阿基諾總統任期時日無多，旨在幫助菲律賓阻擊中國在南海日益增長的海軍軍力的美菲軍事合作協議目前面臨着馬尼拉方面新的政治阻礙。

　　路透社6月18日報道，這份計劃中的美菲軍事協議將允許美軍進入當地軍事基地，並准許美軍在菲律賓境內建設供海軍補充燃料和設備的軍事設施，但在2014年左翼政客和其他反對派在菲律賓最高法院質疑該法案違憲以後，該協議在事實上已被擱置。菲律賓最高法院預期將在11月奧巴馬到馬尼拉參與亞太峰會之前作出裁決，而與此同時，共有24席的菲律賓議會中的13名議員聯名提交了一份方案草案，堅持這份軍事合作協議在生效之前需要經過議會上院的詳細審查。

　　這一提議的作者、議員薩蒂亞戈（Miriam Santiago）在一份聲明當中說，“在方案當中，我們提出我們將不會允許議會的權力被削弱。”這份草案預期將在七月底獲得授權，屆時議會將復會。

　　菲律賓政治專家向路透社表示，儘管議會決議對菲律賓總統阿基諾並無約束力，但它將對他施加壓力，迫使他允許議員們就這一軍事合作協議進行辯論，這將進一步延遲該協議的生效時間。

　　美國南海布局遭菲律賓國內非議

　　菲律賓將於2016年5月舉行總統大選，菲律賓政客目前關心的是誰將擔任下一任總統。政治專家卡斯皮爾（Ramon Casiple）說：“阿基諾對議會的影響力正越來越弱。”

　　專家認為，進一步的拖延可能會引起華盛頓方面的不滿，考慮到目前菲律賓是中國南海造陸行為最尖銳的批評者，並且也多次敦促美國在回擊中國方面應當表現得更加強硬。華盛頓戰略與國際問題研究中心東南亞問題專家鮑爾（Ernest Bower）指出：“如果菲律賓最高法院不能在奧巴馬訪問之前及時得出結論，白宮將不得不對菲律賓是否認真履行了與美國的同盟條約提出質疑。”

　　議員們同時也表示，他們還希望審查日本與菲律賓之間的軍事協議，該協議將允許日本的軍機和軍艦使用菲律賓軍事基地進行燃料和物資補給。

　　阿基諾此前曾說，與美國的軍事合作協議只需要進行行政審批，因為它只是現有安全體系的一點補充。然而，如今議會顯然不會允許他這麼做。

　　美國與菲律賓的關係近期在南海問題升溫的大背景下越走越近，但美菲軍事合作協議如果獲得通過，將意味着兩國關係的進一步深化。日前，五角大樓發言人、美國海軍中校普爾（Jeffrey Pool）已經承認，最高法院核查程序將推遲美菲軍事協議的落實。

　　與此同時，中國外交部16日宣布中國在南海的造島行動即將完成，美國媒體同時透露消息稱中國此前部署在島上的武器也已撤走，使得南海問題大有就此降溫趨勢。