一般都说1927年四一二政变后国民党清党只针对中共，给中共造成了巨大损失，但很多人好象忽略了一个事实，国民党搞清党不但是杀害中共党员，还屠杀了一大批对蒋、汪持反对意见，忠实于孙、拥护和执行三大政策的中下层国民党员。
　　
　　1927年4月清党前，国民党自己的统计数据是：普通党员人数（不含军政和海外党员）约65万，而到1928年3月，即上海“4.12”和武汉“7.15”后约一年，国民党员人数已经锐减到22万，到一年后的1929年12月仅回升到27万，其中绝大多数党员还是是军队或高级党政机关的人员。（具有国民党员身份的中共党员在清党前一共5万多人，即使这5万多人全部算在内，也意味着国民党这次清党自己清掉了38万国民党党员，超过全部党员的一半多。）
　　
　　清党为什么连自己的党员也大批杀掉？这恐怕是因为国共合作期间，大多数国民党党员忠实于孙，拥护执行孙的“联俄、联共、扶助农工”的三大政策。
　　
　　国共双方的基层党员、干部关系密切，而且双方的主张并无太大分歧，长期在一个战壕中并肩战斗，双方早已接下了深厚的革命友谊。清党分共，不过是国民党反对派上层为争夺北伐战争胜利果实与全国政治权力的谋略手段，并不为大批国民党下层党员及左派所认可，岂是上面一句话就可以让他们互相轻易杀戮的。
　　
　　这也就不难解释为什么在清党之时，国民党高层喊出了“宁可错杀一千，不可使一人漏网”的口号，现在人只是想当然地认为是其白色恐怖，却不知这口号是有针对性的（矛头直指广大基层国民党员）。
　　
　　据史料记载，国民党清共之时，首当其冲的便是其在各地的国民党基层党部，清党的军队一到地方，即将当地县、乡或区党部的国民党人员集体关押或杀害，根本不分什么国、共。如马日事变，湖南的工农革命群众被杀者达数万，而其中的中共党员仅几百人，死于反动派军队屠杀的国民党员却高达数千，当地农村中的基层国民党员几乎被杀光。
　　
　　清党使国民党基层组织受到了毁灭性破坏，北伐前后各省建立的县乡国民党基层组织，“清党后基本瓦解，恢复得十分缓慢”。到1933年，全国仅有17%的县建立有县党部。南京政府统治中心的浙江也不过69%。更不要说下面乡镇的党组织了。
　　
　　 北伐战争中动辄数万甚至数十万农、工群众动员起来支援前线的景况从此在国民党当局身上是完全绝迹了。
　　
　　 国民党方面有这样一段隐晦的描述，“只能在城市的上层可以看到，农村中是很难找到党的势力的微弱影响”；“不但在农民中很难找到国民党党员，并且在一切农民运动负责人员中，在地方自治工作人员中，在农村文化教育负责人员中，以及农村经济建设负责人员中，都不容易看到国民党党员的踪迹。”--------何汉文：《如何树立国民党在农村中的基础》，《国民党中央周刊》第1卷第30期，1939年3月。
　　
　 　鲁迅在他的杂文中，曾对那个时期国民党的清党有过这样一句话：我平生从未见过有杀人杀成这样的。
　　
　 　对这43万多被老蒋屠杀的国民党党员，在历史上是难以留下声名的，对中共来说，他们并非自己的党员，自然一般不会被追认为烈士，对国民党来说，他们又都是被“清”掉的敌对异己分子，死不足惜，但我们今天谈论历史，还是不应该忘记这些不辜负中山先生教诲，不违背自己的良心真正的三民主义者。
　　
　　有人认为清党对国民党自身造成的危害，远远超过给中共带来的损失。因为国民党不但杀掉了大批国民党基层党员，造成党员人数的急剧下降，而且彻底割裂了和下层民众的联系。日后许多政策的推行的失败，都源于此。