这一系的僧官，包括大统、国统、国都、州统等，为数最多。他们的一般论师，则多游化各地，自洛、邮出发，足迹遍及齐、楚、晋、魏、燕、赵、卫、郑，任务多是巡察僧徒，弘教民间。南道地论师成了北朝后期最有权势的佛教力量。法上是慧光诸弟子中最突出的代表，当时已经译出的主要大乘经，他无不讲习，并有注疏。后为魏大将军高澄邀请入邺，成为魏齐二伏统师，著有《佛性论》、《大乘义章》等。所部僧尼200余万，高洋事之如佛，天保年间（550—559），敕命“大统”。法上有弟子法存、灵裕等，以慧远的成绩最大。慧远创讲《地论》，伏听千余。周武帝酝酿毁佛时，慧远曾出众抗争，后畏祸潜入山中。隋初，出任洛州沙门都，后敕居西京净影寺，故称“净影慧远”。他的注疏很多，所撰《大乘义章》，是重要的佛学史料；另有《大乘起信论义疏》，是最早用《起信》观点解释瑜伽唯识思想的著作。

在上述南北二系以外，还有一些地论师。其中靖嵩于周武毁佛时，与同学300余僧南达江左，从建业法泰咨决真谛所传瑜伽行派经抡，包括《摄论》、《唯识》等。590年，重还江北，留住涂州，着重弘扬《摄论》学，著《九识三藏》等。净愿重律，先学《地论》，后准《摄论》，隋初至长安，与《四分律》和《涅槃》等同时讲说。北朝地论学和南朝摄论学，在涅槃学的基础上的汇合，是南北朝末期和隋初佛枚思想上最可注意的事件，以此为契机，佛学普遍地转向对“心性”问题的探讨。
地论师南北二道对“心性”的解释有许多差别。简略他说。北道师把世界的最高本体归结为具杂染性质的“阿黎耶识”，所谓众生悉有“佛性”，是指众生经历后天的熏习，最后必当成佛而言，是谓“当常”之说；南道把世界的最高本体归结为“清净阿黎耶识”，或“如来藏”、“无垢识”，去除污染障蔽，使本有的清净心性得以显现，即可成佛，被称作“现常”之说。这南北现、当二说在判教上有四宗、五宗之别，其实就是，在理论上规定心性是净是染，在实践上是发扬本有心性还是消灭本有心性问题。但南北二师的界限不一定如此清楚。作为慧光十大弟子之一的冯衮著《捧心论》，认为“当为心师，不师于心”，显然就是主张心性杂染的。

5 摄论学
无着的《摄大乘论》初译于北魏沸陀扇多，但它的流行，是在真谛重译并另译了世亲的《摄大乘论释》和自行解说为《义疏》之后。真谛宣扬瑜伽行派思想，着重的是《俱舍论》和《摄大乘论》。《摄论》是瑜伽派唯识学的奠基性苦作，着重探究“心”的性质和“心”生万有的机制，以及人的认识过程和据此修持成佛的道路，创造了一个庞大的唯心主义体系。特别是它的八识说，提出了阿黎耶作为世界的本体和认识的本原，确立了“唯识无尘”的宇宙观，在南朝引起震动。但陈王朝及其官僧支持的是《般若》和“三论”学，对真谛一系公开排斥，所以直至陈亡，真谛之说在建业甚少流布。

摄论学的著名僧人来自两个系统：一是真谛门下，如智恺、智敫、道尼、曹毗、法泰等；一是地论甫道，如慧光的再传弟子昙迁，法上的再传弟子靖嵩、净影，慧远的弟子辩相等。出自真谛门下的摄论师，大部在陈隋之际由广州向北，经建业，或去蜀或入长安，出身地论学者的摄论师，在周隋之际，发自京邺，或至金陵，或住徐州、长安。这表明《摄论》学与《地论》学在全国重新统一的新形势下，同风靡当时的佛性论、唯识论等最后汇合，为隋唐佛教宗派的形成，作了理论上的准备。

6 律学
戒律是约束佛徒行为和规范僧团生活的纪律。只有按一定仪式发誓接受一定戒律的人，才能充当僧侣或居士，也才是完全意义上的佛徒。早在三国时，已有戒律传入内地，至南北朝，各种律经戒本，更是大规模地集中译介进来，属小乘戒的有《十诵律》（有部）、《四分律》、（昙无德部）、《摩诃僧袄律》（大众部）、《五分律》（沙弥塞部）、《善见律毗婆沙》（上座部）、《律二十二明了论》（犊子部）等，属大乘戒的有《菩萨戒本》、《优婆塞经》等。
小乘戒律均规定“四波罗夷法”：即以淫、盗、杀、妄语等四种行为为重罪，犯者必须摈除僧团，也就是最严厉的处分。以“淫”为重罪之首，把“杀”排在第三位，且重点在制止僧尼的自杀，正反映了早期佛教严苛的禁欲主义和厌生之风。另有一些小本律典，归纳诸戒为“五戒”：即戒杀、盗、淫、妄语、酒。此中“杀”与“淫”的次第作了颠倒，而戒“杀”扩展到了一切有生类，成了仁爱万物的一种硬性规定，戒“淫”仅限于合法婚配之外的性行为，对家庭伦理已全无妨碍，佛教的原始面貌为之大变。
大乘菩萨戒也有“四波罗夷法”，但内容更加不同，其侧重限制的是受戒者的思想动机，而非行为的实际后果。衡量思想动机是否纯正，最根本的一条是对“大乘”的态度，若勤于“大乘”，就是忠于“本戒”，在“大乘”的名义下，可以不受任何约束。
在南北朝，所谓“大乘菩萨戒”，多是授给帝王贵族和居士；国家支持并在僧侣中通行的仍然是小乘戒律。齐梁僧祐是南朝律学大家，尤重《十诵》，齐竟陵王每请讲律，听众常7、8百人；梁武帝倍加礼遇，凡僧事硕疑皆敕就审决，曾为六宫受戒。北魏慧光是北朝律学之宗，造《四分律疏》，删《羯磨戒本》，著《仁王七诫》、《僧制》等，在僧侣中广为奉行，被后人视作律宗的奠基者。

从三国吴开始，一部分佛徒主张也用佛教戒律作为国家教化民众的普及手段，用五戒比附五常，用“十善”遏制“十恶”。这种意见特别为南朝梁和北朝魏所接受，所以一些著名津师也往往就是国家的僧官。
梁慧皎说，“入道即以戒律为本，居俗则以礼义为先”，大体代表了律学的基本观点。但有些律师走向极端，以戒律为指针，斥责数论义学为虚诞；一些数论家则言：“地狱不烧智人，镬汤不煮般若”，轻蔑戒律。律学与义学的对立，是南北朝佛教内部纷争之一。

6 禅学
魏晋文士重般若轻禅定，至晋宋之际，禅智并重始在僧侣中占主导地位。及至佛驮跋陀罗、慧严、慧观等传罽宾达磨多罗和佛大先的五门禅法，“以掸命宗”，力图用“禅”统摄佛教的一切修为，禅学逐步独立，成了与义学鼎立的另一般力量。
禅学的特点之一是能以神异惑众，在贫困和破产的民众中有一定的影响力和号召力，一些著名的禅师，往往能聚拢很多禅僧共同行止，所以受到官方的特别注意。佛驮跋陀罗在长安传习禅法，聚众数百人，因而被摈出走；玄高自麦积山蓄徒至300人，先后为西秦、后凉、北魏所敬，但也屡遭打击，终于被拓跋焘杀害。

然而就总体说，北朝更重禅法。惠始、佛陀、僧稠等，都受到北朝帝王的殊礼。原因也在于禅僧影响群众广泛，同时内容又不出禁欲、堪忍等“调心”的范围，很合乎统治集团的需要。
在官方支持的禅法之外，还有更多的是鲜为人知的禅法在民间流行，其中之一是菩提达摩。

菩提达摩的事迹不可确考，后人的记载多相互矛盾。唐初学者把他与僧稠并提，成为南北朝后期影响最大的两个禅僧团。僧稠在北魏，特别是在北齐，势力薰天，是由民禅升到官禅的典型代表。他的禅法是“四念处”，与“五门禅”属同一类型的小乘禅。菩提达摩以4卷《楞伽》传法，崇尚“虚宗”，极端卑视“不净”、“骨锁”、无常、苦等禅观，所以在思想倾向上与僧稠禅是对立的。传说达摩又以“二入四行”教人，不仅重视坐禅，而且重视教理。他要求通过壁观，识自本有“真性”，在实际上达到无爱憎、无得失、无悲喜、无是非、超脱一切的精神境界。他和他的弟子慧可等，也在北朝活动，曾受到地论师和其他官方禅师的排斥和迫害。在慧可门下，形成大批“楞伽师”，于周、隋、唐之际，向南流动，成了唐代禅宗的先驱者。