汉密尔顿和杰斐逊在和英国签订的《杰伊条约》也有不同看法，杰斐逊和民主共和党人认为杰伊出卖了美国，尤其是没有对英军解放美国黑人奴隶进行赔偿，同时也意味着美法同盟的终止。他一直认为英国是真正的敌人，英国正通过垄断美国的商业，银行业和公共债务，并通过代理人汉密尔顿把美国变成其附庸。全国上下一致强烈攻击杰伊，使他辞去了最高法院首席大法官的职位，去担任纽约州长。

而汉密尔顿和大部分联邦党人认为，不论付出怎样的代价，都必须保持对英国的和平，因为美国那时候还没有能力和世界头号强国进行战争。而全国的税收大部分来自关税，而美国的90%的进口来自英国。所以《杰伊条约》是国家和平和繁荣的必要代价，否则战争一旦爆发，国家财政就会陷于崩溃。

这一点和目前中国对美国关系的态度非常相似，平民阶层认为美国正通过代理人逐步控制中国的经济，金融，最终让中国变成其附庸。而精英阶层认为中国武力上没有能力对抗美国，经济上高度依赖对美国及其盟友的出口市场，所以在其他方面，金融，法律，甚至主权上进行让步都是当前经济繁荣的必要代价。

《杰伊条约》在国会引起了激烈争论，而参议院就此展开的斗争，则标志着政党制的具体化。为此，国会中第一次举行了党团会议。为反对《杰伊条约》，杰斐逊及其他民主共和党领袖在众议院召开会议，协调国会中共和党成员的行动，这是建立一个有组织纪律，统一行动的政党的决定性一步。

杰斐逊和汉密尔顿的争论不仅仅在国会里面，双方都动用了媒体互相攻击对方，杰斐逊联合麦迪逊在费城创办了《合众国公报》和《国民公报》，用以揭露汉密尔顿的“君主制阴谋”，它们几乎攻击汉密尔顿的每一项政策，甚至对他进行人身攻击，毁坏他的名声。杰斐逊和反对汉密尔顿的其他人采用了“民主共和党”的名称，他包括社会的各个阶层，主要是农民，南部拓荒者，种植园主。而汉密尔顿的追随者则以“联邦党”为名，他们的主要支持者分布在沿海各州，特别是东北部工业和商业发达的地区。领导阶层包括富有的商人，律师，大地主，银行家。

当然双方所代表的仍然都是不同的利益集团，都不能脱离历史的局限性，说不上正义与否。杰斐逊称其代表普通民众的利益，但他说的普通民众却不包括黑人奴隶和印第安人。杰斐逊自己是一个坚定的蓄奴主义者，他对印第安人的态度也是赶尽杀绝。汉密尔顿代表富人阶层利益，但他所重视的英国却反对继续蚕食印第安人的生存空间，支持他的东北部商业集团也坚定的反对奴隶制。

然而决定杰斐逊和汉密尔顿命运的不是他们的治国理念，而是一些微不足道的小事。

《杰伊条约》造成了美法关系的裂痕，为了弥补，华盛顿于1796年将驻巴黎公使詹姆斯.门罗（James Monroe，后来的美国第5任总统，门罗主义的提出者）召回，换上了卡罗莱纳州的查尔斯.科茨沃斯.平克尼。然后1797年，属于汉密尔顿阵营的约翰.亚当斯当选美国第二任总统，为了继续华盛顿的中立政策，他派遣了三人委员会前往巴黎，寻求与法国和解。接下来发生了戏剧性的一幕，法国外长塔列朗向美国代表索贿25万美元，否则不予接见。美国代表义正言辞的拒绝了这个要求，而美法关系也因此受损。

美国甚至准备了与法国开开战，为此创设了海军部，在此后的两年半时间里，美法在海上发生多次冲突。对于战争的认识，在美国产生了建立正规陆军的构想，然而在具体细节方面，亚当斯总统和汉密尔顿之间意见严重分歧，最终使常备陆军建设的计划泡汤，也导致了联邦党的分裂，在1800年的选举中被杰斐逊的民主共和党击败。

尽管杰斐逊在亚当斯之后当选了美国第三任总统，但如前文所述，在西奥多.罗斯福之前，美国总统的权力相当有限，作为财政部长的汉密尔顿仍然大权在握，存在着巨大的影响力。他很有可能就是接替杰斐逊的总统，如果他能活到那个时候的话。

早在1791年，杰斐逊组党反对汉密尔顿的时候，他所依仗的两个骨干是纽约州长乔治.克林顿和检察长艾伦.伯尔。艾伦.伯尔是一个非常有政治抱负的人，他在1800年曾想竞选总统，但不敌杰斐逊，当了副手。在1804年的竞选总统中连提名都没有获得，所以耿耿于怀。于是他竞选纽约州长，并策划新英格兰的分裂，结果遭汉密尔顿的反对而失败。对此他恼羞成怒，于1804年7月11日和汉密尔顿决斗，结果汉密尔顿身受重伤，次日去世，年仅49岁。

汉密尔顿死后，联邦党的势力江河日下，杰斐逊之后的连续两任总统麦迪逊和门罗，都属于他的民主共和党阵营，直到国民共和党约翰.昆西.亚当斯在1824年当选第6任总统才结束这一趋势。

约翰.昆西.亚当斯是第二任总统约翰.亚当斯的儿子，很多人标榜美国的民主，但不是完全没有家族政治，除了亚当斯家族父子总统之外，第23任总统本杰明.哈里森是第九任总统威廉.亨利哈里森的孙子；32任富兰克林.罗斯福是28任西奥多.罗斯福的堂弟；43任乔治.布什是41任乔治.赫伯特.布什的儿子。

约翰.昆西.亚当斯以及其国务卿亨利.克莱都和汉密尔顿的联邦党一脉相承，主张强大的中央政府，扶持工业，抑制州权，采用高关税保护美国的工业，受到东北部工商业势力的支持，成为“美国体系”的倡导者。