抗金援朝的戰爭雖然取得了勝利，但是東江軍實力嚴重受損。皇太極以為後方已經穩固，立刻就跟袁崇煥撕破臉皮，回信指責說：我們還在議和，你卻不停的在修築錦州、大凌河等城堡，是什麼意思？明顯就是在忽悠我，不想議和。你這樣騙我我很傷心，以後咱們一刀兩斷。

天啟七年五月初三，皇太極送走了朝鮮國王的使者，跟朝鮮達成和平協議的事情就算辦完了。三天以後，就親自統帥十萬大軍，出征廣寧。大凌河堡、右屯這些地方的守軍不戰而逃，還有兩千人降金，袁崇煥辛辛苦苦的修的三大城其中只用了一天就被後金摧毀，還剩一個錦州。

五月十一號，後金十萬大軍開始圍攻錦州。

皇太極這次出征的基本戰略是圍城打援，在給錦州守將趙率教的信裡面，他就說：“我知道你們在等援軍，所以不肯投降。但難道我們是傻瓜嗎？我們也在等着你們的援軍來呢。”。在圍攻錦州的二十四天裡，只組織了三次攻城，其它時間都圍着不動，等着明軍的援軍過來。

袁崇煥先派了兩百人出去打聽虛實。這兩百人出城之後就再沒有回來，杳無音訊，不知道是被後金消滅了？投降後金了？還是半路逃散了？反正是消失了。接着，五月十六號，他又派了兩千援軍出去，大敗而回、損失慘重。

這下袁崇煥就徹底沒轍了，不敢再派出援軍，因為他知道自己手下那些兵去跟後金野戰就是作死。派出去太多可能連寧遠都守不住。

皇太極見袁崇煥不再上當，錦州這邊也沒啥仗可打的，就派了一支部隊過來打寧遠。

按照之前的作戰計劃，金兵圍攻錦州，寧遠負責派兵支援；金兵圍攻寧遠，山海關負責派兵支援。所以寧遠一被圍，山海關總兵滿桂馬上就帶了一萬人馬出關救援。跟後金交戰不利，退入了寧遠城內。

孫承宗督師遼東時，袁崇煥跟滿桂都在寧遠，袁崇煥是寧遠最高文官，滿桂是最高武官。寧遠保衛戰就是袁崇煥和滿桂共指揮同守衛的，打完之後袁崇煥被提拔為遼東巡撫，滿桂被提拔為遼東總兵。但袁崇煥很討厭滿桂，上疏彈劾他脾氣不好、謾罵同僚，恐怕他會耽誤邊疆的大事，請把他調到別的兵鎮，把關外的事權交給趙率教。倒是遼東經略王之臣覺得滿桂是個人才，把他留在了山海關當總兵。遼東總兵就成了趙率教。

皇太極打過來的時候，趙率教守錦州、袁崇煥守寧遠，王之臣和滿桂駐紮在山海關，趙率教歸袁崇煥節制，滿桂歸王之臣節制，就是這麼一個格局。

袁崇煥一看滿桂來了，非常開心——這個對頭正好可以拿出去送死，執行朝廷救援錦州的命令。於是把滿桂的一萬兵馬留下八千守衛寧遠，剩下兩千讓滿桂帶着去救援錦州。

滿桂這一次出擊比較謹慎，沒敢怎麼深入，只是在外圍進行騷擾。趙率教在錦州得知寧遠派了援軍來了，也找機會帶兵出城跟後金廝殺了一番，以為呼應。這樣錦州和寧遠彼此配合，後金兩頭都沒占到太大便宜。不過關寧軍出擊的兵力還是太少，不能真正給後金製造麻煩，小規模的交鋒之後，滿桂和趙率教都退回城內，局勢重新陷入僵持。

與此同時，東江軍毛文龍這邊也沒有閒着。後金撤軍以後，在鎮江等地留了兩三千人馬監視朝鮮和東江軍。毛文龍大概用了一個月的時間，繼續用他的游擊戰術，相繼端掉了這些金兵的據點。也就是這段時間，皇太極在放心大膽的圍攻錦州，而不用擔心後方遭到東江軍的襲擊。但是等六月初東江軍拿下那些據點之後，毛文龍就再次親自帶兵前往海州，試圖切斷後金的退路。

皇太極聽說海州又被東江軍圍攻，吃驚不小，想不到毛文龍元氣恢復的這樣快。打下錦州、寧遠短時間內也無希望，只得於六月五號退兵。

皇太極一退兵，袁崇煥就趕緊上疏，宣布取得了“寧錦大捷”，稱之為“誠數十年未有之武功”，把功勞歸結到自己、趙率教和錦州鎮守太監紀用頭上，還拍了一下魏忠賢的馬屁，說“廠臣帷幄嘉謨”；鄙視了一下毛文龍，說金兵是“乘東江方勝之威”打過來的；同時卻絕口不提滿桂和王之臣。

寧錦這一仗打的還算可以，大捷肯定算不上，但勉強可以算是平手了。根據趙率教的報告，後金“傷亡兩三千人”，《滿文老檔》裡也說：“是役也，兵士陣亡甚眾”。明朝這邊的損失是：一些小城堡裡面的守兵有兩千人投敵，袁崇煥派出的兩百援軍消失，兩千援軍死傷慘重，錦州守軍也應該有一些損失，大凌河、右屯、小凌河、塔山等諸多小城堡被後金摧毀，物資被後金獲得。總的來說死傷相當，比上一次寧遠之戰又要好了很多。

這一次跟寧遠之戰有一個很大的不同，就是魏忠賢往寧遠和錦州都派了鎮守太監，對戰爭的過程可以有更清楚的了解。所以朝廷雖然大力表彰了“寧錦大捷”的功臣，但表彰名單上卻沒有袁崇煥。

這是擺明了要讓袁崇煥走人。袁崇煥只能上疏請求辭職，天啟皇帝立刻批准。他最後給袁崇煥的評價是：“袁崇煥暮氣難鼓，物議滋至，准其引疾求去。”

這是把朝鮮之戰和寧錦大捷合到一起，跟袁崇煥算總賬的結果。後金打毛文龍的時候，袁崇煥拒絕救援，反而與後金議和，藉口就是可以抓緊時間修築好錦州、大凌河和右屯三座城。

他在四月份給朝廷的奏章裡面，宣稱自己的這種堡壘戰術，是“戰則一城援一城，守則一節頂一節。步步活掉，處處堅牢”。

但是等後金真的打過來的時候，這個戰術的缺點就暴露無遺了。

首先是那些花了很多錢修的小城堡完全不堪一擊，在上面花的銀子白費了，來不及逃走的士兵馬上投降，裡面的糧草物資相當於白送給了後金，“守則一節頂一節”的期望落空了；

其次，錦州這種大城，孤懸關外，後金大軍一包圍，完全無法救援。只能請求上天保佑後金早點退兵。這次後金圍了二十四天之後就走了，那要是他們包圍半年、一年，讓錦州糧食耗竭怎麼辦？

在整個戰爭過程中，最為前線最高指揮官的袁崇煥，從未提出過能讓人信服的辦法去解錦州之圍，更不要說採取有效的行動了，只能坐在寧遠城裡等着皇太極退兵。“戰則一城援一城”的策略也落空了。

同時，寧錦之戰還暴露出來一個很大的問題：袁崇煥在寧遠訓練出來的軍隊根本沒有野戰能力，第一次派出兩百人的“敢死隊”直接消失，第二次派出的兩千人慘敗而回。袁崇煥也同樣需要對這兩次慘敗負責。

把袁崇煥免職之後，天啟皇帝和魏忠賢，又作出了兩個重大的決定：

首先，放棄錦州，把防線後撤到寧遠。

後來皇太極得知這個消息，派了三千人到錦州來把城牆給毀了，但是沒有占領，繼續撤退到三岔河以東。至此明朝已經兩次主動放棄錦州了，第一次是熊廷弼在廣寧失守以後，那次努爾哈赤也是派人來毀了錦州城，然後撤退了，依然沒有占領。這說明錦州確實是一個“白送給敵人都不要”的雞肋之地，而不是孫承宗、袁崇煥認定的戰略要地。皇太極帶十萬大軍來打錦州，不是因為錦州重要，而是想圍城打援，消滅從寧遠和山海關過來的援軍。

第二，給東江鎮的軍餉從原來的四十萬兩增加到一百萬兩。

之前因為移鎮的爭議，魏忠賢派了四個太監去皮島和朝鮮實地考察，看看毛文龍在東江到底在幹些什麼。這四個太監在東江鎮呆了有半年，多方調查，親眼目睹了後金進攻朝鮮和毛文龍出兵海州這段時間的一系列戰爭，回來向魏忠賢和天啟皇帝作了匯報。匯報之後，天啟皇帝就作了這個決定。同時，將老是剋扣東江鎮糧餉的登萊巡撫李嵩免職，任命收復澎湖列島的民族英雄孫國禎為登萊巡撫，為毛文龍提供後援支持。

這兩個決定說明，經過幾次戰爭的檢驗，天啟皇帝認可了毛文龍的戰略思路，決定把恢復遼東的主攻方向從關寧防線轉移到東江鎮這邊來。多給東江的銀子，可以從放棄錦州節約下來的經費裡面出。