中国历代正史均将高句丽列为中原王朝四围的外夷进行介绍。王氏高丽自称继承高句丽，自《旧五代史》开始，历代正史却将高氏高句丽与王氏高丽王朝混淆，认为两者有继承关系。关于中国史书将之混淆的原因，从《续资治通鉴长编》卷323宋元丰五年（1082）二月己巳条可以看出：“史馆修撰曾巩言：‘窃考旧史，高句骊自朱蒙得纥升骨城居焉，号曰高句骊，因以高为氏，历汉至唐，高宗时其王高藏失国内徙。圣历中，藏子德武安东都督，其后稍自为国。元和之末尝献乐工，自此不复见于中国。五代同光、天成之际，高丽王高氏复来贡而失其名。长兴三年乃称权知国事王建遣使奉贡，因以建为王。建子武，武子昭，昭子伷，伷弟治，治弟诵，诵弟询，相继而立。盖自朱蒙至藏，可考者一姓九百年，传二十一君而失国。其后，复自为国，而名及世次兴废之本末，与夫王建之所始，皆不可考。” 高句丽21王的谱系清晰可考，但高句丽灭亡之后几百年，怎么会出现一个王建的高丽来，史馆坦承“皆不可考”。然而，王氏高丽向宋朝奉上了一个将王氏高丽和高句丽连接起来的“高丽世次”，中国各政权从此不辨两个高丽。

虽然高丽王朝认为国家之本是三韩(王建临终前的“十训录”中称自己建国乃是“赖三韩山川庇佑”),但朝鲜历史上的史书自高丽王朝时期的《三国史记》开始，也将高句丽作为朝鲜半岛上的国家进行记载。《三国史记》在高句丽宝藏王本纪后对高句丽历史做了总结：“论曰，玄菟乐浪，本朝鮮之地，……近也，高句丽自秦汉之后，介在中国东北隅，其北邻皆天子有司，乱世则英雄特起，僭窃名位者也。可谓居多惧之地，而无谦恭之意，侵其封场以仇之，入其郡县以居之，是故兵连祸结，略无宁岁。及其东迁（此谓迁都平壤——马注），值隋唐之一统，而犹拒诏命以不顺，囚王人于土室，其顽然不畏如此。故屡致问罪之师，虽或有时设奇以陷大军，而终于王降国灭而后止。然观其始末，当其上下和、众庶睦，虽大国不能以取之，及其不义于国、不仁于民，以兴众怒，则崩溃而不自振。故孟子曰：‘天时地利，不如人和’，左氏曰：‘国之兴也以福，其亡也以祸。国之兴也，视民如伤，是其福也，其亡也，以民为土芥，是其祸也。’有味哉斯言也。夫然则凡有国家者，纵暴吏之驱迫、强宗之聚敛，以失人心，虽欲理而不乱、存而不亡，又何异强酒而恶醉者乎？”《三国史记》作为高丽王朝史学的代表作，认为高句丽对内治理不善以及对外与中国中央王朝对抗是导致灭国的根本原因。这些记载体现了以高丽王朝对高句丽王朝的关注。

对于高句丽的历史归属，中国、朝鲜和韩国的现代学者自20世纪后期以来存在较大争议。中华人民共和国在1949年建国之后，将高句丽视为朝鲜历史，但自20世纪80年代以后，这种观点开始得到改变[1]，2002年正式开始的东北工程阐明了高句丽历史属于中国历史范畴，高句丽国家是中国历史上的地方政权，高句丽民族是中国古代的少数民族的主流观点。中国认为高句丽属于中国历史的依据是：高句丽民族和国家的形成在中国的历史疆域范围内（萁子朝鲜、卫满朝鲜以及汉朝四郡）、其后虽然都城迁移到今天的朝鲜境内、但也没有脱离汉朝四郡的范畴，在高句丽灭亡后大部分领土和人口再次归属于中国中央政权并延续到现在。由于有部分高句丽人流入新罗并构成现代朝鲜民族的一个来源，部分持上述观点的中国学者不反对朝鲜和韩国将高句丽也视为朝鲜民族和国家的渊源之一。

朝鲜与韩国在1945年解放分开独立之后，分别进行了高句丽史的研究，其共同的特点是认为高句丽仅是朝鲜历史上的国家，并且汉朝四郡本来朝鮮之地，高句丽曾经抵抗过中国的侵略。朝鲜学者认为，朝鲜史学只以新罗为主体的叙述是错误的，高句丽新罗百济—新罗渤海—高丽才是朝鲜历史的正统，这种史学观点被认为与朝鲜希望确立半岛北方为“正朔”有关。韩国在建立后的二十年内，主流史学界对高句丽问题均不重视。但是进入七十年代以后，随着经济腾飞，国力强盛，兴起了“高句丽热”。韩国军方出版的历史读物，声称要追忆起“我们民族在满洲原野驰骋的荣光”以及“民族独立和雄飞的历史”。

对于高句丽历史归属问题的争议，当前主要存在于学术界和民间，在外交方面,自2004高句丽历史争议风波过后,中、朝、韩三国政府基本保持了缄默的态度。