專戮大帥，是指袁崇煥在半年前以閱兵為名，乘舟至雙島，祭出尚方劍，斬鎮守皮島的左都督毛文龍於帳前。金庸對此頗有微詞，認為毛文龍不該殺，殺的方式也不對頭。袁崇煥歷數毛文龍的十二罪狀，確有湊數之嫌，但不服節制、虛報兵額、中飽關銀、擅開馬市私通外番這幾條，在當時確實都是死罪。後人查閱清宮檔案，更發現毛文龍當時確實與清人私通（《近世中國秘史》），足見其死有餘辜。至於袁崇煥採用那麼戲劇化的手段殺他，也是萬不得已。皮島孤懸海外，如果靠下詔擒拿，只能逼反了毛文龍。朝中大臣並非沒有不想除去毛文龍的，只是除不了，不敢除，奈何他不得：“是左右大夫皆曰可殺，國人皆曰可殺也。其不殺也，非不殺也，不能殺也，不敢殺也，是以崇煥殺之而通國快然。”（程本直《漩聲記》）。朝鮮深受毛文龍荼毒，其國王聽到文龍被誅的消息，大喜：“為天下除此巨害。”（《朝鮮仁祖實錄》），可為毛文龍該殺的佐證。但毛文龍殺敵無能，拍馬有方，領來的餉銀，倒有一大半沒有運出京城，而是用於行賄。私開馬市，用戰略物資向清人換來的人參貂皮，也多拿來向朝廷大官上貢，因此朝官喜歡毛文龍的很是不少。袁崇煥把毛文龍殺了，這些朝廷顯貴斷了一大財路，無不深恨袁崇煥，最恨的是毛文龍的同鄉、大學士溫體仁。正是這位溫體仁，當崇禎閃過復用袁崇煥的念頭時，他趕緊連上五疏，請速殺袁崇煥。殺毛文龍，這時便被拿來作為袁崇煥通敵的證據，因為據說清兵最忌憚的倒不是袁崇煥，而是毛文龍，因此便要袁崇煥殺了他作為議和的條件。袁崇煥既然被當成了秦檜，毛文龍也就被捧成了岳飛，《天啟實錄》中記載毛文龍的罪惡本來不少，這時候的文獻反而都頌揚起毛文龍來了。