目前，台軍現役部隊估計為37.6萬人左右。陸軍：24萬人(估計)，主戰坦克719輛，步戰車225輛，裝甲人員輸送車950輛，牽引炮105毫米650門，155毫米M-59型90門，M-114(T-65)型250門，203毫米70門，自行炮315門，反坦克導彈1000具，高炮400門，地空導彈148部(估計)，攻擊直升機45架；海軍：6.8萬人(包括3萬名陸戰隊員)，潛艇4艘，主要水面作戰艦艇36艘，兩棲艦船23艘；海軍航空兵：作戰飛機31架，武裝直升機21架；空軍：6.8萬人，作戰飛機402架。預備役部隊7個輕步兵師。所有這些軍隊和武器裝備都轄於以下兩個指揮所指揮。��

　　一、前進指揮所--金門島中部的太武山地下指揮所��

　　1949年，蔣介石的國民黨軍隊被解放軍驅出大陸，占領了台灣和金門後，由於企圖分離祖國，不斷進行襲擾活動，為此人民解放軍曾炮擊金門二次，從此台軍就十分重視對該島防禦體系的完善。據稱，金門島上的部隊現已修建了具備能打能藏的的地下防護工事、掩體、防禦設施，構建了阻止空降突擊的頂端帶有鐵尖的樁子和防止兩棲部隊登陸的灘頭障礙物，並在該島周圍海域部署了水雷。從此，金門、馬祖等所謂外島，成為台軍抗登陸作戰的前沿陣地。

　　據此，台軍不僅正在強化其防衛力量，也在金門、馬祖重新調整兵力部署，針對大陸舉行的針對性演習，不斷進行指揮系統建設和調整，完善金門防禦作戰指揮系統。該系統主要由設在金門島中部的堅硬的花崗岩質的太武山地下指揮所，由其負責統一指揮2-3個導彈連、陸軍4個師、預警部隊等。這一設施是1958年大陸對該島炮擊後根據台灣領導人蔣介石的命令建造的。指揮所地下設施有地下指揮網絡、長約4公里的主坑道、禮堂、供車輛行駛的通道。

　　台灣當局宣稱該司令部可經受核武器和其它類型的非常規武器的攻擊。估計現部署兵力大約有35000～40000人。其中陸軍有4個師：3個師在金門，1個師在附近的小金門島上。在小金門，師司令部位於島的中部偏東的隆平山上。兩個島都設有信號情報站，對大陸進行監聽。這些機構隸屬於台灣負責情報的副總參謀長(J2)辦公室。據說，台灣1995年9月得到美國的兩架E-2T預警機後，對大陸進攻的預警時間已由5分鐘增加到25分鐘。然而，台軍認為，由於金門距大陸較近，該島預警的餘地預計只有7分鐘左右。

　　最近，台軍又部署了至少兩架雷鷹直升機，用於加強金門島上馬山上的最大的觀察哨偵察能力。馬山上的人員不僅要負責觀察大陸，而且還有大陸的4個島。馬山的監視設備是一套伸縮式電視攝像系統，是由台灣中山科技研究院1980年開發的。士兵在一個地下掩體裡通過與攝像系統聯接的一個監視屏來觀察大陸上的活動。他可以利用控制台來調整。另外，還有一種設備同監視器相連，可以把現場情況記錄下來。利用電視攝像系統可以觀察到大陸最近的一個島上軍事情況。除了信號情報和雷達設施外，還有一定數量的海岸軍事觀察哨所監視大陸上的活動。監視設備主要有夜視儀和功能極強的伸縮式電視攝像機。

　　除了觀察大陸，觀察人員也把鏡頭對準距金門很近的由大陸管轄的沿海島嶼和大陸的漁船及其它船隻的活動，特別是觀察大陸軍事掩體網、炮兵工事、觀察哨所、雷達站和其它軍事設施。然而，台軍儘管利用金門島上部署偵察系統對大陸實施監視，但是由於台偵察系統設備陳舊，從美國引進先進偵察設備，美國也沒有把技術操作完全教給台軍，還不能發揮應有的效能。因此，在大陸1996年3月導彈演習時，台灣派間諜到大陸福建，偵察了解大陸演習情況。這就充分證明，台軍在金門偵察系統存在着嚴重缺欠和不足。��

　　二、基本指揮所-台北市士林地區的國防部地下"衡山指揮所"��

　　台灣"衡山指揮所"重要指揮中樞是"國防部"的"衡山系統"。該系統是台軍C3I系統的主幹(衡山戰情信息管理系統)，80年代初開始建設，1992年4月建成，是台軍的戰略指揮中樞、情報匯集中心。主要設施有：計算機、圖形、數據處理等外圍設備以及戰略、戰術通信網絡、地下電纜和外島的海底電纜等，可以直接和各部隊保持連線，使"三軍統帥"可以不出山洞，就可以實施網上辦公、網上指揮。

　　目前，該指揮中心與各軍兵種的C3I系統聯網運作。然而，這座規模龐大的"戰時最高指揮所"，名為"衡山指揮所"，是將台北市士林地區的雞南山挖空，建構而成的地下指揮中心。該指揮中心是蔣介石時代重要的軍事工程，從50年代即開始興建。此"戰時最高指揮所"是因"八二三"炮戰後，兩岸關繫緊張，在蔣介石下令加速軍事設施地下化的情況下而建成的。該中心占地數平方公里，內部坑道錯綜複雜，可同時通往數個重要軍事據點。同時，內部配備先進的通訊系統，得以在戰時保持對外聯絡。地底隧道，最遠可通達松山機場，規模之大，遠遠超過一般人想像。該指揮中心，地底三層，依各單位的功能分區。勤務人員入內值班。從坑道口到指揮所，距離就長達一公里左右，內部人員經常以自行車代步，穿梭各單位之間，以節省體力。��

　　據透露，"三軍統帥"、"參謀總長""國防部長"等戰時最高指揮階層，在"衡山指揮所"內，卻有專屬辦公、休息和戰時指揮中心。台軍方表示，"總統府"前的廣場即可當作直升飛機停機坪，從"總統府"搭直升機到士林，只需兩三分鐘，降落地點則是在東吳大學附近的軍營。軍營內的籃球場每年都會進行直升飛機起降的演練，確保空中路線的通暢。軍營對面，就有一處指揮所的出入口，可供進出。如果從平面道路搭車前往，就有好幾個入口可以進入。平時，軍方將領要前往指揮所開會，大多利用平面道路，官階在中將以上的將領，可直接從"三軍大學"後門，進入衡指所。��

　　據說，台灣正在興建"新五角大廈"(新國防大廈)，是一幢地上八層（辦公室）、地下二層（停車場）的土黃色建築物。興建完成之後，將可容納"國防部"、"參謀本部"，以及"國防組織法"中所明載的相關單位，共計有五六千人。

　　依據目前的規劃，"國防部長"與"參謀總長"在新大樓都有專屬的辦公室，會議室則為兩者共同使用。至於"三軍統帥"在新廈內，並沒有專屬辦公室。但是一到戰時，"國防部長"辦公室將立刻變成"統帥辦公室"，"總統"將可以"三軍統帥"的身份，入內指揮一切。已建構完成的地底秘道，可以最快的時間，接送"三軍統帥"進入。另外，軍方還擬架設一個天橋，由新"國防大廈"直通指揮所。如此一來，由新廈下電梯，搭天橋，進入"衡指所"，只需要2分鐘。為防止地面(地下)指揮樞紐被摧毀，台軍計劃建立一支海上預備指揮中心船隊，將其部署在較為偏遠的台灣東部海區，一旦地面中心被破壞，可在船上繼續執行指揮任務。