魏晉南北朝急劇不安的社會變化，引發了各階級對於佛教的多方面興趣，外來佛教的各種思潮和典籍，可以說是以空前絕後的規模湧進內地，同時也與中國的傳統文化和傳統觀念發生全面的接觸，在儒釋道之間迸發了廣涉政治、經濟和思想文化等各個領域裡的論戰和鬥爭。
漢魏佛教依附於傳統文化，並以儒道兩家經典作為佛教在中國理應得到傳播的佐證。但始自三國，佛教與道教在宗教觀上開始分家。佛教主有生必有死，以“無生”為理想，斥責道教愚惑欺詐；道教主養生長壽，以“不死”為目標，抨擊佛教是“修死之道”。道教還指摘佛教為“夷狄”之教，是老子出關用以教化不知禮儀的胡人的產物，不適用於文明的華夏；佛教則揭露道教行“三張偽法”，敗壞人倫，造反鬧事。由此發展成純宗派性的互相攻擊，幾乎歷代都有。正統的儒家思想，始終是佛教廣泛擴展的主要阻力。佛教在孝親祭祖、奉上敬王等最基本的倫理觀念和政治觀念上，完全服膺儒家學說，使佛教的基礎意義，有了全新的變化，所以歷來只有儒家對佛教的批判和佛教對這類批判的辯解，佛教很少表露對儒家的不滿。

東晉以來，這種形勢發生了變化。佛教不但對道教，而且對道家的經典和儒家思想也開始公開貶斥。僧肇每以老、莊為心要，但認為比之佛教，“猶未盡善”。慧遠聽道安講《波若經》，乃悟“儒道九流皆糠粃耳”。到南北朝，佛教要求包容儒道而為三教之首，成為中國思想文化發展史上的一個顯著特點，不過，這在大江南北的表現，也不盡相同。

1.南方的儒釋道論戰
東晉庚冰、桓玄先後執政，詔令料簡沙門、僧尼須向王者致敬。這個決定反映了佛教的擴展已經達到了與世俗政權相衝突的程度，由此導致的儒釋道間的爭論，延續到梁代，佛教獲得全勝。
廬山慧遠在總結晉末的這類爭論中，為建立既不同於外來佛教，又不完全依附傳統文化的獨立的中國佛教，奠定了理論基礎。他分佛教為“內道”，儒學為“外道”，確立了“內外之道可合”的原則，認為佛教理應發揮社會教化的作用，為鞏固皇權、維護封建秩序服務：但是僧尼“出家”即是變俗，在儀行禮制上，必須保持獨立的風貌。佛教傳播迅速，導致僧尼穢雜，難以避免，國家干預澄清是必要的；但佛教有自身的特殊修道科門，有約束沙門生活的明確戒律，也應該得到國家的尊重和保護。慧遠在宗教觀念上的主要創造，是把“神不滅論”明確引進佛教的業報輪迴體系，其思想來源，實出於儒家的孝道和積善積惡之說，也受道家“神不化”的影響。與此同時，他又依據沸教傳說，貶低“天地”的地位，認為“天地”以“生生”為大，故“功盡於運化”；佛教倡無生不變，故“不順化以求宗”。講“生生為大”的主要是《周易》，以“天地”為大的還有《老子》，慧遠認為，這都屬世俗世界，不能和教佛的出世領域相比。同樣，體現天地生化的是帝王，在世間為尊；不存身以順化的是佛，比帝王要高。不過慧遠補充說，佛可以化身為帝王；帝王曾是菩薩行的一個階梯，所以帝王與佛，畢竟是殊途同歸。

這種超孔超老、唯佛為貴的言論，受到儒道兩方面的反對。宋釋慧琳作《黑白論》，抨擊佛教幽靈神驗之說、“本無”“析空”之理，受到堅持周孔之教的何承天的支持。何承天認為，佛教不失為九流之別家，雜以道墨，慈悲愛施，與中國不異；其鬼神之論，作為神道設教也未嘗不可，但若目之為實，則缺乏明證。宗炳為折《黑白論》而著《明佛論》，謂“中國君子明於禮義而閣於知人心”。《周易》所謂“陰陽不測”，而不能置言，其實指的就是不死的精神。群生“神”本相同，隨緣遷流而成粗妙之“識”，練粗成精，即是聖人。神、識、形三者本質不同；神之不滅，緣會之理，積習而聖，構成了佛教全部學說的大綱。宗炳此說甚得慧遠思想的精髓，把中國傳統哲學同外來佛教哲學巧妙地結合了起來。中國佛教哲學此後的發展，大體上是沿着這個方向行進的。

慧琳和何承天是站在儒家立場反對佛教神不滅論的。何承天還作《達性論》，進一步反對佛教把人與“飛沈蚽蠕並為眾生”之說。顏延之作《釋達性論》，駁難何論，使爭論更加深入。神滅和神不滅的問題，成了劉宋學術界討論最熱烈的話題，其中羅含的《更生論》，運用毗曇思想把神不滅論與儒家“祖宗有序，本支百世”的觀念鑄為一體，有頗高的理論水平。此外，范泰、謝靈運還主張，“六經典文，本在濟俗為治耳；必求性靈真奧，豈得不以佛經為指南那？”佛教在這裡提出的“性靈”之學，就是指承認三世因果，看重心神之用。何尚之對此加以發揮，受到宋文帝的賞識。
但反佛教鬼神系統的思想並未停息。至於齊梁，范縝先後抨擊神不滅論，發言激烈，立論嚴謹，影響當時極大。他以刃利夫系比喻形神關係，認為刃為利之質，利為刃之用，即質即用，離質無用。“未聞刃沒而利存，豈容形亡而神在”？
他還用偶然性解釋人的貧富壽夭，否定因果輪囫；抨擊佛教敗俗蠹政，亦甚有力。《神滅論》涉及的理論面很廣，鋒芒所指，無不披靡，是中國哲學發展史上里程碑性的無神論著作。
梁武帝對他的言論冠以“違經背親”的罪名，發動朝貴60餘人作文字圍剿。在理論上，佛教是受挫了；在政治上，仍然取得勝利。從本質上看，范縝的正統儒家觀念，與何承天是一致的，他們並不否認神道設教的必要。

南朝神滅、神不滅的爭論也影響了北朝。北朝魏齊之際，邢子才主無神倫，以為“神之在人，猶光之在燭；燭盡則光窮，人死則神滅”，人死還生之說，是為蛇畫足。杜弼精通佛學，認為燭、人不能同喻，“光”受燭質制約，“神”卻不受“形”所系。相對言，杜粥的神不滅論顯然比梁朝貴族為高。
南朝佛教與道家的爭論，也有頗高的理論水平。宋齊間，張融以《孝經》、《老子》和《小品》、《法華》調和三教之道，作《門論》謂：“道之與佛，逗極無二。寂然不動，致本則同；感而遂通，達跡成異”。周顒善《老》、《易》，而貴佛理，曾著《三宗論》，是當時三論學的名作。他駁斥《門論》，認為《老子》以“虛無”為主，《般若》以“法性”為宗，表面上似乎一致，但前者置“無”於“有”之外，是把“有”、“無”分裂了，實踐上必然造成世間與出世間的對立，所以稱之為“有外張義”；後者提倡“色即是空，空即是色”，以非有非無為最高境界，他名之為“即色圖空”，是道家所不能及的。周顧此說，基本上劃清了釋老在哲學本體論上的差別。
在南朝三教的論戰中，除了范縝的《神滅論》外，佛教可謂所向披靡，佛教在三教中的理論地位，占了上風。

2.北朝的三教鬥爭與排佛運動
北朝的宗教政策基本上受政權的需要左右。利用時，放手擴展，失控時，殘酷打擊；加上階級鬥爭比南朝還要激烈，致使佛教的發展，呈大起大落的狀況。
北朝各代普遍重視儒家思想，相對穩定；但佛、道勢力卻往往波及政局甚大。魏太武帝任用崔浩，奉行寇謙之的天師道，440年改元“太平真君”，限制沙門，徵兵僧侶。446年，太武帝至長安，發現佛寺藏有兵器、財物和婦女，遂從崔浩之議，自謂“承天之緒，欲除偽定真，復羲農之治”，詔令魏境悉坑沙門，破毀佛像胡經。道教領袖寇謙之反對誅殺沙門，毀滅佛教。太子晃監國，緩宣詔書，沙門因此多得逃亡藏匿，經像也部分隱藏下來。這一毀佛行動的直接後果，是使中國佛教增強了“末法”意識，驅使佛徒大批南下。
魏文成帝即位，下詔重興佛教，起用曇曜為沙門統，鑄造金像，開鑿石窟，建“僧祇戶”和“佛圖戶”，促使佛教愈益發展。“僧祇戶”是專供僧曹穀物，以備賑饑之用的民戶，多是掠來魏境的俘虜，地位比寺院的佃農還低；“佛圖戶”是專為寺廟充役和耕作的奴隸，全由判重罪者和官奴充當。“僧祇戶”和“佛圖戶”的建立，強化了佛教的經濟實力和社會作用，既使寺院承擔了國家給予的部分救濟慈善事業，更把僧尼推上了穩固的特權地位。及至北魏遷都洛陽，佛教的發展到了濫無限度的程度。

中國的僧官制度最早出現在北方。魏道武帝以法果為“監福曹道人統”。“監福曹”是國家對佛教的管理機關，“道人統”是國家任命的僧官。這一類管理機關和任命的僧官，構成僧官制度的核心。機關和僧官的名稱，各國和各時期不盡相同。如後秦設有僧主、悅眾、僧錄等職，北魏文成帝時，改稱“監福曹”為“昭玄曹”，“道人統”為“沙門統”或“昭玄統”；
又在地方設置維那、上座、寺主等，重要的寺主，則由皇帝敕授。相對而言，南朝雖然也沒有管理全國僧尼的“僧主”或“僧正”，但機構和權力都很小；一些敕授的寺院“法主”或“寺主”，倒是權限較大。這說明，北方沙門發展所帶來的社會政治問題比南方要嚴重得多。
當上層社會傾盡財富奉佛以謀求自身福業的同時，對因貧困和破敗流入佛教隊伍的下層僧侶則保持高度警惕。自魏孝文帝至宣武帝的四十餘年間，沙門聚眾謀反者八次，均遭鎮壓。517年以後，未見再有沙門叛亂者；此中僧官制度的強化起了重要作用。
在南朝，社會與佛教的矛盾，即使有嚴重的政治經濟背景，也主要表現為思想文化的爭論；而在北朝，即使是思想信仰上的分歧，往往也要以階級鬥爭和政治鬥爭的形式表現出來。如魏孝文帝曾詔令道士姜斌與僧曇無最辯論釋李真偽，姜斌論敗，帝將加以極刑，得菩提流支苦敕乃止。北齊繼續有佛、道爭論，至周而演化為第二次毀佛事件。

周武帝最重儒術，因道與儒均系華夏文化，加上道士張賓對道教的弘揚，和釋衛元嵩對佛教的抨擊，所以也傾向道教而有疑於佛教。魏太武帝曾斥佛教為“西戎虛誕，妄生妖孽”；周武帝也恥同五胡，責佛法為非“正教”，可見二武毀佛有很強烈的漢文化背景。天和二年（567），衛元嵩上書以為：“唐虞無佛圖而國安，齊梁有寺舍而祚失……但利民益國，則會佛心。”他提議建立“平延寺”，以城隍郭邑為寺塔僧坊，不論道俗親疏，平等安置，“即周主是如來”，和夫妻，推令德，尊耆老，選仁智，求勇略，行十善，示無貪，其實也就是倡導君主高度集權，並確立一種以儒家為體，以佛教為用的社會體制。

南朝佛教自慧遠與王者抗札以來，到梁武帝致敬僧侶，捨身入寺，起碼在形式上，帝王的尊位可以不尊，思想文化更是佛教自由馳騁的領地。衛元嵩即以周主為“如來”，著《佛道二論》，謂“我不事二家，唯事周祖”，“我事帝不事佛道”，相當明顯地反映了北朝強化君權的趨勢，不只政令需要統一，在思想文化上也需要統一。自此為始，至建德六年（577）的10年中，周武帝7次主持三教辯論，實際上只是佛道二教的爭奪。570年，甄鸞上《笑道論》3卷36條，痛揭道教偽妄蠹俗；大中興寺道安作《二教論》12篇，辟道貶儒，以為“佛教者，窮理盡性之格言，出世入真之軌轍”，應為宗本。其破老氏的言論，受南朝佛學影響；貶儒觀點，多是廬山慧遠的思想；在佛教義學上，接近地論師的主張。在理論能與佛徒相抗衡的言論，依然稀疏無力。
建德六年（577），周武帝終於以佛教費財傷民、悖逆不孝為名，正式宣布毀法，名僧慧遠（淨影）、前釋任道林等面爭無效，遂於北周全境掃盡官私所造一切佛塔，融刮聖容，焚燒經典。“八州寺廟出四十千盡賜王公，充為宅第；三方釋子減三百萬，皆復軍民，還歸編戶”。道教也同時受到一定破壞，唯有六經儒教獨被存立。次年，周武帝卒，佛教再次復興。

周武帝毀法為時極短，但打擊切實酷烈，其影響於佛教者，比第一次更甚。僧尼逃匿山林，與北魏以來的流民混雜一起，成了全隋的重大社會問題，直到唐初，仍是左右統治者決策的一個重要因素。

中國註疏
從歷史全貌看，不論中國固有的文化與外來佛教發生何 等激烈的爭辯，也不管統治集團出於經濟政治考慮對佛教採取限制以至打擊的政策，都沒有制止住佛教在全國範圍內急劇廣泛的傳播和向社會生活各方面的滲透。儒釋道的鬥爭在更深層的領域，促進了三教的相互吸收和相互融合。東晉以來，儒釋道的界限似乎更加清晰了，但在某些思想內容上，卻往往是相當混淆。在這種形勢下，中國佛教取得了既有異於外來佛教，又有異於傳統文化的獨立地位。能夠反映這種獨立地位的程度及其持續發展狀況的，主要表現在日漸增多的漢文佛教著述上。漢文的佛教著述，在漢末已開始陸續出現，至東晉南北朝，由少至多，由淺入深，已經達到了可觀的規模。其中最能代表當時的民族和時代風貌的，首先是各種論著。劉宋陸澄撰《法論》，輯此前釋教論著16帙，103卷。梁寶唱撰《續法論》，所輯當亦不少。二書均佚。梁僧祐撰《弘明集》，唐道宣撰《廣弘明集》，保存了其中的一部分。各種經論序記反映了當時人的佛教思想，也是重要的文獻，大都被集中在僧祐的《出三藏記集》中。這類論著的作者很廣，從高僧大德文人學士，到帝王朝貴，在有文化的各階層中，都能找到代表。

註疏經論是中國佛教發揮自身思想最常用的方式。像漢魏之際的《安般守意經》，就挾有多家的註疏，保留了內地佛教在那個時期的模樣。自康僧會、道安之後，沒有哪個佛學大家是不註疏經論的。但自北朝地論師開端，到陳隋之際的智�妗⒓�藏，這類註疏日趨煩瑣，隋唐龐大的經院哲學，就是在這樣的基礎上發達起來的。
表達中國佛教思想的另一種形式，是對漢譯佛典抄略和編纂。晉支愍度作《合首楞嚴經》、晉慧遠有《大智度論鈔》、僧旻纂《眾經要鈔》、魏曇顯撰《菩薩藏眾經要》等都是。齊梁魏末期間，編纂大部頭的各種佛教類書達到高潮。
編撰佛教史傳和經錄，是中國佛教的一大創造。魏晉以來，與玄風相應，一般名僧多有品藻，簡略的傳記在有關的序言中也有記載。至於東晉，為名僧個人寫專史的已經不少，梁僧祐開始編撰成書，僧皎擴大為《高僧傳》14卷，寶唱另撰《比丘尼傳》4卷。其他已佚的各類僧史還有不少。

中國僧傳的刨建，使北傳佛教史增進了相當準確的歷史紀年和地理概念，形成為一種良好的傳統，有多方面的重要意義。
經錄也是兩晉以來內地佛教的創造。自支愍度、道安至梁僧祐而逐步完善。僧祐的《出三藏記集》所輯佛經目錄，條例清楚，由此可見此前中國佛教典籍的全豹，可以說是隋唐佛教經錄大發展的先聲。
以種種名義假造佛教經論，也是南北朝佛教的重要一面。晉道安記其所知之偽經25部，28卷，可見造經之風很早即已流行。梁僧祐增至45部，257卷；至隋初法經等統計，疑惑者55部，68卷，偽妄者141部，314卷，數目劇增。疑偽經論中的絕大多數，是出自中土人士的創造，尤能反映當時的思潮。西晉道士王浮造《老子化胡經》，稱老子為教化胡人而為釋教之祖，至南北朝流行《清淨法行經》，則謂孔子、顏淵、老子系佛為教化震旦而派遣的三弟子，這是釋、道二教宗派鬥爭的產物。北魏孫敬德夢授《高王觀世音經》，反映觀世音崇拜在南北朝的普及化；曇靖造《提謂波利經》，以五行五方配五戒，另有所謂《首羅比丘見月光童子經》，記“甲申年洪水，月光童子出世事”，推算吉凶，妄言禍福，顯然是受圖讖方術的影響。此外，像《佛說決罪福經》、《像法決疑經》、《小法滅盡經》等，表達了自晉末世亂迄於北朝毀佛的末世思想。