元朝科舉的最初嘗試是在窩闊台汗時期，"太宗始取中原，中書令耶律楚材請用儒術選士，從之"。窩闊台汗九年（1237年）八月，下詔命斷事官術忽德與山西東路課稅所長官劉中，"歷諸路考試。以論及經義、詞賦分為三科，作三日程，專治一科，能兼者聽，但不以失文義為中選。其中選者，覆其賦役，令與各處長官同署公事"（《元史》卷81《選舉志》一，第2017頁）。詔令中所說的"覆其賦役"，指的是"其中選儒生，若有種田者納地稅，買賣者出納商稅，開張門面營哒咭览�供差發除外，其餘差發並行蠲免"。凡中選的儒生，"與各住達嚕噶齊管民官一同商量公事勾當著。隨後依照先降條例開闢舉場，精選入仕，續聽朝命"（《選試儒人免差》，《廟學典禮》卷1）。諸路考試，均於次年(戊戍年)舉行，故稱戊戍選試。按照他們原來的打算，此後準備再辟舉場精選入仕。這說明戊戍選試確實是科舉取士的步驟之一。但後來"當世或以為非便，事覆中止"。

　　忽必烈即位以後，元廷圍繞科舉興廢問題曾展開反覆討論。其中比較重要的，是至元二十一年之議。其"事雖未及行，而選舉之制已立" （《元史》卷81《選舉志》一，第2018頁）。但是終忽必烈之世，科舉制度始終沒有實行。成宗、武宗時，也一再議"科舉事"，但仍無結果。

　　元朝前期，科舉長期停廢的原因是多方面的。首先，忽必烈建元之前，蒙古對中原統治已長達半個世紀。在這一時期，凡納土歸降者，均命其為當地長官，依照金朝的官制授予官職，其中許多漢人儒士和官吏、地主等成為蒙古統治區的政權主宰者。他們在自己的轄境內，既統軍，又管民，有權任命其下屬官吏。到忽必烈更定官制時，"先帝朝廷舊人，聖上潛邸至龍飛以來凡沾一命之人，隨路州府鄉曾歷任司縣無大過之人，暨亡金曾入仕及到殿舉人"（《紫山大全集》卷12），幾乎都成為既定官員人選。因此，元朝開國之初，客觀上沒有迫切需要另辟取仕途徑。

　　其次，中統、至元之際，國家多事，大量的軍費開支使元朝面臨著嚴重的財政短缺問題。忽必烈重用阿合馬、桑哥等人，讓他們"理財助國"，遭到朝中許多儒臣的反對。科舉取士是漢法中的重要組成部分，元朝全面實行此種辦法便意味著全面的漢化，意味著蒙古貴族特權的喪失。而忽必烈又一向嫌惡金朝儒生崇尚詩賦之作風，他認為"漢人惟務課賦吟詩，將何用焉!"這時的忽必烈對於儒學已失去原有的熱忱和興趣，他所急需的是增強軍力，保證財用。儒臣們反對阿合馬、桑哥等人理財，就進一步加深了蒙古統治者與儒臣之間的矛盾，因此，對於遴選"真儒"的科舉制度十分冷淡。另外，在忽必烈疏遠儒臣、科舉制度滯泥不前的同時，由吏入仕逐漸制度化。這種制度在其形成過程中，以越來越大的力量排擠和對抗實行科舉制來求得自身的生存，最後導致科舉制的流弊日趨甚篤。元滅南宋後，一部分儒生痛呼"以學術誤天下者，皆科舉程文之士。儒亦無辟以自解矣!"（謝枋得《程漢翁詩序》，《疊山集》卷6）理學家許衡等人由於忌惡宋、金科場遺風，自己重舉辦學校，以培養新的人材，對立即恢復科舉也不感興趣。社會對以章句注疏、聲律對偶之學取士的嚴厲批評，也加深了蒙古統治者對科舉制本身的不信任（韓儒林主編《元朝史》上冊）。因此，自忽必烈開國算起，科舉停廢長達半個世紀。

　　元仁宗即位，為了整頓吏治，改革由吏入仕制度帶來的某些弊端，主張以儒治國，重新提出"求賢取士，何法為上"（《黃金華集》卷43）的問題。皇慶二年(1313年)末，元廷以行科舉詔頒天下。每三年舉行一次，分為鄉試、會試、殿試三道。
元代地方一級考試沿用金朝"鄉試"之名，於八月舉行。其科目，蒙古、色目人試二場。第一場經問五條；第二場策一道。至正時改經問五條為三條，另增本經義一道。經問只在《四書》內出題，增本經義一道，須在《詩經》、《尚書》、《周易》、《春秋》、《禮記》內明一經，難度較前增大。漢、南人試三場。第一場明經；第二場古賦、詔誥、章表內科一道。至正時改古賦外於詔誥、章表內又科一道；第三場策問一道。答題時《四書》、《詩經》采朱熹注，《周易》主程頤、朱熹之說，《尚書》用朱熹門人蔡沈之說，《春秋》用程頤弘淑胡安國作的傳。這樣，除《禮記》尚用古注疏，《春秋》許用左傳、公羊、谷梁三傳外，其它儒家經典一律以程朱理學的闡發附會為本（《元史》卷81《選舉志‧科目》一；韓儒林主編《元朝史》上冊）。

鄉試科場，全國共設17處，從赴試者中選合格者300名到大都會試。其名額分配，如遼陽行省為蒙古人5名，色目人和漢人各2名共9人；江浙行省為蒙古人5名，色目人10名，南人28名共43人；雲南行省為蒙古人1名，色目人2名，漢人2名共5人；河東宣慰司蒙古人5名，色目人4名，漢人7名，南人16名；直隸省部大都蒙古人15名，色目人和漢人各10名等，全國11個行省、2個宣慰司和4個直隸省部全部合計：蒙古人、色目人、漢人和南人均佔75名（共300名）。元朝之會試（"會試"之名亦始見於金）定於鄉試次年二月舉行，科目與鄉試同。會試共取錄100人，其中蒙古、色目、漢人、南人各25名，參加殿試，其內容為試策一道。殿試諸生不再被黜落，只是以所對策第其高下，重新厘定等次，以"國人暨諸部"(即蒙古、色目人)為右榜。以漢、南人為左榜，唱名公佈。兩榜各分三甲。第一甲各一人，賜進士及第，秩從六品；第二甲賜進士出身，秩正七品；第三甲同進士出身，正八品。元統元年(1333年)殿試曾稍異其制，右、左榜第一甲各三人，皆賜進士及第。

　　元代科舉考試，共舉行過9次(其間由於伯顏擅權，執意廢科，還曾停科兩次)。科舉規模，無論就取錄人數或進士的地位前途，都和唐、宋相兩朝難以相比。元代後期50多年，科舉取士(包括國子監生員會試中選者)共1200餘人，佔當時相應時期文職官員總數的4%。按比例，只相當於唐代和北宋的十分之一強。元行覆科舉後54年間，可以確定以科舉進身參相者共9人，其進士中官至省部宰臣(包括侍郎)、行省宰相及路總管者，據目前所知，亦不過六七十人(韓儒林主編《元朝史》上冊)。

　　如上所述，元朝科舉制度的規模很小，它對有元一代的既定用人格局，沒有產生多大影響。不過，元朝最先把程朱理學規定為考試取士的標準，"非考亭(朱熹--引者)之學"的作品，被當作"邪說"而毀掉(《金華先生文集》卷26)。此後經明代直到晚清改革科舉制度，以理學科士，維持了將近600年。所以，從元代開始，程朱理學在中國思想文化史上幾乎佔據了絕對的統治地位。