崇禎四年八月，皇太極發現了明軍在錦州附近的大凌河築城是步步為營的進攻策略，八旗軍的快速動員出擊的能力再一次得到了體現，幾乎一夜之間，剛剛修築好城牆的大凌河城就被後金軍包圍，沒有聽從孫承宗撤退命令的總兵祖大壽與萬餘明軍被圍其中。祖大壽也有自己的打算，他想以堅守大凌河城，吸引住後金軍的主力，如果外線的明軍迅速來援，就裡來個裡應外合擊敗後金。可是，皇太極在明軍炮火壓制屢攻不克的情況下，迅速也調整了戰術，對大凌河以圍困為主，同時派遣部隊準備打明援軍，這就是著名戰術的“圍城打援”。交戰雙方都沒有想到，本來是後金以毀城為目的的一次突襲戰，卻演變成了一次大會戰，在明軍的幾次小規模援軍被打退後後，明軍開始組織數萬兵力的大規模援軍。大凌河所在的寧前道隸屬登萊州管轄，朝廷急令巡撫孫元化發兵救援，為了向朝廷展示自己的練兵成果，也為了打破朝中大臣對他養兵不用的非議，他命令游擊將軍孔有德率一部經過訓練的遼東兵攜帶重型火炮乘船橫渡渤海，快速到遼東前線的耀州鹽場（今營口）集結。

這是陰曆的十月下旬，天已經轉冷，渤海上的西北風一日強似一日，這對古代以風為動力的行船極為不利，初冬的渤海灣是可怕的，即使是現代，渤海灣的幾次重大海難也是在這個時候發生。孔有德出海不久就遇上了大風浪，由於帶着上千士兵和昂貴的武器，如果出現海難孔有德將罪責難逃，在此情況下，他不得不下令返航，但這令孫元化極為氣憤，竟認為孔有德是以潮汐風向不利為藉口畏敵怯陣，在孔有德的百般辯解下，孫元化令孔有德和千總李應元率部從陸路繞行渤海灣奔赴遼東前線，帶着這麼多的重武器，全靠畜力人力運送，至少要走月余，恐怕感到戰場黃花菜都涼了，但為了打破朝廷的非議，這種援救的姿態還是要擺的，而交戰雙方的統帥此時都清楚，勝負就將在數日內決出。

　　一個多月後的閏十一月，孔有德的援兵隊伍才走到了山東與河北交界的著名雜技之鄉—吳橋，這還僅僅是騎兵和輕武器步兵部隊，重炮部隊還在後面數十里的新城，而在這一個月中，戰局已經發生了重大變化，明軍組織了4萬人的援兵曉行夜宿馳援大凌河，在大凌河城外僅十五里的長山口，與後金軍遭遇，明監軍張春立刻組織部隊形成了環形防禦車陣，打退了後金多次瘋狂的進攻後，後金第二代領導核心皇太極，親率2萬人馬攻擊明軍的車陣，同時，由早期投降後金的漢人軍官佟養性仿製的紅夷大炮，第一次投入了戰場，後金軍隊的一個嶄新的戰術—炮騎合擊，開始初露端倪，反觀明軍，雖然人數占優但是大敵當前，兩個軍團長吳襄（吳三桂之父）、宋偉卻仍鬧不和，不相互支援，而天氣也站在了後金的一邊，風向突轉讓明軍處於逆風，對火器的發揮造成不利，更嚴重的是在緊要關頭一向受孫承宗器重的吳三桂等少壯派軍官卻率先臨陣脫逃，明軍終於“眾不敵寡”，演變成了大潰敗。自此，明軍再也無力組織援軍，聽由大凌河城守軍坐以待斃。而孫承宗穩健、不敗的神話也就此打破，孫承宗被撤職遣返原籍河北高陽。而大凌河守將祖大壽不惜殺死副將何可綱詐降後，隻身逃脫回到錦州。
　　
　　這一切是孔有德的援軍所不知道的，他們還在繼續執行援遼的行軍，可是這一年冬天的第一場大雪來了。吳橋縣城並沒有人過問、安排這一千多部隊的食宿，一是連續多年自然災害中國北方早已赤地千里，吳橋縣沒有這個財力勞軍，再是明軍尤其是遼東兵的渙散軍紀、野蠻的作風，老百姓人人皆怕，惟恐躲之不急，而孔有德部一路上也是擾民不斷、與地方上屢有摩擦，所以當孔有德部進入吳橋縣城，縣中百姓竟然家家閉戶，商埠也關門打烊。孔有德的軍隊開始自籌糧草，無論是在吳橋還是在新城的孔有德部的士兵，竟都如土匪一般的闖入普通百姓家，搶奪食品，一時間哭叫聲響徹了雪夜。其實這些士兵也是懼強凌弱，只敢搶劫老百姓，對深宅大院的官宦、商賈之家也不敢輕舉妄動，但問題還是出現了，一名士兵闖入了一戶看似普通的民居，強行索取一隻雞，這不是一隻打鳴報時的大公雞就是一隻很能下蛋的老母雞，所以雞的主人堅決不給，雙方起了爭執後，雞的主人被士兵暴打，雞的主人本身並無權勢，而他卻是當地的山東望族王象春的家僕，海納認為，這個人也決非一般的小廝、家丁，他在王象春家僕中的地位應當類似於<紅樓夢〉中的賴大之類的管家級奴僕， 所謂打狗也要看主人，這個王象春家是一個舉人之家，家裡出過十多個舉人並在朝中做官，他家的奴僕被毆打、被搶劫，王家當然不會忍氣吞聲，定會依仗權勢討個說法。充其量就是一個團級軍官的孔有德雖然驕橫跋扈，當然惹不起這些權貴，被迫按照王家提出的處理辦法，將肇事的士兵穿箭游營，這是一種僅次於斬首示眾的軍法。士兵們感到受了侮辱，群起鬧事將王家的這個家僕殺死，這樣一來王象春家更加不依不饒，讓孔有德對帶頭鬧事的士兵嚴懲不貸。

　　這些遼東兵其實也很令人同情，家鄉被後金占領，家人被後金奴役，使他們無家可歸，軍隊雖然是個棲身之所，但也處處受到剋扣軍餉的軍官的欺壓，作為人他們沒有起碼的尊嚴，憤恨使他們開始欺壓比他們更加弱勢的民眾，而當他們在這個事件中又一次地感到侮辱後，積怨已經達到了臨界點，這時，千總李應元的父親李九成來了，在幾個月前，孫元化派遣李九成攜帶銀兩去西北邊塞上去買馬，可是嗜賭如命的李九成卻將公款在賭局上全部輸光，正在盤桓着如何交差，看到這種士兵群情激奮的場面，李九成這個賭徒竟然鋌而走險，開始唆使、煽動自己的兒子李應元和孔有德發動兵變，---他終於點燃了這個火藥桶。很快，叛軍連克魯西南地區的攻陷陵縣、臨邑、商河的諸多州縣，在魯西南地區大肆掠奪，這些士兵正式變成了土匪。

　　一隻南美洲亞馬遜河流域熱帶雨林中的蝴蝶,偶爾扇動幾下翅膀,可能在兩周后引起美國得克薩斯的一場龍捲風。---這就是現代西方有名的蝴蝶效應理論，它觀點是一個小的事情可能會最終引起大的波瀾。

　　 崇禎四年冬夜的吳橋縣，因為一隻雞的歸屬引起的糾紛，竟讓明朝苦心訓練的一支軍隊反叛，而這次反叛又不是一次普通事件，它最終還會影響到明帝國的命運、乃至中國的命運。

在離京畿如此之近的地方鬧起了兵變，而且兵變的士兵攜帶有當時最先進的武器，這不啻一個驚雷，朝廷敕令山東、登萊兩巡撫迅速解決此事，剛剛用糧餉再次解決了皮島兵變的孫元化，似乎並沒有慌亂，按照他的經驗，只要糧餉發足，並不追究責任，兵變就很快能夠解決。他讓孔有德率部回登州，一切都好商量。而且孫元化與山東巡撫余大成聯合發布命令，從吳橋至登州一路州縣，不得出兵阻擊孔有德。孔有德似乎也聽從了孫元化的命令，雖然一路還是搶掠不斷，但還是向着登州方向歸來。沿途州縣也不敢攔截，讓出通道讓孔有德部通過，其中雖然孔有德部一度進入了當地駐軍的伏擊圈，由於沒有攻擊命令，使其逃脫，錯失了殲滅叛軍的良機，當孔有德走到萊州府時，以前與孔有德交往甚厚的萊州知府朱萬成卻緊閉城門，讓孔有德繞城而過，他已經識破了孔有德的詭計。果然，來到登州城下的孔有德部，突然亮出了詐降的真面目，開始攻打登州城。

　　登州城從名將戚繼光的祖父輩就開始修建、完善的軍港重鎮，它本來的作用是為了抗擊倭寇，同時也是明朝的海軍基地，登州城三面是依海邊的山勢峭壁而建的陸地城牆，城頭排列着當時各種最先進的西洋火炮，一面是水城，城中有內港小海，停泊戰船，尤其是不久前，朝鮮國王贈送給孫元化的40艘戰船，此時應該也正停泊在港內（不知道有沒有朝鮮著名的龜船）。城中的守軍，一是由當時的軍事理論家、登州總兵張可大率領的浙江兵，浙兵是一支有着戚家軍傳統的軍隊，二是，教授明軍操作西方火器的葡萄牙軍官團，三是與孔有德叛軍同樣出身的遼東兵。無論從城防設施，還是兵員素質，登州都可謂是固若金湯。但即使事情到了這個地步，孫元化還沒有放棄招撫叛軍的念頭，這也束縛住了他自己的手腳，不敢放手與叛軍堅決一戰，在張可大的浙兵軍團稍嘗勝果後，孫元化就下令停戰，叛軍抓住這個機會反撲，擊敗了張可大。同時也俘獲了很多登州城中的遼東兵，而且登州遼東兵開始出現了倒戈。

　　這時遼東兵軍官中與孔有德並稱“山東三礦徒”的第二個人耿仲明，正在登州城中被關禁閉隔離審查，---他的弟弟參與了不久前的第二次皮島兵變。由於正時用人之際，孫元化讓他戴罪立功，孫元化沒想到的是，孔有德已經讓登州的遼東兵降卒，潛回登州來策反耿仲明。崇禎五年的春節之夜，遼東兵軍官耿仲明和陳光福，從內策應打開城門，叛軍從登州東門一擁而入---堅固的堡壘總是從內部被攻破，此言不虛。登州淪陷，總兵張可大自殺殉國，孫元化卻陷入了兩難，一方面他是一個儒生，儒家教育要求他捨生取義，同時他又是一個天主教徒，天主教義要求他愛惜自己不能自殘。孫元化選擇了自刎卻並沒有死，他被救了過來。孔有德先是要求孫元化做帶頭大哥，領着他們造反建立自己的政權。被孫元化嚴詞拒絕後，念及孫元化以前的收留提攜之恩，將孫元化釋放。同時被俘的還有蓬萊縣令、參議、總兵、參將等一大批官員，總教習特謝拉•科雷亞等12名葡萄牙軍官戰死，他們最終都被明廷追授、撫恤。不僅如此，孔有德在此役中還擄獲了舊兵六千人、援兵千人、馬三千匹、餉銀十萬兩、紅夷大炮二十多門，西洋炮三百門，其餘火器和甲仗，不可勝數，可以說這個遼東前線的後勤基地中堆積如山的物資，全成為了叛軍的囊中之物。叛軍還將城中的居民驅趕到東門外，大肆屠殺，殘殺百姓數以萬計，一時間血流成河生靈塗炭。

　　登州陷落的同時，萊州知府朱萬年加緊了備戰，他將海防和城外兵調入城中，並將城外的糧草最大限度的運往城裡，還在城中加強了治安約束，逐戶清查，清街設崗，發動百姓協防守城，並加固城牆，增設防禦設施，一場膠東歷史上空前慘烈的大戰即將打響了… …

　　孔有德等人開始建立偽政權，這時稱王稱帝他們還不太敢，而是建立了一個軍政府，他們首先推舉最年長的李九成為都元帥坐頭把交椅，孔有德居第二、耿仲明居第三，他們竟然還以繳獲的登萊巡撫印來號令登萊各州縣。正當明朝廷將戰撫皆不得力的山東巡撫余大成和登萊巡撫孫元化下獄治罪，而主撫和主剿兩派爭執不下時，叛軍們已經開始實施軍事行動，向登萊各州縣進兵。叛軍憑藉先進的火炮形成的強大攻堅能力，攻克黃縣。為了挽救危局，明廷新任命了徐從治為山東巡撫、謝璉為登萊巡撫，按照分工，謝璉在萊州城指揮作戰，徐從治坐鎮青州負責增援、後勤，但為了安撫民心，徐從治依然也進駐萊州，進入了最前沿。很快叛軍就將萊州圍了個水泄不通，這樣在這個包圍圈中，有徐從治、謝璉兩位巡撫、萊州知府朱萬年、還有從通州來援的 總兵楊御蕃，明朝的四位省、地、師級的高級幹部。
　　
　　為了攻克萊州，叛軍調來了幾乎所有的紅夷大炮，從四面向萊州城轟擊，這些叛軍的炮兵叛亂前都曾經過葡萄牙軍官的訓練，炮打的得特別精準，尤其對於靜止的目標，轟擊城牆的垛口，就如同打靶一般的輕鬆。反觀萊州城所處的地勢並不十分險要，但是萊州城是在萬曆二十六年才重建的新城，萊州縣誌上說城牆“周九里，高三丈五尺，基厚兩丈四，門四座，東曰澄清，南曰景陽，西曰武定，北曰定海，城下為池，深兩丈，闊倍之。”而且還參照了西洋築城法，築有炮台，作為遼東的另一個後勤基地，城中的糧草、兵器充足，但不足的是重型火器較少，大多是國產的輕型火炮，而且懂得操作火炮的士兵也不多，但是萊州城在知府朱萬年的嚴密部署下，井然有序戒備森嚴，萊州軍民正是依託於此，展開了保衛戰。

四位朝廷大員分兵把口，各守一座城門。叛軍久攻不下，分兵一部攻克平度後再回師攻打萊州。這次他們集中了炮火主攻城的東北角，在炮火的掩護下，叛軍不斷的挖地道，想以此攻入城中，而城中則埋設了數口大缸，讓盲人從中聽出地道的方向後，守軍向地道里灌水，淹死了敵兵，叛軍再次派兵在城邊挖地道，挖成大洞後，用棺材裝滿火藥置入其中，擊發引火，爆炸後城牆被炸塌了數丈，叛軍從城牆缺口處蜂擁而入，守軍向湧入的叛軍潑下沸油，再扔下火把，沖天烈焰下叛軍死者枕籍，徐從治等再命人投下早已準備好的沙袋，堵塞缺口。守軍打得也極為機動靈活，夜裡，徐從治等又派出敢死隊悄悄出城，從幾個方向出擊，擊毀叛軍的多座火炮，並頗有斬獲。不久，神機營參將彭有謨進入萊州城後，則又加強改進了火炮的技術，提升了守軍的操炮水平。在叛軍的一次趁夜偷襲中，他率兵連續打退了叛軍的三次進攻，萊州軍民稱作有“再造之功”。
　　
　　這時朝廷派出遼籍文官中官銜最高的張國臣前往招撫，而張國臣受到了叛軍詐降的蠱惑，命令城中的軍民和各路援軍不許擅自出戰，以免破壞撫局。徐從治派人趁夜潛出城，將一封奏章送到了北京，闡明了戰況，並請求皇帝不要再招撫，要全力以赴的圍剿叛軍，他在奏章中動情地說：：“萊城被圍五十日，危如累卵。日夜望援兵，卒不至，知必為撫議誤矣。國臣致書臣，內抄詔旨並兵部諭帖，乃知部臣已據國臣報，達聖聽。夫國臣桑梓情重，忍欺聖明而陷封疆。 … …臣死當為厲鬼以殺賊，斷不敢以撫謾至尊，淆國是，誤封疆，而戕生命也。”但這麼重要的一封奏章，崇禎帝竟然沒有看到。
　　
　　同時，全國各地的援軍匯集青州，但由於山東巡撫被圍萊州，無人統一協調指揮援軍，援軍停頓不前，朝廷再次任命兵部右侍郎劉宇烈為總督，全權指揮各路援軍，與他一起來的還有京城神機營和五門紅夷大炮，用以和叛軍對抗。但這個劉宇烈也是個主撫的文官，不積極組織進剿，卻被叛軍的再次詐降迷惑，還釋放了被俘的叛軍兵將，叛軍借談判之機，繞到明援軍後路焚燒了輜重，劉宇烈大驚率部拔營撤退時，被叛軍在沙河掩殺的大敗，神機營的火炮也落入了叛軍手中。而明軍東路駐守寧海的總兵吳安邦，按計劃從東面夾擊叛軍於登州，卻也聽信了叛軍的詐降，也被擊敗，只得退守寧海，雖然在登州的東面，有寧海、文登、海陽等海防衛所，駐有大量的士兵，但他們畏敵如虎卻不敢向叛軍出擊，只能自保。而叛軍此時也無暇東顧，他們根本就沒把這些衛所軍放在眼裡，認為的這些州縣遲早是他們的囊中之物。而萊州的軍民在援軍不至的情況下，依然頑強堅守，可是四月十六日，山東巡撫徐從治在戰鬥中，中炮犧牲，萊州全城軍民無不痛哭。
　　
　　不明戰況的崇禎帝還在準備招撫，他又任命了遼將前往招降叛軍，遼將孫應龍因為與耿仲明舊交甚好，寫書信一封勸降耿仲明，耿仲明將計就計，隨便找了一個人頭送了過去，說他已經斬了孔有德，讓孫應龍迅速來受降，孫應龍高興的率領海軍艦隊從天津直奔登州，剛一上岸就被耿仲明斬殺，大量的戰船也成了叛軍的戰利品，憑藉繳獲的戰船，叛軍打退了皮島總兵黃龍從海路的進剿。在陸地的進攻中，叛軍攻克招遠，雖然攻萊陽不克，而萊州還在圍困中，但叛軍的氣焰還是在日益囂張。
　　
　　為了攻克萊州，叛軍故伎重演再次向總督劉宇烈請求投降，而且提出了只要萊州城內的幾位文武大員親自出城宣詔，他們就投降，對招撫心存一線希望的登萊巡撫謝璉決定出城招降，他與萊州知府朱萬年一出城，孔有德就痛哭流涕跪倒在地說自己死罪，孔有德逼真的表演真應該獲得奧斯卡最佳男演員獎，他還說第二天受降儀式時請總兵楊御蕃一同出席，謝璉回到城中，出身軍人世家的總兵楊御蕃深知叛軍反覆無常的秉性，堅拒不出城，果然第二天，也是這一年的七夕節，謝璉、朱萬成二人再次出城就被叛軍逮捕，叛軍挾二人為人質，令楊御蕃獻城投降，朱萬成大呼：我們死了，你們一定要堅守住！圍在我身邊的是叛軍的精銳部隊，快向我這開炮！！楊御蕃也果斷下令向叛軍密集處開炮，叛軍死傷累累，但朱萬成也同樣死在了自己人的炮火下。讀史至此，海納如同親眼所見朱萬成的忠勇，不勝唏噓。
　　
　　明朝廷中，撫戰兩派還在爭論不休，萊州人、戶部侍郎、大書法家劉耳枝一頭撞死在朝堂的柱子上，他的死諫終於使崇禎帝下決心派出一支勁旅圍剿叛軍。
　　
　　年輕的總兵楊御蕃獨自率領萊州軍民繼續堅守萊州城，他秉承了徐從治的不走、不降、不撫、死戰的信念，抗擊叛軍。這時孔有德得知，朝廷派出文官朱大典接任山東巡撫，太監高起潛監軍率兩萬人馬馳援萊州的消息時，竟然輕蔑地說：我視殺山東兵如同斬瓜切豆一樣容易，他們就是來了數十萬人又能怎麼樣？也的確，孔有德造反的八個月間，不斷的招降納叛，在遼東的毛文龍舊部不斷有人渡海投奔他，他還收羅了縱橫於黃渤海的很多海盜、海匪，使得他的叛軍兵力由反叛之初的不足兩千人，發展到兩萬人。
　　
　　而當明援軍與叛軍交戰於沙河時，叛軍卻驚訝地發現，這次來援的明軍中，有令他們懼怕的、與他們同樣出身的遼東兵。雖然參戰的遼東兵馬只有不到五千人，但他們是這支援軍的主力，統帥他們的是遼東的總兵金國奇、靳國臣，祖氏家族的綽號“祖二瘋子”的祖大弼、祖寬，還有少壯派軍官吳三桂等悍將，叛軍迅速敗北，八月十九日，叛軍從萊州城撤圍而去，鼠竄退守登州。可是援軍當來到萊州城下，城中守軍竟然還是不敢打開城門，他們已經被叛軍的多次詐降的詭計所蒙蔽，不敢再輕易相信了，直到監軍高起潛派出了隨行的太監，前往宣詔，楊御蕃才下令四門洞開，迎接援軍---什麼都能作假，這太監可是做不了假的，不知道楊總兵在聽詔之前，是否讓太監先脫下褲子驗明正身過，呵呵。----自此，堅守了七個月二百多天的萊州城終於解圍，萊州保衛戰勝利結束，萊州城在歷史上也獲得了“鐵打的萊州”的美譽。

　朱大典的援軍，馬不停蹄一面追剿叛軍於登州，一面派兵連續收復平度、黃縣、招遠等縣城... ...

　　在收復黃縣的戰鬥中，叛軍被殲滅一萬三千餘人，之後，九月一日，明軍進逼叛軍占據的最後一座城池—登州，登州城這座從明初洪武年間開始修建，耗費數代人的心血建成的堅固城防、軍港，這個八仙過海傳說的發生地，秦始皇求仙之所在，這個有着海市蜃樓勝景奇觀，被大詩人蘇東坡所讚頌過的美妙仙境之地，此時已淪為了叛軍最後的巢穴。固若金湯的登州城，不僅使明軍官兵倍感棘手，同樣使憑險固守的叛軍氣焰仍然囂張，但是當叛軍大頭目、叛亂的煽動者都元帥李九成上陣搦戰，被祖寬一箭射死後，孔有德、耿仲明等人就開始考慮放棄登州突圍。

　　登州城被明軍圍困了三個月，戰鬥進入了膠着狀態，叛軍憑藉着城防利炮，讓官兵進展緩慢，叛軍的幾次突圍同樣未果，同時城中糧草不濟，士氣低落，最後糧食匱乏時，叛軍竟然捉來女人吃她們的肉，暴行令人髮指。收復登州城的戰鬥，從交戰雙方的武器上看，可以說是當時世界上技術含量最高的戰鬥，他們都掌握着當時較為先進的火槍火炮，現在常從電影上看到的，西方十七八世紀的那種硝煙瀰漫的戰場，此時的登州也同樣上演着。

　　孔有德開始實施他的大規模突圍計劃，二月十二日，他計劃集中3千匹戰馬，組成騎兵隊為先導衝擊，五千步兵跟進，兵分三路，他和耿仲明、李應元各帶一路，從西門強行突出重圍。他的戰略設想是，突圍後作一支衝州撞府流寇。但叛軍中的一名下級軍官趁夜越城反正，報告了這一重大軍情，朱大典等明軍將領，積極部署三路伏擊，當叛軍進入埋伏圈，官兵四起衝殺，力圖一舉攻克登州，但是叛軍中埋伏後，迅速撤退，登州城的留守叛軍也發炮策應，使明軍官兵無法靠近城牆，與此同時，明軍在登州東門也加緊了進攻，祖寬部已經攻占了水城的外圍護城城牆，孔有德明白，如不儘快做出決斷，水城被明軍占領，他們就成了瓮中之鱉，只能束手就擒。他也看出了，這支明軍的不足，他們沒有海軍配合封鎖海面。當夜他下令，登州城中除了留下千餘人掩護，其餘一萬二千多叛軍及其家屬（其中戰鬥部隊三千六百人），乘坐百餘艘大船，連同軍器、槍炮等一應物件從水城北門，冒着明軍攔截的炮火，由海路突圍而去，登州港內原有明朝海軍的主力艦隊，加上被詐降蒙蔽被斬的孫應龍帶來的戰船，足以使這支龐大的隊伍逃脫。

　　明軍很快就攻入了登州城，叛軍的留守部隊仍在憑藉水城負隅頑抗，明軍游擊劉良佐暗中率人潛入靠近水城城牆的永福寺（現在蓬萊閣景區的一個景點），從中挖地道至城下，填入炸藥，轟塌了一段城牆，攻克水城---叛軍攻萊州城時的伎倆終於報應了他們自己。但仍有一部分叛軍退守登州城海邊的丹崖山，準備做困獸之鬥，（丹崖山上有宋代修建的蓬萊閣、蘇公祠等名勝古蹟），朱大典對最後這支叛軍隊伍沒有斬盡殺絕，對他們進行勸降，叛軍大部下山投降，一部分人投海自殺。

　　而孔有德此時還十分茫然，他不知道最後的出路何在，他的初步設想是在遼東沿海占據一個島嶼或一塊三不管的地方，武裝割據一方。但是，駐守在皮島、旅順的明軍總兵黃龍率領海軍對他們進行了截殺，李九成的兒子李應元被斬殺，毛承祿、陳光福被俘，將他的夢想徹底打碎。他與耿仲明帶領剩下的艦船、人員在海上漂流了數月，也在海上過了年。走投無路的孔有德，做出了最後的決定，投降明朝的敵國—後金，在與後金聯絡接洽後，他們在指定的地點登陸，皇太極派出了漢八旗將領打退了明軍的追剿，接應孔有德叛軍進入後金的領土。皇太極開始還以為是明朝做出的苦肉計，在證實是真實的投降行動後，皇太極大喜過望，親自在瀋陽城外迎接孔有德、耿仲明。

　　自此，歷時十八個月孔有德叛亂結束，但這場平叛戰爭，交戰雙方都沒有勝利，雖然明朝平息了叛亂，並在太廟舉行了盛大的獻俘儀式，將李應元、毛承祿兩個匪酋凌遲處死，算是給連戰連敗的帝國打了一針強心劑。但明朝的登萊兩州，這個遼東前線的後勤練兵基地，被叛軍搗了個稀巴爛，也給近在京畿的山東地區帶來殺人十餘萬、殘破三百里的惡果，而且數位朝廷封疆大吏和大批地方官員被殺。同時，叛亂的兩個首犯都沒有落網。而孔有德雖然一度攻占了登州多座州縣，但也沒有實現他的自立為王武裝割據，與明朝分庭抗禮的構想，他最終淪為了，成為滿清人的一條狗。

　　但交戰雙方之外，卻有一個最大的贏家，這就是清朝的前身後金，他們的天聰汗皇太極終於得到了夢寐以求的精良的西洋火炮 ---孔有德帶來了至少二十門葡萄牙澳門造炮局原裝的紅夷大炮，而且還得到了孔有德等，由葡萄牙軍事顧問所直接傳授，彈藥製造技術以及瞄準知識與儀器操作的軍事技術人才，不僅如此，海戰是後金最欠缺的地方，而孔有德帶來了大量的戰船，使後金也建立了自己的海軍，憑船運炮使他們可以繞過山海關，在明朝沿海任何一個地方登陸，至此，後金與明朝的軍事實力立刻就出現了消長… …