進軍福建

根據中央軍委賦予第三野戰軍解放和經營東南諸省的戰略任務，第三野戰軍副司令兼第二副政委粟裕於1949年5月22日（上海戰役期間）就向軍委建議，鑑於國軍已全線潰退，福建守軍不多，入閩部隊能否早日出動，但具體時間請軍委決定。一個戰役還在進行之中，就已開始醞釀下一個戰役，這可是粟裕的一貫作風。次日軍委復電，應當迅速準備提早入閩，爭取於六、七月內占領福州、泉州、漳州及其他要點，並準備相機奪取廈門。入閩部隊只待上海解決即可出動。而指揮進軍福建的人選，軍委考慮到葉飛是福建人，又有長期在福建開展游擊作戰的經驗，對福建情況比較熟悉，所以選定了葉飛，因此這一作戰任務也就自然落在了葉飛擔任司令的第10兵團身上。
根據中央5月23日的指示，粟裕於5月27日電令第10兵團立即撤離上海，開始着手進行入閩準備。葉飛接到這一電令後，認為第10兵團在上海戰役中迭經苦戰，傷亡較大，部隊相當疲勞，急需休整補充，加上進軍福建準備工作各項事物由較繁雜，所以建議推遲一個月再開始進軍福建。
中共華東局同意了葉飛的這一建議，並於5月29日報告中央軍委，擬以葉飛兵團三個軍休整一個月後於7月初入閩。中央軍委於6月2日復電，行動時間如能提前至6月下旬更好。後又來電補充，如果準備工作沒有就緒，進軍時間推遲至7月上旬也可。
進軍福建的決策確定後，第10兵團隨即撤出上海，在蘇州、常熟、嘉興等地集結，開始進行軍福建的準備。準備工作主要有：首先補充了近4萬名解放戰士，充實整頓各級組織；其次根據福建地形特點，調整裝備，加強山地作戰的訓練；後勤方面準備事項最多：第三野戰軍後勤部下發三個月的經費；蘇南支前司令部在江西江山為進軍福建部隊準備了150萬公斤大米；三個軍各成立了1500人、300副擔架的擔架隊，兵團成立了500人、250副擔架的擔架隊；為入閩部隊準備了重武器10個基數、輕武器4.25個基數的彈藥；為各軍增配12輛汽車；為部隊配齊單軍衣、鞋帽、水壺、蚊帳、藥品等物資；在江山、玉山、古田設立兵站，負責物資轉運。同時針對部隊滿足現狀不願意繼續進軍、害怕困難甚至出現逃亡的情況，進行細緻的思想政治教育和動員。
6月上旬，兵團組織了400人的先遣隊先期入閩，對福建地區的敵情、地形、道路等進行偵察，並會同福建地方黨籌集糧草，搶修道路，為主力入閩創造條件。6月14日，先遣隊到達福建建甌與中共閩浙贛省委會合，閩浙贛省委立即全力投入迎接大軍入閩和支前工作，搶修道路，籌集糧草，組織民工。
6月19日，中共中央決定成立福建省委，由張鼎丞任書記，從各地抽調了600多幹部，加上從上海招收的2000知識青年，隨軍南下，作為建立各級地方政權的骨幹。7月下旬，福建省委到達建甌與閩浙贛省委會合，7月25日福建省委正式開始工作，閩浙贛省委隨即宣告結束。

第10兵團完成各項準備之後，葉飛和兵團政委韋國清於6月27日發布進軍福建命令，7月2日，所屬各部開始行動，兵團部和第29軍、第31軍從蘇南地區乘火車抵達江山，再徒步經浦城、建陽向古田、建甌開進，第29軍則乘火車到達上饒，再徒步經崇安、建陽向南平開進。至7月26日，各部抵達建甌、南平。隨即開始戰前準備，葉飛決定分兩個階段解放福建，首先圍殲福州地區國軍，控制閩中地區，再南下泉州、漳州、廈門，解放福建全境。
國民黨認為福建地區出海口較多，便於接受美國援助，又有大量近海島嶼可以利用，蔣介石就曾說過：“台灣是頭顱的話，福建就是手足，沒有福建，無以確保台灣！”然而1949年5月，福建地區的國軍單位繁多，番號複雜，而且多受到過解放軍的打擊，部隊殘破，重武器幾乎損失殆盡，兵員缺額嚴重，戰鬥力相當薄弱。因此國民黨於1949年5月對福建地區的部隊進行了整編，整編之後國軍在福建地區兵力情況如下：福建省主席兼福州綏靖公署主任朱紹良部10個軍27個師約12萬人防守福建沿海地區；第六兵團李延年部5個軍13個師約6萬人，防守福州地區；第八兵團劉汝明部2個軍6個師約3萬人，防守漳州地區；第二十二兵團李良榮部3個軍8個師約3萬人，防守泉州、廈門地區，以上部隊共計30萬人，由東南軍政長官陳誠（7月18日正式任命）統一指揮。
此外國民黨還採取了一系列措施，如成立東南區點驗整編委員會，對各部隊進行點驗，核實部隊員額；福州綏靖公署徵集調配人力物力，加緊修築各地工事；聯勤總部將儲存於台灣高雄的2個師的國械裝備補充第六兵團；馬尾彈藥庫所儲存的國械彈藥，迅速下發各部；台灣補給區給福建美械部隊補足3個基數的彈藥。原準備在7月對福建部隊進行第二次整編，因解放軍入閩戰事開啟而未能進行。

第10兵團7月下旬召開作戰會議，研究進攻福州作戰方案，最後決定兵分三路，迂迴鉗擊圍殲福州守軍，計劃於8月9日開始行動，15日發起戰鬥。
國軍發現解放軍即將進攻福州的徵兆，隨即開始收縮防禦，葉飛察覺這一情況，果斷下令提前開始行動。
8月6日，各部開始進擊。戰鬥於8月11日開始，右路解放軍第29軍先後攻占永泰、福清、長樂，切斷守敵南逃之路；左路第31軍先後攻占三都沃、丹陽、閩安、連江、馬尾，控制閩江北岸，切斷守敵海上逃路；正面第28軍先後攻占閩清、雪峰、大湖、小北嶺、徐家村，至此完成對福州的合圍之勢。國民黨守軍畏懼被殲，於8月16日晚棄城而逃，解放軍於17日進占福州。葉飛隨即令29軍阻擊南逃之敵，28軍、31軍銜尾急追，至23日守軍除小部逃至平潭島外，大部被殲。
福州解放後，第10兵團繼續向南發展進攻，以擴張戰果。至9月中旬，相繼解放莆田、惠安、泉州、晉江、南頭、水頭、圍頭等城鎮以及湄洲島、南日島、大小練島、平潭島等沿海島嶼。
福州戰役後，第10兵團除以部分兵力擔負城市警備和剿匪，主力繼續南下，以實現第二階段作戰目標，殲滅閩南地區國軍，解放福建全境。
閩南地區不僅是福建工商農漁密集的富庶之地，而且廈門、金門正扼海上要衝，對於台灣安危關係重大，因此國軍對該地區非常重視，7月下旬後，蔣介石親自來到廈門主持防禦部署，並重新調整指揮體系，由湯恩伯接替朱紹良擔任福州綏靖公署代主任兼福建省政府主席，統一指揮第8、第22兵團防禦漳州、廈門、金門地區。
第10兵團根據閩南地形和國軍防禦情況，決定實施漳廈金戰役，首先攻取以漳州為中心的閩南大陸，再進行登陸作戰，奪取廈門、金門。
9月19日，第29軍、31軍以正面攻擊與兩翼迂迴相結合的戰法向漳州發起攻擊，經過短暫戰鬥，29軍於20日占領漳州，主力繼續挾勝南下，於23日進占集美。
第31軍也向廈門方向攻擊前進，31軍91師20日猛攻嵩嶼，遭國軍第55軍頑強阻擊，攻擊受挫。隨即重新進行組織，併集中全師炮火，於24日再次發起攻擊，經過激戰攻占嵩嶼。31軍93師22日攻占嶼仔尾，解放軍控制嶼仔尾後，其火炮射程可覆蓋廈門島，對國軍威脅甚大，所以國軍立即調集部隊在飛機、軍艦掩護下向嶼仔尾反擊，一度奪回嶼仔尾。解放軍再組織反擊，終於24日再占嶼仔尾。
至9月25日，解放軍順利實現第一階段作戰目標，解放以漳州為中心的閩南大陸，廈門、金門直接暴露在解放軍攻擊矛頭之下。9月28日，第28軍主力到達集美東北石井。

9月26日，第10兵團在泉州召開作戰會議，參戰部隊師以上主要指揮員出席會議。會上討論了廈門、金門作戰方案，當時提出了三種方案，分別是“金廈並舉”、“先廈後金”和“先金後廈”，三種方案各有利弊，經過認真討論和分析，最後決定採取“金廈並舉”，以第31軍3個師和第29軍2個師攻廈門，以第28軍4個團和第29軍2個團攻金門，並將作戰方案上報三野。
三野對此方案進行研究，於10月11日復電指示：同意戰役部署。如果條件成熟，可以同時發起攻擊。否則以一部牽制金門，首先殲滅廈門守軍，此方案比較穩妥。究竟如何，由你們按照實際情況自行決定。
第10兵團根據這一指示，對作戰準備進行全面檢查，發現總共只搜集到一次運載4個團的船隻，而且多為平底江船，根本無法同時攻擊廈門和金門。因此改為先廈後金，以29軍和31軍攻擊廈門，28軍則攻占大、小嶝島，保障廈門作戰的安全，並牽制金門守軍。
10月9日夜，28軍84師1個加強團和29軍87師1個團在炮火掩護下，利用退潮徒涉過海向大嶝島發起攻擊，經一天的戰鬥完全占領大嶝島。隨即於11日和15日接連攻占小嶝島和角嶼。
10月15日下午，解放軍開始對廈門實施炮火準備，天黑後，31軍4個營分兩路向鼓浪嶼發起攻擊，由於運載登陸部隊的船隊在航行途中遭遇大風，船隻損害嚴重，大部被吹回大陸，一部遭到國軍炮火攔截射擊，只有少數船隻在鼓浪嶼零星登陸，深夜，31軍再次派出3個營，結果仍只有極少數船隻在鼓浪嶼登陸。兩次登上鼓浪嶼的部隊約數百人，在沒有後援的情況下頑強作戰，最終幾乎全部陣亡。但在鼓浪嶼的激烈戰鬥使國軍以為解放軍的主攻方向是鼓浪嶼，將預備隊調往廈門南部，這就為解放軍在廈門北部的主攻創造了條件。
當晚，29軍85師、86師和31軍92師在廈門北部偷渡，在塞上、高崎、鍾宅一線登陸，於16日凌晨突破國軍前沿防線，並攻占廈門北部重要的支撐點高崎，建立了鞏固的灘頭陣地。天亮後，突擊部隊開始向縱深發展，後續部隊也源源登陸，於中午前後占領廈門北部地區，國軍這才察覺解放軍主攻方向是在北部，急忙組織部隊反撲，激戰至黃昏，解放軍擊退了國軍反撲，兵分兩路向廈門市區推進，負責指揮廈門防禦的湯恩伯見大勢已去，便率領殘部向海灘撤退，並用報話機呼叫軍艦靠岸接應，然而此時正值退潮，軍艦無法靠岸，湯恩伯在海灘上急得團團轉！葉飛在報話機里聽到這一情況，立即命令部隊全速向海灘進擊，可惜攻擊部隊正忙於作戰沒有打開報話機，失去了活捉湯恩伯的大好戰機，使他在漲潮後迅速登上軍艦逃離。
17日清晨，31軍91師再次對鼓浪嶼發起攻擊，此時廈門已危在旦夕，鼓浪嶼守軍無心戀戰，正在集結撤退，92師順利登陸，追殲了未及逃跑的國軍後衛部隊1400餘人。
17日上午8時，鼓浪嶼解放。11時許，廈門全部解放。

金門血戰

廈門解放以後，福建大陸基本上已被全部解放，解放軍的下一個攻擊矛頭自然就是毗鄰大陸，正扼廈門出海口的金門島了。
金門地區實際上是指大金門島、小金門島、大擔、二擔、東碇等十二個島嶼，本文所提及的金門則特指金門地區的主島大金門島，大金門島位於廈門島以東約10公里，北面與福建大陸的距離也是約10公里，面積約124平方公里，全島形如啞鈴，東西寬約16公里，最窄處為島中部蜂腰地帶，僅3公里，南北長約13公里，金門縣城位於島西部。島東半部為山地，山高岸陡，又多礁石，不易登陸；西半部則是相對較為平坦的丘陵地帶，尤其是西北部海岸是泥沙質海灘，是登陸的理想地區。
在1949年6月以前，國軍根本未在金門島上設防，甚至沒有部署一兵一卒。直到6月中旬，國民黨廈門要塞司令部才成立金門要塞總台，由從上海吳淞要塞撤下來的殘部配備10門57毫米戰防炮、10具探照燈擔負防禦，從這時起才開始在島上構築工事鋪設通信線路。不久，又增加了20門25毫米機關炮。
1949年8月起，隨着福建戰事的發展，國軍開始逐漸增強金門防禦。首先於8月初第22兵團司令李良榮率領所部進駐金門地區，其中兵團部、第25軍軍部及第45師守大金門，第5軍軍部和第200師守小金門，第40師守大嶝島。
8月27日，國軍戰車第3團第1營的第1、3連從台灣船運金門，共計有22輛美制M5A1輕型坦克，該型坦克全重16.5噸，1門37毫米炮，1挺7.62毫米高射機槍和2挺7.62機槍，乘員4人。
9月3日，國軍青年軍第201師師部及第601團、602團（603團調往福建馬尾）也從台灣抵達金門。上述兩支部隊在離台開赴金門前，蔣緯國和蔣介石都曾親臨部隊駐地視察訓示。因為蔣介石非常重視金門，他一直認為無金門則無台澎，曾於10月22日嚴詞電示負責金門地區防務的湯恩伯：“金門不能再失，必須就地督戰，負責盡職，不能請辭易將，否則軍法論處！”
9月12日，國民黨東南軍政長官陳誠抵達金門視察。此時，國軍在金門地區的總兵力約2萬人，其中在大金門島約1.7萬人，具體部署是第45師防禦島東北部，第201師防禦島西北部。儘管熟悉國軍的人從部隊番號可以看出，第5軍、第25軍和第201師都是國軍的嫡系精銳，但此時除了第201師，其他部隊都是重建的，新兵占70%，戰鬥力與昔日的王牌部隊已不可同日而語。而第201師儘管沒有遭到過解放軍的殲滅性打擊，但缺乏實戰經驗，戰鬥力也非常脆弱。
國軍也意識到金門地區部隊戰鬥力並不足以擔負起防禦重任，便將最後一個主力兵團第12兵團從潮汕地區調往金門地區。該兵團司令是有着“猛如虎，狡如狐”之稱的原12兵團副司令胡璉，胡璉1907年出生，陝西華縣人，黃埔軍校第四期畢業（與林彪同期），在陳誠的土木系部隊中歷任連長、營長、團長，抗戰後歷任旅長、副師長、師長，1943年升任嫡系王牌部隊18軍軍長，後又升任第12集團軍副司令。解放戰爭時期任整編第11師師長和18軍軍長、第12兵團副司令，在淮海戰役中逃出重圍，於1949年3月出任第二編練司令部司令，在江西以收容的原12兵團零散官兵五六千人為骨幹，加上招募的新兵4萬人重建新12兵團，下轄第18軍、19軍和67軍。胡璉沿用國軍五大王牌之一18軍的練兵方法，僅經半年整訓，就使新12兵團成為國軍殘餘部隊中較有戰鬥力的主力兵團。
10月9日，第18軍軍長高魁元率領第11師、第118師從汕頭抵達金門，這兩個師都是下轄4個團的加強師，共計2萬餘人。其中第11師的31團進駐大嶝島，第11師33團進駐小金門，主力全部進駐大金門，統歸第22兵團司令李良榮指揮。
10月22日，金門之戰前夕，國軍守備情況如下：大金門島東部由18軍軍長高魁元指揮18軍11師主力和25軍45師防禦；大金門島西部由25軍軍長沈向奎指揮25軍40師殘部（從大嶝島逃出）和201師防禦；小金門島由第5軍軍長李運成指揮第200師和第18軍11師33團以及從廈門逃出的第166師殘部防禦；第18軍118師（位於瓊林地區）和戰車營2個連為機動部隊。所有金門地區部隊由第22兵團司令李良榮統一指揮，福州綏靖公署主任湯恩伯則將從廈門逃出的綏靖公署總部一分為二，一半在金門海域的船上，一半在大金門島西南海岸的水頭村。
國軍海軍廈門巡防處也於廈門失守後撤至金門，改稱金門巡防處，共有中榮號、楚觀號、聯錚號、淮安號、南安號、掃202號、掃203號、炮15號、炮16號等9艘艦艇，負責大金門西側海域巡邏警戒。
駐台中的國軍空軍第1大隊，擁有25架B—24轟炸機和60架FB—26蚊式戰鬥轟炸機，負責對金門地區的空中支援。
國軍判斷解放軍如果進攻金門地區，大金門島最有可能首當其衝，而又以大金門島西北部古寧頭至壟口段最有可能。因此防禦計劃是以大金門島西部為重點防禦地區，加強構築工事，並控制有力的機動部隊隨時策應。根據這一計劃，國軍在海岸地區特別是西北部，在原有工事基礎上，大力加修野戰工事，布設大量障礙物，並在水際灘頭布設了7000餘枚地雷和800餘枚水雷。在修築工事中由於金門島缺乏木料、水泥等建築原料，國軍大量徵用民間的門板，甚至墓碑，所有徵用物資，國軍均開具借條，言明日後反攻大陸成功後由福建省政府賠償，後於八十年代由台灣“國防部”向有借條的每戶居民賠償新台幣一百五十萬元。
10月17日，廈門失守後，東南軍政長官陳誠立即命令已撤離潮汕地區正海運增援舟山地區的第12兵團主力改航金門，接替第22兵團的防務。
10月22日晚，第12兵團部和第19軍3個師已到達大金門島南部的料羅灣，由於風大浪高，運輸船無法靠岸，只好在海上拋錨避風。23日黃昏才開始靠岸登陸，至24日晚（即金門之戰開始之時）上岸的部隊已有5個團。——第12兵團司令胡璉於26日上午10時上岸，於11時半接過指揮權。

解放軍攻占廈門後，第10兵團部就從泉州移至廈門，兵團領導認為廈門是海外通商口岸的大城市，又多海外僑胞僑屬，如果出現紕漏，影響很大，而金門基本沒有堅固的防禦工事，守軍只有2萬多人，又多是戰鬥力較弱的殘兵敗將，其防禦根本不能與擁有大量堅固永備工事和兵力充足的廈門相比，攻取金門不在話下，因此主要忙於主持城市接管，只是10月18日向28軍下達了攻擊命令，沒有召開過一次作戰研究會議（而攻擊廈門前，第10兵團召開過三次作戰會議）。
第28軍軍長朱紹清因病在上海治療，政委陳美藻在福州負責城市接管，參謀長吳肅則剛剛調職，新參謀長尚未到任，因此以28軍副軍長肖鋒和政治部主任李曼村組成前線指揮部，統一指揮該軍82師全部、84師251團、29軍85師253團和29軍87師259團共6個團攻取大金門。實際負責指揮的是28軍副軍長肖鋒，1916年出生，江西泰和人，1927年參加革命，歷任游擊隊分隊長、中隊長、大隊長、獨立團團長、紅一軍團第1師第3團政委，參加長征（肖鋒有寫日記的傳統，他在革命鬥爭中所寫的日記一直保存到解放後，成為寶貴的歷史文物，就是根據他日記里的記載，累加出紅軍長征的行軍總路程為二萬五千里，這也就是二萬五千里長征一說的出處），抗日戰爭中任八路軍115師騎兵團政委、晉察冀軍區一分區第3團政委、第5團團長，解放戰爭時期任渤海軍區警備第6旅旅長兼第二軍分區司令、山東野戰軍第7師副師長、華東野戰軍第11師師長、解放軍第28軍副軍長。建國後任華東軍區特種兵縱隊副司令、裝甲兵副司令、裝甲兵第一訓練基地司令、第三坦克學校校長、北京軍區裝甲兵副司令。1955年被授予大校軍銜，1961年晉升為少將，1981年離休，享受副兵團級待遇，1991年去世。
原計劃以31軍92師同時攻擊小金門，後因船隻不足，所以第10兵團決定免除31軍攻擊小金門的任務，集中所有船隻保障28軍攻擊大金門，在得手之後再攻擊小金門。第10兵團要求28軍於20日發起攻擊。——第28軍，前身是抗戰時期山東渤海軍區部隊（特務第1、第2團、警備第6旅第11團、警備第7旅第13團、第14團、警備第8旅第17團），抗戰結束後在上述6個團基礎組建山東野戰軍第7師和第11師，最後於1947年2月整編為華東野戰軍第10縱隊，首任縱隊司令員就是以擅守著稱的宋時輪，因此第10縱隊也就成為華野防禦作戰的頭等主力，在國軍中流傳着“排炮不動，必是十縱”的評價。在解放戰爭中先後參加過萊蕪戰役、孟良崮戰役、沙土集戰役、豫東戰役、濟南戰役、淮海戰役、渡江戰役和上海戰役，1949年2月全軍整編時改稱第28軍，全軍下轄第82、83、84師3個師，總兵力3.4萬人。而在金門戰鬥前夕，由於作戰中的大量繳獲，28軍單兵武器和營團重武器基本已實現美械化。
28軍領受作戰任務後，即將軍前指前移至蓮河，隨即下達作戰部署命令，計劃以82師長鍾賢文統一指揮82師244團、84師251團和85師253團為第一梯隊，244團為左翼，在壟口至後沙之間登陸，攻占後半山、雙乳山，警戒金門島東部，掩護251團和253團；251團為中路，在西保至古寧頭之間登陸，攻占湖南、傍林，協同253團攻擊金門縣城；253團為右翼，在古寧頭登陸，占領林厝、埔頭後攻擊金門縣城，殲滅島西部守軍。在解決西半部守軍之後，投入第二梯隊82師245團、246團和87師259團，從雙乳山兵分兩路，南北夾擊消滅東半部守軍，預計三天解決戰鬥。計劃上報第10兵團，並開始戰前準備，但是由於船隻大多已被國軍帶往金門，而當地剛解放，船民擔心解放軍為作戰而徵用船隻會導致船隻損壞，所以並不配合，很多人隱藏船隻，甚至故意損毀船隻。因此船隻搜集非常困難，到20日總共才搜集到100多條船，遠遠不能滿足一次運送6個團的要求。在這樣情況下，兵團同意了28軍的請求，將攻擊發起時間推遲到23日。
10月21日，第10兵團察覺國軍第12兵團一部已抵達金門，該兵團主力也已離開潮汕地區登船啟運，但去向不明。其實28軍早在10月9日攻占大嶝島戰鬥中已俘虜了12兵團18軍11師31團的官兵，並報告第10兵團，但兵團認為是敵軍謊報，根本未予置信。
22日，葉飛與肖鋒通電話，告訴肖鋒胡璉兵團已乘船離開潮汕，目前正在海上徘徊，究竟要到哪裡還不清楚，因此必須搶在胡璉兵團登陸金門之前發起戰鬥。23日，又獲悉第12兵團18軍118師已抵達金門，後續部隊正在海運途中，判斷第12兵團有到金門增防或換防的可能，因此必須集中目前所有船隻，立即組織登陸，搶在第12兵團到達之前，攻取金門島。為了進一步做好戰前準備，第10兵團決定再推遲一天，於10月24日晚發起攻擊，以目前全部船隻運載3個團登陸，然後返回大陸扣除一些損耗至少還能運送2個團，這樣就能有5個團，足以消滅島上守軍。

10月24日上午，解放軍28軍前指召集參戰各部師、團長舉行攻擊金門前的最後一次作戰會議，會議內容主要是通報目前敵情，檢查落實戰備情況，此時總共有300多艘船隻，可以一次運送3個團，參戰第一梯隊部隊已準備好了三天的糧彈。與會者提出一些問題，主要還是船隻不足，以及船工不可靠，因為當地是新區，又是說閩南話，解放軍很難與之溝通，甚至在攻擊平潭島戰鬥中出現過船工在航行途中跳海逃命的事例，（在私下裡82師師長鍾賢文、85師師長朱雲謙、251團團長劉天祥都預感到此戰凶多吉少，對作戰提出異議，朱雲謙甚至去廈門直接找葉飛匯報情況）但是最終還是決定於本晚發起攻擊，爭取搶在胡璉兵團上岸前解決戰鬥，預計付出四五千人的傷亡。
上至華野、第10兵團，下至28軍，各級指揮員絕大多數都沒有經過系統嚴格的軍事理論學習，根本不知道登陸作戰是戰爭樣式中最複雜的，尤其是28軍以平潭島、大小嶝島登陸作戰的勝利，認為渡海登陸作戰不過如此。而廈門登陸作戰中暴露出的問題也淹沒在勝利的歡呼中，沒有得到應有的重視。對大登陸作戰最有研究的美國軍隊來說，不僅有專門的登陸作戰理論體系，還有強化訓練專門用以登陸戰的海軍陸戰隊。美軍認為登陸作戰要想取得勝利，首先必須掌握天氣、潮汐和敵情三方面的詳細準確資料，其次必須隱蔽登陸戰企圖（登陸方具有主動性，可根據具體情況選擇登陸時間與地點），而保證勝利的關鍵三要素是登陸地域兵力占優勢、絕對優勢的海空火力支援和足夠的運輸船隻（在著名的諾曼底登陸中，盟軍就因為登陸艇數量不足而多次推遲登陸時間）。反觀此次金門登陸，解放軍在所有決定作戰勝負的天氣、潮汐、敵情、登陸戰企圖、兵力占優勢、海空火力支援和運輸船隻等七方面全無一點勝算，可以說，登陸作戰還未打響，失敗就已經註定了。
就在24日上午28軍召開作戰會議的同時，無獨有偶，國軍第22兵團司令李良榮也召開了軍事會議，湯恩伯到會。會上根據金門島北太武山觀察所連日觀察到的情況，進行了分析討論，認為解放軍的登陸作戰將在一兩天裡開始，會上還決定擔負重點區域島西部防禦的201師和機動任務的118師及戰車營當天下午在古寧頭至壟口地段進行聯合演習，演習的內容就是守備部隊如何和機動部隊配合，協同進行抗登陸作戰。演習於下午19時許結束，次日凌晨，解放軍就在此地段登陸，金門國軍後來的反擊作戰，據說與此次演習幾乎如出一轍。
演習結束後，戰車第3連1排長楊展之的坦克在觀音亭山以北海灘履帶脫落，由於缺乏維修工具，連長周名琴派了1排的其他2輛坦克來拖帶，可是非常邪門，連拖帶坦克的履帶也脫落了，反反覆覆幾次，一直搞到半夜十一、二點也沒搞定，見士兵筋疲力盡，楊排長便命令全排就地休息，明日天亮再回部隊駐地。自己駕車先返回駐地，一是向報告連長情況，二是順便帶回可以便於將坦克拖出沙灘的鐵絲墊板。幾個小時後，解放軍244團就在這一海灘登陸，結果在缺乏反坦克武器的解放軍面前，這3輛坦克並不猛烈的火力竟然成為解放軍極大的阻礙。——此事被國軍喻為金門之戰勝利的“冥冥天意”。

10月24日上午9時，解放軍參戰部隊開始進行登船準備，各部分發彈藥和作為識別標誌的袖套（一面紅一面白，白天用紅色一面，夜晚用白色一面），每個戰士攜帶200發子彈、12顆手榴彈、三天的乾糧、一條三角巾和兩個急救包。
晚18時，天色已經全黑下來，攻擊部隊第一梯隊開始登船，由於國軍飛機的襲擾，解放軍登陸部隊的船隻無法集中在一起，只能分散在三個地方，所以部隊也是在三個地方分別登船。
第一梯隊共10個營約8500人，其中82師244團3個營在蓮河登船；配屬該團的82師246團3營，在大嶝島陽塘登船；84師251團3個營在大嶝島東蔡登船；29軍85師253團3個營在汪厝登船，由於船隻數量不足，各團都有少量部隊（一至兩個連）無法登船而留在大陸，244團團長邢永生因船隻不足，為了多運戰鬥部隊，甚至將原計劃運載82師師長鍾賢文的指揮船都要走了，鍾賢文認為並沒有規定師指揮部必須隨第一梯隊行動，而且歷來戰鬥中師指揮部都是隨第二梯隊行動，最多不過晚幾個小時上島，便讓出了船。金門戰鬥的最高指揮官28軍副軍長肖鋒也親自來到蓮河海邊檢查部隊登船。
20時許，兵團指揮部電話通知肖鋒據確切情報，胡璉第12兵團已在大金門登陸1個團，在小金門登陸1個團（實際情況是已有5個團登陸）。肖鋒一聽，覺得本來把握就不大，現在就更難打了，因此向老上級第10兵團政治部主任劉培善提出推遲發起登陸作戰，但劉培善明確表示兵團已經對此情況進行了研究，按原計劃執行，作戰決心不變。
胡璉兵團2個團已在金門登陸的情況被傳達到團級幹部，以文武雙全軍政兼優著稱的244團團長邢永生立刻意識到登陸行動凶多吉少，在出發前最後一次給師長鍾賢文打電話就說：“再見了師長，我們可能再也見不到了，我們回不來了！”誰知此話竟一語言中。
此時肖鋒也沒意識到登陸作戰的複雜與艱巨，認為友鄰部隊連連奏捷的情況下，一再提出推遲作戰（金門登陸已推遲兩次），影響不好，雖然敵情有了變化，但最多不過多付出一些傷亡，戰鬥時間延長一些，還是能打下金門的，所以並沒有堅持推遲作戰，而是於21時30分下令起航。
運載登陸部隊的船隊先在大嶝島海面會合，再向金門航行。起初，航行還是較為有序，隨着海上逐漸颳起三四級大風，而船隻又是臨時編組，船工也多來自福州、泉州，對金門航道不熟悉，加上通訊聯絡不暢（只有各團團部配有1部美制V—101型報話機，海上航行時的聯繫主要依靠燈光），船隻隊形逐漸開始紊亂，各部只能各自為戰，以船為單位，向金門駛去。

金門島北太武山觀察所24日晚報告，天黑後大陸沿海未見一絲燈光，聯想到當日白天沿海船隻全部停止活動，金門地區國軍判斷解放軍極可能在24日晚或25日凌晨開始攻擊，因此李良榮下令各部加強警戒。
10月25日凌晨1時許，駐守大金門島西北部的國軍201師601團中尉排長卞立乾查哨途中，誤觸埋設在海灘上的地雷，寂靜深夜裡的一聲爆炸，頓時將第一線的守軍驚醒，防禦工事裡的探照燈也迅速打開，耀眼的光柱掃向黑茫茫的大海——第五連哨兵龔上賢借着燈光，看到海面上風帆搖曳，數十艘帆船正向海灘駛來！立即鳴槍三聲，揭開了金門之戰的序幕！國軍輕重武器按照前一日演習的標定目標猛烈開火，僅一個機槍班在短短幾分鐘裡發射了5000發子彈！金門要塞和201師的師屬炮兵也隨即開火。
凌晨1時半，解放軍244團見已被發現，遂將偷襲改為強攻，團長兼政委邢永生用報話機向前指報告：“距敵5里，請求炮火支援！”同時，按照預先規定發射三發紅色信號彈，呼叫炮火掩護。肖鋒立即命令由軍、師炮團組成的炮群開火，解放軍擔負炮火掩護的共有80門105毫米美制榴彈炮和75毫米山炮，榴彈炮部署在沃頭，山炮部署在大嶝島，立即開炮，但是由於夜間隔海射擊，效果很不理想。
2時，244團報告部隊已開始登陸，請求炮火延伸射擊。接着253團團長徐博報告部隊正在航行中，還未登陸，肖鋒命令253團加快行進，強行登陸。但是與251團始終聯繫不上。
由於登陸時東北風正盛，大多數船隻的登陸位置都比預定地點偏西，而且因為船隻各自為戰，隊形散亂，根本無法成建制地集中登陸。
244團於1時40分左右在後沙、壟口至觀音亭山一線登陸，其中只有1營、3營和團部雖然登陸點偏西，但至少還在團登陸地區內，而2營則大大偏離預定登陸點，在古寧頭以東的林厝、安歧一帶登陸。
244團前身是1945年9月由山東渤海軍區武裝組建的特務第1團，1946年改編為山東野戰軍第7師第1團，1947年為第10縱隊28師82團，1949年3月改稱28軍82師244團，是28軍的建軍團，在28軍里屬於頭等主力團。登陸時，建制已完全打亂，各部均根據戰前“有幾個人打幾個人的仗，不等待，不猶豫，向里猛插”的戰術思想指導下，奮勇向縱深突擊，團部所在的船在登陸前被國軍炮火擊中，參謀長朱斐然重傷，僅有的2個參謀1死1傷，邢永生上岸後就在海灘上的地堡里建立團指揮所，1營主力在觀音亭山附近登陸，迅疾占領了觀音亭山和湖尾鄉高地。天還未亮，國軍機動部隊118師354團便開始向觀音亭山反擊，雙方激戰近兩個小時，1營是登陸部隊中戰鬥力較強的部隊，利用地形和工事頑強阻擊，頂住了國軍的反擊，天亮後，國軍354團得到了8輛坦克的支援，由於解放軍沒有反坦克武器，無法阻止坦克的衝擊，倉促構築的一些火力點和工事都被坦克碾壓而毀，接着步兵蜂擁而上，展開了短兵相接的鏖戰，1營營長耿守安和代理營長李道三先後陣亡，教導員郭元福不甘被俘而自盡，1營傷亡慘重，餘部且戰且走向安歧、林厝轉移。至上午8時許，觀音亭山和湖尾鄉高地均得而復失。3營登陸後迅速占領壟口，營長劉忠義收攏部隊準備向縱深突擊，此時國軍剛到金門的18軍18師師長尹俊（淮海戰役中他率數百人從雙堆集殺出重圍）親率52團和師警衛營向壟口反擊，國軍連續三次攻擊均被擊退，第四次攻擊時，國軍得到了從觀音亭山趕來的坦克支援，一舉攻入村內，解放軍又在村內與國軍進行了一個多小時的巷戰，劉營長重傷身亡，部隊傷亡慘重，在優勢國軍連續猛攻下，餘部被迫向西撤退。
隨後國軍乘勢向海灘進擊，244團團部和直屬隊沒有戰鬥部隊掩護，很快就被打散，邢永生團長守傷被俘，原已受傷的團參謀長朱斐然因無法行動也在團部被俘。海灘上的團部人員和第1、3營的餘部，分為兩部分，一部分向東進入金門島東部山區，在山區堅持戰鬥到28日；一部分向西退到古寧頭。
244團2營在團政治部主任孫樹亮、營長董玉福指揮下，只集合起50多人，而且登陸地點是在古寧頭以東的林厝、安歧一帶，大大偏離預定地點，由與團部失去聯繫，便就近接受251團指揮。
配屬244團的246團3營由該團副團長劉漢斌、營長王軍率領，與2營情況相似，登陸地點在林厝、安歧一帶，該營登陸後參加了251團對安歧的進攻，在戰鬥中傷亡慘重，副團長劉漢斌、營長王軍先後陣亡，餘部後退入古寧頭。
至中午前後，244團就基本無成建制部隊在戰鬥了，擁有4個營的244團在登陸作戰擔負着攻占金門島中部雙乳山制高點，阻擊島東部國軍屏障島西部我軍作戰的重任，卻是團級戰鬥單位中第一個遭到覆滅性失利，給以後的作戰帶了嚴重不利影響，國軍機動部隊和後援部隊可以從容投入對島西部的攻擊。
在244團登陸後不久，251團也開始登陸了。該團前身是1945年10月組建的山東渤海軍區警備第6旅11團，1946年11月編入山東野戰軍第11師，1947年編為華東野戰軍第10縱隊29師86團，1949年3月改稱第28軍84師251團，該團是84師的建師團，也是84師的尖刀團。金門之戰時作為登陸部隊的中路，搶占湖南和榜林地區，協同253團攻打金門縣城。
團的一梯隊第1、3營在金門島西北部安歧以北、林厝以東順利登陸，雖然由於船隻分散，部隊登陸比較分散，但傷亡並不大。而二梯隊第2營在登陸時遭到猛烈炮火攔阻（其中國軍3輛在海灘的坦克發揮了很大作用）很多船隻中彈沉沒，還未登陸全營傷亡就幾近三分之一，很多彈藥都隨船沉沒。第1、3營登陸後，集合起來的人大約2個連，在3營長劉德升的指揮下，向安歧猛攻，並攻入村內，與據守安歧的國軍展開激烈巷戰，雙方都付出很大代價，解放軍終於基本控制了安歧。但天剛亮，國軍就向安歧大舉反撲，村內村外到處都在戰鬥。8時過後，國軍機動部隊在解決了244團後也從觀音亭山、湖尾鄉趕來，對安歧形成了包圍，解放軍在村內苦戰兩個多小時，終因力量懸殊太大而退出安歧，依託村北的小山組織防禦。
中午過後，國軍在坦克支援下連續發起攻擊，解放軍沒有反坦克武器，無法抵擋步坦協同攻擊，下午4時許，251團團長劉天祥決定主力向西撤退，與253團會合，副團長馬紹堂指揮1營餘部堅守林厝，掩護主力撤退，連續擊退國軍7次衝擊之後，馬紹堂率僅餘的2個班撤至古寧頭。
253團是三個團中登陸最晚，但堅持時間最長的。該團是抗戰時期由葉飛、傅秋濤率領的堅持三年南方游擊戰的紅軍游擊隊為基礎組建的蘇中軍區部隊，最早是由新四軍第1師第1旅傷愈的戰鬥骨幹組成的特務連，後逐步擴編為特務營、特務團，1945年11月改編為華中野戰軍第7縱隊55團，1947年1月改稱華東野戰軍第11縱隊31旅55團，1949年3月改稱29軍85師253團，是29軍的建軍團，戰鬥力在29軍里首屈一指，尤其是該團2營在渡江作戰中表現突出被授予“渡江戰鬥模範營”。
25日凌晨2時許，253團在金門島西北部古寧頭五沙角至林厝一線登陸，由於登陸地帶比較狹窄，所以部隊不像另兩個團那麼分散，相對比較集中。登陸後在團長徐博的指揮下，迅速將當面守軍201師601團擊潰，俘敵近千人，並占領古寧頭的北山和南山。隨後留下3營鞏固登陸灘頭，主力繼續向縱深發展進攻，於3時10分占領林厝，控制了古寧頭通往金門島腹地的要道，團的先頭部隊2營進展神速，4時30分攻占埔頭和132高地，並繼續向金門縣城推進。
132高地位於古寧頭與金門縣城之間，是島西部的重要制高點。253團進展神速，占領132高地後，國軍還不清楚這一情況，19軍軍長劉雲瀚和25軍軍長沈向奎同乘一輛吉普，準備前去組織部隊反擊，就在駛近132高地時，突然遭到解放軍機槍掃射，車身中彈，這才明白132高地已落入解放軍之手，慌不迭調頭，才僥倖逃脫。——30年之後，劉雲瀚在回憶錄里仍心有餘悸地寫到此段經歷：“當此生死之機間不容髮，鋒鏑餘生，亦云幸在矣！”
6時許，253團2營已推進到東坑一帶，遭到國軍14師和118師各一部阻擊，經過激烈交戰，解放軍且戰且退，於6時30分放棄132高地。
徐博團長隨即用報話機向後方報告戰況，並請求炮火轟擊132高地，同時他積極組織力量，準備發動新的進攻。10時30分，253團重新組織力量從埔頭髮起攻擊，正遇上國軍反擊，此時天色已大亮，國軍不僅在132高地建立炮兵陣地向埔頭猛轟，還出動飛機臨空掃射轟炸，在國軍陸坦空協同攻擊下，解放軍竭盡全力堅持到午後，終因力量不繼，在埔頭地區失利，主力退往林厝，少數人還在埔頭村里堅持戰鬥，還有少數人則向南突擊，最遠打到距離金門縣城僅1公里的下埔。
林厝村的戰鬥從凌晨開始，林厝位於古寧頭東端，是從古寧頭進入金門島腹地的唯一通道，253團2營一部在林厝以東高地與反擊的國軍353團展開激烈的爭奪，中午後，解放軍進攻埔頭的部隊退回林厝，加強了林厝的防禦力量，解放軍利用村內原有的防禦工事和堅固的石頭建築，頑強抵擋，與國軍反覆爭奪，使國軍在該地區付出了相當大的代價，該團副團長俞望曾重傷，3個營長1死2傷，戰況之激烈可見一斑。
國軍19軍14師在攻下埔頭後也繼續北上，從南面攻擊林厝。與解放軍展開激戰，42團團長李光前也在戰鬥中被打死，成為金門之戰中國軍陣亡的最高職務的軍官。
肖鋒得知82師師指揮所沒有隨第一梯隊登陸，而目前又沒有船只能將師指揮所送過海，為了便於統一指揮金門島部隊，通過報話機指定由251團團長劉天祥統一所有島上部隊。
戰鬥開始後，國軍從最初的混亂中清醒過來後，李良榮根據金門島東部和小金門都未發現解放軍進攻，判斷解放軍目前攻擊範圍只是在壟口至古寧頭一線，便決定投入機動部隊實施反擊。凌晨3時下達反擊部署：18軍軍長高魁元指揮118師的352、354團和19軍18師52團配屬戰車第3連的2個排6輛坦克，從瓊林向觀音亭山、湖尾鄉反擊，這3個團兵分兩路，一路352、354團團從觀音亭山向湖尾鄉、安歧攻擊，一路52團從瓊林、後沙沿海岸向西，側擊解放軍登陸灘頭；第19軍軍長劉雲瀚和25軍軍長沈向奎共同指揮14師41團、42團、13師39團以及25軍40師從金門縣城北上，迎擊攻勢正盛的253團；戰車營營長陳建威指揮2個排6輛坦克在瓊林作為預備隊待命。海軍方面，也於25日清晨緊急出動，中榮號、南安號、淮安號、掃202號等軍艦從古寧頭西測海域對解放軍因退潮擱淺的船隻，進行猛烈轟擊。其空軍第一大隊從上午8時起大舉出動，一部分飛機對大陸蓮河、陽塘、圍頭等地進行轟炸，另一部分飛機則在金門島上空為地面部隊提供空中支援，當天國軍空軍司令周至柔親自乘座飛機飛臨金門上空觀察戰況。
24日晚19軍的13師38團、14師的40團和18師的53團、54團都在金門外海的運輸船上，凌晨被密集槍炮聲驚醒後，很快就接到18師師長尹俊的緊急命令，要求他們迅速駛入金門島南部的料羅灣，立即登島參戰。因此運輸船便頂風急駛入料羅灣，但是風浪太大，一直到中午都無法靠岸。在尹俊的一再催促下，54團於當天下午15時登島參戰，而40團25日晚才登陸，38團更晚，登岸時島上戰鬥已基本結束，而53團則駛往小金門島，增強小金門的防禦力量。
至下午，解放軍244團主力已遭覆滅，僅餘700人，251團也損失慘重，還剩1200人，只有253團實力尚在，但登陸之初所取得大部分戰果均已丟失，各部退守林厝以東以及古寧頭，等待後援。黃昏前後，251團也恢復了下午3時許與後方中斷的報話機聯繫，要求第二梯隊乘夜間在古寧頭登陸。
天黑前，國軍深知夜戰乃是解放軍所長，便停止進攻，收攏部隊調整部署，從台灣起飛的飛機則不斷在金門島上空盤旋，並不時投下照明彈，監視金門島與大陸之間的海域。
如果戰況僅僅只是這樣，那還不算太糟，最糟的是由於登陸時間是農曆九月初三，正是天文高潮，而且解放軍又多是平底帆船，搶灘之後，儘管事先布置在每艘船有1個幹部和1個戰士負責押船，但這些人並不熟悉水情，也沒有統一的船隻調度的組織機構，未能及時督促船工乘高潮迅速返航，而是留在岸邊無謂等待，因此錯過了潮汐，結果所有船隻全部擱淺。天亮後，國軍飛機、軍艦、大炮和坦克以燃燒彈猛烈轟擊，幾乎將所有船隻全部焚毀在海灘上，致使返航接運第二梯隊的計劃徹底落空，也使島上的部隊陷入孤立無援的絕境。
在大陸的肖鋒，從望遠鏡里清楚地看到金門島海灘上船隻爆炸、起火的場面，五內俱焚，心如刀絞。82師師長鍾賢文急怒攻心，一病不起。由於國軍掌握制空權和制海權，白天渡海根本無可能，便命令第二梯隊全力搜集船隻，準備夜間渡海增援，同時請求第10兵團從廈門徵集船隻。第10兵團立即下令在沿海地區緊急徵集船隻，徵集到6艘可以運載2個團的機帆船，但是這6艘船在駛往蓮河途中，船工懼怕參戰，有5艘船被故意損壞而無法使用。
此時，28軍指揮所對於增援金門島也有不同意見，有的認為根據情報金門島敵軍兵力已達7個師，再增援一兩個營，根本於事無補，只有白白增加傷亡；還有的人認為與其增援一兩個營，還不如組織船隻接應島上部隊撤離，能撤回多少算多少。肖鋒不敢決斷，一面命令82師246團作好增援準備，一面向兵團請示，葉飛回答：“只要有一線希望，就要堅決派兵增援，同敵人打到底！”
根據這一指示，246團團長孫雲秀率領82師246團第1營第2連、團迫擊炮連第1排全部和第2排一部以及從全團抽調的30多名戰鬥骨幹，共300多人，全部配備自動武器，乘坐竭盡全力才搜集到的3艘船，於21時從大嶝島出發，臨行前孫團長對28軍偵察科長張憲章說：“這次我算革命成功了！”把自己的手錶和鋼筆送給張憲章，還請他轉告妻子，如果自己回不來，願意隨軍就隨軍，願意回家就回家。由於夜色的掩護，加上船少目標小，航行途中未被發現，26日凌晨在古寧頭以東海灘順利登陸，沒有任何傷亡，上島後迅速與島上部隊會合。
同時，在沃頭的29軍87師259團千方百計搜集到幾條帆船，由3營代理營長梅鶴年帶領從全營挑選出的200名戰鬥骨幹，都是來自解放區的老兵（不是解放戰士），多帶彈藥，天黑後從沃頭起航，由於風向有1艘船折回，其他船隻上的100多人順利登陸，與島上部隊會合。
這兩批援軍，使島上部隊知道大陸的主力仍在竭盡全力組織增援，但是也看到大陸方面是有兵無船，增援杯水車薪！
尤其值得一提的是，作為第二梯隊增援的所有官兵，與第一梯隊不同，他們都知道島上的險惡局面，也清楚此去極可能是一去不回，很多人留下了遺言，做好了犧牲的心理準備，確實是“風蕭蕭兮易水寒，壯士一去兮不復還！”真實寫照，不僅沒有人退縮，甚至一些團、營長都搶着要去，無私無畏視死如歸的精神令人欽佩！
在第二梯隊登陸前，251團不顧連日苦戰的疲勞，抓住國軍飛機、坦克夜間無法活動的有利機會，在出動小部隊襲擾的同時，組織主力發起反擊，在天亮前曾一度推進到埔頭一線。
26日凌晨2時許，國軍海軍駐澎湖列島馬公港的第一艦隊司令黎玉璽親自指揮旗艦太平號冒着大風大浪抵達金門海域，立即駛入古寧頭西北海域，猛轟大嶝島解放軍炮兵陣地。
26日早晨，解放軍控制着古寧頭半島包括林厝、南山、北山三個村莊和四塊無名高地，總共約1.8平方公里範圍的地區。
經過一夜的休整和調整，第18軍軍長高魁元仔細觀察地形，發現可以從湖下涉水過海灣，攻擊解放軍據守的林厝側後，便決定出奇兵實施突擊，攻擊前曾組織人員徒涉，因地形不熟未成，後經向湖下居民詢問，才知道只有低潮時從特定地點才可徒涉。經過精心準備，7時30分國軍開始攻擊，第14師41團第1營、第201師601團第1營和第3營8連，共兩個營又一個連乘低潮從湖下出發徒涉雙鯉湖，在林厝側後的東鰭尾登陸，解放軍沒有想到國軍竟會越過海灣攻擊，被打了個措手不及，急忙倉促調集部隊前往南山依託有利地形進行阻擊，雙方在南山附近展開戰鬥，經過激戰國軍於10時攻占南山，解放軍退守北山。南山一失，林厝就陷入了腹背守敵的險境。
上午8時，天色大亮，國軍飛機飛臨古寧頭，進行轟炸掃射，為地面部隊提供航空火力支援。9時許，國軍54團在右，354團居中，352團在左，三團並列，在坦克掩護下從南面進攻林厝，解放軍憑藉林厝村里堅固的石質建築頑強防守，與國軍展開逐屋爭奪，巷戰的戰況殊為慘烈，不斷發生白刃格鬥。11時30分，國軍占領大半個林厝，解放軍除少數人還在個別據點堅持外，主力退往海灘。
11時許，國軍第12兵團司令胡璉登上金門島，他剛一上島就立即與18軍軍長高魁元通電話，了解戰況，半小時後胡璉正式接過金門島作戰指揮權，作出以下部署：18軍軍長高魁元統一指揮118師、19軍18師54團和14師41團，進攻古寧頭；19軍軍長劉雲瀚指揮所部在湖尾高地、湖南高地和132高地一線布防，阻止解放軍從古寧頭突圍。
中午先後，蔣經國乘飛機抵達金門島，飛機在金門島上空時，俯瞰全島，慘烈戰況令他觸目淒涼。一下飛機就驅車直奔湯恩伯在水頭村的指揮部，一路上更見屍橫遍野，血肉模糊，其狀慘不忍睹。湯恩伯不僅沒有安排蔣經國與胡璉見面，反而聲稱戰鬥已基本結束，蔣經國便未與在前線督戰的胡璉會面，隨即慰問了附近官兵之後便返回台灣。湯恩伯此舉的目的無非是把金門之戰的功勞記在自己帳上，但是畢竟爭不過胡璉，因為金門之戰的主力部隊是胡璉的12兵團，此戰後，湯恩伯就在蔣介石面前失寵，並逐漸淡出軍政界。與湯恩伯形成鮮明對照的，胡璉在戰後的祝捷會上神色淡然，絲毫沒有欣喜之色，部屬不解，問之，答曰：“八百萬國軍都被人家消滅了，我們在一個小島才消滅人家九千人，有什麼值得慶賀的？”
就在蔣經國來到金門島的同時，解放軍第10兵團政治部主任劉培善來到蓮河的28軍軍部，迎接他的肖鋒和李曼村，三人面面相覷，心亂如麻，此時有兵無船，毫無良策。劉培善用電話命令29軍85師師長朱雲謙準備渡海上島指揮作戰。後來因沒有船隻，加之島上戰鬥已近尾聲，劉培善又取消了這一命令。
午後，國軍在胡璉親自指揮下，向古寧頭髮起攻擊。國軍在坦克掩護下，步步推進，坦克衝進村落和攜帶火箭筒的步兵一起逐個轟擊解放軍據守的石頭建築，牆倒屋塌後步兵再衝進建築逐屋搜索。解放軍死戰不退，幾乎每個建築的得失都經過激烈爭奪。
肖鋒和李曼村於午後致電金門島上各團指揮員，高度讚揚了他們的英勇戰鬥，要求目前活着的同志繼續戰鬥，為了保存力量，利用島上一切工具想法越海撤回大陸。
15時20分，253團報告：“敵人三面進攻，情況十分危急……”報話機里可以清晰地聽到槍炮聲，突然一聲爆炸，金門登陸部隊與大陸的無線電聯繫徹底中斷！
17時30分，國軍354團經過血戰攻占北山，此時金門海岸線除古寧頭附近一小段外已全被國軍攻占，解放軍餘部只占據着古寧頭村和鄰近的幾個碉堡。
天黑後，解放軍在島上的五位最高指揮：251團團長劉天祥、251團政委田志春、253團團長徐博、253團政委陳利華和246團團長孫雲秀在北山古洋樓的一處民房裡舉行作戰會議，商討如何應對嚴峻的局面，最後一致決定分成幾股打游擊，並利用一切工具設法渡海撤回大陸。
22時，各團領導率領各團的殘餘人員，利用夜暗向北突圍，在海邊找船未果，便向東突圍，一些沒接到通知的戰士則繼續在古寧頭堅持戰鬥。
拂曉時分，解放軍29軍87師259團1營2連約30名戰鬥骨幹在營教導員李風池率領下乘着1艘汽艇來到古寧頭海灘，接應傷員後撤，結果上船的人太多，又逢低潮，船隻擱淺動彈不得，天亮後國軍占領古寧頭村並很快涌到海灘，李風池和眾多傷員全部被俘。
27日，古寧頭村雖被國軍占領，但各地仍有解放軍餘部在堅持戰鬥，因此古寧頭地區終日槍聲不絕，戰鬥不斷。國軍海軍發現在古寧頭沿岸崖下地面炮火死角聚集不少解放軍，便迅速派出掃202號和南安號兩艘吃水較淺的軍艦駕駛近古寧頭，用艦炮進行抵近射擊，給予解放軍重大殺傷。在國軍海陸協同夾擊下，古寧頭地區的解放軍傷亡慘重，非死即俘，至上午10時，古寧頭地區大的戰鬥已基本結束。
數百名解放軍乘夜色衝出包圍，進入金門島東部山區，下午國軍搜索部隊在雙乳山地區發現解放軍一部，經短暫戰鬥後，解放軍餘部繼續轉移。
28日起國軍開始在全島進行搜捕，上午，由251團團長劉天祥和政委田志春率領的數十人在沙頭地區遭到包圍，劉天祥受傷被俘，其餘人也同時被俘。
經過一夜戰鬥，246團團長孫雲秀身邊只剩下12人，不久也被國軍搜索部隊發現，孫雲秀高聲大喊：“朋友，過來吧，我是團長！”國軍端着刺刀沖了過來，孫雲秀連開數槍，打倒了沖在前面的幾名國軍，隨即將最後一發子彈射進自己的頭顱！餘部大多被俘。
27日中午，國軍東南軍長長官陳誠抵達金門視察，下午他乘車經過132高地附近，近百名解放軍突然衝出，令陳誠飽受一驚，隨行的警衛部隊立即展開戰鬥隊形，一面還擊一面喊話，此時這些解放軍餘部已經糧盡彈絕，精疲力竭，又見大勢已去，便繳械就俘。這才使陳誠有驚無險，平安而歸。
金門島上的戰鬥直到28日才逐漸平息，但零星戰鬥持續更長。在金門島上堅持戰鬥時間最長的莫過於253團團長徐博，他在26日晚突出重圍進入東部山區後，就一直隱蔽在北太武山的山洞中，靠挖食地瓜等植物充飢，孤身活動等待第二次登陸！直到1950年1月，即金門戰鬥結束三個月後才被國軍發現俘虜，被俘之時他衣衫襤褸，鬚髮皆長，形同野人，但其不屈的精神與戰鬥意志，連國軍都深為折服。