8月13日拂曉前，東德士兵駕駛着各種建築車輛趕到東西柏林的分界線開始豎起柏林牆。一開始，肯尼迪將這一舉動看成是柏林危機結束的一個步驟，赫魯曉夫一直就下定決心要阻斷通向西柏林的路徑，其部分原因是每個月都有超過1000名的東德人越過分界線來到西柏林，並從那裡移居西德。但是，柏林牆卻引發了歐洲各國外交人員的一片強烈抗議聲，原來的危機並沒有消除。在數星期之後，凱森和羅恩完成了他們對首次對蘇核打擊計劃的研究工作。9月5日，凱森受命負責草擬該計劃，他向泰勒將軍發了一份題為“戰略空中計劃與柏林”的備忘錄。該文件詳細描述了現稱在的美軍核戰爭計劃(SIOP-62)，該計劃要求戰略空中指揮部所轄的全部武庫（2258枚導彈和攜帶著總數為3423核武器的轟炸機）全部投向“東方集團”的1077個軍事和城市工業目標”。該文件指出，如果SIOP計劃得以實施的話，整個攻擊行動將消滅蘇聯54%的人口和摧毀蘇聯82%的建築物，接着文件又列出了該計劃的具體細節：“在第一波攻擊中將毀滅三類目標：即46個部署蘇聯核彈的國內基地、26個核彈發射基地以及大約8個洲際導彈發射點。估計美國實施首次核打擊只需55架轟炸機。他引用美中情局7月11日的情報資料指出，如果轟炸機低空飛行的話，即使幾乎沒有一架美國飛機被擊落，蘇聯的空防體系也將喪失大部分的有效性。凱森承認為了驗證這些假設，需要對作戰行動進行更加細緻的研究和演習，但他又補充道，有大量理由確信這些假設是合理的，“我們襲擊成功的可能性相當大。”

　　在兩個星期之後，也即9月19日，肯尼迪總統給泰勒將軍開列了一些問題，讓他轉交給美參謀長聯席會議主席萊姆尼策將軍和戰略空中指揮部司令鮑爾將軍，要他們在次日舉行的一次會議上討論這些問題。肯尼迪總統所提的這些問題清楚地表明他本人已閱讀了備忘錄或至少對該備忘錄做了細緻總結。肯尼迪認為柏林事態的發也許使美國面對着這樣一種情況，即美國也許希望在美蘇從局部戰爭向全面戰爭衝突升級中占據主動地位，肯尼迪指着戰略空中計劃中的現在的核戰爭計劃問道：在極度緊張的形勢下，用這樣一個計劃是否能夠取得出人意料的結果，如果部分成功實施該計劃，是否使得美國在面對敵方首次空中打擊中處於一種有利位置？對蘇聯的遠程打擊力量的首次打擊這個想法是否是個可行辦法?同時，肯尼迪也提出了凱森沒想到的一些風險問題，這一切都表明肯尼迪總統有他自己的想法，並可能對此事產生了一些懷疑。他對他自己在一旦戰爭開始時控制美軍軍事行動能力表示了擔憂。“我假設我能夠在任何時候都能停止戰略進攻，我是否應收到敵人投降的消息？儘管我們的核武器將取得滿意結果，但為了確保成功，必須用不止一件核武器對準每個目標，如果一件核武器能獲得成功，能阻止多餘武器去進行重複打擊嗎？”

　　然而，出乎人們的意料，在第二天會議上，卻無人提到這些問題。根據會議紀錄，鮑爾將軍把大多數時間花在說明蘇聯人所藏匿的導彈數量要比中情局間諜衛星提供的數量要多好幾倍上面。在這一問題上，萊姆尼策和泰勒也發生了爭執，鮑爾將軍從來就不接受所謂“有限核打擊”的提法，他告訴肯尼迪現在是美國面對蘇聯突然打擊最危險的時刻，並提議“如果全面戰爭不可避免的話，美國就應先發制人，發動首次核打擊”。肯尼迪總統似乎沒理會鮑爾的意見，他又回到了他自己的主要擔憂上——是否他能夠真地發動一場突然襲擊而同時又不會引發蘇聯災難性報復？他向將軍們提出了這樣一個問題，即蘇聯需要得到多少的情報，他們需要多長時間發射他們的導彈？雖然將軍們是否回答了肯尼迪的問題人們不得而知，但肯尼迪依然對訴諸於對蘇聯進行首次核打擊選擇感興趣。10月10日，他又召集高級官員和將軍們開會，討論柏林危機的應急計劃。在會議開始之前，助理國防部長尼采經過與參謀長聯席會議協商後擬定了一份題目為“在柏林危機中的軍事行動的理想結果”的文件，該文件以表格形式列出了4種可能性。

　　1）如果蘇聯人干涉柏林通道，盟軍應派出一個排的兵力。

　　2）如果蘇聯人繼續堅持這樣做，盟軍應迅速進行動員和增援、提高軍事行動的能力。

　　3）如果蘇聯人依然不停止其行動，盟軍就應該取一種或更多種的軍事行動：a.海軍封鎖（沒指明具體目標）。b.擴大非核的空中行動和地面防禦力量。c.在強大空中力量支援下，擴大非核的地面部隊向東德領土推進。

　　4）如果，儘管盟軍使用了大量非核力量，蘇聯人繼續侵占我們的關鍵利益的話，那麼盟軍就應使用核武器，核武器的使用應按照如下步驟逐步進行。a.對顯示使用核武器意願的主要目標進行選擇性的核攻擊，b.在戰場部署有限戰術核武器，c.全面核戰爭。在會議當中，根據邦迪的會議紀錄，肯尼迪問道“事實上是否存在著這樣一種可能性：即可以採取4-ab步驟而同時不會導致4-c的結果，也就是說，是否能夠使用少量核武器而不升級為全面的核戰爭。”

　　尼采相信由於美國的突然核打擊將會大大增加蘇聯人發動戰略性核打擊的誘惑性，對美國來說，先發制人對蘇發動核打擊應為美國的最好選擇。邦迪接過尼采的話說，如果執行凱森的首次核打擊計劃，美國在美蘇核大戰中就能贏得勝利，而如果讓蘇聯人首先發動核打擊的話，美國就會輸掉這場戰爭。而麥克納馬拉認為美蘇兩方都不能保證通過首次核打擊就能夠獲勝，雙方核大戰的後果是如此的災難性以致於雙方在避免兩敗俱傷這一點上具有相同的利益。美國國務卿臘斯克認為首次使用核武器的一方將承擔極大的道義責任，並在世人面前背上巨大的歷史包袱。邦迪總結說“圍繞計劃第4條內容的意見分歧並沒徹底得以解決”。在10月20日的會議上，眾人又引起了爭論，當天一份會議備忘錄稱邦迪告訴肯尼迪問題依然沒有得到解決，“這個問題是我們是否可以而且確實發動核打擊，而這是我們目前對於全面戰爭所制定的基本計劃，你可以要求我們繼續分析”。

　　最後，肯尼迪總統決定自己向赫魯曉夫發出警告信號，10月21日，按照肯尼迪總統指示，美國副國防部長羅思韋爾.吉爾帕特里克在弗吉尼亞發表了經過進精心準備的演說，從而讓全世界人頭一次知道了美蘇之間並不存在所謂的導彈差距的事實。吉爾帕特里克在演說中向外界披露了美國所擁有的各種核武器。他強調指出，即使在蘇聯發動核攻擊後，美國也有能力進行報復，並稱：“鐵幕並不是牢不可破，以致於強迫我們去接受克里姆林宮所炫耀的表面價值”。多年來，赫魯曉夫一直對蘇聯擁有的核武庫沾沾自喜，他把其對柏林進行外交上的威脅建立在如下假設上：即美國人依然相信蘇聯核武庫這個神話，現在赫魯曉夫知道這個遊戲玩不轉了。在吉爾帕特里克發表演說當晚，美國一名高級外交官驅車到東柏林去看戲，東德衛兵在途中擋住了他的去路。在以後的數天裡，雙方對抗開始變得緊張起來，在10月28日達到了頂峰，當時雙方30輛坦克相互對峙了整整16個小時，但是吉爾帕特里克的演說看來達到了美方的預期效果。經過肯尼迪和赫魯曉夫之間秘密外交渠道的相互溝通，柏林危機最終宣告結束。在以後28年間，柏林成為一座被高牆隔開的城市，但蘇聯人再也不敢對西柏林施以赤裸裸的恫嚇。

　　這場危機留下了兩大遺產：首先，它直接導致了1962年10月的古巴導彈危機。1961年10月後，赫魯曉夫認識到如果他要對柏林再次施壓的話，他就需要擁有真正的軍事力量，在古巴部署中程導彈將具有與在蘇聯本土部署洲基導彈同樣的效果。赫魯曉夫最後在古巴導彈危機中退卻並被趕下了台，而他的後繼者又加緊研製各種洲基導彈，從而加速了美蘇兩國的核軍備競賽，在以後長達四分之一世紀中，這種局面主宰了國際政治舞台。第二，即使在發生柏林危機時，麥克納馬拉就下令對美國的核戰爭計划進行修改，新的版本以及以後的各種版本確保了未來的美國總統在他們可能面對熱核危機時刻至少有“靈活選擇”的樣本——包括肯尼迪總統首次核打擊計劃的各種變數。