談到直系軍閥首領曹錕，總離不開吳佩孚。其實，曹錕是一個昏聵、粗野、愚昧無知而充滿野心的封建軍閥，他的“功名”，幾乎都是吳佩孚替他創立的。
　　吳佩孚，字子玉，1874年生於山東蓬萊縣一個小生意人的家庭。青年時考中秀才，因得罪當地土紳，1898年到天津入聶士成的武衛軍當兵，1902年入保定陸軍速成學堂學習。1906年，吳佩孚任北洋軍第三鎮曹錕部炮兵第三標第一營管帶。
　　1911年10月武昌起義爆發後，清廷起用袁世凱出山，鎮壓革命軍。袁世凱命曹錕率部入山西，鎮壓山西革命黨人。部隊從石家莊沿正太鐵路入晉，目的地是井陘。當時是深夜行車，車過了井陘但沒有停。原來炮兵第三標標統是革命黨人，故意使列車開往由革命軍占據的娘子關，想將曹錕的這個炮兵團全部吃掉。這事被吳佩孚覺察，及時將車上的革命黨人制服。隨後，又帶人控制了車頭，令司機把火車退回井陘車站，此時，協統盧永祥等才大夢初醒。隨後，曹錕乘坐的列車也到達井陘，得知情況後驚呆了老半天，接着盛讚吳佩孚能當機立斷，平息事變，當即提升吳佩孚為炮三標標統。井陘事變給吳佩孚提供了飛黃騰達的機會，從此，他成為曹錕的親信和得力部將。
　　民國成立後，吳佩孚依然在曹錕部任職。1916年1月，西南護國軍興，吳佩孚隨曹錕入川作戰，升任旅長。1917年7月，張勳復辟帝制時，隨曹錕參加“討逆軍”，任西路軍前敵總指揮。1918年南北戰爭時，任第三師師長，隨曹錕入湖南作戰，攻岳州，陷長沙，4月占領衡陽。5月底，第一路軍司令曹錕以養病為辭回天津與段祺瑞討價還價，第二路軍司令張懷芝也回到山東，入湘的北洋軍由吳佩孚直接統率。6月，吳佩孚在衡陽與滇桂軍閥信使往還，暗定停戰協議，通電主和。8、9月間，吳佩孚接連通電攻擊段祺瑞內閣及其武力統一政策，稱武力統一政策實為“亡國的政策”，直系將領紛紛響應。1919年五四運動後，全國人民愛國熱情空前高漲，段祺瑞政府陷於孤立，成了眾矢之的。吳佩孚從反皖的目的出發，極力使自己以一個“愛國將軍”的姿態出現，大談軍人的天職是“救國救民”，甚至還高談“勞工神聖”，允許共產黨人在其統治範圍內的京漢、隴海等鐵路沿線組織工會，因而，使他獲得良好的名聲。
　　1919年11月下旬，吳佩孚又與西南軍閥簽訂了密約，即救國同盟軍草約。草約總綱為平息內爭、力謀統一、合力對外。其宗旨是：軍人以衛國保民為天職，無論何時，國內爭戰，不得牽功武力，惟須弭患無形，以盡保民之責務。並須保全現在之主權，兼收回已失之主權等等。此草約充滿了“愛國精神”，實質是直軍與南軍結成反皖同盟的標誌，也為吳佩孚北上討段消除後顧之憂。
　　1919年12月馮國璋死後，曹錕和吳佩孚成為北洋直系的首領。第一次世界大戰的結束，促使了掌握北京政權的皖系軍閥與直系、奉系的矛盾加劇，直皖戰爭已不可避免。1920年5月，吳佩孚自衡陽撤防北返，至直隸保定。7月，直皖戰爭爆發，吳佩孚出任“討賊軍”前敵總司令，在奉系的援助下率部打敗了皖系，迫使段祺瑞下台，直、奉兩派共同控制了北京政權。
　　直皖戰爭之後，吳佩孚獲得“常勝將軍”的美名，聲望急速上升，由師長升任直魯豫三省巡閱副使。1921年8月，升任兩湖巡閱使。由於吳佩孚與奉系張作霖的矛盾日益激化，到了1922年初，雙方已決定兵戎相見。4月3日，直系各軍閥借祝賀吳佩孚的生辰，聚集洛陽，商討對奉系作戰計劃。10月10日後，奉軍相繼開進關內。直軍以吳佩孚為總司令，以保定為大本營，分頭抵禦。4月29日，第一次直奉戰爭爆發，戰爭的結束，以直系大獲全勝而告終（第一次直奉戰爭詳見本章第二節）。
　　第一次直奉戰爭之後，奉系勢力退出關外，直系不僅占領了黃河、長江流域的許多地盤，而且控制了北京政權，曹、吳趕走了大總統徐世昌，推出了黎元洪作傀儡總統。吳佩孚由於軍功被授予將軍府孚威上將軍，他擁有的嫡系武力，儘是全國精銳之師，一共有五師及一混成旅，吳佩孚依舊兼第三師師長，駐防洛陽。吳佩孚雖身居洛陽，實際操縱“直系中央”政治，甚至連他的老上司曹錕，也得看他的眼色行事，每一次國務總理更迭，都由曹錕派專使到洛陽徵求吳佩孚的意見。
　　幾年前，吳佩孚為了對抗皖系軍閥，爭取民心，曾大談“救國救民”、“勞工神聖”，允許共產黨人在其統治範圍內的京漢、隴海等鐵路沿線組織工會。但時至今日，吳佩孚完全剝下了偽裝，由他一手製造了震驚中外的“二七慘案”。
　　1923年2月1日，京漢鐵路工人在中國共產黨領導下，在鄭州舉行京漢鐵路總工會成立大會，但遭到吳佩孚的武力阻撓。總工會決定舉行總罷工表示反抗，並將總工會移至漢口江岸辦公。2月4日總罷工開始，全線各站工人一致行動，使長達一千餘公里的京漢鐵路頓時陷於癱瘓。罷工得到社會各界進步人士的支持。2月7日，吳佩孚在帝國主義支持下，命令其部將湖北督軍蕭耀南等在鄭州、江岸、長辛店等進行血腥鎮壓，工人被殺四十餘人，造成“二七慘案”。經此慘案，吳佩孚的兇殘的真面目暴露無遺。
　　幾年前，吳佩孚也極力反對段祺瑞的武力統一的政策，稱之為“亡國的政策”。但是，當他大權在握時，也積極推行直系的武力統一政策。吳佩孚計劃把全國分為9個軍區，編全國軍隊為40個師，軍政大權歸中央。1923年3月，吳佩孚在洛陽召開軍事會議，公開提出“武力統一”的主張，聯合直、魯、豫、晉、陝、甘、蘇、皖、贛、鄂10省，在英美支持下，一面準備打到關外與奉系張作霖作戰，一面把勢力伸面南方，勾結陳炯明，反對孫中山北伐。
　　1923年4月，吳佩孚在洛陽大辦其五十大壽，各省軍政要員前往賀壽的有七百多人。康有為也親來致賀，並送了一副恭維得體、傳誦一時的壽聯：“牧野鷹揚，百歲勛名才一半；洛陽虎踞，八方風雨會中州。”這副壽聯把吳佩孚當時春風得意、趾高氣揚的境況描繪得十分逼真。
　　1923年10月，吳佩孚幫助他的老上司曹錕當上了“賄選總統”。本來，吳佩孚對曹錕的“總統夢”不以為然，以吳佩孚的威望和實力也完全可以取曹錕而代之。但是，秀才出身的吳佩孚，深受儒家“上下”、“尊卑”、“主從”等封建道德的束縛，終究還是服從了他的那個昏庸的上司。
　　由於吳佩孚極力推行直系的武力統一政策，使各地軍閥紛紛以“省自治”和“聯省自治”相抵制，並形成了奉粵皖反直三角同盟。1924年9月江浙戰爭爆發，張作霖乘機率軍入關，第二次直奉戰爭隨之爆發。曹錕急電吳佩孚火速入京。9月27日，吳佩孚到達北京，28日晚，在中南海四照堂點將誓師。
　　點將誓師本是一件莊嚴慎重的大事，但吳佩孚隻身穿便服，吸着紙煙，還歪坐一旁，隨便宣讀了討張電文，接着宣布自任討逆軍總司令，王承斌為副司令，彭壽萃為第一軍總司令，沿京奉線出發；王懷慶為第二軍總司令，出喜峰口趨朝陽、平泉；馮玉祥為第三軍總司令，出古北口趨赤峰……由於他事先沒有認真考慮，把很多重要單位遺漏了，使得部下要起而提醒。吳佩孚“四照堂點將”，充分反映了他驕傲輕敵的心理，他的失敗也就不足為奇了。
　　10月初，直、奉兩軍在榆關（山海關）展開決戰。正當雙方酣戰之際，早已同吳佩孚矛盾激化的直軍第三軍總司令馮玉祥，於10月22日晚率部回師北京，發動了北京政變。吳佩孚在榆關前線聞變，大驚失色，直軍亦隨即土崩瓦解，吳佩孚的精銳幾乎被奉軍全殲，僅率萬餘人突破重圍疾趨天津，回師討馮，但在楊村一戰，又損兵折將。吳佩孚急盼的江蘇齊炎元、浙江孫傳芳、湖北蕭耀南、河南李濟臣等直系援軍又中途受阻，無法北上。到11月3日，奉軍和馮軍逼近天津，吳佩孚不得不率殘部二千餘人分乘三艘兵艦自塘沽出海南下，狼狽遁逃。
　　第二次直奉戰爭，由於吳佩孚的輕敵，加上馮玉祥的倒戈，使吳佩孚落得個泛海南逃的可悲結局。他當然不甘心失敗，南下到南京，到漢口與齊燮元及蕭耀南商議由黃河上游與長江流域各省在武昌成立“護憲軍政府”。齊燮元表面應允，事後又反悔，並與蕭耀南、孫傳芳、周蔭人、蔡成勛、杜錫珪、馬聯甲、劉鎮華、李濟臣、李炳之等聯名通電擁護段祺瑞組織政府。此時的直系將領都急於自保或聯省自保，並不想刺激風頭正盛的張作霖和馮玉祥。
　　吳佩孚失敗後眾叛親離，無處落腳，在苦悶中飲酒作詩，“戎馬生涯付水流，卻將恩義反為仇。與君釣雪黃州岸，不管人間可自由。”最後，他到河南信陽的雞公山避居。他自己也很難預料，能否有東山再起的一天。
　　然而，在軍閥混戰的年代裡，一些不可思議的奇蹟竟也會發生。如同段祺瑞蟄居四年後有人將他捧上臨時執政的寶座一樣，無兵無錢的吳佩孚也在倒台後不到一年的時間，又有了東山再起的機會。
　　第二次直奉戰爭之後，張作霖的奉軍和馮玉祥的國民軍控制了北京政權，奉馮兩派亦不斷擴張勢力，尤其是奉系，多次向關內進軍，到1925年9月，津浦沿線各省區全部為奉系所占有：李景林為直隸軍務督辦、張宗昌為山東軍務督辦、姜登選為安徽軍務督辦、楊宇霆為江蘇軍務督辦。此外，邢士廉等部進駐上海。奉系勢力日益向東南擴張，直接威脅到直系的利益，使得直系將領們不得不謀求聯防自保。
　　江西督軍方本仁，首先發起湘、鄂、贛三省聯防。湖南督軍趙恆惕開始對此不感興趣，正在岳州居住的吳佩孚乘機鼓動趙恆惕，“我們何不來個湘、鄂、川、黔四省聯防呢？”趙恆惕覺得這主張不錯，就答應了。很快，湘鄂川黔四省聯防組成，公推吳佩孚為盟主。不久，豫、陝、晉亦加入，四省聯防擴大到七省聯防，吳佩孚的聲威一下猛增。
　　浙江督軍孫傳芳，原來曾聯奉自保，此時也乘勢而起，組織了蘇、浙、閩、贛、皖五省聯軍，自任總司令，並用這五省聯軍與吳佩孚的七省聯防合流，推吳佩孚為盟主。1925年10月，吳佩孚在武漢出任十四省討賊聯軍總司令，並發表通電，決心“再與天下群雄共角逐”。
　　北京臨時執政段祺瑞，聽說吳佩孚東山再起，揮兵北上“討賊”，急忙央求張作霖和馮玉祥出兵，討伐吳佩孚。但在此時，馮玉祥與張作霖的矛盾已經異常尖銳，勢同水火。1925年11月，馮玉祥串通掌握奉軍大半精銳之師的郭松齡和時任直隸督軍的奉系將領李景林，結成反奉三角同盟，並簽訂了“反奉密約”。11月下旬，郭松齡倒戈，發動反奉戰事，向張作霖發起突然攻擊，殺得張作霖措手不及，險些束手待斃。12月，張作霖得到日本關東軍之助，殺敗了郭松齡（郭松齡倒戈反奉戰爭由下一章詳述）。從此，張作霖對馮玉祥恨之入骨。當吳佩孚揮軍北上討奉之時，張作霖暗中向吳佩孚修好，希望聯合起來，共同解決馮玉祥。吳佩孚因馮玉祥倒戈，發動北京政變，弄得自己浮海南逃，早已恨透馮玉祥，今見張作霖的態度，便決心與之合作，共同討馮。這樣做，也符合英、日等帝國主義欲壓制國民軍及北方革命群眾運動的要求。於是，吳佩孚將“討賊軍”改為“討赤軍”，聯合奉軍夾擊國民軍。史稱“國奉戰爭”。
　　1926年1月1日，馮玉祥在英、日等帝國主義及奉、直軍閥的壓迫下，通電“引退”。1月4日，將全權交給張之江，準備赴俄遊歷。1月9日，段祺瑞發表馮玉祥為考察歐美農業專使，另委任張之江繼馮為西北邊防督辦，並由鹿鍾麟、張之江、李鳴鐘、宋哲元、劉郁芬分任京畿及察哈爾、綏遠、熱河、甘肅等省區軍事長官。
　　吳佩孚與奉系聯合之後，並得到英國的援助，即向國民軍發動進攻。1926年1月下旬，由寇英傑部及靳雲鵬部合攻河南，3月初全部占領河南，國民軍岳維峻率殘部西逃。另外，東北的奉軍占領山海關，山東的奉軍李景林部越過馬廠北進。國民軍被迫放棄天津，固守北京。4月初，北京被直、奉軍在包圍，鹿鍾麟為緩和與直系的矛盾，釋放了曹錕，請吳佩孚入京主持大局，但吳佩孚不為所動，要張之江、鹿鍾麟同時下野。4月15日，國民軍退出北京，把守南口。此後，國民軍與奉直聯軍激戰於南口達四個月之久，終於失敗，退往西北。
　　1926年6月，吳佩孚、張作霖進入北京，直奉合作，把持了中央政權。吳佩孚、張作霖表示要捐棄前嫌，還交換蘭貼，結為兄弟。但是好景不長，1926年7月6日，廣東國民革命軍誓師北伐，直指湖南。7月11日，已攻克長沙，隨即向湖北推進。吳佩孚急忙率數萬精銳於8月22日乘車兼程南下，25日在漢口召開緊急會議，準備固守汀泗橋和賀勝橋等戰備要衝。
　　汀泗橋位於咸寧以南，東面為山嶺，其他三面環水，地勢險要。吳佩孚企圖憑藉天險頑抗，等待北方大部援軍開到，再進行全力反攻。他親臨前線，往返指揮，還派出八個大刀隊督陣。但北伐軍第四軍英勇善戰，經兩晝夜血戰，於8月27日奪取了汀泗橋。吳佩孚仍想固守賀勝橋，親乘裝甲火車在橋北督戰，仍派出大刀隊督陣，但很快也被北伐軍攻破防線。吳佩孚只得退回漢口。不久，北伐軍兵臨城下，吳佩孚的部將劉佐龍率部起義，武漢三鎮相繼失守，吳佩孚只好率殘部敗退河南。此時，吳佩孚結拜兄弟張作霖不但見死不救，而且派兵占領了直隸全境，阻止吳佩孚進入直魯地區。吳佩孚東面、北面無去路，又處在南面北伐軍和西面馮玉祥軍（改稱國民革命軍）的夾擊之中，雖然尚號稱有二十萬之眾，但將士已無鬥志，紛紛瓦解。1927年3月17日，奉軍占領鄭州，吳佩孚只好率領隨從衛隊西行入川，投奔四川軍閥楊森，從此，他的政治生涯也宣告結束。
　　吳佩孚在四川生活了五年，似乎又回復到“秀才”的本來面目，終日讀書、寫作、吟詩、畫梅。他先後住過白帝城、萬具、廣安、大竹、綏定等地，其中在綏定住得較久。吳佩孚並非不想東山再起，但當時中國的政壇已由國民黨新軍閥所操縱，他只能抒發一些英雄末路的慨嘆。1931年底，吳佩孚由四川入北京，受到“世侄”張學良的盛大歡迎和殷勤接待，從此，吳佩孚蟄居北京。
　　本來，軍閥頭子的晚年不必多提，但吳佩孚的晚年卻需要大書一筆。1938年底，日本侵略者採取威脅利誘的手段，企圖迫使蟄居北平的吳佩孚出任北京綏靖軍事委員會委員長這一漢奸職位，但遭到吳佩孚的拒絕。日本大本營特務部長土肥原十分惱火，決定採取強硬手段，強迫吳佩孚召開一次記者招待會，公開說明他對中日和議所持的態度。
　　1939年1月30日，130多名中外記者聚集在吳公館，而公館附近軍警林立，特務往來。吳佩孚首先出示親筆撰寫的一副長聯：“得意時清白乃心，不怕死，不積金錢，飲酒賦詩，猶是書生本色；失敗後倔強到底，不出洋，不入租界，灌園抱瓮，真箇解甲歸田。”此聯有溢美之處，但“不積金錢”、“不出洋”、“不入租界”等，亦確是他的所為。接着，吳佩孚明確地向在場的中外記者表示：“本人認為今天要講中日和平，唯有三個先決條件：一、日本無條件的全面撤兵。二、中華民國應保持領土和主權的完整。三、日本應以重慶的國民政府為全面議和的交涉對象。”吳佩孚的鮮明態度，令日方大為尷尬和羞惱。
　　之後，大汗奸汪精衛多次勸說吳佩孚與他合作，日方要員包括駐華派遣軍總參謀長板垣征四郎等，也一次又一次促請他“出山”，甚至決定劃出湖南、湖北、江西、河南、山東、河北六省的地盤，交請吳佩孚主持一切，但吳佩孚始終不為所動。1939年12月4日，吳佩孚在北平病逝，享年66歲。不過，也有些學者認為，吳佩孚是由日本人以為他治牙為名將其殺害的。
　　吳佩孚一生做過不少與人民為敵的事，但他晚節可風，與同是直系將領的齊燮元等人相比（齊後來成為大汗奸），畢竟要好一些.
　　孫傳芳在北洋軍閥中屬於直系，但並非曹錕、吳佩孚的嫡系。他可以稱得上是直系軍閥的“後起之秀”，在第二次直奉戰爭後的幾年中，他憑着自己的多謀善變，使得勢力逐漸擴大，曾一時稱雄於東南五省。
　　孫傳芳，字馨遠，1885年生於山東泰安。早年入保定軍校速成學堂，後被保送入日本陸軍士官學校第六期。歸國後在北洋軍第二鎮任職，後以戰功升任第六師團長。1917年1月，升任第二師第三旅旅長。同年10月升任第二十一混成旅旅長。1921年8月升任長江上游總司令。同年12月，奉吳佩孚令率軍援閩。1923年3月任福建軍務督理。
　　與孫傳芳一起受命援閩的，還的陸軍第二師師長周蔭人。周蔭人與孫傳芳合謀驅逐了福建軍務督辦王永泉，奪取了福建地盤。此後，周蔭人自恃在倒王之舉中出力較大，對孫傳芳處處排擠。有一天，孫傳芳在福州西大街遇到汽車被炸事件，孫傳芳雖倖免於難，但已感到來自周蔭人的威脅。他也知道，一山難藏二虎，自己暫時無力與周蔭人爭鬥。於是，1923年5月，以王永泉殘部在閩南與各縣民軍結合謀變為由，電請曹、吳批准，出任閩粵邊防督辦前去剿滅，而將福建軍務督理一職讓與周蔭人。
　　1924年9月，江浙戰爭爆發。直系江蘇督軍齊燮元與皖系浙江督軍盧永祥，為爭奪上海而進行激戰，孫傳芳認為有機可乘，便決定讓出福建，率軍入浙，援助齊燮元，當然，其真正目的是為了入浙開闢新地盤。周蔭人也巴不得孫傳芳離開福建，所以表示支持。於是，孫傳芳率部入浙。為了使部隊置之死地而後生，孫傳芳發給官兵每人一本《入浙手冊》，內容大意是說，我們是被周蔭人給逼出來的，福建不能再回了，我們要勇往直前，進入杭州。孫傳芳規定，部隊宿營、休息、吃飯，甚至行軍時，都要由官長領着士兵念，激勵鬥志。所以，孫軍入浙時，穿短褲、着草鞋、戴斗笠，兇猛如餓虎。浙江屏障仙霞嶺防守司令張國威，懾於孫軍的勇猛，未戰即降，引孫軍直取杭州。盧永祥見大勢已去，倉惶北逃。孫軍乘勝追擊，與齊燮元部夾擊盧永祥部於淞滬。盧永祥大敗，通電下野，殘部為孫傳芳所收編。孫傳芳入浙成功，坐收漁利，並出任閩浙巡閱使兼浙江軍務督理。
　　1924年10月，在第二次直奉戰爭的關鍵時刻，馮玉祥自古北口班師回京，通電主和，囚禁“賄選總統”曹錕，迫使吳佩孚浮海南逃，直系迅速潰敗。11月，段祺瑞上台執政，但北京政府實際處於馮玉祥和張作霖的共同控制之下。段祺瑞就任後，即命盧永祥為江浙宣撫使，要消滅齊燮元部，奪回地盤。張作霖也企圖向南擴張，派張宗昌率部南下。
　　齊燮元得此消息，急約孫傳芳在上海晤商禦敵之策，決定成立江浙聯軍第一、二路司令部，共同御奉，維持直系的一線生機。1925年1月，孫偉芳出任江浙聯軍第二路軍總司令，督辦浙江軍務。孫傳芳雖與齊燮元聯合御奉，但他也知道，區區的江浙聯軍難以抵擋奉軍的進攻，為自己着想，他暗中派其親信、浙江鹽運使王金鈺去見張作霖。張作霖也有意拉籠孫傳芳，當即保證消滅齊部後，停止向浙江進軍。1月中旬，奉軍張宗昌部及盧永祥部向滬寧線的齊軍步步進逼。1月17日起，兩軍大戰於丹陽、無錫間。在此時候，孫傳芳突然將協同齊軍作戰的部隊撤走。1月25日，齊燮元從蘇州狼狽敗退上海，通電下野，旋赴日本，部隊為孫傳芳所接收。奉軍進入上海，張宗昌約孫傳芳會晤，兩人結拜為兄弟。後盧永祥被任命為江蘇督辦，與孫傳芳簽訂了江浙互不侵犯的和平公約。這樣，孫傳芳依靠其不光彩的手段，穩得浙江這一地盤。
　　1925年間，奉軍多次入關，到當年9月，津浦沿線各省區全部為奉系所占有。奉系向東南擴張，直接威脅浙江。孫傳芳既感到恐懼，但他也看到奉軍孤軍深入，人地生疏，將領之間矛盾重重；馮玉祥和張作霖已勢成水火；而吳佩孚又有重整旗鼓，東山再起之勢。於是，孫傳芳決定利用這一時機，與奉軍一決雌雄。他派王金鈺為代表住在奉天，迷惑張作霖。又派心腹楊文愷到福州聯絡周蔭人，到上海聯絡國民黨人，以緩解後顧之憂。之後，再派楊文愷到張家口會見馮玉祥，請馮玉祥在北方牽制奉軍。馮玉祥還與孫傳芳結拜為兄弟。此外，楊文愷再銜命前往岳陽，代表孫傳芳敦請吳佩孚出任十四省討賊聯軍總司令。楊文愷還遊說江蘇軍務幫辦陳調元，約定裡應外合，驅逐奉系江蘇督軍楊宇霆。孫傳芳還利用江蘇人民痛恨奉軍這一有利條件，發動上海、南京等地的士紳、群眾舉行抗議奉軍暴行的遊行請願，為進攻奉軍製造輿論準備。
　　1925年10月，孫傳芳聯絡蘇、皖、贛、閩幾省的直系軍閥，以“雙十節”檢閱為名，調集大軍，於10月15日自稱為浙閩皖贛蘇五省聯軍總司令，分五路出兵進攻上海，奉浙戰爭爆發。奉系楊宇霆、姜登選等兵敗棄職而逃，孫傳芳很快占領上海、南京。接着，孫傳芳命謝鴻勛、盧香亭等率部往北推進。
　　張作霖不甘心失敗，任命張宗昌為江蘇善後督辦，施從濱為安徽善後督辦，率領白俄軍等部南下收復失地。張宗昌任命施從濱為前敵總指揮，率兵從兗州、泰安防地出發，進占蚌埠。施軍與孫軍在蚌埠一帶激戰，結果施軍戰敗，施從濱也被俘。當施從濱率軍南下時，孫傳芳連發三個電報要施同他合作，倒戈內應，但施不予理睬。孫傳芳俘虜施從濱後，即於當晚將其斬決，並棄屍曠野數日。這一殘暴行為，也為他十年後被刺身亡埋下了禍根。
　　孫傳芳大軍乘着屢戰屢勝的聲勢，一直打到徐州以北的山東邊境，才停止追擊。此時的孫傳芳，急欲籌組五省聯軍，稱霸東南。於是，奉浙戰爭結束，孫傳芳在徐州子房山大擺慶功宴會。11月23日，孫傳芳由徐州凱旋南京。25日，召開五省聯軍大會，宣布成立浙、閩、蘇、皖、贛五省聯軍，自任總司令兼江蘇總司令，任命周蔭人為福建總司令，盧香亭為浙江總司令、陳調元為安徽總司令、鄧如琢為江西總司令、劉宗征為總參謀長，楊文愷為總參議，萬鴻圖為秘書長。又聘請日本人岡村寧次為高等軍事顧問，社會名流蔣百里、章太炎為顧問。從此，孫傳芳統轄富庶的東南五省，成為吳佩孚以外另樹一幟的直系巨頭。
　　1926年夏，廣東國民革命軍開始北伐，吳佩孚在兩湖連遭慘敗，多次急電孫傳芳出兵援助，但孫傳芳卻按兵不動，他想趁吳佩孚失去兩湖後，再由他坐收漁利。9月，國民革命軍進攻江西，孫傳芳才出兵應戰。他根本沒把北伐軍看在眼裡，應戰的目的是為了奪取武漢、長沙。但是，不到一個半月，孫軍遭到慘敗。謝鴻勛戰死，鄧如琢潰敗，盧香亭部受重創，九江、南昌難保，孫傳芳狼狽逃回南京，孫軍亦全部退出江西。
　　面對北伐軍的步步緊逼，孫傳芳想謀求北洋各系的大聯合，挽回頹勢。他邀請段祺瑞、吳佩孚各派代表到南京開會，商討共同抵禦國民革命軍。但孫、吳、段各派矛盾重重，互相譏罵，會議不歡而散。孫傳芳不得已掉轉頭來乞憐於奉系。1926年11月，孫傳芳派楊文愷到濟南見張宗昌，又到天津見張作霖，表示捐嫌修好，共同對敵。此時的張作霖，也不想計較舊怨，表示雙方聯合，化敵為友。於是，孫傳芳親到天津見張作霖，當面道歉，並張宗昌等推舉張作霖為最高軍事首領，統一指揮，成立“安國軍”。12月1日，張作霖出任安國軍總司令，張宗昌、孫傳芳為副司令，楊宇霆為總參議。張作霖答應派張宗昌率直魯聯軍南下支援，並為孫傳芳接濟軍械。孫傳芳如願以償，返回南京。
　　孫傳芳以為有了奉系支持，可以挽回頹勢。但是不久，周蔭人與孟昭月為爭奪浙江總司令一職發生內戰，陳儀、周鳳歧等歸附北伐軍，陳調元、王普也先後起義編入國民革命軍。這樣，北伐軍很快占領杭州、嘉興、安慶、蕪湖等地，直逼淞滬以及南京。孫傳芳見大勢已去，逃往揚州。1927年3月下旬，北伐軍先後占領南京、上海，後又渡江北進，於5月攻占蚌埠、南京。至此，孫傳芳的五省割據局面完全垮台，殘部退往山東，完全投靠張作霖。
　　1927年6月18日，張作霖在北京就任安國軍政府大元帥。隨後，命孫傳芳率兵反攻徐州。孫傳芳一戰而奪回徐州，繼而攻克蚌埠，進占浦口。孫傳芳自恃兵多將廣，貪功心切，即揮軍渡江，結果傷亡慘重。過江的部隊在龍潭立足未穩，又被白崇禧、何應欽兩部圍殲。此役，孫傳芳損失四萬多人，元氣大傷，退回山東。
　　1928年4月，國民黨軍繼續北伐。孫傳芳與張宗昌在山東戰場頑抗，不久兵敗退守濟南。蔣介石、馮玉祥兩路大軍進逼濟南，孫傳芳與張宗昌率殘部過黃河北逃。6月4日，張作霖在皇姑屯被日本人炸死。孫傳芳殘部在冀東寶坻一帶掛旗投降，被閻錫山派人收編。孫傳芳逃往瀋陽，投奔張學良。可以說，直系軍閥勢力至此已完全消亡。
　　孫傳芳到瀋陽後，還想勸導張學良割據東北，與蔣介石爭天下，但張學良權衡利害，最終歸附南京政府。孫傳芳感失望，移居大連。1931年定居天津英租界，出資建一佛教居士林，皈佛誦經。1935年11月13日，孫傳芳在居士林被刺身亡，時年僅50歲。原來，1925年奉浙戰爭中，施從濱被俘後遭孫傳芳殘殺，其女施谷蘭立志為父報仇，改名施劍翹，經過十年的準備，終於找到這一報仇的機會。孫大帥最後立地不成佛，飲彈身亡，也算得是自食其果了。