繼漢末儒家正統觀念的崩潰，三國的思想解放運動有更深層的開拓。曹操曾起用“不仁不孝”而有真才實學的人做官，在實踐上已經提出了對綱常名教的挑戰。至魏末嵇康倡導“非湯武而薄周孔”，標誌着對傳統儒學的批判，達到了一種新的自覺。何晏、王弼開創“正始之音”，發揮《老子》的宇宙觀，突出《周易》、《論語》的地位，並作全新的解釋。由於他們立意玄遠，甚少務實，亦稱玄學，或曰清談。

玄學完全清除了兩漢儒學的讖緯妖妄之言，而以簡煉的文字探討本體論和認識論問題，確立一種新的人生觀和價值觀。由於它遠離政治和實際生活，抽象的哲理性強，對於逃避或鈍化當時殘酷的權力鬥爭的部分知識貴族和士大夫，有很大的吸引力，使玄學成了魏晉時期占統治地位的思想形態，儘管在思想內容上，玄學並不是一個統一的派別。

非儒之風和玄學的興起，為佛教的全面發展創造了良好的思想條件。
“正始之音”是在漢末崇尚《老子》的風氣中形成的，着重闡發“以無為本”的主張，一般稱作“貴無”派玄學。支讖譯《道行般若》（或另有靈帝時竺佛朔譯本）幾乎與《老子》在漢末的盛行同時。至於三國，研究《般若》也開始成為一門獨立的學問，即般若學。般若學是佛教以純理論形式進入上層社會的開端，直到兩晉，始終是佛教中的顯學。

魏、吳兩國對《般若》的講習都有相當的開展。釋朱士行曾在洛陽開講《道行經》，“覺文章隱質，諸未盡善”，遂於甘露五年（260）西渡流沙，至于闐求得《放光般若經》（《大品般若》）胡本。這說明洛陽聽眾對般若學的講次，提出了新的要求。不過，魏自曹操開始，對黃老神仙術方士取羈縻政策，對民間的鬼神祭祀作為“淫祀”加以禁止，大規模的宗教活動受到嚴格的限制。嵇康曾譏諷過“乞胡”，表明游化洛陽的西域僧人已經引人注目。但佛教在社會底層的傳播情況，則很難了知。見於僧傳的譯者，則有沙門曇柯迦羅、曇帝、康僧鎧等。

曇柯迦羅，中印度人，於魏嘉平（249—254）年間來洛陽從事譯經工作，《高僧傳》本傳記：“於是魏境雖有佛法，而道風訛替，亦有眾僧亦未稟歸戒，正以剪落殊俗耳；設復齋懺，事法祠祀。迦羅既至，大行佛法，時有諸僧，共請迦羅譯出戒律。迦羅以律部曲制，文言繁廣，佛教未昌，必不承用，乃譯出《僧祗戒心》，止備朝夕。更清梵僧立羯磨法受戒。中夏戒律，始自於此。”
又有安息國沙門曇帝者，亦善“律學”，正元中（254—256），游洛陽，出《曇無德羯磨》。

魏境的佛教特別重視對戒律的譯介，反映出家僧侶的數量已經相當可觀，有了整頓和規範內部紀律的需要。當然，這也與曹魏對宗教的禁約有關。

曹氏集團與佛教的關係，是個歷史疑案。據劉宋陸澄的《法論》序：“魏祖（曹操）答孔（孔融）是知英人開尊道（指尊佛）之情”。曹植據《莊子·至樂》作《髑髏記》，與佛教小乘的悲觀厭世情緒極為接近。僧史稱他讀佛經，“能轉讀七聲升降曲折之響”，為後人誦經所憲章；嘗游魚山，“聞空中梵天之贊，乃摹而傳於後”，“梵天之贊”，簡稱“梵唄”，屬佛教的讚美歌。曹植被認為是中國佛教音樂的創始者。或言魏明帝曾為佛圖“作周閣百間”。不過這都不能作為定論。

吳都建業的般若學，相對更加發達。主要的弘揚者是支謙。
支謙，一名支越，字恭明，原籍月支，其祖在漢靈帝時歸漢。支謙的漢文水平很高，又“備通六國言”。曾從支讖的弟子支亮就學。東漢末年，避亂至吳，為孫權所聞，拜為博士。赤烏四年（241）太子登卒，支謙退隱山中，從沙門竺法蘭受持五戒。據支愍度《合首楞嚴記》說，自黃武（222—228）至建興（253—254）年間，支謙共出經數十部。《出三藏記集》著錄36部，48卷。其中重要的是《大明度無極經》、《維摩詰經》。

《大明度無極經》是《道行般若》的改譯本，原譯的晦澀詰詘處，大部改得通暢可讀，胡語音譯則改為意譯。這顯然是出於普及般若學的考慮。此處所謂“大明”，就是“般若”的意譯；“無極”則是支謙添加的，是對於“大明度”威力無限的形容。由此可見他在翻譯上的一般特點：雅順而不甚忠於原文。《維摩詰經》同《般若》的空觀思想相通，在蔑視世俗正統觀念和批判小乘出世俗苦行方面，同樣激烈，但更表現得玩世不恭，很便於為貴族的縱慾主義辯護。它認為，佛教的根本目的，在於深入世間，解救眾生，所以修道成佛不一定落髮出家，只要證得佛教義理，居士也能出俗超凡；在享受“資財無量”的世俗生活樂趣中，就能達到涅槃解脫的境界。因為佛國與世間，無二無別，離開世間的佛國，是不存在的；“如來種”存在於“塵勞”（煩惱）之中，離開“塵勞”，也就無所謂“如來”。此經在西晉時還有竺法護、竺叔蘭的兩個異譯本，至姚秦鳩摩羅什、唐玄類也都有重譯本。在魏晉南北朝的士族階層中，大受歡迎，比《般若》的影響還要深遠。直到隋唐，其風猶酣。

支謙另外一些異譯也頗有影響，其中《太子瑞應本起經》是康孟詳、竺大力於漢末所譯《修行本起經》的異譯。是敘述釋迦牟尼佛本生的故事，帶有濃厚的傳奇色彩，加上譯文流暢，對促進中國文學的發展，發生過作用。
支謙還改定過維祇難、竺將炎共譯的《法句經》。此經原是為初學佛教者所作，帶有入門的性質，它對早期佛教思想作了概略的論述，比較系統，流播很廣。
支謙深諳文辭音律。據說他曾根據《無量壽經》、《中本起經》制“贊菩薩連句梵唄”三契。看來，三國也是中國佛教歌詠和音樂的創作期。

吳地佛教的另一主要傳播者是康僧會。他原籍康居，世居天竺，其父經商移居交趾，是有史記載的第一個自南而北傳播佛教的僧侶。他不但“明解三藏”，且“博覽六經”，文字也好。曾隨南陽韓林、穎川皮業、會稽陳慧等，學習安世高的禪數學，參與過《安般守意經》的注釋並作序。赤烏十年（247年），康僧會至建業。相傳他利用佛舍利顯神異，說動孫權為其建立佛寺，號“建初寺”，是為江南有寺之始。
公元256年，孫皓即位。這是一個性情昏暴、行為兇殘的帝王。康僧會曾勸其信奉佛教，行“孝慈”、“仁德”之道。“以皓性凶粗，不及妙義”，所以康僧會“唯敘報應近事，以開其心”，取得了一定成功。因此，佛教史籍都將康僧會的傳教活動作為江南佛教的開端。
康僧會譯經，《出三藏記集》錄有2 部，14卷，僧傳所記則多一些。他曾制“泥洹唄聲，清靡哀亮，一代模式”，也是中國佛教音樂的創作家。最能代表他的佛教思想的，是《六度集經》。
《六度集經》共8卷，按大乘菩薩“六度”分為6章，編譯各種佛經共91篇。中心在用佛教的菩薩行發揮儒家的“仁道”說。他從佛教的“悲愍眾生”出發，力圖把孟子的“仁道”作為“三界上寶”，要求“王治以仁，化民以恕”。甚至認為，對於“利己殘民，貪而不仁”的君主，臣民們可以起而棄之。像這樣把佛家思想與儒家思想協調起來，尤其是把沸教中的消極頹廢因素改造成為可以容納儒家治世安民的精神，為中國佛教的發展，開闢了另一蹊徑，也體現了他所謂“儒典之格言即使教之明訓”的觀點，《六度集經》的教義全是通過有關佛的前生故事陳述出來的，取材自蟲獸鳥龍，天王帝釋，包含有豐富的寓言和神話，有助於啟迪智慧和文藝創作。

西晉皇祚歷時不長，只有半個世紀（265—316），但思想形態又為之一變。向秀、郭象注《莊子》，肯定一切存在都是合理的，為西晉統治和士族特權辯解；裴�逯�《崇有論》，斥責玄學貴無派，要求士人積極治世。王戎、王衍立論，則祖述何晏王弼，仍主“以無為本”。西晉玄學呈“崇有”與“貴無”兩派並行的態勢。佛教的小乘“禪數”學，以法體實有論證士族品類等級不滅；大乘“般若”學用空無否定世俗認識和世俗世界，也是論“有”道“空”，與玄學遙相呼應。在這種空氣下，佛教得到長足的發展。據《洛陽伽蘭記·序》言，“洛陽至晉永嘉唯有寺四十二所”；《法苑珠林》稱，“西晉兩京合寺一百二十所”。其所出佛經譯家知名者12人，共譯經典《出三藏記集》錄為167部（失譯者不計），《開元錄》勘定為333部。佛教在全國的流布情況，可以據此推度。

在支持佛教開展上，皇室貴族中有中山王和河間王，士族官僚中有周嵩和石崇，一批名僧因為被這類貴族官僚所給納，開始上升為清談的名士，諸如支孝龍、劉元真、法祚等。支孝龍與阮瞻、庾�艿葋K稱“八達”，他的名言是“無心於貴而愈貴，無心於足而愈足”，此種“無心”和“自足其性”之說，與向、郭的《莊子注》大同。然而流行最廣的仍是《般若》思想。朱士行于于闐所得的《放光般若經》，於元康元年（291）由竺叔蘭和無羅叉在陳留倉垣水南寺譯出，受到中山王的熱烈歡迎，同時“大行京華，息心居士翕然傳焉”。
竺法護，音譯曇摩羅剎，是西晉最有成就的譯經家。其祖籍月支，世居敦煌，八歲出家，萬里尋師。除誦讀佛經外，還博覽《六經》和百家之言。後隨師遊歷西域各國，遍學36種語言，搜集大量胡本佛經，回歸長安。西晉末年，避亂東向，死於澠池。他一生往來於敦煌、長安之間，先後47年（266—313），譯經150餘部，除小乘《阿含》中的部分單行本外，大部分是大乘經典，包括《般若》類的《光贊般若經》，《華嚴》類的《漸備一切智德經》，《寶積》類的《密跡金剛力士經》，《法華》類的《正法華經》，《涅槃》類的《方等般泥洹經》等等。早期大乘佛教各部類的有代表性的經典，都有譯介。這些佛籍的內容非常龐雜，既包括有思想深沉的多種哲學流派，又含有形式粗鄙的原始宗教觀念，大體反映了當時由天竺到西域佛教的基本面貌，在溝通西域同內地的早期文化上，作出了卓越的貢獻。《高僧傳》本傳評論說：“經法所以廣流中華者，護之力也。”東晉名僧支遁稱讚竺法護“濯足流沙，領拔玄致”。各士孫綽作《道賢論》，也贊其“德居物宗”，比作竹林七賢中的山濤。

《光贊般若經》10卷，晉泰康七年（286）譯於長安。是《放光般若》的同本異譯，但內容只相當於後者的前30品。東晉道安於泰元元年（376）獲得此經，與《放光》作對比研究，著《合放光光贊隨略解》、《光贊析中解》、《光贊抄解》等，將對此經的研究推及內地，促進了東晉般若學的流傳。
《正法華經》10卷，晉泰康七年（286）譯於長安。中心思想是“會三歸一”、“藉權顯實”，也就是肯定了佛教在流布過程中廣泛吸取別種宗教流派的作法是合理的。它把已經融會於大乘佛教之中而又異於原始佛教的思想信仰，解釋成是佛陀教化眾生的方便手段，同時也給原始佛教以恰當的地位，看作是同一“佛乘”的不同表現形式。這些說法，調和了佛教內部的派別對立，也為進一步容納其它民族民間信仰崇拜進入佛教範圍開創了道路。
《法華經》前後6譯，現存除《正法華經》外，還有秦譯的《妙法蓮華經》。隋代據上述兩個譯本作了改訂，名《添品妙法蓮華經》。秦譯與《正法華經》不是一個原本，主要差別是在哲學基礎上。《正法華》提倡“諸佛本淨”，“法身常存”，屬大乘“有宗”；《妙法華》宣傳“佛種從緣”，“道法”無常，屬大乘“空宗”。因此，《正法華》的譯文也反映了竺法護整個佛教思想體系。

《漸備一切智德經》10卷，元康七年（297）譯於長安西寺，與鳩摩羅什所譯《十住經》同為《華嚴經·十地品》的異譯本。此經主要是講述大乘菩薩修行所必須經歷的10個階段。其中有一個命題，所謂“其三界者，心之所為”，鳩摩羅什等譯作“三界虛妄，但是心作”，標誌着大乘佛教由般若學向唯識學轉變的契機，在佛教哲學的發展史上，占有重要地位。

助竺法護譯經，出力最多的，有佛教居士聶承遠、聶道真父子。聶承遠富有文才，對竺法護所譯諸經，多有參正，像《正法華經》、《光贊般若經》等就是。他自己譯有《越難經》1卷。聶道真除擔當筆受外，還自譯有《文殊師利般涅槃經》、《異出菩薩本起經》等24部，36卷。據《歷代三寶記》卷6載，他還撰有《眾經錄目》，記載竺法護所譯部分佛經目錄。
大約與竺法護同時在長安譯經的，還有帛法祖。法祖一名帛遠，姓萬氏，河內（河南沁陽）人，《出三藏記集》有傳，說他深研佛經，博讀世典。在長安造築精舍，以講習為業，僧俗稟受者近千人。惠帝末年為鎮守關中的河間王顒所敬。道士祭酒王浮，與佛教爭邪正，每為法祖所屈，王浮憤而作《老子化胡經》，攻擊佛教，成為兩晉佛道二教爭論優劣中的一大公案。他的影響遠及關隴，“崤函之右，奉之若神”，在西北少數民族中享有極高的威信。死後，“群胡”共分祖屍，各起塔廟供養之。他精通胡漢語，譯有《弟子本》、《五部僧》等小本佛經，並注《首楞嚴》。東晉孫綽的《道賢論》，將他比作竹林七賢中的稽康。

西晉長安是佛教義學最發達的地區，而洛陽有譯者法立、法矩、安法欽等，仍不寂寞。此外，竺叔蘭為河南（洛陽市東）尹樂廣的賓客，曾同無羅叉於陳留倉垣（開封北）譯出《放光般若》。交州有“西域人”疆梁婁至，“志情曠放，弘化在懷”，太康二年譯出《十二游經》。佛教教義在全國多處鋪展。