不管F-35的擁躉們如何讚美，現有F-35是留有遺憾的。3月12日，負責軍購的美國國防部副部長勒普蘭特簽署了F-35的“里程碑C”文件，F-35獲准開始全速生產。但美國空軍的每一架新F-35A一下線就立刻封存，因為現在交付的F-35A都還是Block 3F軟件標準，只是達到20年前制定的IOC標準，Block 4軟件才“與時俱進”，滿足當下的要求。
F-35在研製早期飽受超重的困擾。洛克希德一面被迫“鬆開褲腰帶”，一面逼迫普拉特-惠特尼增加F135的推力。“里程碑C”意味着所有主要設計要求都試飛通過而且達標，但戰鬥機在不斷改進中增重是必然趨勢。
更多的機載設備和結構增強都導致更大的重量。F-15A空重為11734公斤，F-15C增加到12701公斤；F-16A空重為6613公斤，F-16C Block 52增加到8573公斤。更大的攜彈量和燃油量則增加最大起飛重量。
F135是西方推力最大的戰鬥機發動機，但F-35由於重量太大，推重比只有0.87，與以笨重著稱的F-4“鬼怪”式相當，美國空軍早就不滿意了。F-35的最大速度也只有M1.6，但發動機增推未必能提高最大速度，這是受到氣動設計和結構限制的。但更大的推力意味着更強勁的加速和爬升，這對戰鬥機有大用。
即使沒有“正式”的完全版，美國空軍也希望發動機得到增推。
正好，美國空軍在大力推動下一代戰鬥機（NGAD）的研發，與此配套的是下一代自適應推進（NGAP）技術，也就是三涵道渦扇。涵道比等於外涵道與內涵道的空氣流量之比，也等於產生的推力之比。新增的第三涵道在需要大推力的時候提供輔助流量，大大增加涵道比，提高推力；也可以在推力要求較低的巡航狀態下，將第三涵道的冷空氣流量作為機上空調冷源，幫助系統散熱。NGAP還將大大增加發電能力，為設備供電和激光武器做準備。
隱身戰鬥機要求減少表面開口，同時機載電子設備持續增加，發熱量增加，設備散熱成了難題。F-35用機內燃油作為冷源，但這要求留出不低於40%的燃油才能有效地換熱，否則F-35就成了飛行的板磚了。用三涵道解決系統冷卻問題迫在眉睫。
NGAP計劃從自適應發動機過渡計劃（AETP）計劃發展而來，最初由通用電氣和羅爾斯-羅伊斯參加，普拉特-惠特尼堅持F135的深度升級改進能達到AETP同樣的性能要求，但雙涵道結構簡單、技術成熟。在美國空軍的強烈要求下，普拉特-惠特尼最後參加AETP，同時羅爾斯-羅伊斯被排除，即使對親兄弟英國，美國也是留一手的，畢竟不是一家人嘛。
通用電氣在ATF競標時代就用變循環發動機投標，複雜的閥門-旁通系統在渦噴和渦扇狀態之間無縫轉換，充分發揮渦噴的高空高速特性和渦扇的在中低速度下大推力、低油耗的特性。但因為技術超前意外的代價比較大，普拉特-惠特尼的保守可靠的常規渦扇設計勝出，成為F-22戰鬥機的F119發動機。
通用電氣不死心，利用相關技術改進F414渦扇（用於F-18E/F），並拉上羅爾斯-羅伊斯，自費研製F136發動機，試圖作為F-35的備選發動機。
在F-16C/D時代，通用電氣F110和普拉特-惠特尼F100都是備選發動機，兩家展開“發動機大戰”，結果是價格、可靠性、潑辣性、單位油耗都得到顯著改善。通用電氣以此為理由，試圖說動美國軍方和國會，重開“發動機大戰”，並得到不少支持者。
但發動機大戰是要首先砸錢才能啟動的。F-16C/D的改進之一就是能夠適裝F100和F110，但還是需要有兩個亞型，F-16C/D Block 30/40/50用F110，Block 32/42/52用F100，並非可以直接原位互換。兩個亞型當然也需要分別試飛、認證，並建立相應的供應鏈、維修、備件和訓練體系，通用電氣自費研製F136並不解決這些問題。
F-35已經一波七八折，美國空軍和國會都沒有胃口再節外生枝，為F135和F136分別設計亞型，分別試飛認證更是不可承受之重，所以F136一再提出，一再被斃。
但現在不一樣，NGAD研製需要發動機先行，NGAP啟動較早，現在通用電氣和普拉特-惠特尼的工程樣機已經開始試運轉，NGAD則思路遇堵，發展遲緩。
從50年代“百系列”戰鬥機以來，美國空軍習慣了在攻態空軍的指略下，空戰思想和技術研發上領先一大步，基本上一直主導戰鬥機潮流的大方向。但中國殲-20在美國空軍還沒有想明白下一步往哪裡去的時候橫空出世，數量迅速增加，不僅打亂了美國空軍的隱身優勢，還把美國空軍思索應對的時間給剝奪了。
美國空軍沒有時間等待，小步快跑的快速迭代則燒不起這個錢，最大的問題是對未來空戰沒有想明白。NGAD有點舉棋不定。
在這樣的情況下，NGAP首先在F-35上使用，既解決眼前需要，又為NGAD的發動機早早成熟化，避免F-15服役初期成為“機庫王后”的尷尬，似乎順理成章。
然而，在最新的預算里，NGAP只有2.8億美元的維持性撥款，“以保持技術連貫性為主”，既沒有向量產推進的意思，更沒有為F-35適裝的意思。
NGAP原本設計要求可以為F135原位換裝。當然，說原位，是指只需小幅度改動。NGAD一般估計是雙發重戰，F135與F119尺寸相仿，重量稍大，可以為F135原位換裝的NGAP容易符合NGAD的尺寸和重量要求。
但NGAD推進放慢，NGAP的研發好像帆船突然開進無風海區。NGAP首先用於F-35是借東風，F-35發動機升級本身不足以成為NGAP的研發動力。三涵道比雙涵道複雜得多，考慮到美國近些年軍工前沿科研拉垮的記錄，NGAP攻關不力可能也是研發放慢的原因。
F-35的發動機升級還有方案B：F135的升級（ECU）和發電-熱量管理系統（PTMS）。
普拉特-惠特尼在F-35研發階段已經着手進一步增推。在熱工上能做到，但提高的溫度使得發動機可靠性和耐用性下降。投產十多年來，普拉特-惠特尼在逐步解決可靠性問題。增加的推力有助於增加發電能力，增加從壓氣機引流則緩解熱管理問題。ECU和PTMS預計在2030年投入使用。
但是洛克希德胃口更大。在2023年巴黎航展期間，洛克希德負責飛機的執行副總裁格里格·烏爾馬對媒體直陳：“我主張要，不，大力主張要（AETP）發動機，……我認為現在一些圈子裡的思路（對F-35）很短視，沒有考慮到長遠發展。”烏爾馬是指F-35還要生產和使用很多年，需要考慮發動機的增推和冷卻要求，現有F135的潛力已經挖盡了。
普拉特-惠特尼震怒，負責F135計劃的簡·萊特卡反駁到：ECU和PTMS一起，可以解決F-35的所有推力和冷卻問題，但AETP無法與F-35B的升力風扇相容，而且過於先進，在很長時間內都未必能出口。洛克希德想用過度升級的F-35達到似是而非的“准六代”性能，擠占NGAD的軍費和發展空間，極大延長F-35的生產年限，這是自私。
最後是洛克希德CEO吉姆·泰克萊特打圓場，指出F-35用什麼發動機是美國空軍的決定，與洛克希德無關。事實上在美國空軍的訂購中，F-35和F135是分別直接訂購的，F135並不通過洛克希德代購。所以洛克希德“也就是這麼一說”。
兩家當然都有道理。AETP/NGAP的發展空間肯定比ECU/PTMS更大，洛克希德有私心也是肯定的。但普拉特-惠特尼何嘗沒有私心？
F-35是“贏者通吃”的故事，近二十年來，美國軍方吃夠了店大欺客的苦頭，對洛克希德進度遲緩、成本高企、性能不達標不滿，又無可奈何。這是單一供應商的本質問題。洛克希德其實吃的是一樣的苦頭，只是這裡的“店”是普拉特-惠特尼。
洛克希德想長期獨占美國戰鬥機市場，普拉特-惠特尼何嘗不想長期獨占美國戰鬥機發動機市場？普拉特-惠特尼早就反對AETP，被美國空軍“下令”才不得不加入，就是不想讓通用電氣有可乘之機，分走美國戰鬥機發動機市場的蛋糕。
現在普拉特-惠特尼如願以償，甚至ECU/PTMS都放慢進度，在新預算里沒有投產時間表，在可預見的將來，F-35家族繼續使用基本F135發動機。
這對普拉特-惠特尼是好消息，產品線延長，生產線和工裝得到更加長期的使用，有利於降低成本、提高盈利。
美國空軍對F-35的隱身、態勢感知和先進武器依然有信心，但長期依賴F-35也意味着美國空軍要準備“吃軟飯”，而不能像歷來那樣軟硬通吃了。
F-35依然是出色的戰鬥轟炸機，但作為空戰主力，並非美國空軍的初衷。空戰中能通過隱身、態勢感知和先進武器一擊奪命固然好，但未必可靠。反隱身也在發展，對空空導彈的反制也從干擾發展到激光/微波壓制和微型反導彈，一擊奪命不成的話，敵機很可能逼上來，那時就被動了。
戰鬥機最好軟硬通吃，偷襲不成還能硬吃。由於推重比不高，翼載太大，F-35的速度、加速、盤旋、爬升性能都不突出，再先進的飛控軟件也不可能重寫物理定律。
美國空軍戰鬥機曾經是軟硬通吃的。F-15A是第一種在設計時就強調態勢感知的戰鬥機，但這也是第一種推重比超過1.0的戰鬥機，曾創造8項紀錄，至今依然是西方速度最快的戰鬥機。F-15可達“M2.5以上”，F-22隻有M2.2。
在F-15A時代，美國空軍也新舊兩手都硬。一方面F-15A加速形成戰鬥力，另一方面不放鬆F-4，最新的F-4E不僅安裝機內航炮，雷達和航電深度升級，發動機推力增加，在保持超視距空戰優勢的同時，在格鬥空戰中也不輸輕巧靈活的米格-21。
現在，如果美國空軍還是“不差錢”的話，會一面加緊研製第六代戰鬥機，一面用升級F-22擔任空戰主力，F-35則回歸戰鬥轟炸機的本色，但這不可能了。
F-22在20年前投入使用，飛行性能依然強悍，但航電架構早已過時。早期下線的40架飛機已經沒有升級價值了，所以美國空軍屢次試圖將其退役，但美國國會拒絕批准。
