即使把中国控制西藏的起始时间从十三世纪缩短到十八世纪，距今也有近三百年的时间。这三百年的世界版图有很多变动，绝大多数并没有在今天构成问题。一些具有爱国心的中国人对此常有不平之心：中国向西藏派遣驻藏大臣（1727年）半个世纪以后，美国才在被白人占领的印地安土地上立国（1776年），为什么今天没有人对美国的主权提出疑问？美国占领夏威夷时，夏威夷已经立宪，而且是国际承认的独立国，至今还不到一个世纪，为什么就已经听不到异议，而且获得了国际公认的合法性呢？既然如此，为何西方人又认定西藏不能属于中国，中国对西藏的主权是不合理的呢？

对此不能简单地以西方霸权来解释，也不能全归于“西藏分离主义者”利用西方传媒操纵舆论。这些因素不是没有，但是中国对西藏的主权受到这么普遍的怀疑，肯定不是没有原因的。

中国的史学家论证中国对西藏确凿无疑地拥有主权时，最多引用的根据就是乾隆五十七年（1793年）一个名为《钦定藏内善后章程二十九条》（简称《二十九条章程》）的文件 。中国史学家宣称，那个文件表明清代中国对西藏拥有的主权已经相当充分。

《二十九条章程》主要在于明确清代朝廷对西藏拥有的权力。为了能够一目了然，不妨把其中直接有关这种权力的十八项条款分别以一句话列在下面：

第一条 认定包括达赖、班禅在内的西藏主要活佛转世灵童；
第二条 管理西藏的进出境；
第三条 监督西藏造币；
第五条 任命军官；
第六条 藏军兵饷由驻藏大臣发放；
第八条 审查达赖、班禅的收入和开支；
第十条 驻藏大臣与达赖、班禅平等处理西藏行政，所有西藏僧俗皆需服从驻藏大臣；
第十一条 任命西藏地方官员；
第十三条 驻藏大臣每年两次出巡西藏各地及检阅军队；
第十四条 负责外交；
第十五条 确定边界；
第十八条 决定各寺院的活佛人选；
第二十条 决定税收；
第二十一条 决定免役；
第二十二、二十三条 控制宗教界串联交往；
第二十四条 控制和提供交通条件；
第二十五条 处置罪犯。

中国的史学家们认为，如果拥有这么多权力还不叫拥有主权，这世界就没有主权存在了。西藏独立支持者所列举的“西藏历史上是独立国家”的主要根据──西藏“有自己的政府与内阁”（但须服从驻藏大臣），“自印货币”（由驻藏大臣监造），“自己的法律”（须经驻藏大臣审批），“自己的军队”（由清廷建立并受驻藏大臣节制），在此章程前岂非不攻自破？然而为什么主权意义如此充分的《二十九条章程》颁布了二百多年，国际社会却总是认为那时的中国对西藏顶多只是拥有宗主权呢？

所谓宗主权和主权，二者的区别在哪里？1944年，当时中华民国政府新任驻藏办事处处长沈宗濂带领随员一行经印度赴西藏上任，在新德里曾与当时印度政府（英国在印度的殖民政府）的外交部长卡罗爵士(Sivolar Caroe)讨论过这个问题。沈宗濂的英文秘书柳升祺这样记述：

沈宗濂问他，我们一直认为中国对西藏是主权关系，而你们英国人总说是宗主权关系，请问宗主权究竟是什么含义呢？卡罗爵士笑着说，你把我问倒了，让我们一起来查书。于是他亲自挪动短梯，从上层书架上取下一卷英国百科全书来，同沈宗濂两人一起研究。研究结果，卡罗向沈宗濂说，对这个词还很难下定义，宗主权的伸缩性很大，这要看中央政府对一个地方的权力贯彻到什么程度。如果全部贯彻了，那就是主权，不然，就是宗主权吧。

这种解释也许在法律上不够严密，但这两个研究者毕竟一个是外交部长，另一个也曾在中华民国外交部担任过总务司长（沈宗濂还在大学教过书），这种经验性的结论应该是比较符合实际的。以这个观点看，如果1793年清王朝颁布的上述《二十九条章程》全部都能得到执行，中国对西藏的主权就不该有疑问。而至今这么多数中立史学家都认为中国在本世纪五十年代以前对西藏仅拥有宗主权，根源就在于上述章程在西藏远非全部兑现，大部分时间仅停留于名义而已。

美国却相反，虽然其占领夏威夷的时间不长，但是它对夏威夷实施了充分的权力，它对夏威夷的主权就从无到有，并且从有争议再到没争议。

乾隆时代能定下并在西藏颁布《二十九条章程》，说明至少在那时西藏是臣服中国的。《二十九条章程》是在清军进藏，大败进犯西藏的廓尔喀部之后，由率军的清将福康安负责拟定，奏报清廷批准的。想一想那时的情景，清朝出兵前，廓尔喀军长驱直入，进日喀则，劫掠班禅的札什伦布寺，继而向拉萨进军，全藏震动。而清军一到，连战连捷，不但将廓军全部驱逐出境，且深入廓境七百里，迫使廓尔喀投降纳贡，自此成为大清藩属。如此解救西藏于危难，西藏上下能不对清廷唯命是从吗？当时即使有人对《二十九条章程》心存异议，在清军显示的威力面前，谁又敢公开反对？

然而，历史长河凝缩在史书上，虽满眼皆是大起大落的波浪，在实际进程中，太平无事的日常状态却是最多。在那最多的时间里，清朝并无大军纵横西藏，拯救者的光辉和胜利者的威严退居日常琐事之后，西藏也不会时刻都需要来自中国的仲裁和保护。那时清政府控制西藏的固定渠道只有一个──驻藏大臣。《二十九条章程》所列清王朝对西藏的权力，一律明文规定由驻藏大臣履行。中国那时对西藏控制的程度——决定中国对西藏是有主权还是仅有宗主权──也大多要通过驻藏大臣实现。

所以，驻藏大臣是理解中藏历史关系的关键。