後人對以前的歷史進行描述，經常一言以蔽之地給一個宏觀結論，似乎歷史從來都有深思熟慮的背景和明確的規劃。其實清朝派出第一任駐藏大臣，只因為當時的皇帝雍正發了一句話：“著內閣學士僧格、副都統馬喇差往達賴喇嘛處，各賞銀一千兩” 。雍正沒有具體的指示，除了一千兩“艱苦地區津貼”，連僧格和馬喇的職位和職權也沒有明確。做一個大國君主，日理萬機，分給西藏的心思可能只是片斷的閃念，或是對某個奏摺的一句批覆，然而那就是一個起動的開端，統治機器就將在實踐中逐步加工出一套完整的典章制度和運行機制。以下所談駐藏大臣的情況，即為僧格和馬喇第一次赴藏半個多世紀之後才最終形成的定製狀態。

駐藏大臣分為一正一副，正職稱“辦事大臣”，副職稱“幫辦大臣”。清政府連續185年派遣駐藏大臣，共有正副大臣173任次135人（有人被任命兩次）被任命為駐藏大臣，其中有23人雖有任命但因各種原因沒有到任 。這135人中，大多為滿人，其次是蒙族人，只在後期有幾個漢人被任為副職。

駐藏大臣規定任期三年，實際上並不一樣。最長的連續在藏七年（乾隆時期的莽古賚），最短的只有40天即被招回（嘉慶時期的豐紳）。還有的被派進西藏二次甚至三次。

駐藏大臣那時進藏都從成都啟程，一般約需三個月左右到拉薩。西藏高原素有“七八九，最好走”之說，新上任的駐藏大臣多在七月出發進藏。正副兩大臣都駐在設於拉薩的駐藏大臣衙門。衙門駐地幾經變遷。今日拉薩已看不到當年的遺址。

清代一位西藏畫家畫過一副“拉薩圖”（現存北京的歷史博物館）。上面畫的駐藏大臣衙署是在大昭寺西南方向，由數個四合院組成。其中兩個院落內有藏式屋頂的樓房，估計就是史書所載當年正副大臣分住的兩套院落。衙署環繞綠樹，四周矗立六根旗杆，掛着黃旗。

藏族學者國慶把清朝駐藏大臣分為佼佼者、平庸者和昏聵者三類。他推舉的佼佼者典型是乾隆十五年時的駐藏大臣傅清和副大臣拉布敦。當時新繼任的藏王珠爾墨特為了與七世達賴為首的宗教勢力爭奪領導權，串聯準噶爾蒙古，策劃謀叛達賴。傅清和拉布敦察覺後上報清廷，那時沒有清朝軍隊在藏，乾隆指示他們等待軍隊進藏後再對珠爾墨特下手。然而珠爾墨特勢力漸大，達賴喇嘛被控制。駐藏大臣受監視，朝廷派的兵卻因天高路遙不知何時能到。

《衛藏通志》中描寫，珠爾墨特謀反已在眉睫，兩位駐藏大臣決定“不若先發制人，雖死猶生，亦可使繼之者易為功也” 。兩人遂設一圈套，請珠爾墨特到駐藏大臣衙門聽旨議事。珠爾墨特並不疑心勢單力孤的駐藏大臣會怎麼樣，帶人前往。拉布敦假意捧出聖旨，在珠爾墨特跪下聽旨時，由傅清用刀從後面將其砍倒，事先埋伏的人擁出一頓亂棍，珠爾墨特當即斃命。珠爾墨特的人馬隨後前來攻打駐藏大臣衙門。傅清和拉布敦堅守良久。圍攻者堆積柴薪放火焚燒。傅清多處負傷，殺死數名叛兵之後，以刀自刎。拉布敦則揮刀跳下樓，直殺得腸子從傷口流出滿地（古籍文言形容為“委蛇於地”），最終戰死。
《衛藏通志》如此評點他們此舉的意義：

夫衛藏距京師萬有餘里，公（指二位大臣）鎮其地，戎兵寡弱，外不足以制其力，內不足以奪其權。設珠爾墨特竟舉兵反，番民性怯懦，勢必舉而從之，以向隸版籍之地，一旦賊陷，即使以身殉，事已無及，勞師糜餉，致貽聖主西顧，憂疇職是土，顧可以一死委其責耶？公獨奮不顧身，毅然定大計，乘其未發，誘而誅之，餘黨雖擾攘，而渠魁既殲，如瓦解冰泮，無能為難，不旋踵而就縛，盡付厥辜。公雖死，而全藏以安，國威以振，是非霍光之誘斬樓蘭所可同日語也。

當時情況的確如此。雖叛亂者殺死駐藏大臣及隨從一百多人，但珠爾墨特已死，群龍無首，只搶了駐藏大臣衙門的銀庫就鳥獸散。原在珠爾墨特控制下的七世達賴喇嘛這時恢復了權力，將珠爾墨特的黨羽捉拿歸案，或凌遲，或斬首，或絞死，西藏很快就恢復了秩序。待四川總督策楞帶兵進藏後，西藏局勢已穩。乾隆指示“此措置唐古忒（清對西藏的稱呼）一大機會也，若經理得宜，自可永遠安寧”。策楞制定了一系列有關藏政的措施，使中國對西藏的控制由此獲得進一步加強。

清朝前期，其臣屬猶存開國一代打天下的血氣，官為二品（相當現在的省部級）尚能揮刀喋血。按國慶評判，清朝前期能列入佼佼者的駐藏大臣有9人，清後期只有3人 。在一百多位駐藏大臣中，佼佼者總共只有12人，剩下的皆為平庸乃至昏聵之輩。

這一點乾隆自己也承認。他的說法是：“向來大臣內才堪辦事之人，多留京供職……派往駐藏辦事，多系中材謹飭之員。”“向來駐藏大臣往往以在藏駐紮視為苦差，諸事因循，惟思年期界滿，倖免無事，即可進京。” 不奇怪，今天有數小時即從北京到拉薩的飛機，去西藏工作都被視為苦差，可想當年。官場向來是越有才幹者越有活動能力，也越可能免於被派往艱苦地區，所以駐藏苦差除了推給平庸無能之輩，還往往落到那些“被議降革之員”，變成“發邊效力贖罪”的性質。那些人或是心有餘悸，謹小慎微，“以無事為大事”；或是“幸得差委，身名既不足惜，益肆無忌憚，魚肉藏民，侵吞庫款”。

駐藏大臣及其下屬遠離朝廷耳目，自成一體，難以制約，如果沒有自覺的個人操守，很容易滋生腐敗。他們雖然難以真正行使任命西藏各級官員的權力（如然巴的故事），但是制度規定所任命的官員都要由駐藏大臣與達賴喇嘛共同上奏清廷才可獲批准，駐藏大臣往往就利用這個提名權換取金錢。清末整頓藏務的欽差大臣張蔭棠在其奏摺中揭露，這種交換已形成固定價碼：提名噶倫收銀一萬二千兩，提名代本、甲本等各官，收銀二三千至數百兩不等，“額外需索，猶不止此” 。駐藏大臣及其下屬還利用各種報銷的機會進行貪污。如張蔭棠查辦的駐藏大臣有泰，其“犒勞”占領拉薩的英軍只花費一千五六百銀兩，向朝廷報銷的數額卻達四萬；其去印度與英方談判的花費六七百兩，報銷的數額卻是兩萬。其他各項委任私人，朋比分肥，憑權納賄，剋扣兵餉的事，不勝枚舉 。

駐藏大臣在西藏銳意經營還是不思進取，與當時在位的皇帝對西藏持什麼態度也有很大關係。清朝前期為了羈縻蒙古，穩定社稷江山，皇帝對西藏問題比較重視，駐藏大臣一般也不敢過於怠慢。如上面所說的珠爾墨特事件之後，乾隆皇帝痛斥傅清和拉布敦前任駐藏大臣紀山怯懦無能，在藏期間曲意逢迎珠爾墨特，導致其恣意妄行，釀成事端，只是念在紀山之父為國陣亡的面上，從寬免予公開斬首，賜其自盡 。嘉慶年間的駐藏大臣文弼，只因駁回西藏地方首領向清廷求賞和討封號的請求，而沒有向朝廷匯報，查出後即被革職。

從史料上看，那時期的清朝皇帝可比現在的中國領導人對西藏問題更加關注而且具體，往往對駐藏大臣的奏摺動輒批覆幾百字，連對達賴喇嘛的父親回原籍是否還用頭品頂戴，也批示：“在籍不應戴用，俟假滿回藏時再用” 。

而到清朝後期，蒙古和西藏都不是社稷的主要問題了，皇帝對國是也不那麼上心了。1904年，面臨英軍將要以武力進入西藏的嚴重局面，當時的清朝皇帝在駐藏大臣報告情況的奏摺上也僅僅批了一個“閱”，再無其他 。

江山是皇帝的，皇帝都不關心，駐藏大臣自然更會鬆弛。這也是清朝後期的駐藏大臣較前期更為平庸和昏聵的原因之一。